BMKCloud Log in
Baner-03

Produkty

Sekwencjonowanie metagenomiczne -NGS

Metagenom odnosi się do zbioru całkowitego materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, takiego jak metagenom środowiskowy, metagenom ludzki itp. Zawiera genomy zarówno mikroorganizmów, które można hodować, jak i nie.Sekwencjonowanie metagenomiczne to narzędzie molekularne stosowane do analizy mieszanych materiałów genomowych ekstrahowanych z próbek środowiskowych, które dostarcza szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, powiązań filogenetycznych, genów funkcjonalnych i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi.

Platforma:Platforma Illumina NovaSeq


Szczegóły usługi

Wyniki demonstracyjne

Studium przypadku

Zalety serwisu

● Brak izolacji i hodowli w celu profilowania społeczności drobnoustrojów

● Wysoka rozdzielczość w wykrywaniu gatunków o niskiej liczebności w próbkach środowiskowych

● Idea „meta-” integruje wszystkie cechy biologiczne na poziomie funkcjonalnym, poziomie gatunku i poziomie genu, co odzwierciedla dynamiczne spojrzenie bliższe rzeczywistości.

● BMK gromadzi ogromne doświadczenie w zakresie różnorodnych typów próbek, przetwarzając ponad 10 000 próbek.

Specyfikacje usług

 Platforma

Sekwencjonowanie

Zalecane dane

Czas realizacji

Platforma Illumina NovaSeq

PE150

6G/10G/20G

45 dni roboczych

Analizy bioinformatyczne

● Kontrola jakości surowych danych

● Składanie metagenomu

● Niezbędny zestaw genów i adnotacja

● Analiza różnorodności gatunkowej

● Analiza różnorodności funkcji genetycznych

● Analiza międzygrupowa

● Analiza asocjacyjna względem czynników eksperymentalnych

liuchengtu11

Przykładowe wymagania i dostawa

Przykładowe wymagania:

DlaEkstrakty DNA:

Typ próbki

Kwota

Stężenie

Czystość

Ekstrakty DNA

> 30 ng

> 1 ng/µl

OD260/280= 1,6-2,5

Dla próbek środowiskowych:

Typ próbki

Zalecana procedura pobierania próbek

Gleba

Ilość próbki: ok.5 g;Pozostałą zwiędłą substancję należy usunąć z powierzchni;Zmiel duże kawałki i przepuść przez filtr 2 mm;Próbki w sterylnej probówce EP lub cyrotubie do rezerwacji.

Kał

Ilość próbki: ok.5 g;Zbieraj i rozdzielaj próbki do sterylnej probówki EP lub krioprobówki w celu rezerwacji.

Treść jelitowa

Próbki należy przetwarzać w warunkach aseptycznych.Przemyć pobraną tkankę PBS;Odwirować PBS i zebrać osad do probówek EP.

Osad

Ilość próbki: ok.5 g;Zbierz i podziel na porcje próbkę osadu do sterylnej probówki EP lub krioprobówki w celu rezerwacji

Zbiornik wodny

W przypadku próbki zawierającej ograniczoną ilość drobnoustrojów, takiej jak woda z kranu, woda ze studni itp., zebrać co najmniej 1 l wody i przepuścić przez filtr 0,22 μm, aby wzbogacić mikroorganizmy na membranie.Przechowywać membranę w sterylnej probówce.

Skóra

Ostrożnie zeskrob powierzchnię skóry sterylnym wacikiem lub ostrzem chirurgicznym i umieść go w sterylnej probówce.

Zalecana dostawa próbek

Zamrozić próbki w ciekłym azocie na 3-4 godziny i przechowywać w ciekłym azocie lub w -80 stopniach z rezerwacją długoterminową.Wymagana jest wysyłka próbek z suchym lodem.

Przebieg prac serwisowych

dostawa próbek

Dostawa próbek

Przygotowanie biblioteki

Budowa biblioteki

Sekwencjonowanie

Sekwencjonowanie

Analiza danych

Analiza danych

Usługi posprzedażowe

Usługi posprzedażowe


  • Poprzedni:
  • Następny:

  • 1.Histogram: rozmieszczenie gatunków

    3

    2. Geny funkcjonalne przypisane do szlaków metabolicznych KEGG

    4

    3. Mapa cieplna: Funkcje różnicowe oparte na względnej obfitości genów54.Circos genów oporności na antybiotyki CARD

    6

    Sprawa BMK

    Występowanie genów oporności na antybiotyki i patogenów bakteryjnych wzdłuż kontinuum korzeni gleby i namorzynów

    Opublikowany:Dziennik materiałów niebezpiecznych, 2021

    Strategia sekwencjonowania:

    Materiały: Ekstrakty DNA czterech fragmentów próbek związanych z korzeniami namorzynów: gleby nieobsadzonej, ryzosfery, episfery i przedziałów endosfery
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Cele: Metagenom
    Region V3-V4 genu 16S rRNA

    Kluczowe wyniki

    Aby zbadać rozprzestrzenianie się genów oporności na antybiotyki (ARG) z gleby do roślin, przeprowadzono sekwencjonowanie metagenomiczne i profilowanie oparte na kodach kreskowych kontinuum gleba-korzeń sadzonek namorzynów.Dane metagenomiczne wykazały, że 91,4% genów oporności na antybiotyki powszechnie identyfikowano we wszystkich czterech wspomnianych powyżej przedziałach gleby, co wykazuje tendencję ciągłą.Sekwencjonowanie amplikonu 16S rRNA wygenerowało 29 285 sekwencji reprezentujących 346 gatunków.W połączeniu z profilowaniem gatunkowym poprzez sekwencjonowanie amplikonu stwierdzono, że rozprzestrzenianie się jest niezależne od mikroflory związanej z korzeniami, jednakże można je ułatwić dzięki mobilności elementów genetycznych.W badaniu tym zidentyfikowano przepływ ARG i patogenów z gleby do roślin poprzez wzajemnie połączone kontinuum gleba-korzeń.

    Odniesienie

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. i Shu, L. .(2020).Występowanie genów oporności na antybiotyki i patogenów bakteryjnych wzdłuż kontinuum korzeni gleby i namorzynów.Dziennik materiałów niebezpiecznych, 408, 124985.

    uzyskać wycenę

    Napisz tutaj swoją wiadomość i wyślij ją do nas

    Wyślij do nas wiadomość: