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Prodotti

Sequenziamento metagenomico (NGS)

Il metagenoma si riferisce a una raccolta di materiale genetico totale di una comunità mista di organismi, come il metagenoma ambientale, il metagenoma umano, ecc. Contiene genomi di microrganismi coltivabili e non coltivabili.Il sequenziamento metagenomico è uno strumento molecolare utilizzato per analizzare i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, che fornisce informazioni dettagliate sulla diversità e abbondanza delle specie, la struttura della popolazione, la relazione filogenetica, i geni funzionali e la rete di correlazione con i fattori ambientali.

Piattaforma:Illumina NovaSeq6000


Dettagli del servizio

Risultati demo

Argomento di studio

Vantaggi del servizio

ØIsolamento e senza coltivazione per la profilazione della comunità microbica

ØAlta risoluzione nel rilevamento di specie a bassa abbondanza in campioni ambientali

ØL'idea di "meta-" integra tutte le caratteristiche biologiche a livello funzionale, di specie e di gene, il che riflette una visione dinamica più vicina alla realtà.

ØBMK accumula una vasta esperienza in diversi tipi di campioni con oltre 10.000 campioni elaborati.

Specifiche del servizio

Sequenzapiattaforma

Biblioteca

Rendimento dati consigliato

Tempo di consegna stimato

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Tag 50.000/100.000/300.000

30 giorni

Analisi bioinformatiche

üControllo della qualità dei dati grezzi

üAssemblaggio del metagenoma

üSet di geni e annotazioni non ridondanti

üAnalisi della diversità delle specie

üAnalisi della diversità delle funzioni genetiche

üAnalisi intergruppo

üAnalisi di associazione contro fattori sperimentali

2

Requisiti del campione e consegna

Requisiti del campione:

Perestratti di DNA:

Tipo di campione

Importo

Concentrazione

Purezza

estratti di DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Per campioni ambientali:

Tipo di campione

Procedura di campionamento consigliata

Suolo

Quantità di campionamento: ca.5 g;La sostanza appassita rimanente deve essere rimossa dalla superficie;Macinare pezzi grossi e passare attraverso un filtro da 2 mm;Aliquota di campioni in provetta EP sterile o cyrotube per la prenotazione.

Feci

Quantità di campionamento: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare i campioni in provetta EP sterile o criotubo per la prenotazione.

Contenuti intestinali

I campioni devono essere elaborati in condizioni asettiche.Lavare il tessuto raccolto con PBS;Centrifugare il PBS e raccogliere il precipitante in tubi EP.

Fango

Quantità di campionamento: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare il campione di fango in provetta EP sterile o criotubo per la prenotazione

Corpo d'acqua

Per i campioni con una quantità limitata di microbi, come acqua di rubinetto, acqua di pozzo, ecc., Raccogliere almeno 1 L di acqua e passare attraverso un filtro da 0,22 μm per arricchire il microbiota sulla membrana.Conservare la membrana in una provetta sterile.

Pelle

Raschiare accuratamente la superficie della pelle con un batuffolo di cotone sterile o una lama chirurgica e posizionarla in una provetta sterile.

Consegna del campione consigliata

Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservare in azoto liquido o -80 gradi per prenotazione a lungo termine.È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.

Flusso di lavoro del servizio

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Consegna del campione

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Costruzione della biblioteca

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Sequenza

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Analisi dei dati

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Servizi post vendita


  • Precedente:
  • Prossimo:

  • 1.Istogramma: distribuzione delle specie

    3

    2. Geni funzionali annotati sulle vie metaboliche KEGG

    4

    3.Mappa termica: funzioni differenziali basate sull'abbondanza relativa del gene54.Circos di geni di resistenza agli antibiotici CARD

    6

    Caso Bmk

    Prevalenza di geni di resistenza agli antibiotici e patogeni batterici lungo il continuum suolo-radice di mangrovie

    Pubblicato:Giornale dei materiali pericolosi, 2021

    Strategia di sequenziamento:

    Materiali: estratti di DNA di quattro frammenti di campioni associati alla radice di mangrovia: terreno non piantato, rizosfera, episfera ed endosfera
    Piattaforma: Illumina HiSeq 2500
    Obiettivi: Metagenoma
    16S gene rRNA regione V3-V4

    Risultati chiave

    Sono stati elaborati il ​​sequenziamento metagenomico e il profilo del metabarcoding sul continuum suolo-radice degli alberelli di mangrovie al fine di studiare la diffusione dei geni di resistenza agli antibiotici (ARG) dal suolo alle piante.I dati metagenomici hanno rivelato che il 91,4% dei geni di resistenza agli antibiotici sono stati comunemente identificati in tutti e quattro i compartimenti del suolo sopra menzionati, il che ha mostrato una moda continua.Il sequenziamento dell'amplicone dell'rRNA 16S ha generato 29.285 sequenze, che rappresentano 346 specie.Combinando con la profilazione delle specie mediante il sequenziamento dell'amplicone, questa disseminazione è risultata indipendente dal microbiota associato alle radici, tuttavia, potrebbe essere facilitata dalla mobilità degli elementi genetici.Questo studio ha identificato il flusso di ARG e agenti patogeni dal suolo alle piante attraverso un continuum suolo-radice interconnesso.

    Riferimento

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. e Shu, L. .(2020).Prevalenza di geni di resistenza agli antibiotici e patogeni batterici lungo il continuum suolo-radice di mangrovie.Giornale di materiali pericolosi, 408, 124985.

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