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Analisi di associazione dell'intero genoma
Lo studio di associazione genome-wide (GWAS) mira a identificare varianti genetiche (genotipo) associate a tratti specifici (fenotipo).Lo studio GWAS indaga i marcatori genetici nell'intero genoma di un gran numero di individui e prevede le associazioni genotipo-fenotipo mediante analisi statistiche a livello di popolazione.È stato ampiamente applicato nella ricerca sulle malattie umane e sull'estrazione di geni funzionali su tratti complessi di animali o piante.
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Sequenziamento dell'RNA a nucleo singolo
Il progresso nella cattura di singole cellule e nella tecnica di costruzione di librerie individuali combinata con il sequenziamento ad alto rendimento consente studi di espressione genica su base cellula per cellula.Consente un'analisi del sistema più approfondita e completa su popolazioni cellulari complesse, in cui evita in gran parte il mascheramento della loro eterogeneità prendendo la media di tutte le cellule.
Tuttavia, alcune cellule non sono adatte per essere trasformate in sospensione unicellulare, quindi sono necessari altri metodi di preparazione del campione: l'estrazione del nucleo dai tessuti, ovvero il nucleo viene estratto direttamente dai tessuti o dalla cellula e preparato in sospensione a nucleo singolo per sequenziamento cellulare.
BMK fornisce il servizio di sequenziamento dell'RNA a cellula singola basato su Genomics ChromiumTM 10×.Questo servizio è stato ampiamente utilizzato negli studi sugli studi relativi alle malattie, come la differenziazione delle cellule immunitarie, l'eterogeneità del tumore, lo sviluppo dei tessuti, ecc.
Chip del trascrittoma spaziale: 10 × Genomics
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenziamento dell'intero genoma di piante/animali
Il risequenziamento dell'intero genoma, noto anche come WGS, consente di rivelare mutazioni sia comuni che rare sull'intero genoma, tra cui il polimorfismo a singolo nucleotide (SNP), l'eliminazione dell'inserzione (InDel), la variazione della struttura (SV) e la variazione del numero di copie (CNV) ).Gli SV costituiscono una porzione maggiore della base di variazione rispetto agli SNP e hanno un impatto maggiore sul genoma, che ha un effetto significativo sugli organismi viventi.La risequenziazione a lettura lunga consente un'identificazione più precisa di grandi frammenti e variazioni complicate perché le letture lunghe rendono molto più facile l'attraversamento cromosomico su regioni complicate come ripetizioni in tandem, regioni ricche di GC/AT e regioni ipervariabili.
Piattaforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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BMKMANU S1000 Trascrittoma spaziale
L'organizzazione spaziale delle cellule svolge un ruolo vitale in vari processi biologici, come l'infiltrazione immunitaria, lo sviluppo dell'embrione, ecc. Il sequenziamento spaziale del trascrittoma, che indica il profilo dell'espressione genica pur conservando le informazioni sulla posizione spaziale, ha fornito grandi informazioni sull'architettura del tessuto a livello del trascrittoma.Con lo sviluppo della tecnologia, la morfologia del tessuto ultra-trasparente e la reale differenza strutturale dell'espressione molecolare spaziale devono essere studiate con una risoluzione più elevata.BMKGENE fornisce un servizio di sequenziamento del trascrittoma spaziale completo e completo, dai campioni agli approfondimenti biologici.
Le tecnologie di trascrittomica spaziale hanno consentito nuove prospettive in diverse arene di ricerca risolvendo il profilo di espressione genica con contenuto spaziale in campioni eterogenei.
Chip del trascrittoma spaziale: BMKMANU S1000
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
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10x Genomics Visium Trascrittoma spaziale
Visium Spatial Gene Expression è una tecnologia di sequenziamento del trascrittoma spaziale tradizionale per la classificazione dei tessuti in base all'mRNA totale.Mappa l'intero trascrittoma con il contesto morfologico per scoprire nuove intuizioni sullo sviluppo normale, sulla patologia della malattia e sulla ricerca traslazionale clinica.BMKGENE fornisce un servizio di sequenziamento del trascrittoma spaziale completo e completo, dai campioni agli approfondimenti biologici.
