Sequenziamento metagenomico -ngs
Un metagenoma è una raccolta del materiale genetico totale di una comunità mista di organismi, come i metagenomi ambientali e umani. Contiene genomi di microrganismi sia coltivabili che non coltivabili. Il sequenziamento metagenomico del fucile con NGS consente lo studio di questi intricati paesaggi genomici incorporati in campioni ambientali fornendo una profilazione più che tassonomica, fornendo anche intuizioni granulari sulla diversità delle specie, le dinamiche di abbondanza e le strutture di popolazione complesse. Oltre agli studi tassonomici, la metagenomica dei fucili da caccia offre anche una prospettiva genomica funzionale, consentendo l'esplorazione di geni codificati e i loro ruoli putativi nei processi ecologici. Infine, l'istituzione di reti di correlazione tra elementi genetici e fattori ambientali contribuisce a una comprensione olistica dell'interazione intricata tra le comunità microbiche e il loro background ecologico. In conclusione, il sequenziamento metagenomico è uno strumento fondamentale per svelare le complessità genomiche di diverse comunità microbiche, illuminando le relazioni poliedriche tra genetica ed ecologia all'interno di questi ecosistemi complessi.
Piattaforme: Illumina NovaseQ e DNBSEQ-T7
Vantaggi del servizio
●Metodo dell'isolamento e della coltivazione per la profilazione della comunità microbica: Abilitare il sequenziamento del materiale genetico da organismi non coltivabili.
●Alta risoluzione: Rilevare specie a bassa abbondanza in campioni ambientali.
●Analisi bioinformatica completa:Focalizzato non solo sulla diversità tassonomica ma anche sulla diversità funzionale della comunità.
●Esperienza estesa:Con una storia di chiusura con successo multipli progetti di metagenomici in vari settori di ricerca e elaborazione di oltre 200.000 campioni, il nostro team porta una vasta esperienza in ogni progetto.
Specifiche del servizio
| Piattaforma di sequenziamento | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| Illumina novaseq o dnbseq-t7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Requisiti di servizio
| Concentrazione (ng/µl) | Importo totale (NG) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Suolo/fanghi: 2-3G
● Contenuto intestinale-animale: 0,5-2g
● Contenuto intestinale-Isect: 0,1-0,25 g
● Superficie vegetale (sedimento arricchito): 0,5-1g
● Sedimenti arricchiti del brodo di fermentazione): 0,2-0,5 g
● Feci (animali grandi): 0,5-2g
● Feci (mouse): 3-5 grani
● Fluido di lavaggio alveolare polmonare: carta da filtro
● Giustro vaginale: 5-6 tamponi
● Spazio/Saliva Genitale/Saliva/Tissuta molle orale/tampone rettale/tampone rettale: 2-3 tamponi
● Microrganismo di superficie: 5-6 tamponi
● Acqua/aria/biofilm: carta da filtro
● Endofiti: 2-3G
● Placca dentale: 0,5-1g
Flusso di lavoro di servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
● Controllo della qualità dei dati di sequenziamento
● Assemblaggio del metagenoma e previsione genica
● Annotazione genetica
● Analisi della diversità alfa tassonomica
● Analisi funzionale della comunità: funzione biologica, resistenza metabolica e antibiotica
● Analisi sulla diversità sia funzionale che tassonomica:
Analisi della diversità beta
Analisi tra gruppi
Analisi di correlazione: tra fattori ambientali e composizione e diversità
Analisi funzionale: resistenza agli antibiotici della scheda
Analisi differenziale dei percorsi metabolici KEGG: mappa di calore di percorsi significativi
Alpha Diversity of Taxonomic Distribution: Ace Index
Diversità beta della distribuzione tassonomica: PCOA
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento del metagenoma di BMKGENE con Illumina attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisi metagenomica e metabolomica dei cambiamenti nel contenuto intestinale della trota arcobaleno (Oncorhynchus mykiss) infettata da virus della necrosi ematopoietica infettiva a diverse temperature dell'acqua di coltura',Frontiers in microbiologia, 14, p. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) "Comunità microbiche, geni di resistenza e rischi resisti nei laghi urbani di diversi stati trofici: legami interni e influenze esterne",Progressi del diario dei materiali pericolosi, 9, p. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) "L'analisi metagenomica ha rivelato differenze nella composizione e nella funzione tra microrganismi associati al liquido e associato solido di rumine di pecore",Frontiers in microbiologia, 13, p. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) "Il microbiota obeso derivato dal maiale di Ningxiang ha regalato il metabolismo della carnitina per promuovere la deposizione di acidi grassi muscolari nei maiali snelli",L'innovazione, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) "Intuizioni metagenomiche sui potenziali rischi di detriti di plastica e non plastici non degradabili rappresentativi nella parte superiore e inferiore dell'estuario di Haihe, in Cina",Scienza dell'ambiente totale, 887, p. 164026. Doi: 10.1016/j.scototenv.2023.164026.
