-
Analiza asocjacyjna całego genomu
Badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS) ma na celu identyfikację wariantów genetycznych (genotypów), które są związane z określonymi cechami (fenotypem).Badanie GWAS bada markery genetyczne w całym genomie dużej liczby osobników i przewiduje powiązania genotyp-fenotyp za pomocą analizy statystycznej na poziomie populacji.Znajduje szerokie zastosowanie w badaniach nad chorobami człowieka i eksploracji genów funkcjonalnych na temat złożonych cech zwierząt lub roślin.
-
Sekwencjonowanie jednojądrowego RNA
Postęp w przechwytywaniu pojedynczych komórek i technice tworzenia indywidualnych bibliotek w połączeniu z wysokoprzepustowym sekwencjonowaniem umożliwia badanie ekspresji genów na zasadzie komórka po komórce.Umożliwia głębszą i kompletną analizę systemu na złożonych populacjach komórek, w których w dużym stopniu unika się maskowania ich heterogeniczności poprzez uśrednianie wszystkich komórek.
Jednak niektóre komórki nie nadają się do przygotowania zawiesiny pojedynczych komórek, dlatego potrzebne są inne metody przygotowania próbki – ekstrakcja jądra z tkanek, to znaczy jądro jest bezpośrednio ekstrahowane z tkanek lub komórki i przygotowane do postaci zawiesiny pojedynczego jądra do pojedynczego- sekwencjonowanie komórek.
BMK zapewnia 10-krotną usługę sekwencjonowania jednokomórkowego RNA opartą na Genomics ChromiumTM.Ta usługa jest szeroko stosowana w badaniach związanych z chorobami, takimi jak różnicowanie komórek odpornościowych, heterogeniczność guza, rozwój tkanek itp.
Przestrzenny chip transkryptomu: 10× Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Sekwencjonowanie całego genomu roślin/zwierząt
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu, znane również jako WGS, umożliwia ujawnienie zarówno powszechnych, jak i rzadkich mutacji w całym genomie, w tym polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), usunięcia insercji (InDel), zmienności struktury (SV) i zmienności liczby kopii (CNV) ).SV stanowią większą część bazy zmienności niż SNP i mają większy wpływ na genom, co ma znaczący wpływ na żywe organizmy.Ponowne sekwencjonowanie długich odczytów pozwala na dokładniejszą identyfikację dużych fragmentów i skomplikowanych odmian, ponieważ długie odczyty znacznie ułatwiają krzyżowanie chromosomów w skomplikowanych regionach, takich jak powtórzenia tandemowe, regiony bogate w GC / AT i regiony hiperzmienne.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transkryptom przestrzenny BMKMANU S1000
Przestrzenna organizacja komórek odgrywa istotną rolę w różnych procesach biologicznych, takich jak infiltracja immunologiczna, rozwój zarodka itp. Przestrzenne sekwencjonowanie transkryptomu, które wskazuje profilowanie ekspresji genów przy jednoczesnym zachowaniu informacji o pozycji przestrzennej, dostarczyło doskonałych informacji na temat architektury tkanki na poziomie transkryptomu.Wraz z rozwojem technologii ultraczysta morfologia tkanki i rzeczywiste różnice strukturalne przestrzennej ekspresji molekularnej muszą być badane z wyższą rozdzielczością.BMKGENE zapewnia kompleksową, kompleksową usługę sekwencjonowania przestrzennego transkryptomu, od próbek po informacje biologiczne.
Technologie transkryptomiki przestrzennej umożliwiły nowe perspektywy w różnych obszarach badawczych, rozwiązując profil ekspresji genów z zawartością przestrzenną w heterogenicznych próbkach.
Chip transkryptomu przestrzennego: BMKMANU S1000
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Transkryptom przestrzenny Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression to popularna technologia sekwencjonowania przestrzennego transkryptomu służąca do klasyfikacji tkanek na podstawie całkowitego mRNA.Zmapuj cały transkryptom z kontekstem morfologicznym, aby odkryć nowe spojrzenie na prawidłowy rozwój, patologię choroby i kliniczne badania translacyjne.BMKGENE zapewnia kompleksową, kompleksową usługę sekwencjonowania przestrzennego transkryptomu, od próbek po informacje biologiczne.
Technologie transkryptomiki przestrzennej umożliwiły nowe perspektywy w różnych obszarach badawczych poprzez rozwiązanie profilu ekspresji genów z zawartością przestrzenną w heterogenicznych próbkach.
