mRNA-seq (NGS) z genomem referencyjnym
RNA-seq to standardowe narzędzie w naukach biologicznych i uprawach, wypełniające lukę między genomami a proteomami. Jego zaletą jest możliwość odkrywania nowych transkryptów i ilościowego określania ich ekspresji w jednym teście. Jest szeroko stosowane w porównawczych badaniach transkryptomicznych, rzucając światło na geny powiązane z różnymi cechami lub fenotypami, np. porównując mutanty z typami dzikimi lub ujawniając ekspresję genów w określonych warunkach. Aplikacja BMKCloud mRNA(Reference) integruje kwantyfikację ekspresji, analizę ekspresji różnicowej (DEG) oraz analizę struktury sekwencji w ramach bioinformatycznego systemu mRNA-seq(NGS), łącząc zalety podobnych oprogramowań, zapewniając wygodę i łatwość obsługi. Użytkownicy mogą przesyłać swoje dane RNA-seq do chmury, gdzie aplikacja oferuje kompleksowe, kompleksowe rozwiązanie do analizy bioinformatycznej. Ponadto, priorytetem jest zadowolenie klienta, oferując spersonalizowane operacje dostosowane do jego specyficznych potrzeb. Użytkownicy mogą samodzielnie ustawiać parametry i przesyłać misję potoku, sprawdzać interaktywny raport, przeglądać dane/diagramy i przeprowadzać eksplorację danych, taką jak: wybór genu docelowego, klasterowanie funkcjonalne, tworzenie diagramów itp.
Platforma:Illumina, MGI
Strategia:RNA-sekwencja
Układ: Sparowane, czyste dane.
Typ biblioteki:fr-nieosiadły, fr-pierwsza nić lub fr-druga nić
Długość odczytu:150 pb
Typ pliku:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz lub *.fq.gz. System będzieautomatycznie parować pliki .fastq zgodnie z ich nazwami,np. *_1.fastq sparowane z *._2.fastq.
Liczba próbek:Nie ma ograniczeń co do liczbypróbek, ale czas analizy będzie się wydłużał wraz ze wzrostem liczbypróbki rosną.
Zalecana ilość danych:6G na próbkę
