Sekwencjonowanie amplikonów (16S/18S/ITS)

Sekwencjonowanie amplikonów (16S/18S/ITS) z wykorzystaniem systemu Illumina to metoda analizy różnorodności mikroorganizmów polegająca na identyfikacji profili mikroorganizmów na podstawie ich sekwencji, a następnie próbie rozszyfrowania bogactwa i różnorodności społeczności w obrębie każdej próbki i między próbkami. Proces BMKCloud Amplicon (NGS) umożliwia analizę genów 16S, 18S, ITS i wielu genów funkcjonalnych. Rozpoczyna się od przycinania odczytów, montażu odczytów w parach i oceny jakości, a następnie następuje klasteryzacja podobnych odczytów w celu wygenerowania operacyjnych jednostek taksonomicznych (OTU) wykorzystywanych w sześciu różnych sekcjach analizy. Adnotacje taksonomiczne dostarczają informacji o względnej liczebności i składzie każdej próbki, podczas gdy analizy różnorodności alfa i beta koncentrują się odpowiednio na różnorodności mikroorganizmów w obrębie próbek i między nimi. Analiza różnicowa między grupami pozwala na znalezienie jednostek OTU różniących się za pomocą testów parametrycznych i nieparametrycznych, natomiast analiza korelacyjna odnosi te różnice do czynników środowiskowych. Na koniec, na podstawie obfitości genu markerowego, prognozuje się liczebność genu funkcjonalnego, co pozwala na uzyskanie informacji na temat funkcji i ekologii w każdej próbce.