Przestrzenny czip transkryptomu: 10x Genomics Visium
Platforma:Illumina Nova Seq 6000
-
Pełnej długości sekwencjonowanie mRNA - Nanopore
Sekwencjonowanie RNA było nieocenionym narzędziem do kompleksowej analizy transkryptomu.Bez wątpienia tradycyjne sekwencjonowanie krótkich odczytów osiągnęło tutaj wiele ważnych zmian.Niemniej jednak często napotyka ograniczenia w identyfikacji izoform pełnej długości, kwantyfikacji, odchyleniu PCR.
Sekwencjonowanie Nanopore odróżnia się od innych platform sekwencjonowania tym, że nukleotydy są odczytywane bezpośrednio bez syntezy DNA i generują długi odczyt przy dziesiątkach kilozasad.Umożliwia to bezpośrednie odczytywanie transkryptów pełnej długości i stawianie czoła wyzwaniom w badaniach na poziomie izoform.
Platforma：Nanopore PromethION
Biblioteka:PCR cDNA
-
Sekwencjonowanie mRNA pełnej długości - PacBio
Od nowasekwencjonowanie transkryptomu pełnej długości, znane również jakoOd nowaIso-Seq wykorzystuje zalety sekwencera PacBio w długości odczytu, co umożliwia sekwencjonowanie cząsteczek cDNA pełnej długości bez żadnych przerw.Pozwala to całkowicie uniknąć błędów generowanych w krokach składania transkrypcji i konstruuje zestawy unigene z rozdzielczością na poziomie izoform.Ten zestaw unigene dostarcza potężnych informacji genetycznych jako „genom referencyjny” na poziomie transkryptomu.Ponadto, w połączeniu z danymi sekwencjonowania nowej generacji, usługa ta umożliwia dokładną ocenę ilościową ekspresji na poziomie izoform.
Platforma: PacBio Sequel IIBiblioteka: biblioteka dzwonków SMRT -
Sekwencjonowanie eukariotycznego mRNA - Illumina
Sekwencjonowanie mRNA umożliwia profilowanie wszystkich mRNA transkryptowanych z komórek w określonych warunkach.Jest to potężna technologia do ujawniania profilu ekspresji genów, struktur genów i mechanizmów molekularnych niektórych procesów biologicznych.Do tej pory sekwencjonowanie mRNA było szeroko stosowane w badaniach podstawowych, diagnostyce klinicznej, opracowywaniu leków itp.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Niereferencyjne sekwencjonowanie mRNA - Illumina
Sekwencjonowanie mRNA wykorzystuje technikę sekwencjonowania nowej generacji (NGS) do wychwytywania informacyjnego RNA (mRNA) z Eukariota w określonym okresie, w którym aktywowane są niektóre funkcje specjalne.Najdłuższy złożony transkrypt został nazwany „Unigene” i wykorzystany jako sekwencja odniesienia do późniejszej analizy, co jest skutecznym sposobem badania mechanizmu molekularnego i sieci regulacyjnej gatunku bez odniesienia.
Po złożeniu danych transkryptomu i adnotacji funkcjonalnej unigene
(1) Przeprowadzona zostanie analiza SSR, przewidywanie CDS i struktura genów.
(2) Zostanie przeprowadzona ocena ilościowa ekspresji unigenu w każdej próbce.
(3) Różne ekspresje unigenów między próbkami (lub grupami) zostaną odkryte na podstawie ekspresji unigenu
(4) Przeprowadzona zostanie klastrowanie, adnotacja funkcjonalna i analiza wzbogacenia różnie wyrażanych unigenów
-
Długie niekodujące sekwencjonowanie - Illumina
Długie niekodujące RNA (lncRNA) to rodzaj cząsteczek RNA o długości przekraczającej 200 nt, które charakteryzują się wyjątkowo niskim potencjałem kodowania.LncRNA, jako kluczowy element niekodujących RNA, występuje głównie w jądrze i osoczu.Rozwój technologii sekwencjonowania i bioinformatyki umożliwia identyfikację wielu nowych lncRNA i powiązanie ich z funkcjami biologicznymi.Zgromadzone dowody sugerują, że lncRNA jest szeroko zaangażowany w regulację epigenetyczną, regulację transkrypcji i regulację potranskrypcyjną.
