mRNA-seq (NGS) con genoma di riferimento
La sequenziatura dell'RNA (RNA-seq) è uno strumento standard nelle scienze biologiche e agrarie, che colma il divario tra genomi e proteomi. Il suo punto di forza risiede nella scoperta di nuovi trascritti e nella quantificazione della loro espressione in un unico test. È ampiamente utilizzata per studi trascrittomici comparativi, che permettono di far luce sui geni correlati a diverse caratteristiche o fenotipi, come il confronto tra mutanti e ceppi selvatici o la rivelazione dell'espressione genica in condizioni specifiche. L'app BMKCloud mRNA(Reference) integra la quantificazione dell'espressione, l'analisi dell'espressione differenziale (DEG) e l'analisi della struttura della sequenza nella pipeline bioinformatica della sequenziatura dell'mRNA (NGS) e unisce i punti di forza di software simili, garantendo praticità e facilità d'uso. Gli utenti possono caricare i propri dati RNA-seq sul cloud, dove l'app offre una soluzione completa e integrata per l'analisi bioinformatica. Inoltre, l'app pone la massima priorità sull'esperienza dell'utente, offrendo operazioni personalizzate e adattate alle esigenze specifiche di ciascuno. Gli utenti possono impostare i parametri e inviare autonomamente la missione della pipeline, controllare il report interattivo, visualizzare dati/diagrammi ed eseguire analisi dei dati, come ad esempio: selezione del gene target, clustering funzionale, creazione di diagrammi, ecc.
Piattaforma:Illumina, MGI
Strategia:RNA-Seq
Disposizione: Dati puliti e ripuliti.
Tipo di biblioteca:fr-non filato, fr-primo filamento o fr-secondo filamento
Lunghezza di lettura:150 bp
Tipo di file:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. Il sistemaabbina automaticamente i file .fastq in base ai loro nomi,ad esempio *_1.fastq abbinato a *._2.fastq.
Numero di campioni:Non ci sono restrizioni sul numerodi campioni, ma il tempo di analisi aumenterà con l'aumentare del numero di campioniIl numero di campioni aumenta.
Quantità di dati consigliata:6 g per campione
