BMKCloud உள்நுழைவு
1

குறிப்பு மரபணுத்தொகுதியுடன் mRNA-seq (NGS)

百迈客云网站-11

குறிப்பு மரபணுத்தொகுதியுடன் mRNA-seq (NGS)

RNA-seq என்பது உயிரியல் மற்றும் பயிர் அறிவியல்களில் ஒரு தரமான கருவியாகும், இது மரபணுத்தொகுதிகளுக்கும் புரதத்தொகுதிகளுக்கும் இடையிலான இடைவெளியை இணைக்கிறது. ஒரே சோதனையில் புதிய டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளைக் கண்டுபிடித்து அவற்றின் வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதே இதன் பலமாகும். இது ஒப்பீட்டு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகளுக்குப் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது, இது பிறழ்வுகளை இயல்பு வகைகளுடன் ஒப்பிடுவது அல்லது குறிப்பிட்ட சூழ்நிலைகளில் மரபணு வெளிப்பாட்டை வெளிப்படுத்துவது போன்ற பல்வேறு பண்புகள் அல்லது புறத்தோற்றங்களுடன் தொடர்புடைய மரபணுக்கள் மீது வெளிச்சம் பாய்ச்சுகிறது. BMKCloud mRNA(Reference) செயலியானது, வெளிப்பாட்டு அளவீடு, வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு (DEG) மற்றும் வரிசை அமைப்புப் பகுப்பாய்வுகளை mRNA-seq(NGS) உயிரித் தகவல் செயல்முறையுடன் ஒருங்கிணைத்து, ஒத்த மென்பொருட்களின் பலங்களை ஒன்றிணைத்து, வசதியையும் பயனர் நட்பையும் உறுதி செய்கிறது. பயனர்கள் தங்கள் RNA-seq தரவை கிளவுடில் பதிவேற்றலாம், அங்கு இந்தச் செயலி ஒரு விரிவான, ஒரே இடத்தில் கிடைக்கும் உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வுத் தீர்வை வழங்குகிறது. கூடுதலாக, இது வாடிக்கையாளர் அனுபவத்திற்கு முன்னுரிமை அளித்து, பயனர்களின் குறிப்பிட்ட தேவைகளுக்கு ஏற்ப தனிப்பயனாக்கப்பட்ட செயல்பாடுகளை வழங்குகிறது. பயனர்கள் தாங்களாகவே அளவுருக்களை அமைத்து பைப்லைன் மிஷனைச் சமர்ப்பிக்கலாம், ஊடாடும் அறிக்கையைச் சரிபார்க்கலாம், தரவு/வரைபடங்களைப் பார்க்கலாம் மற்றும் இலக்கு மரபணுத் தேர்வு, செயல்பாட்டுத் தொகுப்பாக்கம், வரைபடமாக்குதல் போன்ற தரவுச் சுரங்கப் பணிகளை முடிக்கலாம்.

டெமோ முடிவுகள்
தரவுச் சுரண்டல்
இறக்குமதி தேவை
முக்கிய பகுப்பாய்வு
குறிப்பு
டெமோ முடிவுகள்

தரவுச் சுரண்டல்

இறக்குமதி தேவை

தளம்:இலுமினா, எம்ஜிஐ
உத்தி:ஆர்என்ஏ-சீக்
தளவமைப்பு: இணைக்கப்பட்ட, சுத்தமான தரவு.
நூலக வகை:fr-unstranded, fr-firststrand அல்லது fr-secondstrand
வாசிப்பு நீளம்:150 பிபி
கோப்பு வகை:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz அல்லது *.fq.gz. கணினி அமைப்பு.fastq கோப்புகளை அவற்றின் கோப்புப் பெயர்களின்படி தானாகவே இணைக்கவும்.எடுத்துக்காட்டாக, *_1.fastq என்பது *._2.fastq உடன் இணைக்கப்பட்டுள்ளது.
மாதிரிகளின் எண்ணிக்கை:எண்ணிக்கைக்கு எந்தக் கட்டுப்பாடுகளும் இல்லைமாதிரிகளின் எண்ணிக்கை அதிகரிக்கும்போது பகுப்பாய்வு நேரமும் அதிகரிக்கும்.மாதிரிகள் வளர்கின்றன.
பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு அளவு:ஒரு மாதிரிக்கு 6 கிராம்

