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Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS a lunghezza intera PacBio
La piattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) è sviluppata con anni di esperienza nell'analisi di progetti sulla diversità microbica, che contiene analisi di base standardizzate e analisi personalizzate: l'analisi di base copre il contenuto di analisi principale dell'attuale ricerca microbica, il contenuto dell'analisi è ricco e completo, e i risultati dell'analisi sono presentati sotto forma di relazioni di progetto;Il contenuto dell'analisi personalizzata è vario.È possibile selezionare i campioni e impostare i parametri in modo flessibile in base al rapporto di analisi di base e allo scopo della ricerca, per realizzare requisiti personalizzati.Sistema operativo Windows, semplice e veloce.
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PacBio-Trascrittoma a lunghezza intera (non di riferimento)
Prendendo come input i dati di sequenziamento delle isoforme di Pacific Biosciences (PacBio), questa app è in grado di identificare sequenze di trascrizione a lunghezza intera (senza assemblaggio).Mappando sequenze a lunghezza intera rispetto al genoma di riferimento, le trascrizioni possono essere ottimizzate da geni, trascrizioni, regioni codificanti noti, ecc. In questo caso, è possibile ottenere un'identificazione più accurata delle strutture dell'mRNA, come lo splicing alternativo, ecc.L'analisi congiunta con i dati di sequenziamento del trascrittoma NGS consente un'annotazione più completa e una quantificazione più accurata dell'espressione a livello di trascrizione, il che avvantaggia ampiamente l'espressione differenziale a valle e l'analisi funzionale.
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Kit di strumenti
BMKCloud è una piattaforma bioinformatica leader che fornisce una soluzione unica per i programmi genomici, di cui godono ampiamente i ricercatori in vari ambiti tra cui quello medico, agricolo, ambientale, ecc. BMKCloud si impegna a fornire servizi integrati, affidabili ed efficienti, comprese piattaforme e strumenti di analisi bioinformatica , risorse informatiche, database pubblico, corsi online di bioinformatica, ecc. BMKCloud dispone di vari strumenti bioinformatici utilizzati di frequente tra cui annotazione genetica, strumenti genetici evolutivi, ncRNA, controllo della qualità dei dati, assemblaggio, allineamento, estrazione dei dati, mutazioni, statistiche, generatore di figure, sequenza analisi, ecc.
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piccolo RNA
I piccoli RNA sono un tipo di RNA corto non codificante con una lunghezza media di 18-30 nt, inclusi miRNA, siRNA e piRNA.È stato riportato che questi piccoli RNA sono massicciamente coinvolti in vari processi biologici come la degradazione dell'mRNA, l'inibizione della traduzione, la formazione di eterocromatina, ecc. L'analisi di sequenziamento di piccoli RNA è stata ampiamente applicata in studi sullo sviluppo di animali/piante, malattie, virus, ecc. Piccoli RNA la piattaforma di analisi del sequenziamento è costituita da analisi standard e data mining avanzato.Sulla base dei dati RNA-seq, l'analisi standard può ottenere l'identificazione e la previsione dei miRNA, la previsione del gene bersaglio dei miRNA, l'annotazione e l'analisi dell'espressione.L'analisi avanzata consente la ricerca e l'estrazione personalizzate di miRNA, la generazione del diagramma di Venn e la creazione di reti di miRNA e geni target.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS è una piattaforma di analisi di risequenziamento dell'intero genoma, sviluppata sulla base di una ricca esperienza nelle tecnologie dei biomarcatori.Questa piattaforma facile da usare consente l'invio rapido di un flusso di lavoro di analisi integrato semplicemente impostando alcuni parametri di base, che si adattano ai dati di sequenziamento del DNA generati sia dalla piattaforma Illumina che dalla piattaforma di sequenziamento BGI.Questa piattaforma è distribuita su un server informatico ad alte prestazioni, che consente un'analisi dei dati altamente efficiente in un tempo molto limitato.Il data mining personalizzato è disponibile sulla base di analisi standard, tra cui query sui geni mutati, progettazione di primer PCR, ecc.
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mRNA(Riferimento)
Il trascrittoma è il collegamento tra l'informazione genetica genomica e il proteoma della funzione biologica.La regolazione del livello trascrizionale è la modalità di regolazione degli organismi più importante e più ampiamente studiata.Il sequenziamento del trascrittoma può sequenziare il trascrittoma in qualsiasi momento o in qualsiasi condizione, con una risoluzione accurata per un singolo nucleotide. Può riflettere dinamicamente il livello di trascrizione genetica, identificare e quantificare simultaneamente trascrizioni rare e normali e fornire informazioni strutturali di trascrizioni specifiche del campione.
Attualmente, la tecnologia di sequenziamento del trascrittoma è stata ampiamente utilizzata in agronomia, medicina e altri campi di ricerca, tra cui la regolamentazione dello sviluppo di animali e piante, l'adattamento ambientale, l'interazione immunitaria, la localizzazione dei geni, l'evoluzione genetica delle specie e il rilevamento di tumori e malattie genetiche.
