Sekwencjonowanie Metagenomiczne (NGS)
Zalety usług
ØBez izolacji i uprawy do profilowania społeczności drobnoustrojów
ØWysoka rozdzielczość w wykrywaniu gatunków o niskiej liczebności w próbkach środowiskowych
ØIdea „meta-” integruje wszystkie cechy biologiczne na poziomie funkcjonalnym, gatunkowym i genetycznym, co odzwierciedla dynamiczny pogląd, który jest bliższy rzeczywistości.
ØBMK gromadzi ogromne doświadczenie w różnych typach próbek z przetworzonymi ponad 10 000 próbek.
Specyfikacje usług
| SekwencjonowaniePlatforma | Biblioteka | Zalecana wydajność danych | Szacowany czas realizacji |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Tagi 50K/100K/300K | 30 dni |
Analizy bioinformatyczne
üKontrola jakości surowych danych
üZespół metagenomu
üNienadmiarowy zestaw genów i adnotacja
üAnaliza różnorodności gatunkowej
üAnaliza różnorodności funkcji genetycznych
üAnaliza międzygrupowa
üAnaliza asocjacji wobec czynników eksperymentalnych
Przykładowe wymagania i dostawa
Przykładowe wymagania:
DoEkstrakty DNA:
| Typ próbki | Ilość | Stężenie | Czystość |
| Ekstrakty DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Dla próbek środowiskowych:
| Typ próbki | Zalecana procedura pobierania próbek |
| Gleba | Próbka: ok.5g;Pozostałą zwiędłą substancję należy usunąć z powierzchni;Zmiel duże kawałki i przepuść przez filtr 2 mm;Podwielokrotność próbek w sterylnej probówce EP lub cyroprobówce do rezerwacji. |
| Kał | Wielkość próbki: ok.5g;Pobrać i podzielić próbki do sterylnej probówki EP lub krioprobówki w celu rezerwacji. |
| Treść jelitowa | Próbki należy przetwarzać w warunkach aseptycznych.Pobraną tkankę przemyć PBS;Odwirować PBS i zebrać osad do probówek EP. |
| Osad | Wielkość próbki: ok.5g;Pobrać i podzielić próbkę szlamu do sterylnej probówki EP lub krioprobówki w celu rezerwacji |
| Zbiornik wodny | W przypadku próbki o ograniczonej ilości drobnoustrojów, takiej jak woda z kranu, woda ze studni itp., Zbierz co najmniej 1 litr wody i przepuść przez filtr 0,22 μm w celu wzbogacenia drobnoustrojów na membranie.Przechowuj membranę w sterylnej probówce. |
| Skóra | Ostrożnie zeskrob powierzchnię skóry sterylnym wacikiem lub ostrzem chirurgicznym i umieść w sterylnej probówce. |
Zalecana dostawa próbek
Zamrozić próbki w ciekłym azocie na 3-4 godziny i przechowywać w ciekłym azocie lub -80 stopni do długoterminowej rezerwacji.Wymagana jest wysyłka próbki z suchym lodem.
Przebieg prac serwisowych
Przykładowa dostawa
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
1.Histogram: rozmieszczenie gatunków
2. Funkcjonalne geny przypisane do szlaków metabolicznych KEGG
3. Mapa cieplna: funkcje różnicowe na podstawie względnej liczebności genów
4. Cyrko genów oporności na antybiotyki CARD
Sprawa BMK
Występowanie genów oporności na antybiotyki i patogenów bakteryjnych wzdłuż kontinuum glebowo-namorzynowego
Opublikowany:Dziennik materiałów niebezpiecznych, 2021
Strategia sekwencjonowania:
Materiały: Ekstrakty DNA z czterech fragmentów próbek związanych z korzeniem mangrowca: nieposadzonej gleby, ryzosfery, episfery i przedziałów endosfery
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Cele: Metagenom
Region V3-V4 genu 16S rRNA
Kluczowe wyniki
Przetworzono sekwencjonowanie metagenomiczne i profilowanie metabarkodowania na kontinuum glebowo-korzeniowym sadzonek mangrowych w celu zbadania rozprzestrzeniania się genów oporności na antybiotyki (ARG) z gleby do roślin.Dane metagenomiczne wykazały, że 91,4% genów oporności na antybiotyki było powszechnie identyfikowanych we wszystkich czterech wspomnianych powyżej przedziałach gleby, co wykazywało ciągły trend.Sekwencjonowanie amplikonu 16S rRNA wygenerowało 29 285 sekwencji, reprezentujących 346 gatunków.W połączeniu z profilowaniem gatunkowym za pomocą sekwencjonowania amplikonów stwierdzono, że rozpowszechnianie to jest niezależne od mikroflory związanej z korzeniami, jednak może być ułatwione przez ruchliwość elementów genetycznych.W ramach tego badania zidentyfikowano przepływ ARG i patogenów z gleby do roślin przez połączone kontinuum gleba-korzenia.
Odniesienie
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. i Shu, L.(2020).Występowanie genów oporności na antybiotyki i patogenów bakteryjnych w kontinuum glebowo-korzeniowych korzeni mangrowych.Dziennik materiałów niebezpiecznych, 408, 124985.
