10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Veçoritë
● Rezolucioni: 100 µM
● Diametri i pikës: 55 µM
● Numri i pikave: 4992
● Zona e kapjes: 6,5 x 6,5 mm
● Çdo vend me barkod ngarkohet me abetare të përbërë nga 4 seksione:
- bishti poli(dT) për priming të mRNA dhe sintezën e cDNA
- Identifikues unik molekular (UMI) për të korrigjuar paragjykimet e amplifikimit
- Barkodi hapësinor
- Sekuenca lidhëse e primerit të sekuencave të leximit të pjesshëm 1
● Ngjyrosja H&E e seksioneve
Përparësitë
●Shërbimi me një ndalesë: integron të gjitha hapat e bazuar në përvojë dhe aftësi, duke përfshirë krio-seksionimin, ngjyrosjen, optimizimin e indeve, barkodimin hapësinor, përgatitjen e bibliotekës, sekuencën dhe bioinformatikën.
● Ekipi teknik shumë i aftë: me përvojë në mbi 250 lloje të indeve dhe 100+ lloje duke përfshirë njeriun, miun, gjitarët, peshqit dhe bimët.
●Përditësim në kohë reale për të gjithë projektin: me kontroll të plotë të progresit eksperimental.
●Bioinformatika standarde gjithëpërfshirëse:Paketa përfshin 29 analiza dhe 100+ figura të cilësisë së lartë.
●Analiza dhe vizualizimi i personalizuar i të dhënave: në dispozicion për kërkesa të ndryshme kërkimore.
●Analiza e përbashkët opsionale me sekuencën e mRNA me një qelizë
Specifikimet
| Kërkesat e mostrës | Librari | Strategjia e renditjes | Të dhënat e rekomanduara | Kontrolli i cilësisë |
| Mostrat krio të ngulitura në OCT, mostrat FFPE (Diametri optimal: përafërsisht 6x6x6 mm3) 3 blloqe për mostër | Biblioteka 10X Visium cDNA | Ndriçues PE150 | 50 mijë PE lexime për pikë (60 Gb) | RIN>7 |
Për më shumë detaje mbi udhëzimet për përgatitjen e mostrës dhe rrjedhën e punës së shërbimit, ju lutemi mos ngurroni të flisni me aekspert BMKGENE
Rrjedha e punës së shërbimit
Në fazën e përgatitjes së mostrës, kryhet një provë fillestare e nxjerrjes së ARN-së me shumicë për të siguruar që mund të merret një ARN me cilësi të lartë.Në fazën e optimizimit të indeve, seksionet ngjyrosen dhe vizualizohen dhe kushtet e përshkueshmërisë për çlirimin e mRNA nga indi janë optimizuar.Protokolli i optimizuar më pas aplikohet gjatë ndërtimit të bibliotekës, i ndjekur nga renditja dhe analiza e të dhënave.
Rrjedha e plotë e punës e shërbimit përfshin përditësime në kohë reale dhe konfirmime të klientit për të mbajtur një cikli reagimi të përgjegjshëm, duke siguruar ekzekutim të qetë të projektit.
Përfshin analizën e mëposhtme:
Kontrolli i cilësisë së të dhënave:
o Prodhimi i të dhënave dhe shpërndarja e rezultateve të cilësisë
o Zbulimi i gjenit për pikë
o Mbulimi i indeve
Analiza e mostrës së brendshme:
o Pasuria e gjeneve
o Grumbullimi i pikave, duke përfshirë analizën e dimensioneve të reduktuara
o Analiza e shprehjes diferenciale ndërmjet grupimeve: identifikimi i gjeneve të markerëve
o Shënimi funksional dhe pasurimi i gjeneve të markerëve
Analiza ndër-grupore
o Rikombinimi i njollave nga të dy mostrat (p.sh. të sëmura dhe kontrolli) dhe ri-grupimi
o Identifikimi i gjeneve shënjuese për çdo grup
o Shënimi funksional dhe pasurimi i gjeneve të markerëve
o Shprehje diferenciale e të njëjtit grup midis grupeve
Analiza e mostrës së brendshme
Grumbullimi i pikave
Identifikimi i gjeneve shënjuese dhe shpërndarja hapësinore
Analiza ndër-grupore
Kombinimi i të dhënave nga të dy grupet dhe ri-grupimi
Gjenet shënjuese të grupimeve të reja
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimi i transkriptomikës hapësinore të BMKGene nga 10X Visium Në këto botime të paraqitura:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, një homolog i mundshëm i Drosophila i GPCR-ve të ngjitjes së gjitarëve, është i përfshirë në reaksionet antitumorale ndaj qelizave onkogjene të injektuara në miza', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), f.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'Çeliku mundëson përcaktimin me rezolucion të lartë të të dhënave transkriptomike hapësinore-kohore', Briefings in Bioinformatics, 24(2), fq. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Një atlas hapësinor-kohor i organogjenezës në zhvillimin e luleve të orkideve', Kërkimi i Acideve Nukleike, 50(17), fq. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integrimi i transkriptomikës hapësinore dhe sekuenca e ARN-së me një bërthamë zbulon strategjitë e mundshme terapeutike për leiomiomën e mitrës', Gazeta Ndërkombëtare e Shkencave Biologjike, 19 (8), f. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
