Metagenomika (NGS)

Metagenomika typu shotgun z Illumina to popularne narzędzie do badania mikrobiomów poprzez bezpośrednie sekwencjonowanie DNA ze złożonych próbek, umożliwiające badanie zarówno różnorodności taksonomicznej, jak i funkcjonalnej. Proces metagenomiczny BMKCloud (NGS) rozpoczyna się od kontroli jakości i montażu metagenomu, na podstawie którego geny są przewidywane i grupowane w niepowtarzające się zbiory danych, które są adnotowane pod kątem funkcji i taksonomii z wykorzystaniem wielu baz danych. Informacje te służą do analizy różnorodności taksonomicznej w obrębie próbki (różnorodność alfa) i między próbkami (różnorodność beta). Analiza różnicowa między grupami pozwala na znalezienie jednostek OTU i funkcji biologicznych, które różnią się między obiema grupami, za pomocą testów parametrycznych i nieparametrycznych, natomiast analiza korelacyjna odnosi te różnice do czynników środowiskowych.