Metagenomics (NGS)

La metagenomica dei fucili da caccia con Illumina è uno strumento popolare per studiare i microbiomi sequenziando direttamente il DNA da campioni complessi, consentendo lo studio della diversità tassonomica e funzionale. La pipeline BMKCloud Metagenomic (NGS) inizia con il controllo di qualità e l'assemblaggio del metagenoma, da cui i geni sono previsti e raggruppati in set di dati non ridondanti che sono annotati per la funzione e la tassonomia utilizzando più database. Queste informazioni vengono utilizzate per analizzare la diversità tassonomica all'interno del campione (diversità alfa) e la diversità tra campioni (diversità beta). L'analisi differenziale tra i gruppi trova OTU e funzioni biologiche che differiscono tra i due gruppi usando test sia parametrici che non parametrici, mentre l'analisi di correlazione mette in relazione queste differenze con i fattori ambientali.