முக்கிய பகுப்பாய்வு
mRNA-seq-இன் முக்கிய பகுப்பாய்வு மற்றும் உயிரித் தகவல் கருவிகள் (மேற்கோள்)செயல்முறை பின்வருமாறு:
1. மூலத் தரவுத் தரக் கட்டுப்பாடு:
• தரம் குறைந்த தொடர்வரிசைகள், அடாப்டர் தொடர்வரிசைகள் ஆகியவற்றை நீக்குதல்,முதலியன;
•கருவிகள்: நிறுவனத்திற்குள்ளேயே உருவாக்கப்பட்ட செயல்முறைத் தொடர்;
2. தரவை ஒரு குறிப்பு மரபணுத்தொகுப்புடன் சீரமைத்தல்:
• பிளவு-அறியும் அல்காரிதத்துடன் வாசிப்புகளை சீரமைத்தல்குறிப்பு மரபணுத்தொகுதி.
•கருவிகள்:HISAT2, சாம்டூல்ஸ்
3. நூலகத் தரப் பகுப்பாய்வு:
• நீளப் பகுப்பாய்வு, தொடர்நிறைவுப் பகுப்பாய்வு போன்றவற்றைச் செருகவும்;
•கருவிகள்:சாம்டூல்ஸ்;
4. வரிசை அமைப்புப் பகுப்பாய்வு:
•மாற்றுப் பிணைப்புப் பகுப்பாய்வு, மரபணு அமைப்பு உகப்பாக்கம்,புதிய மரபணு கணிப்பு, முதலியன;
•கருவிகள்:ஸ்ட்ரிங்டை, gffcompare, GATK,வைரம், இன்டர்ப்ரோஸ்கேன், மற்றும்எச்.எம்.எம்.இ.ஆர்.
5. வேறுபட்ட வெளிப்பாட்டுப் பகுப்பாய்வு:
•DEG திரையிடல், இணை-உறவு பகுப்பாய்வு, செயல்பாட்டுசெறிவூட்டல்;
•பல்வேறு காட்சிப்படுத்தல் முடிவுகள்;
•Rஉடன்SEGseq, DESeq2, ஜிஜிபிலாட்2, DEXSeq
குறிப்பு
1. கிம், டேஹ்வான் மற்றும் பலர். “வரைபட அடிப்படையிலான மரபணு சீரமைப்பு மற்றும்HISAT2 மற்றும் HISAT-genotype-ஐப் பயன்படுத்தி மரபணு வகையைக் கண்டறிதல்.இயற்கைஉயிரி தொழில்நுட்பம்37 (2019): 907 - 915.
2. மெக்கென்னா, ஆரோன் மற்றும் பலர். “மரபணு பகுப்பாய்வுக் கருவித்தொகுப்பு: ஒருஅடுத்த தலைமுறை டிஎன்ஏ-வை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான MapReduce கட்டமைப்புவரிசைப்படுத்தல் தரவு.மரபணு ஆராய்ச்சி20 9 (2010): 1297-303.
3. லி, ஹெங் மற்றும் பலர். “வரிசை சீரமைப்பு/வரைபட வடிவம் மற்றும்SAMtools.உயிரித் தகவல் அறிவியல்25 (2009): 2078 - 2079.
4. பெர்சேயா, மிஹேலா மற்றும் பலர். "ஸ்ட்ரிங்டை மேம்படுத்தப்பட்டதை செயல்படுத்துகிறதுRNA-seq ரீட்களிலிருந்து ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் மறுகட்டமைப்பு.இயற்கைஉயிரி தொழில்நுட்பம்33 (2015): 290-295.
5. லவ், மைக்கேல் ஐ. மற்றும் பலர். “மடிப்பு மாற்றத்தின் மிதமான மதிப்பீடு மற்றும்DESeq2 ஐப் பயன்படுத்தி RNA-seq தரவுகளுக்கான பரவல்.மரபணுஉயிரியல்15 (2014): ப. இல்லை.
6. எட்டி, ஷான் ஆர்.. “விரைவுபடுத்தப்பட்ட சுயவிவர HMM தேடல்கள்.”பிஎல்ஓஎஸ் கணக்கீட்டு உயிரியல்7 (2011): ப. இல்லை.

விலைப்புள்ளியைப் பெறுங்கள்

உங்கள் செய்தியை இங்கே எழுதி எங்களுக்கு அனுப்புங்கள்.

உங்கள் செய்தியை எங்களுக்கு அனுப்புங்கள்: