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Analisi di associazione su tutto il genoma
Lo studio di associazione sull'intero genoma (GWAS) mira a identificare varianti genetiche (genotipo) associate a tratti specifici (fenotipo).Lo studio GWAS indaga i marcatori genetici che attraversano l'intero genoma di un gran numero di individui e prevede le associazioni genotipo-fenotipo mediante analisi statistica a livello di popolazione.È stato ampiamente applicato nella ricerca sulle malattie umane e nell'estrazione genetica funzionale su tratti complessi di animali o piante.
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Sequenziamento dell'RNA a nucleo singolo
Il progresso nella tecnica di cattura di singole cellule e di costruzione di librerie individuali, combinato con il sequenziamento ad alto rendimento, consente studi di espressione genica cellula per cellula.Consente un'analisi del sistema più profonda e completa su popolazioni cellulari complesse, in cui evita in gran parte il mascheramento della loro eterogeneità prendendo la media di tutte le cellule.
Tuttavia, alcune cellule non sono adatte per essere trasformate in sospensione unicellulare, quindi sono necessari altri metodi di preparazione del campione, ad esempio l'estrazione del nucleo dai tessuti, ovvero il nucleo viene estratto direttamente dai tessuti o dalla cellula e preparato in sospensione a nucleo singolo per sequenziamento cellulare.
BMK fornisce il servizio di sequenziamento di RNA a singola cellula basato su Genomics ChromiumTM 10×.Questo servizio è stato ampiamente utilizzato in studi relativi a malattie, come la differenziazione delle cellule immunitarie, l'eterogeneità del tumore, lo sviluppo dei tessuti, ecc.
Chip del trascrittoma spaziale: 10× Genomica
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenziamento dell'intero genoma di piante/animali
Il risequenziamento dell'intero genoma, noto anche come WGS, consente di rivelare mutazioni comuni e rare sull'intero genoma, tra cui il polimorfismo a singolo nucleotide (SNP), l'eliminazione di inserzione (InDel), la variazione della struttura (SV) e la variazione del numero di copie (CNV). ).Gli SV costituiscono una porzione maggiore della base di variazione rispetto agli SNP e hanno un impatto maggiore sul genoma, che ha un effetto significativo sugli organismi viventi.Il risequenziamento a lettura lunga consente un'identificazione più precisa di frammenti di grandi dimensioni e variazioni complicate poiché le letture lunghe rendono molto più semplice l'incrocio cromosomico su regioni complicate come ripetizioni in tandem, regioni ricche di GC/AT e regioni ipervariabili.
Piattaforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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Trascrittoma spaziale BMKMANU S1000
L'organizzazione spaziale delle cellule svolge un ruolo vitale in vari processi biologici, come l'infiltrazione immunitaria, lo sviluppo dell'embrione, ecc. Il sequenziamento del trascrittoma spaziale, che indica il profilo dell'espressione genica conservando le informazioni sulla posizione spaziale, ha fornito grandi informazioni sull'architettura dei tessuti a livello del trascrittoma.Con lo sviluppo della tecnologia, la morfologia del tessuto ultrachiaro e la reale differenza strutturale dell'espressione molecolare spaziale devono essere studiate con una risoluzione più elevata.BMKGENE fornisce un servizio completo e unico di sequenziamento del trascrittoma spaziale, dai campioni agli approfondimenti biologici.
Le tecnologie di trascrittomica spaziale hanno potenziato nuove prospettive in diversi ambiti di ricerca risolvendo il profilo di espressione genetica con contenuto spaziale in campioni eterogenei.
Chip del trascrittoma spaziale: BMKMANU S1000
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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10x trascrittoma spaziale Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression è una tecnologia di sequenziamento del trascrittoma spaziale tradizionale per la classificazione dei tessuti in base all'mRNA totale.Mappa l'intero trascrittoma con il contesto morfologico per scoprire nuove informazioni sullo sviluppo normale, sulla patologia della malattia e sulla ricerca clinica traslazionale.BMKGENE fornisce un servizio completo e unico di sequenziamento del trascrittoma spaziale, dai campioni agli approfondimenti biologici.
Le tecnologie di trascrittomica spaziale hanno consentito nuove prospettive in diversi ambiti di ricerca risolvendo il profilo di espressione genica con contenuto spaziale in campioni eterogenei.
Chip di trascrittoma spaziale: 10x Genomics Visium
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
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Nanoporo per sequenziamento dell'mRNA a lunghezza intera
Il sequenziamento dell'RNA è stato uno strumento prezioso per l'analisi completa del trascrittoma.Senza dubbio, il tradizionale sequenziamento di letture brevi ha ottenuto numerosi importanti sviluppi qui.Tuttavia, incontra spesso limitazioni nelle identificazioni delle isoforme a lunghezza intera, nella quantificazione e nei bias della PCR.
