16S/18S/ITS ஆம்ப்ளிகான் சீக்வென்சிங்-NGS
சேவை நன்மைகள்
● சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளில் நுண்ணுயிர் கலவையின் தனிமைப்படுத்தல் இல்லாத மற்றும் விரைவான அடையாளம்
● சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளில் குறைந்த மிகுதியான கூறுகளில் உயர் தெளிவுத்திறன்
● சமீபத்திய QIIME2 தரவுத்தளம், சிறுகுறிப்பு, OTU/ASV ஆகியவற்றின் அடிப்படையில் பல்வேறு பகுப்பாய்வுகளுடன் ஓட்டத்தை பகுப்பாய்வு செய்கிறது.
● உயர்-செயல்திறன், அதிக துல்லியம்
● பல்வேறு நுண்ணுயிர் சமூக ஆய்வுகளுக்கு பொருந்தும்
● BMK 100,000 மாதிரிகள்/ஆண்டுக்கு மேல் விரிவான அனுபவத்தை கொண்டுள்ளது, மண், நீர், வாயு, கசடு, மலம், குடல், தோல், நொதித்தல் குழம்பு, பூச்சிகள், தாவரங்கள் போன்றவை.
● 45 தனிப்பயனாக்கப்பட்ட பகுப்பாய்வுக் கருவிகளைக் கொண்ட தரவு விளக்கத்தை BMKCloud எளிதாக்கியது
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
| வரிசைப்படுத்துதல்நடைமேடை | நூலகம் | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு வருவாய் | மதிப்பிடப்பட்ட திருப்ப நேரம் |
| Illumina NovaSeq இயங்குதளம் | PE250 | 50K/100K/300K குறிச்சொற்கள் | 30 நாட்கள் |
உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு
● மூல தரவு தரக் கட்டுப்பாடு
● OTU கிளஸ்டரிங்/டி-இரைச்சல்(ASV)
● OTU சிறுகுறிப்பு
● ஆல்பா பன்முகத்தன்மை
● பீட்டா பன்முகத்தன்மை
● குழுக்களுக்கு இடையேயான பகுப்பாய்வு
● சோதனை காரணிகளுக்கு எதிரான சங்க பகுப்பாய்வு
● செயல்பாட்டு மரபணு கணிப்பு
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
மாதிரி தேவைகள்:
க்குடிஎன்ஏ சாறுகள்:
| மாதிரி வகை | தொகை | செறிவு | தூய்மை |
| டிஎன்ஏ சாறுகள் | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
சுற்றுச்சூழல் மாதிரிகளுக்கு:
| மாதிரி வகை | பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி செயல்முறை |
| மண் | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;மீதமுள்ள வாடிய பொருள் மேற்பரப்பில் இருந்து அகற்றப்பட வேண்டும்;பெரிய துண்டுகளை அரைத்து 2 மிமீ வடிகட்டி வழியாக செல்லுங்கள்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது சைரோட்யூப்பில் உள்ள அலிகோட் மாதிரிகள். |
| மலம் | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது கிரையோட்யூப்பில் அலிகோட் மாதிரிகளை சேகரித்து. |
| குடல் உள்ளடக்கங்கள் | அசெப்டிக் நிலையில் மாதிரிகள் செயலாக்கப்பட வேண்டும்.பிபிஎஸ் மூலம் சேகரிக்கப்பட்ட திசுக்களை கழுவவும்;PBS ஐ மையவிலக்கு செய்து EP-குழாய்களில் வீழ்படிவை சேகரிக்கவும். |
| சேறு | மாதிரி அளவு: தோராயமாக.5 கிராம்;முன்பதிவு செய்ய மலட்டு EP-குழாய் அல்லது கிரையோட்யூப்பில் அலிகோட் கசடு மாதிரியை சேகரித்து |
| நீர் நிலை | குழாய் நீர், கிணற்று நீர் போன்ற குறைந்த அளவு நுண்ணுயிர் உள்ள மாதிரிக்கு, குறைந்தபட்சம் 1 லிட்டர் தண்ணீரைச் சேகரித்து 0.22 மைக்ரான் வடிகட்டி வழியாகச் சென்று சவ்வில் உள்ள நுண்ணுயிரிகளை வளப்படுத்தவும்.மென்படலத்தை மலட்டுக் குழாயில் சேமிக்கவும். |
| தோல் | மலட்டுத்தன்மையற்ற பருத்தி துணியால் அல்லது அறுவைசிகிச்சை பிளேடால் தோலின் மேற்பரப்பை கவனமாக துடைத்து, அதை மலட்டுக் குழாயில் வைக்கவும். |
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
மாதிரிகளை திரவ நைட்ரஜனில் 3-4 மணி நேரம் உறைய வைத்து, திரவ நைட்ரஜனில் அல்லது -80 டிகிரி வரை நீண்ட கால இட ஒதுக்கீட்டில் சேமிக்கவும்.உலர்-பனியுடன் கூடிய மாதிரி கப்பல் தேவை.
