Sekuenca e gjatë jo-koduese-Illumina
Avantazhet e Shërbimit
● Përparësitë e Shërbimit
● Specifike për qelizat dhe indet
● Faza specifike shpreh dhe paraqet ndryshimin dinamik të shprehjes
● Modele të sakta të shprehjes së kohës dhe hapësirës
● Analiza e përbashkët me të dhënat mARN.
● Dorëzimi i rezultateve të bazuara në BMKCloud: Ekspozimi i personalizuar i të dhënave është i disponueshëm në platformë.
● Shërbimet pas shitjes të vlefshme për 3 muaj pas përfundimit të projektit
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
| Librari | Platforma | Të dhënat e rekomanduara | QC e të dhënave |
| varfërimi i rARN-së | Ndriçues PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Konk.(ng/μl) | Sasia (μg) | Pastërti | Integriteti |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel. | Për bimët: RIN≥6.5; Për kafshët: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; lartësi bazë e kufizuar ose aspak |
Nukleotidet:
Indi: Pesha (e thatë): ≥1 g
*Për indet më të vogla se 5 mg, rekomandojmë dërgimin e mostrës së indit të ngrirë (në azot të lëngshëm).
Pezullimi i qelizave: Numri i qelizave = 3×107
*Ne rekomandojmë dërgimin e lizatit të qelizave të ngrira.Në rast se ajo qelizë numërohet më e vogël se 5×105, rekomandohet ngrirja e ndezur në azot të lëngshëm.
Mostrat e gjakut:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol dhe 2mL gjak (TRIzol:Blood=3:1)
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Enë: tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Etiketimi i mostrës: Grup+përsëritje p.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Dërgesa:
1.Akull i thatë: Mostrat duhet të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
2. Tuba të qëndrueshme: Mostrat e ARN-së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN-së (p.sh. RNAstable®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ekstraktimi i ARN-së
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
Bioinformatika
1.Klasifikimi i LncARN
LncARN-ja e parashikuar nga katër programet e mësipërme u klasifikua në 4 kategori: lincARN, anti-sense-LncRNA, intronic-LncARN;sens-LncARN.Klasifikimi i LncRNA u tregua në histogramin më poshtë.
Klasifikimi i LncARN-së
2. Genet e synuara nga cis i analizës së pasurimit të DE-lncARN
ClusterProfiler u përdor në analizën e pasurimit të GO në gjenet e synuara cis të lncARN-së të shprehur në mënyrë diferenciale (DE-lncRNA), për sa i përket proceseve biologjike, funksioneve molekulare dhe komponentëve qelizorë.Analiza e pasurimit GO është një proces për të identifikuar termat GO të pasuruar ndjeshëm të drejtuar nga DEG në krahasim me gjenomin e plotë.Termat e pasuruar u prezantuan në histogram, tabelë flluskash etj. siç tregohet më poshtë.
Gjenet e synuara nga cis-i i analizës së pasurimit të DE-lncARN-së -Tagramë flluskë
3. Duke krahasuar gjatësinë, numrin e ekzonit, ORF dhe sasinë e shprehjes së mARN-së dhe lncARN-së, ne mund të kuptojmë ndryshimet në strukturë, sekuencë e kështu me radhë ndërmjet tyre, dhe gjithashtu të verifikojmë nëse ARN-ja e re e parashikuar nga ne përputhet me karakteristikat e përgjithshme.
Rasti BMK
Profili i shprehjes së lncARN-së i çrregulluar në adenokarcinomat e mushkërive të miut me mutacion KRAS-G12D dhe nokaut P53
Publikuar:Journal of Celular and Molecular Medicine,2019
Strategjia e renditjes
Illumina
Mbledhja e mostrave
Qelizat NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) dhe qelizat e kontrollit negativ (sh-Scr) u morën në ditën e 6-të të një infeksioni viral specifik.
Rezultatet kryesore
Ky studim heton lncARN-të e shprehura në mënyrë të gabuar në adenokarcinomën e mushkërive të miut me nokaut P53 dhe mutacionin KrasG12D.
1.6424 lncARN u shprehën në mënyrë diferenciale (≥ 2-fish ndryshim, P <0.05).
2. Midis të gjitha 210 lncARN-ve (FC≥8), shprehja e 11 lncARN-ve u rregullua nga P53, 33 lncARN-ve nga KRAS dhe 13 lncARN-ve nga hipoksia në qelizat primare të KP, përkatësisht.
3.NONMMUT015812, i cili u rregullua jashtëzakonisht lart në adenokarcinomën e mushkërive të miut dhe u rregullua negativisht nga rishprehja e P53, u zbulua për të analizuar funksionin e tij qelizor.
4. Shkatërrimi i NONMMUT015812 nga shARN-të uli aftësitë e proliferimit dhe migrimit të qelizave KP.NONMMUT015812 ishte një onkogjen i mundshëm.
 Analiza e rrugës KEGG e gjeneve të shprehura në mënyrë diferenciale në qelizat e KP-së NONMMUT015812-knockdown |  Analiza e ontologjisë së gjeneve të gjeneve të shprehura në mënyrë diferenciale në qelizat e KP-së NONMMUT015812-knockdown |
Referenca
Profili i çrregulluar i shprehjes së lncARN-së në adenokarcinomat e mushkërive të miut me mutacion KRAS‐G12D dhe nokaut P53[J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcm.14584
