●Metodo dell'isolamento e della coltivazione per la profilazione della comunità microbica: Abilitare il sequenziamento del materiale genetico da organismi non coltivabili.
●Alta risoluzione: Rilevare specie a bassa abbondanza in campioni ambientali.
●Analisi bioinformatica completa:Focalizzato non solo sulla diversità tassonomica ma anche sulla diversità funzionale della comunità.
●Esperienza estesa:Con una storia di chiusura con successo multipli progetti di metagenomici in vari settori di ricerca e elaborazione di oltre 200.000 campioni, il nostro team porta una vasta esperienza in ogni progetto.
Piattaforma di sequenziamento | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
Illumina novaseq o dnbseq-t7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Concentrazione (ng/µl) | Importo totale (NG) | Volume (µL) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Suolo/fanghi: 2-3G
● Contenuto intestinale-animale: 0,5-2g
● Contenuto intestinale-Isect: 0,1-0,25 g
● Superficie vegetale (sedimento arricchito): 0,5-1g
● Sedimenti arricchiti del brodo di fermentazione): 0,2-0,5 g
● Feci (animali grandi): 0,5-2g
● Feci (mouse): 3-5 grani
● Fluido di lavaggio alveolare polmonare: carta da filtro
● Giustro vaginale: 5-6 tamponi
● Spazio/Saliva Genitale/Saliva/Tissuta molle orale/tampone rettale/tampone rettale: 2-3 tamponi
● Microrganismo di superficie: 5-6 tamponi
● Acqua/aria/biofilm: carta da filtro
● Endofiti: 2-3G
● Placca dentale: 0,5-1g
Include la seguente analisi:
● Controllo della qualità dei dati di sequenziamento
● Assemblaggio del metagenoma e previsione genica
● Annotazione genetica
● Analisi della diversità alfa tassonomica
● Analisi funzionale della comunità: funzione biologica, resistenza metabolica e antibiotica
● Analisi sulla diversità sia funzionale che tassonomica:
Analisi della diversità beta
Analisi tra gruppi
Analisi di correlazione: tra fattori ambientali e composizione e diversità
Analisi funzionale: resistenza agli antibiotici della scheda
Analisi differenziale dei percorsi metabolici KEGG: mappa di calore di percorsi significativi
Alpha Diversity of Taxonomic Distribution: Ace Index
Diversità beta della distribuzione tassonomica: PCOA
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento del metagenoma di BMKGENE con Illumina attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisi metagenomica e metabolomica dei cambiamenti nel contenuto intestinale della trota arcobaleno (Oncorhynchus mykiss) infettata da virus della necrosi ematopoietica infettiva a diverse temperature dell'acqua di coltura',Frontiers in microbiologia, 14, p. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) "Comunità microbiche, geni di resistenza e rischi resisti nei laghi urbani di diversi stati trofici: legami interni e influenze esterne",Progressi del diario dei materiali pericolosi, 9, p. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) "L'analisi metagenomica ha rivelato differenze nella composizione e nella funzione tra microrganismi associati al liquido e associato solido di rumine di pecore",Frontiers in microbiologia, 13, p. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) "Il microbiota obeso derivato dal maiale di Ningxiang ha regalato il metabolismo della carnitina per promuovere la deposizione di acidi grassi muscolari nei maiali snelli",L'innovazione, 4 (5), p. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) "Intuizioni metagenomiche sui potenziali rischi di detriti di plastica e non plastici non degradabili rappresentativi nella parte superiore e inferiore dell'estuario di Haihe, in Cina",Scienza dell'ambiente totale, 887, p. 164026. Doi: 10.1016/j.scototenv.2023.164026.