தாவர/விலங்கு முழு மரபணு வரிசைமுறை
சேவை அம்சங்கள்
டி நோவோ
அதிக அளவு பல்லினத்தன்மை, மீண்டும் மீண்டும் வரும் பகுதிகள், பல்லுருவ மரபணுத்தொகுதிகள், இயல்புக்கு மாறான CG உள்ளடக்கங்கள் போன்ற சவாலான மரபணுத்தொகுதிகளுக்கு இந்த நுட்பம் குறிப்பாகப் பயனுள்ளதாக இருக்கிறது.
எங்களின் ஒருங்கிணைந்த தீர்வு, உயர்தரமான, புதிதாக உருவாக்கப்பட்ட மரபணுத்தொகுதியை வழங்கும் ஒருங்கிணைந்த வரிசைப்படுத்தல் சேவைகள் மற்றும் உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வை வழங்குகிறது. இல்லுமினா (Illumina) உடனான ஒரு ஆரம்ப மரபணு ஆய்வு, மரபணுத்தொகுதியின் அளவு மற்றும் சிக்கலான தன்மை குறித்த மதிப்பீடுகளை வழங்குகிறது, மேலும் இந்தத் தகவலானது பேக்பையோ ஹைஃபை (PacBio HiFi) உடனான நீண்ட-வாசிப்பு வரிசைப்படுத்தலின் அடுத்த கட்டத்திற்கு வழிகாட்டப் பயன்படுத்தப்படுகிறது.டி நோவோகான்டிக்டுகளின் தொகுப்பு. அதைத் தொடர்ந்து HiC தொகுப்பைப் பயன்படுத்துவது, கான்டிக்டுகளை மரபணுத்தொகுப்பில் நிலைநிறுத்தி, ஒரு குரோமோசோம்-நிலைத் தொகுப்பைப் பெற உதவுகிறது. இறுதியாக, குறுகிய மற்றும் நீண்ட வாசிப்புகளைக் கொண்ட டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்களைப் பயன்படுத்தி, மரபணு முன்கணிப்பு மற்றும் வெளிப்படுத்தப்பட்ட மரபணுக்களை வரிசைப்படுத்துதல் ஆகியவற்றின் மூலம் மரபணுத்தொகுப்பு விளக்கமளிக்கப்படுகிறது.
பல்வேறு வரிசைப்படுத்தல் மற்றும் உயிரித் தகவல் சேவைகளை ஒரே இடத்தில் ஒருங்கிணைக்கும் தீர்வுநாவலை உருவாக்குவதற்கு ஏற்ற சேவை
ஆர்வமுள்ள உயிரினங்களுக்கான மரபணுத்தொகுதிகள் அல்லது தற்போதுள்ள குறிப்பு மரபணுத்தொகுதிகளின் மேம்பாடு.
மறுவரிசைப்படுத்துதல்
-- லைப்ரரி தயாரிப்பு வழக்கமானதாகவோ அல்லது PCR இல்லாததாகவோ இருக்கலாம்.
4 வரிசைப்படுத்தல் தளங்களில் கிடைக்கிறது: இல்லுமினா நோவாசீக், எம்ஜிஐ டி7, நானோபோர் புரோமெத்தியோன் பி48 அல்லது பேக்பயோ ரெவியோ.
-- மரபணு மாறுபாடுகளைக் கண்டறிவதில் கவனம் செலுத்தும் உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வு: SNP, InDel, SV மற்றும் CNV
சேவை நன்மைகள்
●விரிவான நிபுணத்துவம் மற்றும் வெளியீட்டுப் பதிவு: க்காகடி நோவோஎங்கள் சேவைகளின் மூலம், டிப்ளாய்டு மரபணுக்கள் மற்றும் பாலிப்ளாய்டு மற்றும் அல்லோபாலிப்ளாய்டு உயிரினங்களின் மிகவும் சிக்கலான மரபணுக்கள் உட்பட, பல்வேறு உயிரினங்களின் உயர்தர மரபணுத்தொகுதித் தொகுப்பில் நாங்கள் பெரும் அனுபவத்தைப் பெற்றுள்ளோம். 2018 முதல், நாங்கள் 300-க்கும் மேற்பட்ட பெரும் தாக்கமுள்ள வெளியீடுகளுக்குப் பங்களித்துள்ளோம், அவற்றில் 20-க்கும் மேற்பட்டவை நேச்சர் ஜெனடிக்ஸ் இதழில் வெளியிடப்பட்டுள்ளன. மரபணு மறுவரிசைப்படுத்தலின் மூலம், நாங்கள் 1000-க்கும் மேற்பட்ட சிற்றினங்களைச் சேகரித்தோம்; இதன் விளைவாக, 5000-க்கும் மேற்பட்ட ஒட்டுமொத்த தாக்கக் காரணியுடன் 1000-க்கும் மேற்பட்ட வழக்குகள் வெளியிடப்பட்டன.
