Sequenziamento del metatransiptome
Caratteristiche del servizio
● Deplezione dell'RRNA seguita dalla preparazione della libreria di mRNA direzionale.
● Sequenziamento su Illumina novaseq.
Vantaggi del servizio
●Studia i cambiamenti delle comunità microbiche complesse:Ciò accade a livello trascrizionale ed esplora potenziali nuovi geni.
●Spiegare le interazioni della comunità microbica con l'ospite o l'ambiente.
●Analisi bioinformatica completa: Ciò fornisce approfondimenti sulle composizioni tassonomiche e funzionali della comunità, nonché analisi di espressione genica differenziale.
●Ampia annotazione genetica:Utilizzo di database di funzioni geniche aggiornate per informazioni informative sull'espressione genica delle comunità microbiche.
●Supporto post-vendita:Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo un follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per affrontare eventuali domande relative ai risultati.
Specifiche del servizio
| Piattaforma di sequenziamento | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo della qualità dei dati |
| Illumina novaseq | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Requisiti del campione
| Concentrazione (ng/µl) | Importo totale (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | Rin |
| ≥50 | ≥1.0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6,5 |
Flusso di lavoro di servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
● Controllo della qualità dei dati di sequenziamento
● Assemblaggio di trascrizione
● Annotazione e abbondanza tassonomiche
● Annotazione e abbondanza funzionale
● Quantificazione dell'espressione e analisi differenziale
Distribuzione tassonomica di ciascun campione:
Analisi della diversità beta: UPGMA
Annotazione funzionale - Abbondanza
Abbondanza di tassonomia differenziale - Lefse
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento della meta trascrittomica di BMKGENE attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Lu, Z. et al. (2023) "La tolleranza acida dei batteri a utilizione del lattato dell'ordine Bacteroidales contribuisce alla prevenzione dell'acidosi ruminale nelle capre adattate a una dieta ad alto contenimento",Nutrizione animale, 14, pagg. 130–140. doi: 10.1016/j.aninu.2023.05.006.
Song, Z. et al. (2017) "Svempare il microbiota funzionale core nella tradizionale fermentazione a stato solido da ampliconi ad alto rendimento e sequenziamento metatranscriptomics",Frontiers in microbiologia, 8 (lug). doi: 10.3389/fmicb.2017.01294/full.
Wang, W. et al. (2022) "nuovi micovirus scoperti da un sondaggio metatranscriptomics del fungo alternativo fitopatogeno",Virus, 14 (11), p. 2552. Doi: 10.3390/v14112552/s1.
Wei, J. et al. (2022) "L'analisi del metatransipriscriptoma parallelo rivela il degrado dei metaboliti secondari delle piante da parte degli scarabei e dei loro simbionti intestinali",Molecolare Ecologia, 31 (15), pagg. 3999–4016. doi: 10.1111/mec.16557.
