Sequenziamento di frammenti amplificati di locus specifico (SLAF-Seq)
Flusso di lavoro
Il servizio prevede una progettazione preliminare in silico per garantire la selezione ottimale degli enzimi durante la preparazione della libreria.
Schema tecnico
Caratteristiche del servizio
● Sequenziamento su NovaSeq con PE150.
● Preparazione della libreria con doppio codice a barre, che consente l'aggregazione di oltre 1000 campioni.
● Indipendente dal genoma di riferimento:
Con genoma di riferimento: scoperta di SNP e InDel
Senza genoma di riferimento: clustering dei campioni e scoperta di SNP
● Nelin silicoNella fase di pre-progettazione vengono analizzate le combinazioni multiple di enzimi di restrizione per individuare quelle che generano una distribuzione uniforme dei tag SLAF lungo il genoma.
● Durante la fase pre-esperimento, tre combinazioni di enzimi vengono testate in 3 campioni per generare 9 librerie SLAF e queste informazioni vengono utilizzate per scegliere la combinazione ottimale di enzimi di restrizione per il progetto.
Vantaggi del servizio
●Scoperta di marcatori genetici elevati: Integriamo un sistema a doppio codice a barre ad alta produttività che consente il sequenziamento simultaneo di grandi popolazioni e l'amplificazione specifica del locus, migliorando l'efficienza e garantendo che i numeri dei tag soddisfino i diversi requisiti di varie domande di ricerca.
● Bassa dipendenza dal genoma: Può essere applicato a specie con o senza genoma di riferimento.
●Progettazione di schemi flessibili: È possibile selezionare la digestione monoenzimatica, bienzimatica, multienzimatica e vari tipi di enzimi per soddisfare diversi obiettivi di ricerca o specie.
● Alta efficienza nella digestione enzimatica: La conduzione di unin silicola pre-progettazione e un pre-esperimento assicurano una progettazione ottimale con distribuzione uniforme dei tag SLAF sul cromosoma (1 tag SLAF/4Kb) e sequenza ripetitiva ridotta (<5%).
●Ampia competenza: Portiamo una vasta esperienza in ogni progetto, con un curriculum di oltre 5000 progetti SLAF-Seq conclusi su centinaia di specie, tra cui piante, mammiferi, uccelli, insetti e organismi acquatici.
● Flusso di lavoro bioinformatico auto-sviluppato: Abbiamo sviluppato un flusso di lavoro bioinformatico integrato per SLAF-Seq per garantire l'affidabilità e l'accuratezza del risultato finale.
Specifiche del servizio
| Tipo di analisi | Scala di popolazione consigliata | Strategia di sequenziamento | |
| Profondità del sequenziamento dei tag | Numero di tag | ||
| Mappe genetiche | 2 genitori e >150 figli | Genitori: 20x WGS Propagazione: 10x | Dimensioni del genoma: <400 Mb: si consiglia WGS <1Gb: 100K tag 1-2 Gb:: 200K tag >2 Gb: 300K tag Massimo 500k tag |
| Studi di associazione a livello del genoma (GWAS) | ≥200 campioni | 10x | |
| Evoluzione genetica | ≥30 campioni, con >10 campioni da ciascun sottogruppo | 10x | |
Requisiti del servizio
Concentrazione ≥ 5 ng/µL
Quantità totale ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Gel di agarosio: nessuna o limitata degradazione o contaminazione
Consegna del campione consigliata
Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml
(Per la maggior parte dei campioni, si consiglia di non conservarli in etanolo)
Etichettatura dei campioni: i campioni devono essere etichettati in modo chiaro e identici al modulo informativo sui campioni inviato.
Spedizione: Ghiaccio secco: i campioni devono essere prima imballati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.
Flusso di lavoro del servizio
Controllo di qualità del campione
Esperimento pilota
Esperimento SLAF
Preparazione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
La nostra analisi bioinformatica comprende:
Controllo qualità dei dati e rifinitura dei dati per rimuovere letture ricche di N, letture di adattatori o letture di bassa qualità.