●ஒரே இடத்தில் அனைத்து சேவைகளும்: ஆன்டி நோவோவரிசைப்படுத்துதலில், எங்களின் ஒருங்கிணைந்த அணுகுமுறையானது பல வரிசைப்படுத்தும் தொழில்நுட்பங்களையும் உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வுகளையும் ஒரு ஒத்திசைவான பணிப்பாய்வில் இணைத்து, உயர்தரமான தொகுக்கப்பட்ட மரபணுத்தொகுதியை வழங்குகிறது.
●உங்கள் தேவைகளுக்கு ஏற்ப வடிவமைக்கப்பட்டதுஎங்கள் சேவைப் பணிப்பாய்வு தனிப்பயனாக்கக்கூடியது, இது பல்வேறு அம்சங்களைக் கொண்ட மரபணுத்தொகுதிகளுக்கும் குறிப்பிட்ட ஆராய்ச்சித் தேவைகளுக்கும் ஏற்ப மாற்றியமைக்க அனுமதிக்கிறது.
●உயர் திறன் வாய்ந்த உயிரித் தகவல் மற்றும் ஆய்வகக் குழுஅது எதற்காக இருந்தாலும்டி நோவோவரிசைப்படுத்துதல் அல்லது மறுவரிசைப்படுத்துதல் என எதுவாக இருந்தாலும், திட்டத்தின் வெற்றியை உறுதி செய்வதற்கான திறமையான கருவிகளும் அறிவும் எங்கள் குழுவிடம் உள்ளன. அவர்கள் உருவாக்கியுள்ள தொடர்ச்சியான காப்புரிமைகள் மற்றும் மென்பொருள் பதிப்புரிமைகளைக் கொண்டு இதை உறுதிப்படுத்தலாம்.
● விற்பனைக்குப் பிந்தைய ஆதரவு:திட்டம் நிறைவடைந்த பிறகும், 3 மாத விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைக் காலத்துடன் எங்கள் அர்ப்பணிப்பு தொடர்கிறது. இந்தக் காலகட்டத்தில், திட்டத்தின் தொடர் கண்காணிப்பு, பழுது நீக்கும் உதவி மற்றும் முடிவுகள் தொடர்பான எந்தவொரு கேள்விகளுக்கும் பதிலளிக்கும் கேள்வி-பதில் அமர்வுகளை நாங்கள் வழங்குகிறோம்.
●விரிவான உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வுமாறுபாடு அழைப்பு மற்றும் செயல்பாடு குறிப்புரை உட்பட.
●வரிசைப்படுத்துதலுக்கான விரிவான குறிப்புரைஅடையாளம் காணப்பட்ட மாறுபாடுகளைக் கொண்ட மரபணுக்களைச் செயல்பாட்டு ரீதியாகக் குறிப்பதற்கும், அதற்கேற்ற செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வை மேற்கொள்வதற்கும் நாங்கள் பல தரவுத்தளங்களைப் பயன்படுத்துகிறோம்; இது உங்கள் ஆராய்ச்சித் திட்டங்களுக்குப் புதிய கண்ணோட்டங்களை வழங்குகிறது.
