Sequenziamento del metatrascrittoma
Caratteristiche del servizio
● Deplezione dell'rRNA seguita dalla preparazione della libreria di mRNA direzionale.
● Sequenziamento su Illumina NovaSeq.
Vantaggi del servizio
●Studiare i cambiamenti delle comunità microbiche complesse:Ciò avviene a livello trascrizionale ed esplora potenziali nuovi geni.
●Spiegare le interazioni della comunità microbica con l'ospite o l'ambiente.
●Analisi bioinformatica completa: Ciò fornisce approfondimenti sulle composizioni tassonomiche e funzionali della comunità, nonché sull'analisi differenziale dell'espressione genica.
●Annotazione genetica estesa:Utilizzo di database aggiornati sulla funzione genetica per informazioni informative sull'espressione genica delle comunità microbiche.
●Supporto post-vendita:Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi domanda relativa ai risultati.
Specifiche del servizio
| Piattaforma di sequenziamento | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo della qualità dei dati |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Requisiti del campione
| Concentrazione (ng/μL) | Quantità totale (μg) | Volume (μL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6,5 |
Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
● Sequenziamento del controllo della qualità dei dati
● Assemblea della trascrizione
● Annotazione tassonomica e abbondanza
● Annotazione funzionale e abbondanza
● Quantificazione delle espressioni e analisi differenziale
Distribuzione tassonomica di ciascun campione:
Analisi della diversità beta: UPGMA
Annotazione funzionale – GO abbondanza
Abbondanza della tassonomia differenziale – LEFSE
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento metatrascrittomico di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Lu, Z. et al. (2023) "La tolleranza all'acido dei batteri che utilizzano lattato dell'ordine Bacteroidales contribuisce alla prevenzione dell'acidosi ruminale nelle capre adattate a una dieta ad alto contenuto di concentrazione",Nutrizione animale, 14, pp. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Canzone, Z. et al. (2017) "Svelare il microbiota funzionale centrale nella tradizionale fermentazione allo stato solido mediante ampliconi ad alto rendimento e sequenziamento metatrascrittomico",Frontiere della microbiologia, 8(LUG). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. et al. (2022) "Nuovi micovirus scoperti da un'indagine metatrascrittomica del fungo fitopatogeno Alternaria",Virus, 14(11), pag. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. et al. (2022) "L'analisi parallela del metatrascrittoma rivela la degradazione dei metaboliti secondari delle piante da parte degli scarafaggi e dei loro simbionti intestinali",Molecolare Ecologia, 31(15), pp. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
