Sekwencjonowanie metagenomiczne-TGS
Metagenom to zbiór materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, takich jak metagenomy środowiskowe i ludzkie. Zawiera on genomy zarówno mikroorganizmów hodowlanych, jak i niehodowlanych. Sekwencjonowanie metagenomiczne umożliwia badanie tych złożonych krajobrazów genomicznych osadzonych w próbkach ekologicznych, oferując coś więcej niż tylko profilowanie taksonomiczne. Oferuje również perspektywę genomiki funkcjonalnej, badając kodowane geny i ich potencjalną rolę w procesach środowiskowych. Podczas gdy tradycyjne metody sekwencjonowania typu shotgun z wykorzystaniem Illumina były szeroko stosowane w badaniach metagenomicznych, pojawienie się sekwencjonowania długich odczytów Nanopore i PacBio zmieniło tę dziedzinę. Technologia Nanopore i PacBio usprawnia dalsze analizy bioinformatyczne, w szczególności montaż metagenomu, zapewniając bardziej ciągłą sekwencję. Raporty wskazują, że metagenomika oparta na Nanopore i PacBio z powodzeniem wygenerowała kompletne i zamknięte genomy bakteryjne ze złożonych mikrobiomów (Moss, EL i in., Nature Biotech, 2020). Integracja odczytów Nanopore z odczytami Illumina zapewnia strategiczne podejście do korekcji błędów, niwelując inherentną niską dokładność Nanopore. To synergistyczne połączenie wykorzystuje mocne strony obu platform sekwencjonowania, oferując solidne rozwiązanie pozwalające pokonać potencjalne ograniczenia oraz zwiększyć precyzję i niezawodność analiz metagenomicznych.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia i PacBio Revio
Funkcje usługi
● Sekwencjonowanie długich odczytów na Nanopore P48 (biblioteka 10 KB); PacBio Revio (biblioteka 8 KB)
● Korekcja błędów: sekwencjonowanie na Illumina NovaSeq (biblioteka PE150)
Zalety usługi
●Wysokiej jakości montaż metagenomu:Z mniejszą liczbą kontigów, które charakteryzują się większą ciągłością.
●Wyższa dokładność:Identyfikacja gatunków i przewidywanie funkcjonalności genów.
●Ulepszony montaż:Ułatwianie izolacji genomu bakteryjnego i porównawczej analizy metagenomu.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:Nasza analiza koncentruje się nie tylko na różnorodności taksonomicznej, ale również na różnorodności funkcjonalnej społeczności.
●Bogate doświadczenie:Nasz zespół wnosi do każdego projektu ogromne doświadczenie. Możemy pochwalić się udanym zakończeniem wielu projektów metagenomicznych w różnych dziedzinach badań i przetworzeniem ponad 200 000 próbek. Nasz zespół wnosi do każdego projektu ogromne doświadczenie.
Specyfikacje usług
| Platforma sekwencjonowania | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 GB |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 GB |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 GB |
Przykładowe wymagania
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (µg) | Objętość (µL) | |
| Biblioteka Illumina PE150 | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Biblioteka Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Biblioteka PacBio 8 kb | ≥50 | 10 µg/komórkę | ≥20 |
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych sekwencjonowania
● Składanie metagenomu i przewidywanie genów
● Adnotacja genów
● Analiza różnorodności taksonomicznej alfa
● Analiza funkcjonalna społeczności: funkcja biologiczna, metabolizm, oporność na antybiotyki
● Analiza różnorodności funkcjonalnej i taksonomicznej:
Analiza różnorodności beta
Analiza międzygrupowa
Analiza korelacji: między czynnikami środowiskowymi a składem i różnorodnością OUT
Nieredundantna dystrybucja zestawów genów:
Adnotacja genu: szlak KEGG
Adnotacja genu: eggNOG
Adnotacja genu: węglowodany CAZY
Sieć korelacji gatunków:
Poznaj postępy osiągnięte dzięki usłudze sekwencjonowania metagenomicznego firmy BMKGene z wykorzystaniem technologii Nanopore + Illumina w tej wyróżnionej publikacji:
Jin, H. i in. (2023) „Wysokiej jakości kompendium genomu mikrobiomu jelit ludzkich mieszkańców Mongolii Wewnętrznej”, Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), s. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
