-
အပင်/တိရစ္ဆာန် De novo Genome Sequence
ဒီနိုဗိုsequencing ဆိုသည်မှာ ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်မရှိပါက ဥပမာ PacBio၊ Nanopore၊ NGS စသည်တို့ကို အသုံးပြု၍ မျိုးစိတ်တစ်ခုလုံး၏ ဂျီနိုမ်တည်ဆောက်မှုကို ရည်ညွှန်းသည်။တတိယမျိုးဆက် sequencing technologies များ၏ ဖတ်ရှုမှုအရှည်တွင် ထူးထူးခြားခြား တိုးတက်မှုသည် heterozygosity မြင့်မားသော၊ ထပ်ခါတလဲလဲ ဒေသများ၏ အချိုးအစားမြင့်မားမှု၊ polyploids စသည်တို့ကဲ့သို့ ရှုပ်ထွေးသော ဂျီနိုမ်များကို စုစည်းရာတွင် အခွင့်အလမ်းသစ်များ သယ်ဆောင်လာပါသည်။ ကီလိုဘေဆယ်အဆင့်ရှိ ဖတ်ရှုထားသော အရှည်ဖြင့် ဤ sequencing များကို ဖတ်နိုင်သည် ထပ်တလဲလဲဒြပ်စင်များ၊ ပုံမှန်မဟုတ်သော GC အကြောင်းအရာများနှင့် အခြားအလွန်ရှုပ်ထွေးသော ဒေသများပါရှိသော ဒေသများကို ဖြေရှင်းခြင်း။
ပလပ်ဖောင်း- PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C အခြေခံ Genome Assembly
Hi-C သည် probing proximity-based interactions နှင့် high-throughput sequencing တို့ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် ခရိုမိုဆုန်းဖွဲ့စည်းပုံကို ဖမ်းယူရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသော နည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်သည်။အဆိုပါ အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုများ၏ ပြင်းထန်မှုသည် ခရိုမိုဆုန်းရှိ ရုပ်ပိုင်းဆိုင်ရာအကွာအဝေးနှင့် အနုတ်လက္ခဏာဆောင်သည်ဟု ယူဆကြသည်။ထို့ကြောင့်၊ Hi-C ဒေတာသည် မူကြမ်း ဂျီနိုမ်တစ်ခုတွင် အစုအဝေး၏ အစုအဝေး၊ စီစဥ်ခြင်းနှင့် ဦးတည်ခြင်းတို့ကို လမ်းညွှန်နိုင်ပြီး ယင်းတို့ကို အချို့သော ခရိုမိုဆုန်းများ၏ အရေအတွက်တွင် စုစည်းထားသည်။ဤနည်းပညာသည် လူဦးရေအခြေခံမျိုးရိုးဗီဇမြေပုံမရှိခြင်းကြောင့် ခရိုမိုဆုန်းအဆင့် ဂျီနိုမ်စုဝေးမှုကို အားကောင်းစေသည်။ဂျီနိုမ်တစ်ခုစီတိုင်းတွင် Hi-C လိုအပ်သည်။
ပလပ်ဖောင်း: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolutionary မျိုးရိုးဗီဇ
Evolutionary genetics သည် SNPs၊ InDels၊ SVs နှင့် CNVs အပါအဝင် မျိုးရိုးဗီဇကွဲလွဲမှုများအပေါ် အခြေခံ၍ ပေးထားသော ပစ္စည်းများ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ အချက်အလက်များအပေါ် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အဓိပ္ပာယ်ပြန်ဆိုပေးရန်အတွက် ထုပ်ပိုးထားသော ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဝန်ဆောင်မှုတစ်ခုဖြစ်သည်။၎င်းသည် လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ၊ မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှု၊ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေးစသည်ဖြင့် လူဦးရေ၏ဆင့်ကဲပြောင်းလဲမှုများနှင့် မျိုးရိုးဗီဇအင်္ဂါရပ်များကို ဖော်ပြရန်အတွက် လိုအပ်သည့် အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအားလုံးကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ ၎င်းတွင် ထိရောက်သောလူဦးရေအရွယ်အစား၊ ကွဲပြားချိန်ကို ခန့်မှန်းနိုင်စေမည့် ဗီဇစီးဆင်းမှုဆိုင်ရာ လေ့လာမှုများပါရှိပါသည်။
-
နှိုင်းယှဉ် Genomics
Comparative genomics ဆိုသည်မှာ မတူညီသောမျိုးစိတ်များ၏ ပြီးပြည့်စုံသော ဂျီနိုမ်အစီအစဥ်များနှင့် ဖွဲ့စည်းပုံများကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်းကို ဆိုလိုသည်။ဤစည်းကမ်းသည် မျိုးစိတ်များဆင့်ကဲပြောင်းလဲခြင်း၊ မျိုးရိုးဗီဇလုပ်ဆောင်ချက်၊ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းစည်းကမ်းယန္တရားကို ကွဲပြားသောမျိုးစိတ်တစ်လျှောက်တွင် ထိန်းသိမ်းထားသော သို့မဟုတ် ကွဲပြားစေသော အစီအမံများနှင့် ဒြပ်စင်များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းဖြင့် မျိုးစိတ်ဆင့်ကဲပြောင်းလဲခြင်း၊ပုံမှန်နှိုင်းယှဉ်မျိုးရိုးဗီဇလေ့လာမှုတွင် မျိုးဗီဇမိသားစုတွင် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများ၊ ဆင့်ကဲပြောင်းလဲမှုဆိုင်ရာ ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလုံး ထပ်ပွားမှု၊ ရွေးချယ်မှုဖိအားများ စသည်တို့ ပါဝင်ပါသည်။
-
Bulked Segregant ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
Bulked segregant analysis (BSA) သည် phenotype ဆက်စပ်မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများကို အမြန်ဖော်ထုတ်ရန် အသုံးပြုသည့် နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။BSA ၏ ပင်မလုပ်ငန်းအသွားအလာတွင် အလွန်ဆန့်ကျင်ဘက်ဖြစ်သော ဖီနိုအမျိုးအစားအုပ်စုနှစ်ခုကို ရွေးချယ်ခြင်း၊ တစ်ဦးချင်းစီ၏ DNA အစုအဝေးနှစ်ခုကို DNA နှစ်ခုဖွဲ့စည်းရန်၊ ရေကူးကန်နှစ်ခုကြားတွင် ကွဲပြားသော sequences များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း ပါဝင်သည်။ဤနည်းပညာကို အပင်/တိရစ္ဆာန် ဂျီနိုများတွင် ပစ်မှတ်ထားသော မျိုးရိုးဗီဇများဖြင့် ပြင်းထန်စွာဆက်စပ်နေသည့် မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများကို ဖော်ထုတ်ရာတွင် အကျယ်တဝင့် အသုံးပြုထားသည်။
