Montaż genomu oparty na Hi-C
Hi-C to metoda zaprojektowana do przechwytywania konfiguracji chromosomów poprzez połączenie badania interakcji opartych na bliskości i sekwencjonowania o wysokiej przepustowości. Uważa się, że intensywność tych interakcji jest ujemnie skorelowana z fizyczną odległością na chromosomach. Dlatego dane Hi-C są wykorzystywane do kierowania grupowaniem, porządkowaniem i orientacją złożonych sekwencji w szkicu genomu oraz zakotwiczenia ich w określonej liczbie chromosomów. Technologia ta umożliwia składanie genomu na poziomie chromosomów w przypadku braku mapy genetycznej opartej na populacji. Każdy pojedynczy genom potrzebuje Hi-C.
Funkcje usługi
● Sekwencjonowanie na Illumina NovaSeq z PE150.
● Usługa wymaga, aby próbki tkanek, a nie wyekstrahowane kwasy nukleinowe, sieciowały się formaldehydem i chroniły interakcje DNA-białko.
● Eksperyment Hi-C obejmuje ograniczenie i naprawę lepkich końcówek za pomocą biotyny, a następnie cyrkulację powstałych tępych końcówek przy zachowaniu interakcji. Następnie DNA ściąga się za pomocą kulek streptawidyny i oczyszcza w celu późniejszego przygotowania biblioteki.
Zalety serwisu
Przegląd Hi-C
(Lieberman-Aiden E i in.,Nauka, 2009)
●Eliminacja potrzeby gromadzenia danych o populacji genetycznej:Hi-C zastępuje podstawowe informacje wymagane do zakotwiczenia ciągłego.
●Wysoka gęstość znaczników:co prowadzi do wysokiego współczynnika zakotwiczenia przylegania powyżej 90%.
●Obszerna dokumentacja ekspercka i publikacyjna:BMKGene ma ogromne doświadczenie z ponad 2000 przypadków składania genomu Hi-C z 1000 różnych gatunków i różnych patentów. Ponad 200 opublikowanych przypadków ma skumulowany współczynnik wpływu przekraczający 2000.
●Wysoko wykwalifikowany zespół bioinformatyków:dzięki wewnętrznym patentom i prawom autorskim do oprogramowania do eksperymentów Hi-C i analizy danych, samodzielnie opracowane oprogramowanie do wizualizacji danych umożliwia ręczne przesuwanie, cofanie, cofanie i ponawianie bloków.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza realizację projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażnej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania związane z wynikami.
●Obszerna adnotacja: korzystamy z wielu baz danych, aby funkcjonalnie opisywać geny ze zidentyfikowanymi odmianami i przeprowadzać odpowiednią analizę wzbogacania, zapewniając wgląd w wiele projektów badawczych.
Specyfikacje usług
| Przygotowanie biblioteki | Strategia sekwencjonowania | Zalecane wyjście danych | Kontrola jakości |
| Biblioteka Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Przykładowe wymagania
| Tkanka | Wymagana ilość |
| Wnętrzności zwierzęce | ≥ 2 g |
| Mięsień zwierzęcy | |
| Krew ssaków | ≥ 2 ml |
| Krew drobiowa/rybna | |
| Roślina - Świeży Liść | ≥ 3 g |
| Hodowane komórki | ≥ 1x107 |
| Owad | ≥ 2 g |
Przebieg prac serwisowych
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
1) Kontrola jakości surowych danych
2) Biblioteka Hi-C QC: oszacowanie ważnych interakcji Hi-C
3) Montaż Hi-C: grupowanie kontigów w grupy, a następnie porządkowanie kontigów w każdej grupie i przypisywanie orientacji kontigów
4) Ocena Hi-C
Hi-C Library QC – estymacja ważnych par interakcji Hi-C
Montaż Hi-C – statystyki
Ocena po montażu – mapa cieplna intensywności sygnału pomiędzy pojemnikami
Zapoznaj się z postępami, jakie zapewniają usługi montażu Hi-C firmy BMKGene, poprzez wyselekcjonowany zbiór publikacji.
Tian, T. i in. (2023) „Składanie genomu i rozwarstwienie genetyczne wybitnej, odpornej na suszę plazmy zarodkowej kukurydzy”, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL i in. (2020) „A Chromosom-Scale Assembly of the Asian Honeybee Apis cerana Genome”, Frontiers in Genetics, 11, s. 1. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. i in. (2023) „Ujawnienie ewolucji biosyntezy alkaloidów tropanowych poprzez analizę dwóch genomów w rodzinie Solanaceae”, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. i in. (2020) „Genomy drzewa bananowego i osy zapylającej zapewniają wgląd w koewolucję fig i os”, Cell, 183(4), s. 875–889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
