Analiza mRNA eukariotycznego (dostępne opcje oparte na referencjach i de novo)
Ten proces wykorzystuje dane NGS RNA-Seq jako dane wejściowe i generuje wyniki z wielu dalszych analiz, obejmujących między innymi: ocenę jakości danych sekwencjonowania,od nowaadnotacja miejsca transkrypcji, analiza splicingu zmiennego, analiza ekspresji różnicowej, adnotacja funkcji i analiza wzbogacania.
Analiza długiego niekodującego RNA
Długie niekodujące RNA (lncRNA) to niekodujące transkrypty o długości powyżej 200 nt, o których wiadomo, że odgrywają rolę w organizacji i regulacji chromatyny. Technologie sekwencjonowania wysokoprzepustowego i bioinformatyka umożliwiły nam zrozumienie sekwencji lncRNA i informacji o ich pozycjonowaniu, co pozwoliło nam zidentyfikować lncRNA o kluczowych funkcjach regulacyjnych. Niniejszy pakiet analiz umożliwia analizę lncRNA, oprócz analiz wymienionych w pakiecie analizy mRNA eukariotycznego.
Sekwencjonowanie amplikonów 16S/18S/ITS
Proces analizy różnorodności mikrobiologicznej Amplicon Sequencing został opracowany w oparciu o wieloletnie doświadczenie w analizie różnorodności mikrobiologicznej projektów. Proces zawiera standaryzowaną analizę podstawową, obejmującą główne treści analityczne bieżących badań mikrobiologicznych oraz analizę spersonalizowaną. Raport z analizy jest bogaty i kompleksowy, z możliwością przeprowadzania różnorodnych analiz spersonalizowanych. Dodatkowo, próbki i grupy można modyfikować na bieżąco w celu dodatkowej personalizacji i kontroli.
Analiza metagenomiki strzelbowej
Metoda Shotgun Metagenomic Analysis wykorzystuje dane NGS z mieszanych materiałów genomicznych wyekstrahowanych z próbek środowiskowych. Analizy te dostarczają szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, powiązań filogenetycznych, genów funkcjonalnych oraz sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi.
Analiza wariantów NGS-WGS
Analiza wariantów NGS-WGS to zintegrowany proces wykrywania wariantów, który wykonuje kontrolę jakości danych, dopasowanie sekwencji, adnotację i analizę mutacji genów. Proces ten jest zgodny z najlepszymi praktykami GATK w zakresie wykrywania SNP i InDel oraz wykorzystuje Mantę do wywoływania wariantów strukturalnych.
Badanie asocjacji w całym genomie (GWAS)
Metoda GWAS to analiza downstream, która wykorzystuje wcześniej wygenerowane pliki VCF i odpowiadające im dane fenotypowe dla kohorty osobników jako dane wejściowe. Wykorzystując specyficzne metodologie statystyczne, GWAS ma na celu odkrycie zmienności nukleotydów w całym genomie, skorelowanych z różnicami fenotypowymi. Odgrywa ona kluczową rolę w badaniu funkcjonalnych genów związanych ze złożonymi chorobami człowieka oraz złożonymi cechami roślin i zwierząt.
Analiza segregacji masowej (BSA)
Analiza BSA polega na łączeniu osobników o skrajnych cechach fenotypowych z segregującej populacji. Poprzez porównanie różnicowych loci między połączonymi próbkami, podejście to pozwala szybko zidentyfikować ściśle powiązane markery molekularne związane z genami docelowymi. Szeroko stosowane w mapowaniu genetycznym roślin i zwierząt, jest cennym narzędziem w hodowli wspomaganej markerami.
Analiza genetyki ewolucyjnej
Proces analizy genetyki ewolucyjnej wykorzystuje bogate doświadczenie firmy BMKGENE w projektach ewolucji genetycznej i obejmuje konstrukcję drzewa filogenetycznego, analizę nierównowagi sprzężeń, ocenę różnorodności genetycznej, identyfikację wybiórczego zamiatania, analizę pokrewieństwa, analizę głównych składowych i charakterystykę struktury populacji.