சேவை வேலை ஓட்டம்
மாதிரி விநியோகம்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
1.இனங்கள் விநியோகம்
2. வெப்ப வரைபடம்: இனங்கள் செழுமை க்ளஸ்டரிங்
3.அரிய பிரிவு வளைவு
4.NMDS பகுப்பாய்வு
5.Lefse பகுப்பாய்வு
BMK வழக்கு
வகை 2 நீரிழிவு நோயுடன் மற்றும் இல்லாத பருமனான நபர்கள் வெவ்வேறு குடல் நுண்ணுயிர் செயல்பாட்டு திறன் மற்றும் கலவையைக் காட்டுகிறார்கள்
வெளியிடப்பட்டது:செல் ஹோஸ்ட் & மைக்ரோப், 2019
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி:
லீன் அல்லாத நீரிழிவு நோய் (n=633);பருமனான அல்லாத நீரிழிவு நோய் (n=494);பருமனான-வகை 2 நீரிழிவு நோய் (n=153);
இலக்கு பகுதி: 16S rDNA V1-V2
இயங்குதளம்: இல்லுமினா மிசெக் (NGS-அடிப்படையிலான ஆம்ப்ளிகான் வரிசைமுறை)
டிஎன்ஏ சாறுகளின் துணைக்குழு இல்லுமினா ஹிசெக்கில் மெட்டஜெனோமிக் வரிசைமுறைக்கு உட்படுத்தப்பட்டது
முக்கிய முடிவுகள்
இந்த வளர்சிதை மாற்ற நோய்களின் நுண்ணுயிர் விவரக்குறிப்புகள் வெற்றிகரமாக வேறுபடுத்தப்பட்டன.
16S வரிசைமுறை மூலம் உருவாக்கப்பட்ட நுண்ணுயிர் அம்சங்களை ஒப்பிடுவதன் மூலம், உடல் பருமன் நுண்ணுயிர் கலவை, தனிப்பட்ட அம்சங்கள், குறிப்பாக அக்கர்மான்சியா, ஃபேகலிபாக்டீரியம், ஆசிலிபாக்டர், அலிஸ்டிப்ஸ் போன்றவற்றில் குறிப்பிடத்தக்க குறைவு ஆகியவற்றுடன் தொடர்புடையதாகக் கண்டறியப்பட்டது. .
குறிப்பு
திங்ஹோம், எல்பி மற்றும் பலர்."வகை 2 நீரிழிவு நோயுடன் மற்றும் இல்லாத பருமனான நபர்கள் வெவ்வேறு குடல் நுண்ணுயிர் செயல்பாட்டு திறன் மற்றும் கலவையைக் காட்டுகிறார்கள்."செல் ஹோஸ்ட் & மைக்ரோப்26.2(2019)