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
| அடையாளம் காணப்பட வேண்டிய வகைகள் | வரிசைப்படுத்தும் உத்தி | பரிந்துரைக்கப்பட்ட ஆழம் |
| SNP மற்றும் InDel | இலுமினா நோவாசீக் PE150 அல்லது MGI T7 | 10x |
| SV மற்றும் CNV (குறைவான துல்லியமானவை) | 30x | |
| SV மற்றும் CNV (மிகவும் துல்லியமானவை) | நானோபோர் புரோம் பி48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV மற்றும் CNV | பேக்பயோ ரெவியோ | 10x |
மாதிரி தேவைகள்
| திசு அல்லது பிரித்தெடுக்கப்பட்ட நியூக்ளிக் அமிலங்கள் | இல்லுமினா/எம்ஜிஐ | நானோ துளை | பேக்பயோ
| ||
| விலங்கு உள்ளுறுப்புகள் | 0.5-1 கிராம் | ≥ 3.5 கிராம்
| ≥ 3.5 கிராம்
| ||
| விலங்கு தசை | ≥ 5 கிராம்
| ≥ 5 கிராம்
| |||
| பாலூட்டி இரத்தம் | 1.5 மிலி | ≥ 0.5 மிலி
| ≥ 5 மிலி
| ||
| கோழி/மீன் இரத்தம் | ≥ 0.1 மிலி
| ≥ 0.5 மிலி
| |||
| செடி - புதிய இலை | 1-2 கிராம் | ≥ 2 கிராம்
| ≥ 5 கிராம்
| ||
| வளர்க்கப்பட்ட செல்கள் |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| பூச்சியின் மென்மையான திசு/தனிநபர் | 0.5-1 கிராம் | ≥ 1 கிராம்
| ≥ 3 கிராம்
| ||
| பிரித்தெடுக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ
| செறிவு: ≥ 1 ng/ µL அளவு: ≥ 30 ng சிதைவு அல்லது மாசுபடுதல் குறைவாக அல்லது முற்றிலும் இல்லை.
| செறிவு தொகை
OD260/280
OD260/230
சிதைவு அல்லது மாசுபடுதல் குறைவாக அல்லது முற்றிலும் இல்லை.
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/ஃப்ளோ செல்/மாதிரி
1.7-2.2
≥1.5 | செறிவு தொகை
OD260/280
OD260/230
சிதைவு அல்லது மாசுபடுதல் குறைவாக அல்லது முற்றிலும் இல்லை. | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/ஃப்ளோ செல்/மாதிரி
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR இல்லாத நூலகத் தயாரிப்பு: செறிவு ≥ 40 ng/ µL அளவு ≥ 500 ng | |||||
சேவை பணிப்பாய்வு
மாதிரி விநியோகம்
டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
தரவு விநியோகம்
டி நோவோபயோஇன்ஃபர்மேடிக்ஸ் பைப்லைன்
அசெம்பிளிக்கான எங்களின் வெவ்வேறு செயல்முறைகளின் மேலோட்டத்தைப் பார்க்க விரும்பினால்:
முழுமையான உயிரித் தகவல் பகுப்பாய்வு, 4 படிகளாகப் பிரிக்கப்பட்டுள்ளது:
1. NGS ரீடுகளுடன் கூடிய k-mer பகுப்பாய்வின் அடிப்படையில் மேற்கொள்ளப்பட்ட மரபணுத்தொகுதி ஆய்வு.இது நமக்கு பின்வரும் தகவல்களை வழங்கும்:
- மரபணுத்தொகுதியின் அளவை மதிப்பிடுதல்
- பல்லினத்தன்மை மதிப்பீடு
- மீண்டும் மீண்டும் நிகழும் பகுதிகளின் மதிப்பீடு
2. PacBio HiFi-ஐப் பயன்படுத்தி மரபணுத்தொகுதியைத் தொகுத்தல்.நீண்ட வாசிப்புகளைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் நமக்குக் கிடைப்பது:
- டி நோவோஅசெம்பிளி
- தொகுப்பு மதிப்பீடு: மரபணுத்தொகுதியின் முழுமைக்கான BUSCO பகுப்பாய்வு மற்றும் NGS, PacBio HiFi வாசிப்புகளின் மீள்வரைபடமாக்கல் ஆகியவற்றை உள்ளடக்கியது.
3. ஹை-சி அசெம்பிளி.மரபணுத்தொகுப்பை நாம் பெற்றவுடன், அதன் முப்பரிமாணக் கட்டமைப்பு குறித்த தகவல்கள், நமது அறிவை ஆழப்படுத்தி, நாம் கட்டமைத்து வரும் மூல மரபணுத்தொகுப்பை வளப்படுத்தும்.
