-
Sekwencjonowanie metagenomiczne -NGS
Metagenom to zbiór całkowitego materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, na przykład metagenomów środowiskowych i ludzkich. Zawiera genomy zarówno mikroorganizmów, które można hodować, jak i tych, których nie można hodować. Sekwencjonowanie metagenomiczne metodą shotgun za pomocą NGS umożliwia badanie tych skomplikowanych krajobrazów genomowych osadzonych w próbkach środowiskowych, zapewniając coś więcej niż tylko profilowanie taksonomiczne, dając również szczegółowy wgląd w różnorodność gatunków, dynamikę liczebności i złożone struktury populacji. Oprócz badań taksonomicznych metagenomika typu shotgun oferuje również perspektywę genomiki funkcjonalnej, umożliwiając badanie zakodowanych genów i ich domniemanej roli w procesach ekologicznych. Wreszcie ustanowienie sieci korelacji między elementami genetycznymi a czynnikami środowiskowymi przyczynia się do całościowego zrozumienia skomplikowanych wzajemnych zależności między zbiorowiskami drobnoustrojów a ich pochodzeniem ekologicznym. Podsumowując, sekwencjonowanie metagenomiczne stanowi kluczowy instrument umożliwiający rozwikłanie zawiłości genomicznych różnorodnych społeczności drobnoustrojów, rzucając światło na wieloaspektowe relacje między genetyką i ekologią w tych złożonych ekosystemach.
Platformy: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7
-
Sekwencjonowanie metagenomiczne – TGS
Metagenom to zbiór materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, takich jak metagenomy środowiskowe i ludzkie. Zawiera genomy zarówno mikroorganizmów, które można hodować, jak i tych, których nie można hodować. Sekwencjonowanie metagenomiczne umożliwia badanie tych skomplikowanych krajobrazów genomicznych osadzonych w próbkach ekologicznych, zapewniając coś więcej niż tylko profilowanie taksonomiczne. Oferuje także perspektywę genomiki funkcjonalnej poprzez badanie zakodowanych genów i ich domniemanej roli w procesach środowiskowych. Podczas gdy tradycyjne podejście typu shotgun z sekwencjonowaniem Illumina było szeroko stosowane w badaniach metagenomicznych, pojawienie się sekwencjonowania o długim odczycie Nanopore i PacBio zmieniło tę dziedzinę. Technologie Nanopore i PacBio usprawniają dalsze analizy bioinformatyczne, zwłaszcza składanie metagenomu, zapewniając bardziej ciągłe składanie. Raporty wskazują, że metagenomika oparta na Nanopore i PacBio z powodzeniem wygenerowała kompletne i zamknięte genomy bakteryjne ze złożonych mikrobiomów (Moss, EL i in., Nature Biotech, 2020). Integracja odczytów Nanopore z odczytami Illumina zapewnia strategiczne podejście do korekcji błędów, łagodząc nieodłączną niską dokładność Nanopore. To synergiczne połączenie wykorzystuje mocne strony każdej platformy sekwencjonowania, oferując solidne rozwiązanie umożliwiające pokonanie potencjalnych ograniczeń oraz zwiększenie precyzji i wiarygodności analiz metagenomicznych.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia i PacBio Revio
-
Sekwencjonowanie amplikonu 16S/18S/ITS – PacBio
Geny 16S i 18S rRNA wraz z regionem Internal Transcribed Spacer (ITS) służą jako kluczowe markery molekularnego odcisku palca ze względu na kombinację wysoce konserwatywnych i hiperzmiennych regionów, co czyni je nieocenionymi narzędziami do charakteryzowania organizmów prokariotycznych i eukariotycznych. Amplifikacja i sekwencjonowanie tych regionów zapewnia podejście niewymagające izolacji do badania składu i różnorodności drobnoustrojów w różnych ekosystemach. Chociaż sekwencjonowanie Illumina zazwyczaj celuje w krótkie regiony hiperzmienne, takie jak V3-V4 z 16S i ITS1, wykazano, że lepszą adnotację taksonomiczną można osiągnąć poprzez sekwencjonowanie pełnej długości 16S, 18S i ITS. To kompleksowe podejście skutkuje wyższym odsetkiem dokładnie sklasyfikowanych sekwencji, osiągając poziom rozdzielczości, który rozciąga się na identyfikację gatunku. Platforma sekwencjonowania pojedynczych cząsteczek w czasie rzeczywistym (SMRT) firmy PacBio wyróżnia się zapewnianiem bardzo dokładnych długich odczytów (HiFi), które obejmują amplikony pełnej długości, dorównując precyzją sekwencjonowania Illumina. Możliwość ta pozwala naukowcom osiągnąć niezrównaną przewagę — panoramiczny widok na krajobraz genetyczny. Rozszerzony zasięg znacznie zwiększa rozdzielczość adnotacji gatunków, szczególnie w obrębie zbiorowisk bakterii lub grzybów, umożliwiając głębsze zrozumienie zawiłości populacji drobnoustrojów.
