Mapa cieplna
Narzędzie Heatmap przyjmuje jako dane wejściowe plik danych macierzowych i umożliwia użytkownikom filtrowanie, normalizację i klastrowanie danych. Głównym zastosowaniem map cieplnych jest analiza klastrowa poziomu ekspresji genów w różnych próbkach.
Adnotacja genu
Narzędzie Gene Annotation umożliwia adnotację genów na podstawie porównania sekwencji plików wejściowych FASTA z różnymi bazami danych.
Podstawowe narzędzie do wyszukiwania dopasowań lokalnych (BLAST)
Narzędzie BLAST jest zintegrowaną z usługą BMKCloud wersją NCBI BLAST i może być używane do wykonywania tych samych funkcji przy użyciu danych przesłanych na konto BMKCloud.
Prognoza CDS_UTR
Narzędzie do przewidywania CDS_UTR służy do przewidywania regionów kodujących (CDS) i regionów niekodujących (UTR) w danych sekwencjach transkryptów na podstawie wyników BLAST w oparciu o znane bazy danych białek i wyniki przewidywania ORF.
Działka na Manhattanie
Narzędzie Manhattan Plot umożliwia prezentację eksperymentów obejmujących dużą liczbę próbek i jest powszechnie stosowane w badaniach asocjacyjnych całego genomu (GWAS).
Diagram cyrkowy
Narzędzie CIRCOS Diagram zapewnia efektywną wizualizację rozmieszczenia cech genomowych w genomie. Do typowych cech należą loci ilościowe, polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP), warianty InDels, warianty strukturalne i warianty liczby kopii.
Wzbogacanie ontologii genów (GO)
Narzędzie GO Enrichment umożliwia analizę wzbogacania funkcjonalnego. Podstawowym oprogramowaniem w tym narzędziu jest pakiet TopGO-Bioconductor, który obejmuje analizę ekspresji różnicowej, analizę wzbogacania GO oraz wizualizację wyników.
Analiza sieci ważonej ekspresji genów (WGCNA)
WGCNA to powszechnie stosowana metoda eksploracji danych służąca do odkrywania modułów koekspresji genów. Ma zastosowanie do różnych zbiorów danych dotyczących ekspresji, w tym danych z mikromacierzy i NGS.
InterProScan
Narzędzie InterProScan umożliwia analizę i klasyfikację sekwencji białek InterPro.
GO KEGG Enrichment
Narzędzie GO KEGG Enrichment służy do generowania histogramu wzbogacania GO, histogramu wzbogacania KEGG i ścieżki wzbogacania KEGG na podstawie dostarczonego zestawu genów i odpowiedniej adnotacji.