Metagenomica (NGS)

La metagenomica shotgun con Illumina è uno strumento diffuso per lo studio dei microbiomi, che sequenzia direttamente il DNA da campioni complessi, consentendo lo studio della diversità sia tassonomica che funzionale. La pipeline metagenomica (NGS) di BMKCloud inizia con il controllo di qualità e l'assemblaggio del metagenoma, da cui i geni vengono predetti e raggruppati in set di dati non ridondanti, annotati per funzione e tassonomia utilizzando più database. Queste informazioni vengono utilizzate per analizzare la diversità tassonomica all'interno del campione (diversità alfa) e la diversità tra campioni (diversità beta). L'analisi differenziale tra i gruppi individua OTU e funzioni biologiche che differiscono tra i due gruppi utilizzando test sia parametrici che non parametrici, mentre l'analisi di correlazione mette in relazione queste differenze con fattori ambientali.