Sequenziamento non codificante lungo - Illumina
Vantaggi del servizio
●Analisi congiunta di mRNA e lncRNA: combinando la quantificazione dei trascritti di mRNA con lo studio dei lncRNA e dei loro bersagli, è possibile ottenere una panoramica approfondita del meccanismo di regolazione alla base della risposta cellulare.
●Ampia competenzaAbbiamo elaborato oltre 230.000 campioni, coprendo diversi obiettivi progettuali e di campionamento. Mettiamo a frutto la nostra vasta esperienza in ogni progetto.
●Analisi congiunta di mRNA e lncRNA: Combiniamo la quantificazione dei trascritti di mRNA con lo studio dei lncRNA e dei loro bersagli, rendendo possibile ottenere una panoramica approfondita del meccanismo di regolazione alla base della risposta cellulare.
●Rigoroso controllo di qualità: Implementiamo i punti di controllo fondamentali in tutte le fasi, dalla preparazione dei campioni alla preparazione delle librerie, al sequenziamento e alla bioinformatica. Il nostro monitoraggio meticoloso garantisce il raggiungimento di risultati costantemente di alta qualità.
●Annotazione completaUtilizziamo diversi database per annotare funzionalmente i geni differenzialmente espressi (DEG) ed eseguire le relative analisi di arricchimento. Questo approccio completo fornisce informazioni sui processi cellulari e molecolari alla base della risposta del trascrittoma, garantendovi di ottenere tutte le informazioni possibili sui dati del vostro esperimento.
●Supporto post-vendita: Sappiamo quanto sia importante essere presenti, ecco perché il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto, con un periodo di assistenza post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi dubbio relativo ai risultati.
Requisiti e consegna del campione
| Biblioteca | Piattaforma | Dati consigliati | Controllo qualità dei dati |
| Libreria direzionale impoverita di rRNA | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nucleotidi:
| Concentrazione (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA sul gel. | RIN≥6,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazione della linea di base limitata o nulla |
● Piante:
Radice, stelo o petalo: 450 mg
Foglia o seme: 300 mg
Frutta: 1,2 g
● Animale:
Cuore o intestino: 450 mg
Visceri o cervello: 240 mg
Muscolo: 600 mg
Ossa, capelli o pelle: 1,5 g
● Artropodi:
Insetti: 9 g
Crostacei: 450 mg
● Sangue intero:2 tubi
● Cellule: 106 cellule
● Siero e plasma: 6 ml
Consegna del campione consigliata
Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml (non è consigliata la carta stagnola)
Etichettatura del campione: Gruppo+replica, ad esempio A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizione:
1. Ghiaccio secco: i campioni devono essere confezionati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.
2. Provette RNAstable: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.
Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna del campione
Estrazione dell'RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Bioinformatica
- dati grezzi
- Controllo qualità dei dati
- Allineamento del genoma
- Struttura genica (splicing alternativo, ottimizzazione della struttura genica e previsione di nuovi geni)
- Quantificazione dell'espressione genica
- Analisi dell'espressione differenziale
- Annotazione e arricchimento DEG + Geni bersaglio lncRNA espressi in modo differenziale
- Identificazione della trascrizione
- Identificazione dell'lncRNA (conservazione dell'lncRNA e lncRNA noto)
- Previsione dei geni bersaglio dell'lncRNA
- Quantificazione dell'espressione di lncRNA
- Analisi congiunta con dati mRNA
Analisi dell'espressione genica differenziale (DEG)
Quantificazione dell'espressione di lncRNA – clustering
Arricchimento dei geni bersaglio dell'lncRNA
Analisi congiunta della posizione di mRNA e lncRNA – Diagramma di Circos (il cerchio centrale è mRNA e il cerchio interno è lncRNA)
Esplora i progressi facilitati dai servizi di esequenziamento lncRNA di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Ji, H. et al. (2020) 'Identificazione, previsione funzionale e verifica chiave dell'lncRNA correlato allo stress da freddo nel fegato dei ratti',Rapporti scientifici2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'L'analisi trascrittomica integrativa rivela il meccanismo immunitario per un ceppo di carpa comune resistente al CyHV-3',Frontiere dell'immunologia, 12, pag. 687151.doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Prioritizzazione basata sull'integrazione multi-omica delle reti di regolazione dell'RNA endogeno in competizione nel carcinoma polmonare a piccole cellule: caratteristiche molecolari e farmaci candidati',Frontiere in oncologia, 12, pag. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Dissezione genetica della rete di coespressione genica alla base della fotosintesi in Populus',Rivista di biotecnologia vegetale, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Una rete di regolamentazione globale per l'espressione genica disregolata e la segnalazione metabolica anomala nelle cellule immunitarie nel microambiente della malattia di Graves e della tiroidite di Hashimoto',Frontiere dell'immunologia, 13, pag. 879824.doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
