Mapa ciepła
Plik danych macierzy służy do rysowania mapy cieplnej, która może filtrować, normalizować i grupować dane macierzy.Stosowany jest głównie do analizy skupień poziomu ekspresji genów pomiędzy różnymi próbkami.
Adnotacja genowa
Adnotacja funkcji genu odbywa się poprzez mapowanie sekwencji w pliku FASTA na różne bazy danych.
Adnotacja genowa
Podstawowe narzędzie do wyszukiwania lokalnych linii trasowania
CDS_UTR_Prediction
Narzędzie to zostało zaprojektowane do przewidywania regionów kodujących (CDS) i regionów niekodujących (UTR) w danych sekwencjach transkryptów w oparciu o porównanie ze znaną bazą danych białek i przewidywanie ORF.
Działka na Manhattanie
Wykres Manhattan umożliwia wyświetlanie danych z dużą liczbą punktów danych.Jest powszechnie stosowany w badaniach asocjacyjnych całego genomu (GWAS).
cyrki
Diagram CIRCOS umożliwia bezpośrednią prezentację rozkładów SNP, InDeL, SV, CNV na genomie.
GO_Wzbogacanie
TopGO to narzędzie przeznaczone do wzbogacania funkcjonalności.Pakiet TopGO-Bioconductor obejmuje analizę ekspresji różnicowej, analizę wzbogacania GO i wizualizację wyników.Wygeneruje folder z danymi wyjściowymi o nazwie „Wykres”, który będzie zawierał wyniki dla topGO_BP, topGO_CC i topGO_MF.
WGCNA
WGCNA to powszechnie stosowana metoda eksploracji danych służąca do odkrywania modułów koekspresji genów.Ma zastosowanie do różnych zbiorów danych dotyczących ekspresji, w tym danych z mikromacierzy i danych dotyczących ekspresji genów pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji.
InterProScan
Analiza i klasyfikacja sekwencji białek InterPro
GO_KEGG_wzbogacanie
To narzędzie służy do generowania histogramu wzbogacania GO, histogramu wzbogacania KEGG i ścieżki wzbogacania KEGG w oparciu o dostarczony zestaw genów i odpowiednią adnotację.