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Metagenomica (NGS)
Questa piattaforma di analisi è progettata per l'analisi dei dati metagenomici shotgun sulla base di anni di esperienza.Consiste in un flusso di lavoro integrato contenente varie analisi metagenomiche comunemente necessarie, tra cui elaborazione dei dati, studi a livello di specie, studi a livello di funzione genetica, binning del metagenoma, ecc. Inoltre, strumenti di data mining personalizzati sono disponibili nel flusso di lavoro di analisi standard, inclusa query su geni e specie , impostazione dei parametri, generazione di figure personalizzate, ecc.
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LncRNA
Gli RNA lunghi non codificanti (lncRNA) sono un tipo di trascritti con lunghezza superiore a 200 nt, che non sono in grado di codificare le proteine.Prove accumulate suggeriscono che è molto probabile che la maggior parte degli lncRNA siano funzionali.Le tecnologie di sequenziamento ad alto rendimento e gli strumenti di analisi bioinformatica ci consentono di rivelare sequenze di lncRNA e informazioni sul posizionamento in modo più efficiente e ci portano a scoprire lncRNA con funzioni regolatorie cruciali.BMKCloud è orgoglioso di fornire ai nostri clienti la piattaforma di analisi del sequenziamento lncRNA per ottenere analisi lncRNA veloci, affidabili e flessibili.
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GWAS
Lo studio di associazione sull'intero genoma (GWAS) mira a identificare varianti genetiche (genotipo) associate a tratti specifici (fenotipo).Gli studi GWA indagano i marcatori genetici che attraversano l'intero genoma di un gran numero di individui e prevedono associazioni genotipo-fenotipo mediante analisi statistica a livello di popolazione.Il risequenziamento dell’intero genoma può potenzialmente scoprire tutte le varianti genetiche.Insieme ai dati fenotipici, il GWAS può essere elaborato per identificare SNP, QTL e geni candidati correlati al fenotipo, il che sostiene fortemente la moderna selezione di animali/piante.SLAF è una strategia di sequenziamento del genoma semplificata auto-sviluppata, che scopre marcatori distribuiti sull'intero genoma, SNP.Questi SNP, come marcatori genetici molecolari, possono essere elaborati per studi di associazione con tratti mirati.È una strategia economicamente vantaggiosa per identificare tratti complessi associati a variazioni genetiche.
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Trascrittomica a lunghezza intera di nanopori
Le isoforme alternative complesse e variabili negli organismi sono importanti meccanismi genetici per la regolazione dell'espressione genica e della diversità proteica.L'identificazione accurata delle strutture della trascrizione è la base per uno studio approfondito dei modelli di regolazione dell'espressione genica.La piattaforma di sequenziamento dei nanopori ha portato con successo lo studio trascrittomico a livello di isoforme.Questa piattaforma di analisi è progettata per analizzare i dati RNA-Seq generati sulla piattaforma Nanopore sulla base del genoma di riferimento, ottenendo analisi qualitative e quantitative sia a livello di gene che a livello di trascrizioni.
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Circ-RNA
L'RNA circolare (circRNA) è un tipo di RNA non codificante, che recentemente si è scoperto svolgere un ruolo vitale nelle reti regolatrici coinvolte nello sviluppo, nella resistenza ambientale, ecc. Distinto dalle molecole di RNA lineare, ad esempio mRNA, lncRNA, 3′ e 5′ le estremità del circRNA sono unite insieme per formare una struttura circolare, che le salva dalla digestione dell'esonucleasi e sono più stabili della maggior parte dell'RNA lineare.È stato scoperto che i CircRNA hanno diverse funzioni nella regolazione dell'espressione genica.Il CircRNA può funzionare come ceRNA, che lega il miRNA in modo competitivo, noto come spugna di miRNA.La piattaforma di analisi di sequenziamento CircRNA consente l'analisi della struttura e dell'espressione del CircRNA, la previsione del target e l'analisi congiunta con altri tipi di molecole di RNA
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BSA
La piattaforma Bulked Segregant Analysis è composta da analisi standard in un unico passaggio e analisi avanzate con impostazione dei parametri personalizzata.La BSA è una tecnica utilizzata per identificare rapidamente i marcatori genetici associati al fenotipo.Il flusso di lavoro principale di BSA contiene: 1. selezione di due gruppi di individui con fenotipi estremamente opposti;2. mettere in comune il DNA, l'RNA o SLAF-seq (sviluppato da Biomarker) di tutti gli individui per formare due gruppi di DNA;3. identificazione di sequenze differenziali rispetto al genoma di riferimento o intermedie, 4. previsione delle regioni collegate candidate mediante algoritmo ED e indice SNP;5. Analisi funzionale e arricchimento sui geni nelle regioni candidate, ecc. Sono inoltre disponibili attività di estrazione di dati più avanzate, tra cui lo screening dei marcatori genetici e la progettazione di primer.
