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Sequenziamento di frammenti amplificati con locus specifico (SLAF-Seq)

La genotipizzazione ad alto rendimento, soprattutto su popolazioni su larga scala, è un passo fondamentale negli studi di associazione genetica, che fornisce la base genetica per la scoperta di geni funzionali, l'analisi evolutiva, ecc. Invece del risequenziamento profondo dell'intero genoma, il sequenziamento del genoma a rappresentazione ridotta (RRGS ) viene introdotto per ridurre al minimo il costo di sequenziamento per campione, pur mantenendo un'efficienza ragionevole nella scoperta dei marcatori genetici.Ciò si ottiene comunemente estraendo il frammento di restrizione entro un determinato intervallo di dimensioni, denominato libreria di rappresentazione ridotta (RRL).Il sequenziamento di frammenti amplificati con locus specifico (SLAF-Seq) è una strategia autosviluppata per la genotipizzazione SNP con o senza un genoma di riferimento.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq


Dettagli del servizio

Risultati dimostrativi

Pubblicazioni in primo piano

Dettagli del servizio

Schema tecnico

111

Flusso di lavoro

流程图

Vantaggi del servizio

Elevata efficienza di rilevamento dei marcatori- La tecnologia di sequenziamento ad alto rendimento aiuta SLAF-Seq a scoprire centinaia di migliaia di tag all'interno dell'intero genoma.

Bassa dipendenza dal genoma- Può essere applicato a specie con o senza genoma di riferimento.

Progettazione di schemi flessibili- Digestione a singolo enzima, doppio enzima, multi-enzima e vari tipi di enzimi, tutti possono essere selezionati per soddisfare diversi obiettivi di ricerca o specie.La pre-valutazione in silico viene utilizzata per garantire una progettazione enzimatica ottimale.

Digestione enzimatica efficiente- L'esperimento preliminare è stato effettuato per ottimizzare le condizioni, il che rende l'esperimento formale stabile e affidabile.L'efficienza della raccolta dei frammenti può raggiungere oltre il 95%.

Tag SLAF distribuiti uniformemente- I tag SLAF sono distribuiti uniformemente in tutti i cromosomi nella massima misura, raggiungendo una media di 1 SLAF per 4 kb.

Evitamento efficace delle ripetizioni- La sequenza ripetitiva nei dati SLAF-Seq è ridotta a meno del 5%, soprattutto nelle specie con un alto livello di ripetizioni, come grano, mais, ecc.

Vasta esperienza-Oltre 2000 progetti SLAF-Seq chiusi su centinaia di specie che comprendono piante, mammiferi, uccelli, insetti, organismi acquatici, ecc.

Flusso di lavoro bioinformatico autosviluppato- Un flusso di lavoro bioinformatico integrato per SLAF-Seq è stato sviluppato da BMKGENE per garantire l'affidabilità e l'accuratezza dell'output finale.

 

Specifiche del servizio

 

piattaforma

Concentrato(ng/gl)

Totale (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Volume>15μl)

1.6-2.5

Nota: verranno eseguiti tre campioni, ciascuno con tre schemi enzimatici, come pre-esperimento.

Strategia di sequenziamento consigliata

Profondità di sequenziamento: 10X/Tag

Dimensione del genoma

Tag SLAF consigliati

< 500 MB

100K o WGS

500 Mb- 1 Gb

100K

1 GB -2 GB

200K

Genomi giganti o complessi

300 - 400K

 

Applicazioni

 

Consigliato

Scala della popolazione

 

Strategia e profondità del sequenziamento

 

Profondità

 

Numero identificativo

 

GWAS

 

Numero di campioni ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Secondo

dimensione del genoma

 

Evoluzione genetica

 

Individui di ciascuno

sottogruppo ≥ 10;

campioni totali ≥ 30

 

10X

 

Consegna del campione consigliata

Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml

Per la maggior parte dei campioni si consiglia di non conservare in etanolo.

Etichettatura dei campioni: i campioni devono essere chiaramente etichettati e identici al modulo informativo del campione inviato.

Spedizione: Ghiaccio secco: i campioni devono essere prima imballati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.

Flusso di lavoro del servizio

Controllo qualità del campione
Esperimento pilota
Esperimento SLAF
Preparazione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post vendita

Controllo qualità del campione

Esperimento pilota

Esperimento SLAF

Preparazione della biblioteca

Sequenziamento

Analisi dei dati

Servizi post-vendita


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  • 1. Statistiche del risultato della mappa

    immagine1

    A1

    2. Sviluppo dei marcatori SLAF

    A2

    3. Annotazione della variazione

    A3

    Anno

    rivista

    IF

    Titolo

    Applicazioni

    2022

    Comunicazioni della natura

    17.694

    Basi genomiche dei giga-cromosomi e giga-genoma della peonia arborea

    Peonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015

    Nuovo fitologo

    7.433

    Le impronte della domesticazione ancorano le regioni genomiche di importanza agronomica

    semi di soia

    SLAF-GWAS

    2022

    Giornale di ricerca avanzata

    12.822

    Introgressioni artificiali su tutto il genoma di Gossypium barbadense in G. hirsutum

    rivelano loci superiori per il miglioramento simultaneo della qualità e della resa della fibra di cotone

    tratti

    SLAF-Genetica evolutiva

    2019

    Pianta molecolare

    10.81

    L'analisi genomica della popolazione e l'assemblaggio de novo rivelano l'origine di Weedy

    Il riso come gioco evolutivo

    SLAF-Genetica evolutiva

    2019

    Genetica della natura

    31.616

    Sequenza del genoma e diversità genetica della carpa comune, Cyprinus carpio

    Mappa del collegamento SLAF

    2014

    Genetica della natura

    25.455

    Il genoma dell'arachide coltivata fornisce informazioni sui cariotipi dei legumi, poliploidi

    Evoluzione e domesticazione delle colture.

    Mappa del collegamento SLAF

    2022

    Giornale delle biotecnologie vegetali

    9.803

    L'identificazione di ST1 rivela una selezione che coinvolge l'autostop della morfologia del seme

    e il contenuto di olio durante la domesticazione della soia

    Sviluppo di marcatori SLAF

    2022

    Giornale internazionale di scienze molecolari

    6.208

    Identificazione e sviluppo di marcatori di DNA per un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D)

    Sostituzione cromosomica disomica

    Sviluppo di marcatori SLAF

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