- செல்லுபடியாகும் Hi-C இடைவினைகளை மதிப்பிடுவதற்கான Hi-C நூலகத் தரக் கட்டுப்பாடு.
- ஹை-சி அசெம்பிளி. நாம் கான்டிக்டுகளைக் குழுக்களாகக் கிளஸ்டரிங் செய்வோம், அதனைத் தொடர்ந்து ஒவ்வொரு குழுவிலும் கான்டிக்டுகளை வரிசைப்படுத்தி, அவற்றின் திசையமைப்பை ஒதுக்குவோம்.
- ஹை-சி மதிப்பீடு
4. மரபணுத்தொகுதி குறிப்புரை:
- குறியீடற்ற ஆர்.என்.ஏ கணிப்பு
- மீண்டும் மீண்டும் வரும் தொடர்வரிசைகளைக் கண்டறிதல் (டிரான்ஸ்போசோன்கள் மற்றும் டேன்டம் ரிப்பீட்கள்)
- மரபணு கணிப்பு
- டி நோவோ: ஆப் இனிஷியோ வழிமுறைகள்
- ஹோமாலஜி அடிப்படையில்
- டிரான்ஸ்கிரிப்டோமின் அடிப்படையில், நீண்ட மற்றும் குறுகிய ரீடுகளுடன்: ரீடுகள் என்பவைடி நோவோவரைவு மரபணுத்தொகுதியுடன் தொகுக்கப்பட்டது அல்லது வரைபடமாக்கப்பட்டது
- பல்வேறு தரவுத்தளங்களைக் கொண்டு கணிக்கப்பட்ட மரபணுக்களின் குறிப்பீடு
மறு வரிசைப்படுத்துதல்பயோஇன்ஃபர்மேடிக்ஸ் பைப்லைன்
பின்வரும் பகுப்பாய்வை உள்ளடக்கியது:
- மூலத் தரக் கட்டுப்பாடு
- குறிப்பு மரபணுவுடனான சீரமைப்பின் புள்ளிவிவரங்கள்
- மாறுபாடு அடையாளம் காணுதல்: SNP, InDel, SV மற்றும் CNV
- மாறுபாடுகளின் செயல்பாட்டு விளக்கம்
குறிப்பு மரபணுத்தொகுதியுடனான சீரமைப்பின் புள்ளிவிவரங்கள் – வரிசைப்படுத்தல் ஆழப் பரவல்
பல மாதிரிகளிடையே SNP அழைப்பு
இன்டெல் அடையாளம் காணுதல் – CDS பகுதி மற்றும் மரபணுத்தொகுதி முழுமைப் பகுதியில் உள்ள இன்டெல் நீளத்தின் புள்ளிவிவரங்கள்
மரபணுத்தொகுதி முழுவதும் மாறுபாடுகளின் பரவல் – சிர்கோஸ் வரைபடம்
அடையாளம் காணப்பட்ட மாறுபாடுகளைக் கொண்ட மரபணுக்களின் செயல்பாட்டு விளக்கம் – மரபணு வகைப்பாடு
சாய், கியூ. மற்றும் பலர் (2023) 'பருத்தியில் ஆந்தோசயனின் திரட்சியை ஒழுங்குபடுத்துவதன் மூலம் ஒரு குளுட்டாதயோன் எஸ்-டிரான்ஸ்ஃபெரேஸ் GhTT19 பூ இதழ் நிறமியைத் தீர்மானிக்கிறது',தாவர உயிரி தொழில்நுட்ப இதழ், 21(2), ப. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
செங், எச். மற்றும் பலர் (2023) 'குரோமோசோம் அளவிலான காட்டு ஹெவியா பிரேசிலியென்சிஸ் மரபணுத்தொகுதி, மரபணு சார்ந்த இனப்பெருக்கத்திற்கான புதிய கருவிகளையும், ரப்பர் விளைச்சலை உயர்த்துவதற்கான மதிப்புமிக்க மரபணு இடங்களையும் வழங்குகிறது',தாவர உயிரி தொழில்நுட்ப இதழ், 21(5), பக். 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
லி, சி. மற்றும் பலர் (2021) 'மரபணு வரிசைமுறைகள் உலகளாவிய பரவல் பாதைகளை வெளிப்படுத்துவதோடு, கடற்குதிரை பரிணாமத்தில் ஒருங்குசேரும் மரபணு தகவமைப்புகளையும் பரிந்துரைக்கின்றன',இயற்கைத் தொடர்புகள், 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
