-
PacBio-Пълна дължина транскриптом (нереферентен)
Платформата Amplicon (16S/18S/ITS) е разработена с дългогодишен опит в анализа на проекти за микробно разнообразие, който съдържа стандартизиран основен анализ и персонализиран анализ: основният анализ обхваща основното анализно съдържание на текущите микробни изследвания, съдържанието на анализа е богато и изчерпателно, и резултатите от анализа се представят под формата на доклади по проекта;Съдържанието на персонализирания анализ е разнообразно.Могат да се избират проби и параметрите могат да се задават гъвкаво според основния доклад за анализ и целта на изследването, за да се реализират персонализирани изисквания.Операционна система Windows, проста и бърза.
-
PacBio-Пълна дължина транскриптом (нереферентен)
Вземайки данни за секвениране на изоформи на Pacific Biosciences (PacBio) като вход, това приложение е в състояние да идентифицира последователности на транскрипт в цяла дължина (без сглобяване).Чрез картографиране на последователности с пълна дължина спрямо референтния геном, транскриптите могат да бъдат оптимизирани от известни гени, транскрипти, кодиращи региони и т.н. В този случай може да се постигне по-точна идентификация на тРНК структури, като алтернативно сплайсинг и т.н.Съвместният анализ с данните за секвениране на транскриптоми на NGS позволява по-изчерпателна анотация и по-точно количествено определяне на експресията на ниво транскрипт, което до голяма степен е от полза за диференциалното изразяване надолу по веригата и функционалния анализ.
-
Инструментариум
BMKCloud е водеща биоинформационна платформа, предоставяща еднократно решение за геномни програми, на която се доверяват широко изследователи в различни области, включително медицина, земеделие, опазване на околната среда и др. BMKCloud се ангажира да предоставя интегрирани, надеждни и ефективни услуги, включително платформи и инструменти за биоинформационен анализ , изчислителни ресурси, публична база данни, биоинформационни онлайн курсове и т.н. BMKCloud има различни често използвани биоинформационни инструменти, включително генна анотация, еволюционни генетични инструменти, ncRNA, контрол на качеството на данните, сглобяване, подравняване, извличане на данни, мутации, статистика, генератор на фигури, последователност анализ и др.
-
малка РНК
Малките РНК са тип къса некодираща РНК със средна дължина от 18-30 nt, включително miRNA, siRNA и piRNA.Масово се съобщава, че тези малки РНК участват в различни биологични процеси като разграждане на иРНК, инхибиране на транслацията, образуване на хетерохроматин и т.н. Анализът на последователността на малки РНК е широко прилаган в проучвания върху развитието на животни/растения, болести, вируси и т.н. Малка РНК Платформата за анализ на последователност се състои от стандартен анализ и усъвършенствано извличане на данни.Въз основа на RNA-seq данни, стандартният анализ може да постигне идентификация и прогнозиране на miRNA, прогнозиране на целеви ген на miRNA, анализ на анотация и експресия.Разширеният анализ позволява персонализирано търсене и извличане на miRNA, генериране на диаграма на Venn, изграждане на miRNA и целева генна мрежа.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS е платформа за анализ за повторно секвениране на целия геном, която е разработена на базата на богат опит в Biomarker Technologies.Тази лесна за използване платформа позволява бързо подаване на интегриран работен процес за анализ чрез просто задаване на няколко основни параметъра, които отговарят на данните за ДНК секвениране, генерирани от платформата Illumina и платформата за секвениране BGI.Тази платформа е внедрена на високопроизводителен компютърен сървър, който дава възможност за високоефективен анализ на данни за много ограничено време.Персонализираното извличане на данни е достъпно на базата на стандартен анализ, включително заявка за мутирали гени, дизайн на PCR праймер и др.
-
иРНК (справка)
Транскриптомът е връзката между геномната генетична информация и протеома на биологичната функция.Регулирането на транскрипционното ниво е най-важният и най-широко изследван начин на регулиране на организмите.Последователността на транскриптома може да секвенира транскриптома във всеки момент или при всякакви условия, с разделителна способност, точна до един нуклеотид. То може динамично да отразява нивото на генна транскрипция, едновременно да идентифицира и определя количествено редки и нормални транскрипти и да предостави структурната информация на примерни специфични преписи.
Понастоящем технологията за секвениране на транскриптоми е широко използвана в агрономията, медицината и други изследователски области, включително регулиране на развитието на животните и растенията, адаптация към околната среда, имунно взаимодействие, генна локализация, генетична еволюция на видовете и откриване на тумори и генетични заболявания.
-
Метагеномика (NGS)
Тази платформа за анализ е предназначена за анализ на метагеномни данни за пушка въз основа на дългогодишен опит.Състои се от интегриран работен процес, съдържащ различни често необходими метагеномични анализи, включително обработка на данни, изследвания на ниво вид, изследвания на ниво генна функция, събиране на метагеноми и т.н. В допълнение, персонализирани инструменти за извличане на данни са налични при стандартен работен процес за анализ, включително заявка за гени и видове , настройка на параметри, генериране на персонализирани фигури и др.
-
LncRNA
Дългите некодиращи РНК (lncRNA) са вид транскрипти с дължина по-голяма от 200 nt, които не са в състояние да кодират протеини.Натрупаните доказателства сочат, че повечето lncRNAs е много вероятно да бъдат функционални.Технологиите за секвениране с висока производителност и инструменти за биоинформационен анализ ни дават възможност да разкриваме последователности на lncRNA и информация за позициониране по-ефективно и ни водят да открием lncRNA с решаващи регулаторни функции.BMKCloud е горд да предостави на нашите клиенти платформа за анализ на секвениране на lncRNA за постигане на бърз, надежден и гъвкав анализ на lncRNA.
-
GWAS
Изследването на асоциациите в целия геном (GWAS) има за цел идентифициране на генетични варианти (генотип), които са свързани със специфични черти (фенотип).Проучванията на GWA изследват генетичните маркери, които пресичат целия геном на голям брой индивиди и предсказват асоциациите между генотип и фенотип чрез статистически анализ на ниво популация.Повторното секвениране на целия геном може потенциално да открие всички генетични варианти.Съчетавайки се с фенотипни данни, GWAS може да бъде обработен за идентифициране на свързани с фенотипа SNP, QTL и кандидат гени, което силно подкрепя съвременното развъждане на животни/растения.SLAF е самостоятелно разработена опростена стратегия за секвениране на генома, която открива разпределени в целия геном маркери, SNP.Тези SNP, като молекулярно-генетични маркери, могат да бъдат обработени за проучвания на асоциация с целеви черти.Това е рентабилна стратегия за идентифициране на сложни черти, свързани с генетични вариации.
-
Нанопор Пълна транскриптомика
Сложните и променливи алтернативни изоформи в организмите са важни генетични механизми за регулиране на генната експресия и протеиновото разнообразие.Точното идентифициране на транскриптните структури е основата за задълбочено изследване на моделите на регулиране на генната експресия.Платформата за секвениране на Nanopore успешно доведе транскриптомичното изследване на ниво изоформа.Тази платформа за анализ е предназначена да анализира RNA-Seq данни, генерирани на платформата Nanopore на базата на референтен геном, което постига качествени и количествени анализи както на ниво ген, така и на ниво транскрипти.