Le tecnologie di trascrittomica spaziale hanno potenziato nuove prospettive in diverse arene di ricerca risolvendo il profilo di espressione genica con contenuto spaziale in campioni eterogenei.
Chip del trascrittoma spaziale: 10x Genomics Visium
Piattaforma:Illumina NovaSeq 6000
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Sequenziamento dell'mRNA a lunghezza intera-Nanopore
Il sequenziamento dell'RNA è stato uno strumento prezioso per l'analisi completa del trascrittoma.Indubbiamente, il sequenziamento tradizionale a lettura breve ha raggiunto molti importanti sviluppi qui.Tuttavia, incontra spesso limitazioni nelle identificazioni di isoforme a lunghezza intera, nella quantificazione, nel bias della PCR.
Il sequenziamento dei nanopori si distingue da altre piattaforme di sequenziamento, in quanto i nucleotidi vengono letti direttamente senza la sintesi del DNA e generano letture lunghe a decine di kilobasi.Ciò consente la lettura diretta incrociando trascrizioni a lunghezza intera e affrontando le sfide negli studi a livello di isoforma.
piattaforma：Nanopore PromethION
Biblioteca:cDNA-PCR
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Sequenziamento completo dell'mRNA -PacBio
Di nuovosequenziamento del trascrittoma a lunghezza intera, noto anche comeDi nuovoIso-Seq sfrutta i vantaggi del sequenziatore PacBio in lunghezza di lettura, che consente il sequenziamento di molecole di cDNA a lunghezza intera senza interruzioni.Ciò evita completamente eventuali errori generati nelle fasi di assemblaggio della trascrizione e costruisce set unigene con risoluzione a livello di isoforma.Questo set unigene fornisce potenti informazioni genetiche come "genoma di riferimento" a livello di trascrittoma.Inoltre, combinandosi con i dati di sequenziamento di nuova generazione, questo servizio consente un'accurata quantificazione dell'espressione a livello di isoforma.
Piattaforma: PacBio Sequel IILibreria: libreria di campane SMRT -
Sequenziamento dell'mRNA eucariotico-Illumina
Il sequenziamento dell'mRNA consente la profilazione di tutti gli mRNA trascritti dalle cellule in condizioni specifiche.È una potente tecnologia per rivelare il profilo di espressione genica, le strutture geniche e i meccanismi molecolari di alcuni processi biologici.Ad oggi, il sequenziamento dell'mRNA è stato ampiamente impiegato nella ricerca fondamentale, nella diagnostica clinica, nello sviluppo di farmaci, ecc.
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenziamento dell'mRNA basato su non riferimento-Illumina
Il sequenziamento dell'mRNA adotta la tecnica di sequenziamento di nuova generazione (NGS) per catturare l'RNA messaggero (mRNA) dalla forma eucariota in un periodo specifico che alcune funzioni speciali stanno attivando.Il trascritto più lungo unito è stato chiamato "Unigene" e utilizzato come sequenza di riferimento per la successiva analisi, che è un mezzo efficace per studiare il meccanismo molecolare e la rete di regolazione della specie senza riferimento.
Dopo l'assemblaggio dei dati del trascrittoma e l'annotazione funzionale unigene
(1) Saranno preformate l'analisi SSR, la predizione CDS e la struttura genica.
(2) Sarà eseguita la quantificazione dell'espressione unigene in ciascun campione.
(3)Gli unigeni differenzialmente espressi tra i campioni (o gruppi) saranno scoperti sulla base dell'espressione dell'unigene
(4)Saranno eseguite clustering, annotazione funzionale e analisi di arricchimento di unigeni differenzialmente espressi
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Sequenziamento lungo non codificante-Illumina
Gli RNA lunghi non codificanti (lncRNA) sono un tipo di molecole di RNA con lunghezza superiore a 200 nt, caratterizzate da un potenziale di codifica estremamente basso.LncRNA, come membro chiave negli RNA non codificanti, si trova principalmente nel nucleo e nel plasma.Lo sviluppo della tecnologia di sequenziamento e della bioinformatica consente di identificare numerosi nuovi lncRNA e di associarli a funzioni biologiche.Prove cumulative suggeriscono che lncRNA è ampiamente coinvolto nella regolazione epigenetica, nella regolazione della trascrizione e nella regolazione post-trascrizione.
