lncrna

Gli RNA non codificanti lunghi (lncRNA) sono RNA più lunghi di 200 nucleotidi con basso potenziale di codifica ma con funzioni regolatorie critiche. La pipeline lncRNA di BMKCloud è progettata per analizzare librerie deplete di rRNA con un genoma di riferimento di alta qualità e ben annotato, analizzando insieme l'espressione di lncRNA e mRNA. Dopo il trimming delle letture e il controllo di qualità, le letture vengono allineate al genoma di riferimento per assemblare i trascritti e la successiva analisi della struttura genica rivela splicing alternativo e nuovi geni. I trascritti vengono identificati come mRNA o lncRNA e l'analisi dell'espressione differenziale identifica gli lncRNA differenzialmente espressi, i loro target e i geni differenzialmente espressi (DEGS). Sia i DEG che i target degli lncRNA differenzialmente espressi vengono annotati funzionalmente per trovare categorie funzionali arricchite.