Il sequenziamento dei nanopori si distingue dalle altre piattaforme di sequenziamento in quanto i nucleotidi vengono letti direttamente senza sintesi del DNA e genera letture lunghe a decine di kilobasi.Ciò consente la lettura diretta incrociando le trascrizioni integrali e affrontando le sfide negli studi a livello di isoforma.
piattaforma:PromethION di nanopori
Biblioteca:cDNA-PCR
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Sequenziamento dell'mRNA a lunghezza intera -PacBio
Di nuovosequenziamento del trascrittoma a lunghezza intera, noto anche comeDi nuovoIso-Seq sfrutta i vantaggi del sequenziatore PacBio in termini di lunghezza di lettura, che consente il sequenziamento di molecole di cDNA a lunghezza intera senza interruzioni.Ciò evita completamente qualsiasi errore generato nelle fasi di assemblaggio della trascrizione e costruisce set unigeni con risoluzione a livello di isoforma.Questo set unigene fornisce potenti informazioni genetiche come “genoma di riferimento” a livello del trascrittoma.Inoltre, combinandosi con i dati di sequenziamento di nuova generazione, questo servizio consente una quantificazione accurata dell'espressione a livello di isoforma.
Piattaforma: PacBio Sequel IIBiblioteca: biblioteca di campanelli SMRT -
Sequenziamento dell'mRNA eucariotico-Illumina
Il sequenziamento dell'mRNA consente la profilazione di tutti gli mRNA trascritti dalle cellule in condizioni specifiche.Si tratta di una potente tecnologia per rivelare il profilo di espressione genetica, le strutture genetiche e i meccanismi molecolari di alcuni processi biologici.Ad oggi, il sequenziamento dell'mRNA è stato ampiamente utilizzato nella ricerca fondamentale, nella diagnostica clinica, nello sviluppo di farmaci, ecc.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenziamento di mRNA basato su non riferimento-Illumina
Il sequenziamento dell'mRNA adotta la tecnica di sequenziamento di nuova generazione (NGS) per catturare l'RNA messaggero (mRNA) dagli eucarioti in un periodo specifico in cui vengono attivate alcune funzioni speciali.La trascrizione più lunga giuntata è stata chiamata "Unigene" e utilizzata come sequenza di riferimento per le analisi successive, che è un mezzo efficace per studiare il meccanismo molecolare e la rete regolatrice della specie senza riferimento.
Dopo l'assemblaggio dei dati del trascrittoma e l'annotazione funzionale unigena
(1) Verranno effettuate l'analisi SSR, la previsione CDS e la struttura del gene.
(2)Verrà eseguita la quantificazione dell'espressione unigenica in ciascun campione.
(3) Gli unigeni differenzialmente espressi tra campioni (o gruppi) saranno scoperti in base all'espressione unigenica
(4) Verranno eseguiti clustering, annotazioni funzionali e analisi di arricchimento degli unigeni differenzialmente espressi
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Sequenziamento lungo non codificante-Illumina
Gli RNA lunghi non codificanti (lncRNA) sono un tipo di molecole di RNA con lunghezza superiore a 200 nt, caratterizzate da un potenziale di codifica estremamente basso.LncRNA, come membro chiave degli RNA non codificanti, si trova principalmente nel nucleo e nel plasma.Lo sviluppo della tecnologia di sequenziamento e della bioinformatica consente di identificare numerosi nuovi lncRNA e di associarli a funzioni biologiche.Evidenze accumulate suggeriscono che lncRNA è ampiamente coinvolto nella regolazione epigenetica, nella regolazione della trascrizione e nella regolazione post-trascrizione.
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Sequenziamento di piccoli RNA-Illumina
Il piccolo RNA si riferisce a una classe di molecole di RNA non codificanti che di solito sono lunghe meno di 200 nt, inclusi micro RNA (miRNA), piccolo RNA di interferenza (siRNA) e RNA interagente con piwi (piRNA).
I microRNA (miRNA) sono una classe di piccoli RNA endogeni con una lunghezza di circa 20-24 nt, che svolgono una varietà di importanti ruoli regolatori nelle cellule.miRNA coinvolti in molti processi vitali che rivelano espressioni specifiche per tessuto e stadio e altamente conservati in diverse specie.
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Sequenziamento del circRNA-Illumina
I CircRNA (Circular RNA) sono una classe di molecole di RNA non codificanti che hanno un'estremità inferiore a 5 ′ e una coda poli (A) a 3 ′.I CircRNA eseguono una struttura circolare mediante il legame covalente che è lo stato contro la digestione dell'esonucleasi dell'RNA.Il circRNA svolge un ruolo importante nella crescita e nello sviluppo degli organismi e nella loro resistenza all'ambiente esterno.
Il CircRNA ha molte funzioni, che possono legare in modo competitivo il miRNA, esercitare la funzione regolatrice del ceRNA e regolare l'espressione genica.Negli ultimi anni si è anche scoperto che è strettamente correlato all'insorgenza e allo sviluppo di malattie e ha grandi prospettive di applicazione nella direzione dei marcatori diagnostici delle malattie e così via.