-
Sekwencjonowanie amplikonu 16S/18S/ITS-NGS
Sekwencjonowanie amplikonu przy użyciu technologii Illumina, w szczególności ukierunkowanej na markery genetyczne 16S, 18S i ITS, to skuteczna metoda odkrywania filogenezy, taksonomii i liczebności gatunków w społecznościach drobnoustrojów. Podejście to obejmuje sekwencjonowanie hiperzmiennych regionów markerów genetycznych metabolizmu podstawowego. Pierwotnie wprowadzony jako molekularny odcisk palca przezWoeses i inw 1977 r. technika ta zrewolucjonizowała profilowanie mikrobiomów, umożliwiając analizy bez izolacji. Dzięki sekwencjonowaniu 16S (bakterie), 18S (grzyby) i wewnętrznego transkrybowanego odstępnika (ITS, grzyby) badacze mogą zidentyfikować nie tylko gatunki występujące powszechnie, ale także rzadkie i niezidentyfikowane. Powszechnie przyjęte jako kluczowe narzędzie, sekwencjonowanie amplikonów stało się instrumentalne w rozpoznawaniu zróżnicowanego składu drobnoustrojów w różnych środowiskach, w tym w ludzkiej jamie ustnej, jelitach, stolcu i poza nim.
-
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu bakterii i grzybów
Projekty ponownego sekwencjonowania całego genomu bakterii i grzybów mają kluczowe znaczenie dla postępu w genomice drobnoustrojów, umożliwiając uzupełnienie i porównanie genomów drobnoustrojów. Ułatwia to inżynierię fermentacji, optymalizację procesów przemysłowych i badanie szlaków metabolizmu wtórnego. Co więcej, ponowne sekwencjonowanie grzybów i bakterii ma kluczowe znaczenie dla zrozumienia adaptacji środowiskowej, optymalizacji szczepów i ujawnienia dynamiki ewolucji genetycznej, co ma szerokie implikacje w medycynie, rolnictwie i naukach o środowisku.
-
Sekwencjonowanie prokariotycznego RNA
Sekwencjonowanie RNA umożliwia kompleksowe profilowanie wszystkich transkryptów RNA w komórkach w określonych warunkach. Ta najnowocześniejsza technologia stanowi potężne narzędzie, ujawniające skomplikowane profile ekspresji genów, struktury genów i mechanizmy molekularne powiązane z różnorodnymi procesami biologicznymi. Powszechnie stosowane w badaniach podstawowych, diagnostyce klinicznej i opracowywaniu leków, sekwencjonowanie RNA zapewnia wgląd w zawiłości dynamiki komórkowej i regulacji genetycznej. Nasze przetwarzanie próbek prokariotycznego RNA jest dostosowane do transkryptomów prokariotycznych, obejmujące wyczerpywanie rRNA i kierunkowe przygotowanie biblioteki.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekwencjonowanie metatranskryptomu
Wykorzystując technologię sekwencjonowania Illumina, usługa sekwencjonowania metatranskryptomu BMKGENE ujawnia dynamiczną ekspresję genów różnorodnego zestawu drobnoustrojów, od eukariontów po prokarioty i wirusy, w środowiskach naturalnych, takich jak gleba, woda, morze, odchody i jelita. Nasza kompleksowa usługa umożliwia badaczom zagłębianie się w kompletne profile ekspresji genów złożonych społeczności drobnoustrojów. Oprócz analizy taksonomicznej nasza usługa sekwencjonowania metatranskryptomów ułatwia badanie wzbogacenia funkcjonalnego, rzucając światło na geny o zróżnicowanej ekspresji i ich role. Odkryj bogactwo spostrzeżeń biologicznych, poruszając się po złożonych krajobrazach ekspresji genów, różnorodności taksonomicznej i dynamiki funkcjonalnej w tych różnorodnych niszach środowiskowych.
-
Zgromadzenie genomu grzyba de novo
BMKGENE oferuje wszechstronne rozwiązania w zakresie genomów grzybów, zaspokajając różnorodne potrzeby badawcze i pożądaną kompletność genomu. Wykorzystanie samego sekwencjonowania Illumina z krótkim odczytem umożliwia wygenerowanie szkicu genomu. Sekwencjonowanie z krótkim i długim odczytem przy użyciu Nanopore lub Pacbio łączy się w celu uzyskania bardziej dopracowanego genomu grzyba z dłuższymi kontigami. Co więcej, integracja sekwencjonowania Hi-C jeszcze bardziej zwiększa możliwości, umożliwiając uzyskanie kompletnego genomu na poziomie chromosomu.
-
Zgromadzenie genomu bakteryjnego de novo
Świadczymy pełną usługę składania genomu bakterii, gwarantując 0 przerw. Jest to możliwe dzięki integracji technologii sekwencjonowania o długim odczycie, takich jak Nanopore i PacBio do składania oraz sekwencjonowania krótkiego odczytu z Illumina do sprawdzania poprawności montażu i korekcji błędów odczytów ONT. Nasza usługa zapewnia pełny przepływ pracy bioinformatycznej, począwszy od montażu, adnotacji funkcjonalnej i zaawansowanej analizy bioinformatycznej, spełniając określone cele badawcze. Usługa ta umożliwia opracowanie precyzyjnych genomów referencyjnych do różnych badań genetycznych i genomicznych. Ponadto stanowi podstawę do zastosowań takich jak optymalizacja szczepów, inżynieria genetyczna i rozwój technologii mikrobiologicznych, zapewniając wiarygodne i pozbawione luk dane genomiczne, kluczowe dla pogłębiania wiedzy naukowej i innowacji biotechnologicznych.
