BMKCloud உள்நுழைவு
1

குறிப்பு மரபணுவுடன் கூடிய mRNA-seq (NGS)

百迈客云网站-11

குறிப்பு மரபணுவுடன் கூடிய mRNA-seq (NGS)

RNA-seq என்பது வாழ்க்கை மற்றும் பயிர் அறிவியல் முழுவதும் ஒரு நிலையான கருவியாகும், இது மரபணுக்கள் மற்றும் புரோட்டியோம்களுக்கு இடையிலான இடைவெளியைக் குறைக்கிறது. புதிய டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களைக் கண்டுபிடித்து அவற்றின் வெளிப்பாட்டை ஒரே மதிப்பீட்டில் அளவிடுவதில் இதன் பலம் உள்ளது. இது ஒப்பீட்டு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகளுக்கு பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது, பல்வேறு பண்புகள் அல்லது பினோடைப்களுடன் தொடர்புடைய மரபணுக்களில் வெளிச்சம் போடுகிறது, அதாவது மரபுபிறழ்ந்தவர்களை காட்டு-வகைகளுடன் ஒப்பிடுவது அல்லது குறிப்பிட்ட நிலைமைகளின் கீழ் மரபணு வெளிப்பாட்டை வெளிப்படுத்துவது போன்றவை. BMKCloud mRNA(Reference) APP, வெளிப்பாடு அளவு, வேறுபட்ட வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு (DEG) மற்றும் வரிசை கட்டமைப்பு பகுப்பாய்வுகளை mRNA-seq(NGS) உயிர் தகவலியல் பைப்லைனில் ஒருங்கிணைக்கிறது மற்றும் ஒத்த மென்பொருளின் பலங்களை ஒருங்கிணைக்கிறது, வசதி மற்றும் பயனர் நட்பை உறுதி செய்கிறது. பயனர்கள் தங்கள் RNA-seq தரவை மேகத்தில் பதிவேற்றலாம், அங்கு பயன்பாடு ஒரு விரிவான, ஒரு-நிறுத்த உயிர் தகவல் பகுப்பாய்வு தீர்வை வழங்குகிறது. கூடுதலாக, இது வாடிக்கையாளர் அனுபவத்திற்கு முன்னுரிமை அளிக்கிறது, பயனர்களின் குறிப்பிட்ட தேவைகளுக்கு ஏற்ப தனிப்பயனாக்கப்பட்ட செயல்பாடுகளை வழங்குகிறது. பயனர்கள் அளவுருக்களை அமைத்து பைப்லைன் பணியை தாங்களாகவே சமர்ப்பிக்கலாம், ஊடாடும் அறிக்கையைச் சரிபார்க்கலாம், தரவு/வரைபடங்களைப் பார்க்கலாம் மற்றும் தரவுச் செயலாக்கத்தை முடிக்கலாம், அதாவது: இலக்கு மரபணு தேர்வு, செயல்பாட்டு கிளஸ்டரிங், வரைபடம் செய்தல் போன்றவை.

டெமோ முடிவுகள்
தரவுச் செயலாக்கம்
இறக்குமதி தேவை
முக்கிய பகுப்பாய்வு
குறிப்பு
டெமோ முடிவுகள்

தரவுச் செயலாக்கம்

இறக்குமதி தேவை

நடைமேடை:இல்லுமினா, எம்ஜிஐ
உத்தி:ஆர்.என்.ஏ-சீக்யூ
தளவமைப்பு: சரி செய்யப்பட்டது, சுத்தமான தரவு.
நூலக வகை:fr-unstranded, fr-firststrand அல்லது fr-secondstrand
படிக்கும் நீளம்:150 பிபி
கோப்பு வகை:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz அல்லது *.fq.gz. அமைப்பு.fastq கோப்புகளை அவற்றின் கோப்பு பெயர்களுக்கு ஏற்ப தானாக இணைக்கவும்,எ.கா. *_1.fastq *._2.fastq உடன் இணைக்கப்பட்டுள்ளது.
மாதிரிகளின் எண்ணிக்கை:எண்ணிக்கையில் எந்த கட்டுப்பாடுகளும் இல்லை.மாதிரிகளின் எண்ணிக்கை, ஆனால் பகுப்பாய்வு நேரம் எண்ணிக்கை அதிகரிக்கும் போது அதிகரிக்கும்மாதிரிகள் வளரும்.
பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு அளவு:மாதிரிக்கு 6G

