Sekwencjonowanie bisulfitowe o zredukowanej reprezentacji (RRBS)
Sekwencjonowanie bisulfitowe o zredukowanej reprezentacji (RRBS) opiera się na wzbogaceniu regionów bogatych w wyspy CpG poprzez rozszczepienie MspI, a następnie selekcji wielkości fragmentów o długości 200-500/600 pb. W rezultacie sekwencjonowane są tylko regiony położone blisko wysp CpG, natomiast te z odległymi wyspami CpG są wykluczane z analizy. Ten proces, w połączeniu z sekwencjonowaniem bisulfitowym, umożliwia wysokorozdzielczą detekcję metylacji DNA, a metoda sekwencjonowania PE150 koncentruje się na końcach insertów, a nie na ich środku, zwiększając wydajność profilowania metylacji.
Technika ta stała się opłacalną i wydajną alternatywą dla sekwencjonowania bisulfitowego całego genomu (WGBS) w badaniach nad metylacją DNA. Chociaż WGBS zapewnia kompleksowy wgląd poprzez badanie całego genomu z rozdzielczością pojedynczych zasad, jej wysoki koszt może stanowić czynnik ograniczający, a RRBS strategicznie łagodzi to wyzwanie, selektywnie analizując reprezentatywny fragment genomu. Ta metodologia jest nieocenionym narzędziem, które umożliwia opłacalne badania nad metylacją DNA i pogłębia wiedzę na temat mechanizmów epigenetycznych.
Funkcje usługi
● Sekwencjonowanie na Illumina NovaSeq.
● Wymaga genomu referencyjnego.
● Do monitorowania wydajności konwersji bisulfitu stosuje się metodę Lambda DNA.
● Monitorowana jest również wydajność trawienia MspI.
● Podwójne trawienie enzymatyczne próbek roślinnych.
Zalety usługi
●Ekonomiczna i wydajna alternatywa dla WGBS:Pozwala na przeprowadzenie analizy przy niższych kosztach i mniejszych wymaganiach co do próbki.
●Kompletna platforma:Oferujemy kompleksową obsługę na najwyższym poziomie, od przetwarzania próbek, przez budowę bibliotek i sekwencjonowanie, aż po analizę bioinformatyczną.
●Szeroka wiedza specjalistyczna:Odnosimy sukcesy w zakresie różnorodnych gatunków. BMKGENE oferuje ponad dekadę doświadczenia, wysoko wykwalifikowany zespół analityczny, kompleksowe treści i doskonałe wsparcie posprzedażowe.
Specyfikacje usług
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane wyjściowe | Kontrola jakości |
| Biblioteka strawiona MspI i potraktowana bisulfitem | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Konwersja bisulfitu > 99% Wydajność cięcia MspI > 95% |
Przykładowe wymagania
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (µg) |
| |
| DNA genomowe | ≥ 30 | ≥ 1 | Ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie |
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Analiza BI obejmuje:
● Kontrola jakości sekwencjonowania surowego;
● Mapowanie do genomu referencyjnego;
● Wykrywanie metylowanych zasad 5mC i identyfikacja motywu;
● Analiza rozkładu metylacji i porównanie próbek;
● Analiza regionów różnicowo metylowanych (DMR);
● Adnotacja funkcjonalna genów związanych z DMR.
Kontrola jakości: wydajność trawienia (w mapowaniu genomu)
Kontrola jakości: konwersja bisulfitowa (w ekstrakcji informacji metylacyjnych)
Mapa metylacji: rozkład metylacji 5mC w całym genomie
Porównanie próbek: Analiza głównych składowych
Analiza regionów różnicowo metylowanych (DMR): mapa cieplna
Zapoznaj się z postępem badań naukowych, jakie umożliwiły usługi sekwencjonowania bisulfitowego całego genomu firmy BMKGene, poprzez starannie dobrany zbiór publikacji.
Li, Z. i in. (2022) „Wysokiej jakości reprogramowanie komórek typu Leydiga poprzez aktywację CRISPR i czynniki parakrynowe”,Nexus PNAS, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. i in. (2023) „Analiza metylacji DNA w całym genomie w kontekście składu ciała u chińskich bliźniaków jednojajowych”,Europejskie czasopismo badań klinicznych, 53(11), s. 1. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. i in. (2022) „Metylacja DNA i stosunek obwodu talii do obwodu bioder: badanie asocjacji w całym epigenomie u chińskich bliźniąt jednojajowych”,Czasopismo Badań Endokrynologicznych, 45(12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
