Sequenziamento metagenomico -NGS
Un metagenoma è una raccolta del materiale genetico totale di una comunità mista di organismi, come i metagenomi ambientali e umani. Contiene genomi di microrganismi coltivabili e non coltivabili. Il sequenziamento metagenomico shotgun con NGS consente lo studio di questi intricati paesaggi genomici incorporati in campioni ambientali, fornendo più di un semplice profilo tassonomico, fornendo anche informazioni granulari sulla diversità delle specie, sulle dinamiche di abbondanza e sulle complesse strutture di popolazione. Oltre agli studi tassonomici, la metagenomica shotgun offre anche una prospettiva di genomica funzionale, consentendo l'esplorazione dei geni codificati e dei loro presunti ruoli nei processi ecologici. Infine, la creazione di reti di correlazione tra elementi genetici e fattori ambientali contribuisce a una comprensione olistica della complessa interazione tra le comunità microbiche e il loro background ecologico. In conclusione, il sequenziamento metagenomico si pone come uno strumento fondamentale per svelare le complessità genomiche di diverse comunità microbiche, illuminando le molteplici relazioni tra genetica ed ecologia all'interno di questi complessi ecosistemi.
Piattaforme: Illumina NovaSeq e DNBSEQ-T7
Vantaggi del servizio
●Metodo senza isolamento e coltivazione per la profilazione della comunità microbica: Consentire il sequenziamento del materiale genetico di organismi non coltivabili.
●Alta risoluzione: Rileva specie poco abbondanti nei campioni ambientali.
●Analisi bioinformatica completa:Concentrato non solo sulla diversità tassonomica ma anche sulla diversità funzionale della comunità.
●Ampia esperienza:Grazie alla comprovata esperienza maturata nel portare a termine con successo numerosi progetti di metagenomica in vari ambiti di ricerca e nell'elaborare oltre 200.000 campioni, il nostro team apporta una vasta esperienza a ogni progetto.
Specifiche del servizio
| Piattaforma di sequenziamento | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| Illumina NovaSeq o DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Requisiti del servizio
| Concentrazione (ng/µL) | Quantità totale (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Suolo/fango: 2-3 g
● Contenuto intestinale-animale: 0,5-2 g
● Contenuto intestinale-insetto: 0,1-0,25 g
● Superficie della pianta (sedimento arricchito): 0,5-1 g
● Brodo di fermentazione arricchito (sedimento): 0,2-0,5 g
● Feci (animali di grossa taglia): 0,5-2 g
● Feci (topo): 3-5 grani
● Liquido di lavaggio alveolare polmonare: carta da filtro
● Tampone vaginale: 5-6 tamponi
● Tampone cutaneo/genitale/saliva/tessuti molli orali/tampone faringeo/tampone rettale: 2-3 tamponi
● Microrganismo di superficie: 5-6 tamponi
● Corpo idrico/aria/biofilm: carta da filtro
● Endofiti: 2-3 g
● Placca dentale: 0,5-1 g
Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
● Controllo della qualità dei dati di sequenziamento
● Assemblaggio del metagenoma e previsione genica
● Annotazione genetica
● Analisi della diversità alfa tassonomica
● Analisi funzionale della comunità: funzione biologica, metabolica, resistenza agli antibiotici
● Analisi della diversità sia funzionale che tassonomica:
Analisi della diversità beta
Analisi intergruppo
Analisi di correlazione: tra fattori ambientali e composizione e diversità dell'OUT
Analisi funzionale: resistenza agli antibiotici CARD
Analisi differenziale dei percorsi metabolici KEGG: mappa termica dei percorsi significativi
Diversità alfa della distribuzione tassonomica: indice ACE
Diversità beta della distribuzione tassonomica: PCoA
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento del metagenoma di BMKGene con Illumina attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisi metagenomica e metabolomica dei cambiamenti nel contenuto intestinale della trota iridea (Oncorhynchus mykiss) infetta dal virus della necrosi ematopoietica infettiva a diverse temperature dell'acqua di coltura',Frontiere della microbiologia, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Comunità microbiche, geni di resistenza e rischi di resistomi nei laghi urbani di diversi stati trofici: collegamenti interni e influenze esterne',Rivista dei progressi sui materiali pericolosi, 9, pag. 100233.doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'L'analisi metagenomica ha rivelato differenze nella composizione e nella funzione tra microrganismi associati a liquidi e solidi del rumine ovino',Frontiere della microbiologia, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Il microbiota derivato dal maiale obeso Ningxiang riprogramma il metabolismo della carnitina per promuovere la deposizione di acidi grassi muscolari nei suini DLY magri',L'innovazione, 4(5), pag. 100486.doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Approfondimenti metagenomici sui potenziali rischi di plastica bio/non degradabile rappresentativa e detriti non plastici nei tratti superiore e inferiore dell'estuario di Haihe, Cina',Scienza dell'ambiente totale, 887, pag. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