முக்கிய பகுப்பாய்வு
mRNA-seq இன் முக்கிய பகுப்பாய்வு மற்றும் உயிர் தகவலியல் கருவிகள் (குறிப்பு)குழாய் பின்வருமாறு:
1. மூல தரவு தரக் கட்டுப்பாடு:
•குறைந்த தரம் வாய்ந்த தொடர்களை நீக்குதல், அடாப்டர் தொடர்கள்,முதலியன;
•கருவிகள்: உள்நாட்டிலேயே உருவாக்கப்பட்ட குழாய்;
2. ஒரு குறிப்பு மரபணுவுடன் தரவை சீரமைத்தல்:
•பிளவு-அறிவு வழிமுறையுடன் வாசிப்புகளை சீரமைப்பது எதிராககுறிப்பு மரபணு.
கருவிகள்:ஹிசாட்2, சாம்டூல்ஸ்
3. நூலக தர பகுப்பாய்வு:
•நீள பகுப்பாய்வு, வரிசை செறிவு பகுப்பாய்வு போன்றவற்றைச் செருகவும்;
கருவிகள்:சாம்டூல்ஸ்;
4. வரிசை அமைப்பு பகுப்பாய்வு:
•மாற்று பிளவு பகுப்பாய்வு, மரபணு அமைப்பு உகப்பாக்கம்,புதுமையான மரபணு முன்கணிப்பு, முதலியன;
கருவிகள்:ஸ்ட்ரிங்டை, gffcompare (ஜிஎஃப்எஃப்ஒப்பிடு), கேட்க்,வைரம், இன்டர்ப்ரோஸ்கேன், மற்றும்ஹ்ம்மர்.
5. வேறுபட்ட வெளிப்பாடு பகுப்பாய்வு:
•DEG திரையிடல், இணை உறவு பகுப்பாய்வு, செயல்பாட்டுசெறிவூட்டல்;
பல்வேறு காட்சிப்படுத்தல் முடிவுகள்;
Rஉடன்SEGseq, டிஇசெக்2, ஜிஜிபிளாட்2, DEXSeq டெக்னாலஜி
குறிப்பு
1. கிம், டேஹ்வான் மற்றும் பலர். “வரைபட அடிப்படையிலான மரபணு சீரமைப்பு மற்றும்HISAT2 மற்றும் HISAT-மரபணு வகையுடன் மரபணு வகைப்படுத்தல்."இயற்கைஉயிரி தொழில்நுட்பம்37 (2019): 907 - 915.
2. மெக்கென்னா, ஆரோன் மற்றும் பலர். “ஜீனோம் பகுப்பாய்வு கருவித்தொகுப்பு: aஅடுத்த தலைமுறை டிஎன்ஏவை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கான மேப்ரெடியூஸ் கட்டமைப்புதரவுகளை வரிசைப்படுத்துதல்."மரபணு ஆராய்ச்சி20 9 (2010): 1297-303.
3. லி, ஹெங் மற்றும் பலர். “வரிசை சீரமைப்பு/வரைபட வடிவம் மற்றும்SAM கருவிகள்.”உயிர் தகவலியல்25 (2009): 2078 - 2079.
4. பெர்சேயா, மிஹேலா மற்றும் பலர். "ஸ்ட்ரிங்டை மேம்படுத்தப்பட்டதை செயல்படுத்துகிறதுRNA-seq இலிருந்து ஒரு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் மறுகட்டமைப்பு."இயற்கைஉயிரி தொழில்நுட்பம்33 (2015): 290-295.
5. லவ், மைக்கேல் ஐ. மற்றும் பலர். “மடிப்பு மாற்றத்தின் மிதமான மதிப்பீடு மற்றும்DESeq2 உடன் RNA-seq தரவுகளுக்கான பரவல்.”ஜீனோம்உயிரியல்15 (2014): n. பக்கம்.
6. எடி, சீன் ஆர்.. “துரிதப்படுத்தப்பட்ட சுயவிவர HMM தேடல்கள்.”PLoS (PLoS) கணக்கீட்டு உயிரியல்7 (2011): n. பக்கம்.

விலைப்புள்ளி பெறுங்கள்.

உங்கள் செய்தியை இங்கே எழுதி எங்களுக்கு அனுப்புங்கள்.

உங்கள் செய்தியை எங்களுக்கு அனுப்பவும்: