Montaż genomu oparty na Hi-C
Hi-C to metoda opracowana w celu uchwycenia konfiguracji chromosomów poprzez połączenie sondowania interakcji opartych na bliskości z sekwencjonowaniem wysokoprzepustowym. Uważa się, że intensywność tych interakcji jest ujemnie skorelowana z fizyczną odległością między chromosomami. Dlatego dane Hi-C służą do kierowania klastrowaniem, porządkowaniem i orientacją złożonych sekwencji w szkicu genomu oraz do zakotwiczenia ich na określonej liczbie chromosomów. Technologia ta umożliwia złożenie genomu na poziomie chromosomów w przypadku braku mapy genetycznej opartej na populacji. Każdy genom potrzebuje Hi-C.
Funkcje usługi
● Sekwencjonowanie na Illumina NovaSeq z PE150.
● Do wykonania usługi potrzebne są próbki tkanek, a nie wyekstrahowane kwasy nukleinowe, które poddane zostaną wiązaniu formaldehydem i zachowają interakcje DNA-białko.
● Eksperyment Hi-C obejmuje restrykcję i naprawę lepkich końców biotyną, a następnie cyrkularyzację powstałych tępych końców z zachowaniem interakcji. Następnie DNA jest ściągane za pomocą kulek streptawidynowych i oczyszczane w celu późniejszego przygotowania biblioteki.
Zalety usługi
Przegląd Hi-C
(Lieberman-Aiden E i wsp.,Nauka(2009)
●Eliminacja potrzeby danych genetycznych populacji:Hi-C zastępuje istotne informacje wymagane do zakotwiczenia kontigowego.
●Wysoka gęstość znaczników:co prowadzi do wysokiego współczynnika zakotwiczenia kontigów przekraczającego 90%.
●Obszerna wiedza specjalistyczna i dorobek publikacyjny:BMKGene posiada bogate doświadczenie w ponad 2000 przypadków montażu genomu Hi-C u 1000 różnych gatunków i objętych różnymi patentami. Ponad 200 opublikowanych przypadków ma łączny współczynnik wpływu (IW) przekraczający 2000.
●Wysoko wykwalifikowany zespół bioinformatyczny:Dzięki wewnętrznym patentom i prawom autorskim do oprogramowania do eksperymentów Hi-C i analizy danych, samodzielnie opracowane oprogramowanie do wizualizacji danych umożliwia ręczne przesuwanie, cofanie, odwoływanie i ponawianie bloków.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
●Kompleksowa adnotacja:korzystamy z wielu baz danych w celu funkcjonalnej adnotacji genów ze zidentyfikowanymi wariantami i przeprowadzamy odpowiednią analizę wzbogacenia, dostarczając spostrzeżeń na temat wielu projektów badawczych.
Specyfikacje usług
| Przygotowanie biblioteki | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane wyjściowe | Kontrola jakości |
| Biblioteka Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Przykładowe wymagania
| Tkanka | Wymagana kwota |
| Wnętrzności zwierzęce | ≥ 1 g |
| Mięsień zwierzęcy | |
| Krew ssaków | ≥ 2 ml |
| Krew drobiowa/rybna | |
| Roślina - Świeży liść | ≥ 2 g |
| Komórki hodowane | ≥ 1x107 |
| Owad | ≥ 1 g |
| Organizm wodny - Tkanka mięśniowa | ≥ 1 g |
| Organizm wodny - Glony | ≥ 2 g |
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
1) Kontrola jakości danych surowych
2) Biblioteka Hi-C QC: szacowanie prawidłowych oddziaływań Hi-C
3) Montaż Hi-C: grupowanie kontigów w grupy, a następnie porządkowanie kontigów w obrębie każdej grupy i przypisywanie orientacji kontigów
4) Ocena Hi-C
Biblioteka Hi-C QC – szacowanie prawidłowych par interakcji Hi-C
Zgromadzenie Hi-C – statystyki
Ocena po montażu – mapa cieplna intensywności sygnału między pojemnikami
Zapoznaj się z udoskonaleniami, jakie oferują usługi montażu Hi-C firmy BMKGene, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji.
Tian, T. i in. (2023) „Montaż genomu i analiza genetyczna wybitnej plazmy zarodkowej kukurydzy odpornej na suszę”, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL i in. (2020) „Złożenie genomu azjatyckiej pszczoły miodnej Apis cerana w skali chromosomowej”, Frontiers in Genetics, 11, s. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. i in. (2023) „Ujawnienie ewolucji biosyntezy alkaloidów tropanowych poprzez analizę dwóch genomów z rodziny psiankowatych”, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. i in. (2020) „Genomy drzewa banianowego i osy zapylającej dostarczają wglądu w koewolucję osy figowej i osy”, Cell, 183(4), s. 875–889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
