● Kapja e mRNA-së poli-A e ndjekur nga sinteza e cADN-së dhe përgatitja e bibliotekës
● Renditja e transkripteve të plota
● Analiza bioinformatike e bazuar në përafrimin me një gjenom referues
● Analiza bioinformatike përfshin jo vetëm shprehjen në nivelin e gjeneve dhe të izoformës, por edhe analizën e ARN-së lnc, bashkimet e gjeneve, poliadenilimin dhe strukturën e gjeneve
●Kuantifikimi i shprehjes në nivelin izoformë: mundëson analizën e detajuar dhe të saktë të shprehjes, zbulimin e ndryshimit që mund të maskohet kur analizohet e gjithë shprehja e gjenit
●Kërkesa të reduktuara për të dhëna:Krahasuar me Sekuencën e Gjeneratës së ardhshme (NGS), sekuenca Nanopore shfaq kërkesa më të ulëta për të dhëna, duke lejuar nivele ekuivalente të ngopjes sasiore të shprehjes së gjeneve me të dhëna më të vogla.
●Saktësia më e lartë e kuantifikimit të shprehjes: si në nivel gjenesh ashtu edhe në nivel izoformësh
●Identifikimi i informacionit shtesë transkriptomik: poliadenilimi alternativ, gjenet e shkrirjes dhe lcnARN dhe gjenet e tyre të synuara
●Ekspertizë e gjerë: Ekipi ynë sjell një përvojë të pasur për çdo projekt, pasi ka përfunduar mbi 850 projekte transkriptome me gjatësi të plotë Nanopore dhe ka përpunuar mbi 8,000 mostra.
●Mbështetje pas shitjes: angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmë për zgjidhjen e problemeve dhe sesione pyetjesh dhe përgjigjesh për të adresuar çdo pyetje në lidhje me rezultatet.
Biblioteka | Strategjia e renditjes | Të dhënat e rekomanduara | Kontrolli i cilësisë |
Poli A i pasuruar | Ndriçues PE150 | 6/12 Gb | Nota mesatare e cilësisë: Q10 |
Konk.(ng/μl) | Sasia (μg) | Pastërti | Integriteti |
≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel. | Për bimët: RIN≥7.0; Për kafshët: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; lartësi bazë e kufizuar ose aspak |
● Bimët:
Rrënja, kërcelli ose petali: 450 mg
Gjethja ose fara: 300 mg
Fruta: 1.2 g
● Kafsha:
Zemra ose zorrë: 300 mg
Të brendshmet ose truri: 240 mg
Muskujt: 450 mg
Kockat, flokët ose lëkura: 1 g
● Artropodët:
Insektet: 6 g
Krustace: 300 mg
● Gjak i plotë: 1 tub
● Qelizat: 106 qelizat
Enë: tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Etiketimi i mostrës: Grup+përsëritje p.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Dërgesa:
1. Akull i thatë: Mostrat duhet të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
2. Tubat e qëndrueshëm me ARN: Mostrat e ARN-së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN-së (p.sh. RNAstable®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.
● Përpunimi i të dhënave të papërpunuara
● Identifikimi i transkriptit
● Ndarja alternative
● Kuantifikimi i shprehjes në nivelin e gjeneve dhe nivelin e izoformës
● Analiza e shprehjes diferenciale
● Shënimi dhe pasurimi i funksionit (DEG dhe DET)
Analiza alternative e bashkimit Analiza alternative e poliadenilimit (APA)
Parashikimi i lncARN
Shënimi i gjeneve të reja
Grumbullimi i DET-ve
Rrjetet proteina-proteinike në DEG
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet e sekuencës së plotë të mRNA të Nanopore të BMKGene përmes një koleksioni të kuruar publikimesh.
Gong, B. et al. (2023) 'Aktivizimi epigjenetik dhe transkriptues i kinazës sekretore FAM20C si një onkogjen në glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), fq. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ai, Z. et al. (2023) 'Sekuenca e transkriptomeve me gjatësi të plotë të limfociteve që i përgjigjen IFN-γ zbulon një përgjigje imune të shtrembëruar Th1 në llamba (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, f. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analiza krahasuese e metodave të sekuencës së ARN-së PacBio dhe ONT për identifikimin e helmit të Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), f. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Analiza e Nano-seq zbulon tendencë të ndryshme funksionale midis ekzosomeve dhe mikrovezikulave që rrjedhin nga hUMSC', Kërkimi dhe terapia e qelizave staminale, 14 (1), fq. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.