லி, ஒய். மற்றும் பலர். (2023) 'கயாலில் (போஸ் ஃப்ரான்டாலிஸ்) பெரிய அளவிலான குரோமோசோம் மாற்றங்கள் மரபணு மட்ட வெளிப்பாட்டு மாற்றங்கள், சுற்றுச்சூழல் தழுவல் மற்றும் சிற்றின உருவாக்கத்திற்கு வழிவகுக்கின்றன',மூலக்கூறு உயிரியல் மற்றும் பரிணாமம், 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
டியான், டி. மற்றும் பலர் (2023) 'ஒரு முக்கிய வறட்சி-எதிர்ப்பு மக்காச்சோள மரபுப்பொருளின் மரபணுத்தொகுப்பு ஒருங்கிணைப்பு மற்றும் மரபணுப் பகுப்பாய்வு',நேச்சர் ஜெனடிக்ஸ் 202355:3, 55(3), பக். 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ஜாங், எஃப். மற்றும் பலர் (2023) 'சோலனேசியே குடும்பத்தில் உள்ள இரண்டு மரபணுத்தொகுதிகளைப் பகுப்பாய்வு செய்வதன் மூலம் ட்ரோபேன் ஆல்கலாய்டு உயிர் தொகுப்பின் பரிணாமத்தை வெளிப்படுத்துதல்',இயற்கைத் தொடர்புகள்2023 14:1, 14(1), பக். 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ஜெங், டி. மற்றும் பலர் (2022) 'சீன நாட்டுக்கோழிகளில் காலப்போக்கில் ஏற்படும் மரபணு மற்றும் மெத்திலேஷன் மாற்றங்களின் பகுப்பாய்வு, இனப் பாதுகாப்பு குறித்த நுண்ணறிவை வழங்குகிறது',தொடர்புகள் உயிரியல், 5(1), பக். 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
சவாலான வழக்கு ஆய்வுகள்:
டெலோமியர்-டு-டெலோமியர் இணைப்பு:ஃபூ, ஏ. மற்றும் பலர். (2023) 'பாகற்காய் (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.)-இன் டெலோமியர்-டு-டெலோமியர் மரபணுத்தொகுப்பு ஒருங்கிணைப்பு, பழத்தின் வளர்ச்சி, அமைப்பு மற்றும் பழுக்கும் மரபியல் பண்புகளை வெளிப்படுத்துகிறது',தோட்டக்கலை ஆராய்ச்சி, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ஹாப்ளோடைப் தொகுப்பு:ஹு, டபிள்யூ. மற்றும் பலர் (2021) 'மரவள்ளியின் பரிணாம வளர்ச்சியின் போது இரு அல்லீல் வேறுபாட்டை அல்லீல்-வரையறுக்கப்பட்ட மரபணுத்தொகுதி வெளிப்படுத்துகிறது',மூலக்கூறு தாவரம், 14(6), பக். 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
மாபெரும் மரபணுத் தொகுப்பு:யுவான், ஜே. மற்றும் பலர். (2022) 'மரப் பியோனி Paeonia ostii-யின் ஜிகா-குரோமோசோம்கள் மற்றும் ஜிகா-மரபணுத்தொகுதியின் மரபணு அடிப்படை',இயற்கைத் தொடர்புகள்2022 13:1, 13(1), பக். 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
பல்மடிய மரபணுத்தொகுதித் தொகுப்பு:ஜாங், கியூ. மற்றும் பலர் (2022) 'தன்பல்மடியக் கரும்பு சக்காரம் ஸ்பான்டேனியத்தின் சமீபத்திய குரோமோசோம் குறைப்பு குறித்த மரபணுவியல் நுண்ணறிவுகள்',நேச்சர் ஜெனடிக்ஸ் 202254:6, 54(6), பக். 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
