Sequenziamento metagenomico (NGS)
Vantaggi del servizio
ØIsolamento e senza coltivazione per la profilazione della comunità microbica
ØAlta risoluzione nel rilevamento di specie a bassa abbondanza in campioni ambientali
ØL'idea di "meta-" integra tutte le caratteristiche biologiche a livello funzionale, di specie e di gene, il che riflette una visione dinamica più vicina alla realtà.
ØBMK accumula una vasta esperienza in diversi tipi di campioni con oltre 10.000 campioni elaborati.
Specifiche del servizio
| Sequenzapiattaforma | Biblioteca | Rendimento dati consigliato | Tempo di consegna stimato |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Tag 50.000/100.000/300.000 | 30 giorni |
Analisi bioinformatiche
üControllo della qualità dei dati grezzi
üAssemblaggio del metagenoma
üSet di geni e annotazioni non ridondanti
üAnalisi della diversità delle specie
üAnalisi della diversità delle funzioni genetiche
üAnalisi intergruppo
üAnalisi di associazione contro fattori sperimentali
Requisiti del campione e consegna
Requisiti del campione:
Perestratti di DNA:
| Tipo di campione | Importo | Concentrazione | Purezza |
| estratti di DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Per campioni ambientali:
| Tipo di campione | Procedura di campionamento consigliata |
| Suolo | Quantità di campionamento: ca.5 g;La sostanza appassita rimanente deve essere rimossa dalla superficie;Macinare pezzi grossi e passare attraverso un filtro da 2 mm;Aliquota di campioni in provetta EP sterile o cyrotube per la prenotazione. |
| Feci | Quantità di campionamento: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare i campioni in provetta EP sterile o criotubo per la prenotazione. |
| Contenuti intestinali | I campioni devono essere elaborati in condizioni asettiche.Lavare il tessuto raccolto con PBS;Centrifugare il PBS e raccogliere il precipitante in tubi EP. |
| Fango | Quantità di campionamento: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare il campione di fango in provetta EP sterile o criotubo per la prenotazione |
| Corpo d'acqua | Per i campioni con una quantità limitata di microbi, come acqua di rubinetto, acqua di pozzo, ecc., Raccogliere almeno 1 L di acqua e passare attraverso un filtro da 0,22 μm per arricchire il microbiota sulla membrana.Conservare la membrana in una provetta sterile. |
| Pelle | Raschiare accuratamente la superficie della pelle con un batuffolo di cotone sterile o una lama chirurgica e posizionarla in una provetta sterile. |
Consegna del campione consigliata
Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservare in azoto liquido o -80 gradi per prenotazione a lungo termine.È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.
Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenza
Analisi dei dati
Servizi post vendita
1.Istogramma: distribuzione delle specie
2. Geni funzionali annotati sulle vie metaboliche KEGG
3.Mappa termica: funzioni differenziali basate sull'abbondanza relativa del gene
4.Circos di geni di resistenza agli antibiotici CARD
Caso Bmk
Prevalenza di geni di resistenza agli antibiotici e patogeni batterici lungo il continuum suolo-radice di mangrovie
Pubblicato:Giornale dei materiali pericolosi, 2021
Strategia di sequenziamento:
Materiali: estratti di DNA di quattro frammenti di campioni associati alla radice di mangrovia: terreno non piantato, rizosfera, episfera ed endosfera
Piattaforma: Illumina HiSeq 2500
Obiettivi: Metagenoma
16S gene rRNA regione V3-V4
Risultati chiave
Sono stati elaborati il sequenziamento metagenomico e il profilo del metabarcoding sul continuum suolo-radice degli alberelli di mangrovie al fine di studiare la diffusione dei geni di resistenza agli antibiotici (ARG) dal suolo alle piante.I dati metagenomici hanno rivelato che il 91,4% dei geni di resistenza agli antibiotici sono stati comunemente identificati in tutti e quattro i compartimenti del suolo sopra menzionati, il che ha mostrato una moda continua.Il sequenziamento dell'amplicone dell'rRNA 16S ha generato 29.285 sequenze, che rappresentano 346 specie.Combinando con la profilazione delle specie mediante il sequenziamento dell'amplicone, questa disseminazione è risultata indipendente dal microbiota associato alle radici, tuttavia, potrebbe essere facilitata dalla mobilità degli elementi genetici.Questo studio ha identificato il flusso di ARG e agenti patogeni dal suolo alle piante attraverso un continuum suolo-radice interconnesso.
Riferimento
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. e Shu, L. .(2020).Prevalenza di geni di resistenza agli antibiotici e patogeni batterici lungo il continuum suolo-radice di mangrovie.Giornale di materiali pericolosi, 408, 124985.
