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Sequenziamento dell'RNA a nucleo singolo

Il progresso nella tecnica di cattura di singole cellule e di costruzione di librerie individuali, combinato con il sequenziamento ad alto rendimento, consente studi di espressione genica cellula per cellula.Consente un'analisi del sistema più profonda e completa su popolazioni cellulari complesse, in cui evita in gran parte il mascheramento della loro eterogeneità prendendo la media di tutte le cellule.

Tuttavia, alcune cellule non sono adatte per essere trasformate in sospensione unicellulare, quindi sono necessari altri metodi di preparazione del campione, ad esempio l'estrazione del nucleo dai tessuti, ovvero il nucleo viene estratto direttamente dai tessuti o dalla cellula e preparato in sospensione a nucleo singolo per sequenziamento cellulare.

BMK fornisce il servizio di sequenziamento di RNA a singola cellula basato su Genomics ChromiumTM 10×.Questo servizio è stato ampiamente utilizzato in studi relativi a malattie, come la differenziazione delle cellule immunitarie, l'eterogeneità del tumore, lo sviluppo dei tessuti, ecc.

Chip del trascrittoma spaziale: 10× Genomica

Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq

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Dettagli del servizio

Bioinformatica

Risultati dimostrativi

Principio tecnico

L'isolamento dei nuclei è ottenuto mediante 10× Genomics ChromiumTM, che consiste in un sistema microfluidico a otto canali con doppi incroci.In questo sistema, sfere di gel con codici a barre e primer, enzimi e un singolo nucleo sono incapsulate in una goccia d'olio delle dimensioni di un nanolitro, generando Gel Bead-in-Emulsion (GEM).Una volta formati i GEM, in ciascun GEM vengono eseguiti la lisi cellulare e il rilascio dei codici a barre.Gli mRNA vengono trascritti al contrario in molecole di cDNA con codici a barre 10× e UMI, che sono ulteriormente soggette alla costruzione di librerie di sequenziamento standard.

Tessuto non adatto alla preparazione della sospensione cellulare singola

Cellula/tessuto	Motivo
Tessuto congelato non fresco	Impossibile ottenere organizzazioni nuove o salvate da tempo
Cellula muscolare, megacariociti, grasso…	Il diametro della cella è troppo grande per entrare nello strumento
Fegato…	Troppo fragile per rompersi, incapace di distinguere le singole cellule
Cellula neuronale, cervello…	Più sensibile, facile da stressare, cambierà i risultati del sequenziamento
Pancreas, Tiroide...	Ricco di enzimi endogeni, che influenzano la produzione di sospensioni cellulari singole

Nucleo singolo vs cellula singola

Nucleo singolo	Singola cella
Diametro cellulare illimitato	Diametro delle cellule: 10-40 μm
Il materiale può essere tessuto congelato	Il materiale deve essere tessuto fresco
Basso stress delle cellule congelate	Il trattamento enzimatico può causare una reazione allo stress cellulare
Non è necessario rimuovere i globuli rossi	I globuli rossi devono essere rimossi
Il nucleare esprime la bioinformazione	L'intera cellula esprime bioinformazione