Harta e nxehtësisë
Mjeti Heatmap pranon një skedar të dhënash matrice si të dhëna hyrëse dhe u lejon përdoruesve të filtrojnë, normalizojnë dhe grupojnë të dhënat. Rasti kryesor i përdorimit për hartat e nxehtësisë është analiza e grupimeve të nivelit të shprehjes së gjeneve midis mostrave të ndryshme.
Shënimi i Gjenit
Mjeti i Shënimit të Gjeneve kryen shënime të gjeneve bazuar në rreshtimin e sekuencave të skedarëve FASTA të hyrjes kundrejt bazave të të dhënave të ndryshme.
Mjeti bazë i kërkimit të rreshtimit lokal (BLAST)
Mjeti BLAST është një version i integruar i NCBI BLAST në BMKCloud dhe mund të përdoret për të kryer të njëjtat funksione duke përdorur të dhënat e ngarkuara në llogarinë BMKCloud.
Parashikimi i CDS_UTR
Mjeti i Parashikimit CDS_UTR është projektuar për të parashikuar rajonet koduese (CDS) dhe rajonet jo-koduese (UTR) në sekuenca të dhëna transkriptimi bazuar në rezultatet BLAST kundrejt bazave të të dhënave të proteinave të njohura dhe rezultateve të parashikimit ORF.
Komploti i Manhattanit
Mjeti Manhattan Plot mundëson shfaqjen e eksperimenteve me mostra të larta dhe përdoret zakonisht në studimet e shoqërimit në të gjithë gjenomin (GWAS).
Diagrami i Cirkut
Mjeti CIRCOS Diagram ofron vizualizim efikas të mënyrës se si shpërndahen tiparet gjenomike në të gjithë gjenomin. Karakteristikat e përbashkëta përfshijnë lokuset sasiore, SNP-të, InDe-të, variantet strukturore dhe të numrit të kopjeve.
Pasurimi i Ontologjisë së Gjeneve (GO)
Mjeti GO Enrichment ofron analizë të pasurimit funksional. Softueri kryesor në këtë mjet është paketa TopGO-Bioconductor, e cila përfshin analizën e shprehjes diferenciale, analizën e pasurimit GO dhe vizualizimin e rezultateve.
Analiza e Rrjetit të Bashkë-shprehjes së Gjenit të Ponderuar (WGCNA)
WGCNA është një metodë e përdorur gjerësisht e nxjerrjes së të dhënave për zbulimin e moduleve të bashkë-shprehjes së gjeneve. Është e zbatueshme për grupe të ndryshme të dhënash shprehjeje, duke përfshirë të dhënat e shprehjes së gjeneve mikroarray dhe NGS.
InterProScan
Mjeti InterProScan ofron analizën dhe klasifikimin e sekuencës së proteinave InterPro.
Pasurimi GO KEGG
Mjeti i Pasurimit GO KEGG është projektuar për të gjeneruar një histogram pasurimi GO, histogramin e pasurimit KEGG dhe rrugën e pasurimit KEGG bazuar në një grup gjenesh të dhënë dhe shënimin përkatës.