-
BMKMANU S3000_Transkryptom przestrzenny
Transkryptomika przestrzenna to technika, która pozwala nam rejestrować i wizualizować ekspresję genów w tkankach. Może to mieć kluczowe znaczenie dla zrozumienia interakcji między komórkami.
Istnieją różne platformy dla tego podejścia. W tym celu firma BMKGene opracowała BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, platformę, która zwiększa wydajność techniki, osiągając rozdzielczość subkomórkową i umożliwiając ustawienie rozdzielczości wielopoziomowej.
Ten chip zawiera 4,2 miliona punktów, wykorzystując opatentowaną technologię mikrostudzienek z warstwami kulek wypełnionych sondami z kodami kreskowymi. Dzięki tej metodzie, po wychwyceniu i amplifikacji, otrzymujemy bibliotekę cDNA wzbogaconą o próbki z kodami kreskowymi, która jest kompatybilna z Illumina.
Połączenie przestrzennego kodu kreskowego i identyfikatorów UMI zapewnia dokładność i szczegółowość generowanych danych. Łącząc wszystkie powyższe elementy, BMKManu oferuje niezwykle wszechstronne środowisko przetwarzania danych.
-
Sekwencjonowanie RNA pojedynczego jądra
Rozwój technik wychwytywania pojedynczych komórek i konstruowania bibliotek niestandardowych, w połączeniu z sekwencjonowaniem wysokoprzepustowym, zrewolucjonizował badania ekspresji genów na poziomie komórkowym. Ten przełom umożliwia głębszą i bardziej kompleksową analizę złożonych populacji komórek, przezwyciężając ograniczenia związane z uśrednianiem ekspresji genów we wszystkich komórkach i zachowując rzeczywistą heterogeniczność w obrębie tych populacji. Chociaż sekwencjonowanie RNA pojedynczych komórek (scRNA-seq) ma niezaprzeczalne zalety, napotyka na trudności w niektórych tkankach, gdzie uzyskanie zawiesiny pojedynczych komórek okazuje się trudne i wymaga świeżych próbek. W BMKGene rozwiązujemy ten problem, oferując sekwencjonowanie RNA pojedynczych jąder (snRNA-seq) z wykorzystaniem najnowocześniejszej technologii 10X Genomics Chromium. To podejście poszerza spektrum próbek nadających się do analizy transkryptomu na poziomie pojedynczej komórki.
Izolacja jąder komórkowych odbywa się za pomocą innowacyjnego układu 10X Genomics Chromium, wyposażonego w ośmiokanałowy system mikroprzepływowy z podwójnymi skrzyżowaniami. W tym systemie kulki żelowe zawierające kody kreskowe, startery, enzymy i pojedyncze jądro są zamknięte w nanolitrowych kroplach oleju, tworząc żelowe kulki w emulsji (GEM). Po utworzeniu GEM, w każdej kulce GEM następuje liza komórek i uwolnienie kodu kreskowego. Następnie cząsteczki mRNA ulegają odwrotnej transkrypcji do cDNA, zawierających kody kreskowe 10X i Unikalne Identyfikatory Molekularne (UMI). Te cDNA są następnie poddawane standardowej konstrukcji biblioteki sekwencjonowania, co umożliwia solidną i kompleksową eksplorację profili ekspresji genów na poziomie pojedynczej komórki.
Platforma: 10× Genomics Chromium i platforma Illumina NovaSeq
