Długie niekodujące sekwencjonowanie-Illumina
Zalety serwisu
●Wspólna analiza mRNA i lncRNA: łącząc ocenę ilościową transkryptów mRNA z badaniem lncRNA i ich celów, możliwe jest uzyskanie dogłębnego przeglądu mechanizmu regulacyjnego leżącego u podstaw odpowiedzi komórkowej.
●Rozległa wiedza specjalistyczna: Nasz zespół wnosi do każdego projektu bogate doświadczenie, a jego doświadczenie w przetwarzaniu ponad 23 000 próbek w BMK obejmuje różnorodne typy próbek i projekty lncRNA.
●Rygorystyczna kontrola jakości: Wdrażamy podstawowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek i bibliotek po sekwencjonowanie i bioinformatykę. To skrupulatne monitorowanie zapewnia niezmiennie wysoką jakość wyników.
●Wsparcie posprzedażowe: Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażnej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania związane z wynikami.
Przykładowe wymagania i dostawa
| Biblioteka | Platforma | Zalecane dane | Kontrola danych |
| Biblioteka kierunkowa zubożona w rRNA | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotydy:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; ograniczone lub żadne wzniesienie linii bazowej |
● Rośliny:
Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg
Liść lub nasiona: 300 mg
Owoce: 1,2 g
● Zwierzę:
Serce lub jelita: 450 mg
Wnętrzności lub mózg: 240 mg
Mięśnie: 600 mg
Kości, włosy lub skóra: 1,5 g
● Stawonogi:
Owady: 9g
Skorupiaki: 450 mg
● Krew pełna:2 rurki
● Komórki: 106 komórki
● Surowica i osocze: 6 ml
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (nie zaleca się stosowania folii aluminiowej)
Przykładowe oznakowanie: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: Próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i przesyłać w temperaturze pokojowej.
Przebieg prac serwisowych
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Bioinformatyka
Analiza różnicowej ekspresji genów (DEG).
Kwantyfikacja ekspresji lncRNA – grupowanie
Wzbogacanie docelowych genów lncRNA
Analiza wspólnej pozycji mRNA i lncRNA – wykres Circos (środkowe kółko to mRNA, a wewnętrzne kółko to lncRNA)
Poznaj postępy możliwe dzięki usługom sekwencjonowania lncRNA firmy BMKGene poprzez wyselekcjonowany zbiór publikacji.
Ji, H. i in. (2020) „Identyfikacja, przewidywanie funkcjonalne i kluczowa weryfikacja lncRNA związanych ze stresem zimnym lncRNA w wątrobie szczurów”, Scientific Reports 2020 10:1, 10(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. i in. (2021) „Integracyjna analiza transkryptomiczna ujawnia mechanizm odpornościowy dla szczepu karpia pospolitego odpornego na CyHV-3”, Frontiers in Immunology, 12, s. 1. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ i in. (2022) „Oparte na integracji multiomiki ustalanie priorytetów konkurujących endogennych sieci regulacyjnych RNA w drobnokomórkowym raku płuca: charakterystyka molekularna i kandydaci na leki”, Frontiers in Oncology, 12, s. 1. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. i in. (2020) „Rozwarstwienie genetyczne sieci koekspresji genów leżącej u podstaw fotosyntezy u Populus”, Plant Biotechnology Journal, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. i in. (2022) „Globalna sieć regulacyjna dotycząca rozregulowanej ekspresji genów i nieprawidłowej sygnalizacji metabolicznej w komórkach układu odpornościowego w mikrośrodowisku choroby Gravesa-Basedowa i zapalenia tarczycy Hashimoto”, Frontiers in Immunology, 13, s. 1. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
