Sekwencjonowanie metagenomiczne - NGS
Metagenom to zbiór całego materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, takiej jak metagenomy środowiskowe i ludzkie. Zawiera on genomy zarówno mikroorganizmów hodowlanych, jak i niehodowlanych. Sekwencjonowanie metagenomiczne typu shotgun z wykorzystaniem NGS umożliwia badanie tych złożonych krajobrazów genomicznych osadzonych w próbkach środowiskowych, dostarczając nie tylko profilowania taksonomicznego, ale także szczegółowego wglądu w różnorodność gatunkową, dynamikę liczebności i złożone struktury populacji. Poza badaniami taksonomicznym, metagenomika typu shotgun oferuje również perspektywę genomiki funkcjonalnej, umożliwiając eksplorację kodowanych genów i ich potencjalnej roli w procesach ekologicznych. Wreszcie, ustanowienie sieci korelacji między elementami genetycznymi a czynnikami środowiskowymi przyczynia się do holistycznego zrozumienia zawiłości wzajemnych oddziaływań między społecznościami mikroorganizmów a ich środowiskiem ekologicznym. Podsumowując, sekwencjonowanie metagenomiczne stanowi kluczowe narzędzie do odkrywania zawiłości genomicznych różnorodnych społeczności mikroorganizmów, rzucając światło na wielopłaszczyznowe relacje między genetyką a ekologią w tych złożonych ekosystemach.
Platformy: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7
Zalety usługi
●Metoda profilowania społeczności mikrobiologicznej bez izolacji i hodowli:Umożliwienie sekwencjonowania materiału genetycznego z organizmów nieuprawialnych.
●Wysoka rozdzielczość:Wykrywanie gatunków o małej liczebności w próbkach środowiskowych.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:Skupiamy się nie tylko na różnorodności taksonomicznej, ale także na różnorodności funkcjonalnej społeczności.
●Bogate doświadczenie:Mając na koncie udane zakończenie wielu projektów metagenomicznych w różnych dziedzinach badań i przetworzenie ponad 200 000 próbek, nasz zespół wnosi ogromne doświadczenie do każdego projektu.
Specyfikacje usług
| Platforma sekwencjonowania | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Illumina NovaSeq lub DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Wymagania dotyczące usługi
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (ng) | Objętość (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Gleba/osad: 2-3 g
● Zawartość w jelitach – zwierzę: 0,5-2 g
● Treść jelitowa – owad: 0,1-0,25 g
● Powierzchnia rośliny (wzbogacony osad): 0,5-1 g
● Osad wzbogacony w bulion fermentacyjny): 0,2-0,5 g
● Kał (duże zwierzęta): 0,5-2 g
● Kał (mysz): 3-5 ziaren
● Płyn z płukania pęcherzyków płucnych: bibuła filtracyjna
● Wymaz z pochwy: 5-6 wymazów
● Wymaz ze skóry/genitaliów/śliny/tkanek miękkich jamy ustnej/wymazu z gardła/wymazu z odbytu: 2-3 wymazy
● Mikroorganizmy powierzchniowe: 5-6 wymazów
● Zbiornik wodny/powietrze/biofilm: bibuła filtracyjna
● Endofity: 2-3 g
● Płytka nazębna: 0,5-1 g
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych sekwencjonowania
● Składanie metagenomu i przewidywanie genów
● Adnotacja genu
● Analiza różnorodności taksonomicznej alfa
● Analiza funkcjonalna społeczności: funkcja biologiczna, metaboliczna, oporność na antybiotyki
● Analiza różnorodności funkcjonalnej i taksonomicznej:
Analiza różnorodności beta
Analiza międzygrupowa
Analiza korelacji: między czynnikami środowiskowymi a składem i różnorodnością OUT
Analiza funkcjonalna: oporność na antybiotyki CARD
Analiza różnicowa szlaków metabolicznych KEGG: mapa cieplna istotnych szlaków
Różnorodność alfa dystrybucji taksonomicznej: indeks ACE
Różnorodność beta dystrybucji taksonomicznej: PCoA
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom sekwencjonowania metagenomu firmy BMKGene we współpracy z firmą Illumina, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji.
Hai, Q. i in. (2023) „Analiza metagenomiczna i metabolomiczna zmian w zawartości jelit pstrąga tęczowego (Oncorhynchus mykiss) zakażonego wirusem zakaźnej martwicy układu krwiotwórczego w różnych temperaturach wody hodowlanej”,Granice mikrobiologii, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. i in. (2023) „Społeczności mikrobiologiczne, geny oporności i ryzyko rezystomu w jeziorach miejskich o różnym stanie troficznym: powiązania wewnętrzne i wpływy zewnętrzne”,Czasopismo postępów w zakresie materiałów niebezpiecznych, 9, s. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. i in. (2022) „Analiza metagenomiczna ujawniła różnice w składzie i funkcji mikroorganizmów związanych z płynem i ciałem stałym w żwaczu owiec”,Granice mikrobiologii, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. i in. (2023) „Mikrobiota pochodząca od otyłej świni rasy Ningxiang przeprogramowuje metabolizm karnityny, aby promować odkładanie się kwasów tłuszczowych w mięśniach u szczupłych świń rasy DLY”,Innowacja, 4 ust. 5, s. 1. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. i in. (2023) „Metagenomiczne spostrzeżenia dotyczące potencjalnych zagrożeń związanych z reprezentatywnym bio/niedegradowalnym plastikiem i odpadami nieplastikowymi w górnym i dolnym biegu estuarium Haihe w Chinach”,Nauka o całkowitym środowisku, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
