lncrna

Els ARN llargs no codificants (lncRNA) són ARN de més de 200 nucleòtids amb baix potencial codificant però amb funcions reguladores crítiques. El pipeline de lncRNA de BMKCloud està dissenyat per analitzar biblioteques amb rRNA esgotat amb un genoma de referència d'alta qualitat i ben anotat, analitzant conjuntament l'expressió de lncRNA i mRNA. Després del retall de lectura i el control de qualitat, les lectures s'alineen amb el genoma de referència per muntar transcrits, i l'anàlisi posterior de l'estructura gènica revela splicing alternatiu i nous gens. Els transcrits s'identifiquen com a mRNA o lncRNA, i l'anàlisi d'expressió diferencial identifica els lncRNA expressats diferencialment, les seves dianes i els gens expressats diferencialment (DEGS). Tant els DEG com les dianes de lncRNA expressades diferencialment s'anoten funcionalment per trobar categories funcionals enriquides.