Mappa di calore
Lo strumento Heatmap accetta come input un file di dati matrice e consente agli utenti di filtrare, normalizzare e raggruppare i dati. Il caso d'uso principale delle heatmap è l'analisi cluster del livello di espressione genica tra diversi campioni.
Annotazione genetica
Lo strumento Gene Annotation esegue l'annotazione genetica in base all'allineamento delle sequenze dei file FASTA di input rispetto a vari database.
Strumento di ricerca di allineamento locale di base (BLAST)
Lo strumento BLAST è una versione integrata in BMKCloud di NCBI BLAST e può essere utilizzato per eseguire le stesse funzioni utilizzando i dati caricati sull'account BMKCloud.
Previsione CDS_UTR
Lo strumento di previsione CDS_UTR è progettato per prevedere le regioni codificanti (CDS) e le regioni non codificanti (UTR) in determinate sequenze di trascrizione in base ai risultati BLAST rispetto ai database proteici noti e ai risultati della previsione ORF.
Trama di Manhattan
Lo strumento Manhattan Plot consente la visualizzazione di esperimenti con campioni elevati ed è comunemente utilizzato negli studi di associazione genomica (GWAS).
Diagramma del Circo
Lo strumento Diagramma CIRCOS fornisce una visualizzazione efficiente della distribuzione delle caratteristiche genomiche nel genoma. Le caratteristiche comuni includono loci quantitativi, SNP, InDel, varianti strutturali e varianti del numero di copie.
Arricchimento dell'ontologia genetica (GO)
Lo strumento GO Enrichment fornisce analisi di arricchimento funzionale. Il software principale di questo strumento è il pacchetto TopGO-Bioconductor, che include analisi di espressione differenziale, analisi di arricchimento GO e visualizzazione dei risultati.
Analisi della rete di coespressione genica ponderata (WGCNA)
WGCNA è un metodo di data mining ampiamente utilizzato per scoprire moduli di coespressione genica. È applicabile a vari set di dati di espressione, inclusi dati di microarray e NGS.
InterProScan
Lo strumento InterProScan fornisce l'analisi e la classificazione delle sequenze proteiche InterPro.
GO KEGG Arricchimento
Lo strumento GO KEGG Enrichment è progettato per generare un istogramma di arricchimento GO, un istogramma di arricchimento KEGG e un percorso di arricchimento KEGG in base a un set di geni fornito e all'annotazione corrispondente.