mRNA-seq (NGS) me gjenom referues
RNA-seq është një mjet standard në të gjitha shkencat e jetës dhe të të korrave, duke kapërcyer hendekun midis gjenomeve dhe proteomeve. Forca e tij qëndron në zbulimin e transkripteve të reja dhe përcaktimin sasior të shprehjes së tyre në një analizë të vetme. Përdoret gjerësisht për studime krahasuese transkriptomike, duke hedhur dritë mbi gjenet që lidhen me tipare ose fenotipe të ndryshme, si krahasimi i mutantëve me llojet e egra ose zbulimi i shprehjes së gjeneve në kushte specifike. Aplikacioni BMKCloud mRNA(Reference) integron përcaktimin sasior të shprehjes, analizën diferenciale të shprehjes (DEG) dhe analizat e strukturës së sekuencave në tubacionin bioinformatik të mRNA-seq(NGS) dhe bashkon pikat e forta të softuerëve të ngjashëm, duke siguruar komoditet dhe lehtësi përdorimi. Përdoruesit mund të ngarkojnë të dhënat e tyre të RNA-seq në cloud, ku Aplikacioni ofron një zgjidhje gjithëpërfshirëse dhe të vetme të analizës bioinformatike. Për më tepër, ai i jep përparësi përvojës së klientit, duke ofruar operacione të personalizuara të përshtatura sipas nevojave specifike të përdoruesve. Përdoruesit mund të caktojnë parametrat dhe të dorëzojnë vetë misionin e tubacionit, të kontrollojnë raportin interaktiv, të shohin të dhënat/diagramet dhe të përfundojnë nxjerrjen e të dhënave, të tilla si: përzgjedhja e gjenit të synuar, grupimi funksional, diagramimi, etj.
Platforma:Illumina, MGI
Strategjia:ARN-Seq
Paraqitja: Të dhëna të krahasueshme, të pastra.
Lloji i bibliotekës:fr-i pa fije, fr-fije e parë ose fr-fije e dytë
Gjatësia e leximit:150 bp
Lloji i skedarit:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ose *.fq.gz. Sistemi do tëçiftëzoni automatikisht skedarët .fastq sipas emrave të tyre të skedarëve,p.sh. *_1.fastq i çiftëzuar me *._2.fastq.
Numri i mostrave:Nuk ka kufizime për numrintë mostrave, por koha e analizës do të rritet me numrin emostrat rriten.
Sasia e rekomanduar e të dhënave:6G për mostër