Un secondo controllo di qualità delle letture pulite per verificare la distribuzione delle basi, la qualità della sequenza e una valutazione dei dati, ma anche per verificare l'efficienza della digestione e gli inserti ottenuti.
Una volta verificate le letture, ci sono due opzioni:
- Mappatura del genoma di riferimento
- Senza un genoma di riferimento: clustering
Successivamente, l'analisi dei tag SLAF viene utilizzata per effettuare alcune chiamate di varianti per aiutare con la scoperta del marcatore: SNP, InDel, SNV, chiamata CV e annotazione
Distribuzione dei tag SLAF sui cromosomi:
Distribuzione degli SNP sui cromosomi:
annotazione SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X e Shi C (2023) Mappatura QTL e analisi del trascrittoma del contenuto di zucchero durante la maturazione del frutto diPyrus pyrifolia.Fronte. Scienze vegetali.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. e Sun, L. (2022). L'identificazione di st1 rivela una selezione che coinvolge la morfologia dei semi e il contenuto di olio durante la domesticazione della soia.Rivista di biotecnologia vegetale, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.e altriSequenza del genoma e diversità genetica della carpa comune,Ciprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.e altriIl genoma dell'arachide coltivata fornisce informazioni sui cariotipi dei legumi, sull'evoluzione poliploide e sulla domesticazione delle colture.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Anno | Giornale | IF | Titolo | Applicazioni |
| 2022 | Comunicazioni sulla natura | 17.694 | Basi genomiche dei giga-cromosomi e del giga-genoma della peonia arborea Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nuovo Fitologo | 7.433 | Le impronte di domesticazione ancorano regioni genomiche di importanza agronomica in semi di soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Rivista di ricerca avanzata | 12.822 | Introgressioni artificiali del genoma intero di Gossypium barbadense in G. hirsutum rivelano loci superiori per il miglioramento simultaneo della qualità e della resa delle fibre di cotone tratti | SLAF-Genetica evolutiva |
| 2019 | Pianta molecolare | 10.81 | Analisi genomica della popolazione e assemblaggio de novo rivelano l'origine di Weedy Il riso come gioco evolutivo | SLAF-Genetica evolutiva |
| 2019 | Genetica della natura | 31.616 | Sequenza del genoma e diversità genetica della carpa comune, Cyprinus carpio | Mappa del collegamento SLAF |
| 2014 | Genetica della natura | 25.455 | Il genoma dell'arachide coltivata fornisce informazioni sui cariotipi dei legumi, poliploidi evoluzione e domesticazione delle colture. | Mappa del collegamento SLAF |
| 2022 | Rivista di biotecnologia vegetale | 9.803 | L'identificazione di ST1 rivela una selezione che coinvolge l'autostop della morfologia dei semi e contenuto di olio durante la domesticazione della soia | Sviluppo del marcatore SLAF |
| 2022 | Rivista internazionale di scienze molecolari | 6.208 | Identificazione e sviluppo di marcatori del DNA per un grano-Leymus mollis 2Ns (2D) Sostituzione cromosomica disomica | Sviluppo del marcatore SLAF |
| Anno | Giornale | IF | Titolo | Applicazioni |
| 2023 | Frontiere nella scienza delle piante | 6.735 | Mappatura QTL e analisi del trascrittoma del contenuto di zucchero durante la maturazione del frutto di Pyrus pyrifolia | Mappa genetica |
| 2022 | Rivista di biotecnologia vegetale | 8.154 | L'identificazione di ST1 rivela una selezione che coinvolge l'autostop della morfologia dei semi e del contenuto di olio durante la domesticazione della soia
| Chiamata SNP |
| 2022 | Frontiere nella scienza delle piante | 6.623 | Mappatura dell'associazione genomica dei fenotipi di Hulless Barely in ambienti siccitosi.
| GWAS |
