page_head_bg

Produkty

Sekwencjonowanie Metagenomiczne (NGS)

Metagenom odnosi się do zbioru całkowitego materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, takiej jak metagenom środowiskowy, metagenom człowieka itp. Zawiera genomy mikroorganizmów zarówno nadających się do hodowli, jak i nienadających się do uprawy.Sekwencjonowanie metagenomiczne to narzędzie molekularne wykorzystywane do analizy mieszanych materiałów genomowych wyekstrahowanych z próbek środowiskowych, które dostarcza szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, związku filogenetycznego, funkcjonalnych genów i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi.

Platforma:Illumina NovaSeq6000


Szczegóły usługi

Wyniki demonstracyjne

Studium przypadku

Zalety usług

ØBez izolacji i uprawy do profilowania społeczności drobnoustrojów

ØWysoka rozdzielczość w wykrywaniu gatunków o niskiej liczebności w próbkach środowiskowych

ØIdea „meta-” integruje wszystkie cechy biologiczne na poziomie funkcjonalnym, gatunkowym i genetycznym, co odzwierciedla dynamiczny pogląd, który jest bliższy rzeczywistości.

ØBMK gromadzi ogromne doświadczenie w różnych typach próbek z przetworzonymi ponad 10 000 próbek.

Specyfikacje usług

SekwencjonowaniePlatforma

Biblioteka

Zalecana wydajność danych

Szacowany czas realizacji

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Tagi 50K/100K/300K

30 dni

Analizy bioinformatyczne

üKontrola jakości surowych danych

üZespół metagenomu

üNienadmiarowy zestaw genów i adnotacja

üAnaliza różnorodności gatunkowej

üAnaliza różnorodności funkcji genetycznych

üAnaliza międzygrupowa

üAnaliza asocjacji wobec czynników eksperymentalnych

2

Przykładowe wymagania i dostawa

Przykładowe wymagania:

DoEkstrakty DNA:

Typ próbki

Ilość

Stężenie

Czystość

Ekstrakty DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Dla próbek środowiskowych:

Typ próbki

Zalecana procedura pobierania próbek

Gleba

Próbka: ok.5g;Pozostałą zwiędłą substancję należy usunąć z powierzchni;Zmiel duże kawałki i przepuść przez filtr 2 mm;Podwielokrotność próbek w sterylnej probówce EP lub cyroprobówce do rezerwacji.

Kał

Wielkość próbki: ok.5g;Pobrać i podzielić próbki do sterylnej probówki EP lub krioprobówki w celu rezerwacji.

Treść jelitowa

Próbki należy przetwarzać w warunkach aseptycznych.Pobraną tkankę przemyć PBS;Odwirować PBS i zebrać osad do probówek EP.

Osad

Wielkość próbki: ok.5g;Pobrać i podzielić próbkę szlamu do sterylnej probówki EP lub krioprobówki w celu rezerwacji

Zbiornik wodny

W przypadku próbki o ograniczonej ilości drobnoustrojów, takiej jak woda z kranu, woda ze studni itp., Zbierz co najmniej 1 litr wody i przepuść przez filtr 0,22 μm w celu wzbogacenia drobnoustrojów na membranie.Przechowuj membranę w sterylnej probówce.

Skóra

Ostrożnie zeskrob powierzchnię skóry sterylnym wacikiem lub ostrzem chirurgicznym i umieść w sterylnej probówce.

Zalecana dostawa próbek

Zamrozić próbki w ciekłym azocie na 3-4 godziny i przechowywać w ciekłym azocie lub -80 stopni do długoterminowej rezerwacji.Wymagana jest wysyłka próbki z suchym lodem.

Przebieg prac serwisowych

logo_02

Przykładowa dostawa

logo_04

Budowa biblioteki

logo_05

Sekwencjonowanie

logo_06

Analiza danych

logo_07

Usługi posprzedażowe


  • Poprzedni:
  • Następny:

  • 1.Histogram: rozmieszczenie gatunków

    3

    2. Funkcjonalne geny przypisane do szlaków metabolicznych KEGG

    4

    3. Mapa cieplna: funkcje różnicowe na podstawie względnej liczebności genów54. Cyrko genów oporności na antybiotyki CARD

    6

    Sprawa BMK

    Występowanie genów oporności na antybiotyki i patogenów bakteryjnych wzdłuż kontinuum glebowo-namorzynowego

    Opublikowany:Dziennik materiałów niebezpiecznych, 2021

    Strategia sekwencjonowania:

    Materiały: Ekstrakty DNA z czterech fragmentów próbek związanych z korzeniem mangrowca: nieposadzonej gleby, ryzosfery, episfery i przedziałów endosfery
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Cele: Metagenom
    Region V3-V4 genu 16S rRNA

    Kluczowe wyniki

    Przetworzono sekwencjonowanie metagenomiczne i profilowanie metabarkodowania na kontinuum glebowo-korzeniowym sadzonek mangrowych w celu zbadania rozprzestrzeniania się genów oporności na antybiotyki (ARG) z gleby do roślin.Dane metagenomiczne wykazały, że 91,4% genów oporności na antybiotyki było powszechnie identyfikowanych we wszystkich czterech wspomnianych powyżej przedziałach gleby, co wykazywało ciągły trend.Sekwencjonowanie amplikonu 16S rRNA wygenerowało 29 285 sekwencji, reprezentujących 346 gatunków.W połączeniu z profilowaniem gatunkowym za pomocą sekwencjonowania amplikonów stwierdzono, że rozpowszechnianie to jest niezależne od mikroflory związanej z korzeniami, jednak może być ułatwione przez ruchliwość elementów genetycznych.W ramach tego badania zidentyfikowano przepływ ARG i patogenów z gleby do roślin przez połączone kontinuum gleba-korzenia.

    Odniesienie

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. i Shu, L.(2020).Występowanie genów oporności na antybiotyki i patogenów bakteryjnych w kontinuum glebowo-korzeniowych korzeni mangrowych.Dziennik materiałów niebezpiecznych, 408, 124985.

    uzyskać wycenę

    Napisz tutaj swoją wiadomość i wyślij ją do nas

    Wyślij do nas wiadomość: