16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Avantazhet e Shërbimit
● Lexime të gjata që zbulojnë sekuencën me gjatësi të plotë të 16S/18S/ITS
● Telefonata bazë shumë e saktë me renditjen e modalitetit PacBio CCS
● Rezolucioni i nivelit të specieve në shënimin OTU/ASV
● QIIME2 më i fundit që analizon rrjedhën me analiza të ndryshme për sa i përket bazës së të dhënave, shënimeve, OTU/ASV.
● I aplikueshëm për studime të ndryshme të komunitetit mikrobial
● BMK zotëron përvojë të gjerë me mbi 100,000 mostra/vit, duke mbuluar tokën, ujin, gazin, llumin, feçet, zorrët, lëkurën, lëngun e fermentimit, insektet, bimët, etj.
● BMKCloud lehtësoi interpretimin e të dhënave që përmban 45 mjete të personalizuara analizimi
Specifikimet e Shërbimit
| SekuencaPlatforma | Librari | Të dhënat e rekomanduara | Koha e Kthimit |
| Vazhdimi i PacBio II | SMRT-kambanë | 5K/10K/20K Etiketa | 44 ditë pune |
Analizat bioinformatike
● Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
● Grupimi OTU/De-zhurma (ASV)
● Shënim OTU
● Diversiteti alfa
● Diversiteti beta
● Analiza ndër-grupore
● Analiza e shoqërimit kundrejt faktorëve eksperimentalë
● Parashikimi i gjeneve të funksionit
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
PërEkstraktet e ADN-së:
| Lloji i mostrës | Shuma | Përqendrimi | Pastërti |
| Ekstraktet e ADN-së | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Për mostrat mjedisore:
| Lloji i mostrës | Procedura e rekomanduar e kampionimit |
| Dheu | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Substanca e mbetur e tharë duhet të hiqet nga sipërfaqja;Grini copa të mëdha dhe kaloni nëpër filtër 2 mm;Caktoni mostra në tub EP steril ose cyrotube për rezervim. |
| Feçet | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat në tub EP steril ose kriotubë për rezervim. |
| Përmbajtja e zorrëve | Mostrat duhet të përpunohen në kushte aseptike.Lani indet e mbledhura me PBS;Centrifugoni PBS dhe mblidhni precipitantin në tuba EP. |
| Llum | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat e llumit në tub EP steril ose kriotubë për rezervim |
| Trupi ujor | Për mostrën me sasi të kufizuar mikrobik, si p.sh. uji i rubinetit, uji i pusit, etj., Mblidhni të paktën 1 L ujë dhe kaloni përmes filtrit 0,22 μm për të pasuruar mikrobet në membranë.Ruajeni membranën në një tub steril. |
| Lëkura | Fërkoni me kujdes sipërfaqen e lëkurës me një shtupë pambuku steril ose teh kirurgjikale dhe vendoseni në tub steril. |
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Ngrini mostrat në azot të lëngshëm për 3-4 orë dhe ruajini në azot të lëngshëm ose -80 gradë deri në rezervim afatgjatë.Kërkohet dërgimi i mostrës me akull të thatë.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
1. Shkalla e shënimeve të profilizimit të komunitetit mikrobial të bazuar në V3+V4(Illumina) kundrejt profilizimit të bazuar në gjatësi të plotë (PacBio).
(Të dhënat e 30 projekteve të zgjedhura rastësisht janë aplikuar për statistika)
2. Shkalla e shënimeve të renditjes së amplikonit me gjatësi të plotë në nivel speciesh në lloje të ndryshme të mostrave
3.Shpërndarja e specieve
4.Pema filogjenetike
Rasti BMK
Ekspozimi i arsenikut shkakton dëmtim të barrierës së zorrëve dhe si pasojë aktivizimin e boshtit zorrë-mëlçi që çon në inflamacion dhe piroptozë të mëlçisë tek rosat
Publikuar:Shkenca e Mjedisit Total,2021
Strategjia e renditjes:
Mostrat: Kontrolli kundrejt grupit të ekspozuar ATO 8 mg/kg
Rendimenti i të dhënave të renditjes: 102,583 sekuenca të papërpunuara CCS në total
Kontrolli: 54,518 ± 747 CCS efektive
ATO-ekspozuar: 45,050 ± 1675 CCS efektive
Rezultatet kryesore
Diversiteti alfa:Ekspozimi i ATO ndryshoi ndjeshëm pasurinë mikrobike të zorrëve dhe diversitetin e rosave.
Analiza e metastateve:
Në nivel grupi: 2 fila bakteriale të zbuluara vetëm në grupet e kontrollit
Në nivel gjinie: 6 gjini u gjetën dukshëm të ndryshme në bollëk relativ
Në nivel speciesh: gjithsej u identifikuan 36 lloje, me 6 prej tyre dukshëm të ndryshme në bollëk relaviv
Referenca
Thingholm, LB, et al."Individët obezë me dhe pa diabet të tipit 2 tregojnë kapacitet dhe përbërje të ndryshme funksionale mikrobike të zorrëve."Pritësi i qelizave dhe mikrobi26.2 (2019).
