குறிப்பு அல்லாத mRNA வரிசைமுறை-இல்லுமினா
அம்சங்கள்
● எந்த குறிப்பு மரபணுவையும் சாராத,
● டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் அமைப்பு மற்றும் வெளிப்பாட்டை பகுப்பாய்வு செய்ய தரவு பயன்படுத்தப்படலாம்
● மாறி கிளிப்பிங் தளங்களை அடையாளம் காணவும்
சேவை நன்மைகள்
● BMKCloud-அடிப்படையிலான முடிவு வழங்கல்: முடிவுகள் BMKCloud இயங்குதளம் வழியாக தரவுக் கோப்பாகவும் ஊடாடும் அறிக்கையாகவும் வழங்கப்படுகின்றன, இது சிக்கலான பகுப்பாய்வு வெளியீடுகளை பயனர் நட்புடன் படிக்க அனுமதிக்கிறது மற்றும் நிலையான பயோ-இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் பகுப்பாய்வின் அடிப்படையில் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட தரவுச் செயலாக்கத்தை அனுமதிக்கிறது.
● விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்: ப்ராஜெக்ட் ஃபாலோ-அப், ட்ரபிள் ஷூட்டிங், முடிவுகள் கேள்விபதில் போன்றவை உட்பட, ப்ராஜெக்ட் முடிந்ததும் 3 மாதங்களுக்கு விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள் செல்லுபடியாகும்.
மாதிரி தேவைகள் மற்றும் விநியோகம்
மாதிரி தேவைகள்:
நியூக்ளியோடைடுகள்:
| Conc.(ng/μl) | தொகை (μg) | தூய்மை | நேர்மை |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது புரதம் அல்லது டிஎன்ஏ மாசுபாடு ஜெல் மீது காட்டப்படவில்லை. | தாவரங்களுக்கு: RIN≥6.5; விலங்குகளுக்கு: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; வரையறுக்கப்பட்ட அல்லது அடிப்படை உயரம் இல்லை |
திசு: எடை(உலர்ந்த): ≥1 கிராம்
*5 mg க்கும் குறைவான திசுக்களுக்கு, ஃபிளாஷ் உறைந்த (திரவ நைட்ரஜனில்) திசு மாதிரியை அனுப்ப பரிந்துரைக்கிறோம்.
செல் இடைநீக்கம்: செல் எண்ணிக்கை = 3×107
*உறைந்த செல் லைசேட்டை அனுப்ப பரிந்துரைக்கிறோம்.அந்த கலத்தின் எண்ணிக்கை 5×10ஐ விட குறைவாக இருந்தால்5, திரவ நைட்ரஜனில் உறைந்த ஃபிளாஷ் பரிந்துரைக்கப்படுகிறது.
இரத்த மாதிரிகள்:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol மற்றும் 2mL இரத்தம்(TRIzol:Blood=3:1)
பரிந்துரைக்கப்பட்ட மாதிரி விநியோகம்
கொள்கலன்:
2 மில்லி மையவிலக்கு குழாய் (தகரம் படலம் பரிந்துரைக்கப்படவில்லை)
மாதிரி லேபிளிங்: குழு+பிரதி எ.கா. A1, A2, A3;பி1, பி2, பி3......
ஏற்றுமதி:
1.உலர் பனி: மாதிரிகளை பைகளில் அடைத்து உலர்-பனியில் புதைக்க வேண்டும்.
2.ஆர்என்ஏ ஸ்டேபிள் குழாய்கள்: ஆர்என்ஏ ஸ்டேபிலைசேஷன் குழாயில் ஆர்என்ஏ மாதிரிகள் உலர்த்தப்பட்டு அறை வெப்பநிலையில் அனுப்பப்படும்.
சேவை வேலை ஓட்டம்
சோதனை வடிவமைப்பு
மாதிரி விநியோகம்
ஆர்என்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
உயிர் தகவலியல்
1.mRNA(denovo) சட்டசபையின் கோட்பாடு
டிரினிட்டி மூலம், கே-மெர் எனப்படும் சிறிய துண்டுகளாக ரீட்கள் பிரிக்கப்படுகின்றன.இந்த K-mers பின்னர் கான்டிஜ்களாக நீட்டிக்கப்படும் விதைகளாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன, பின்னர் அவை கான்டிக் ஓவர்லாப்பிங்குகளின் அடிப்படையில் பயன்படுத்தப்படுகின்றன.இறுதியாக, கூறுகளில் உள்ள டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை அங்கீகரிக்க De Bruijn இங்கே பயன்படுத்தப்பட்டது.
எம்ஆர்என்ஏ (டி நோவோ) டிரினிட்டியின் கண்ணோட்டம்
2.mRNA (De novo) மரபணு வெளிப்பாடு நிலை விநியோகம்
RNA-Seq ஆனது மரபணு வெளிப்பாட்டின் அதிக உணர்திறன் மதிப்பீட்டை அடைய முடியும்.பொதுவாக, டிரான்ஸ்கிரிப்ட் வெளிப்பாடு FPKM கண்டறியக்கூடிய வரம்பு 10^-2 முதல் 10^6 வரை இருக்கும்
mRNA (De novo) ஒவ்வொரு மாதிரியிலும் FPKM அடர்த்தியின் விநியோகம்
3.mRNA (De novo) DEG களின் GO செறிவூட்டல் பகுப்பாய்வு
GO (ஜீன் ஆன்டாலஜி) தரவுத்தளம் என்பது மரபணு மற்றும் மரபணு தயாரிப்புகளின் செயல்பாடுகளின் நிலையான சொற்களஞ்சியத்தைக் கொண்ட ஒரு கட்டமைக்கப்பட்ட உயிரியல் சிறுகுறிப்பு அமைப்பாகும்.இது பல நிலைகளைக் கொண்டுள்ளது, அங்கு நிலை குறைவாக இருந்தால், செயல்பாடுகள் மிகவும் குறிப்பிட்டவை.
mRNA (De novo) GO இரண்டாம் நிலையில் DEG களின் வகைப்பாடு
BMK வழக்கு
வெங்காயத்தில் பல்ப் வீக்கம் மற்றும் வளர்ச்சியின் போது சுக்ரோஸ் வளர்சிதை மாற்றத்தின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வு (அல்லியம் செபா எல்.)
வெளியிடப்பட்டது: தாவர அறிவியலில் எல்லைகள்,2016
வரிசைப்படுத்தும் உத்தி
இல்லுமினா HiSeq2500
மாதிரி சேகரிப்பு
இந்த ஆய்வில் யூட்டா யெல்லோ ஸ்வீட் ஸ்பெயின் வகை "Y1351" பயன்படுத்தப்பட்டது.சேகரிக்கப்பட்ட மாதிரிகளின் எண்ணிக்கை
குமிழ் வீக்கம் (DAS) பிறகு 15வது நாள் (2-செமீ விட்டம் மற்றும் 3-4 கிராம் எடை), 30வது DAS (5-செமீ விட்டம் மற்றும் 100-110 கிராம் எடை), மற்றும் 40வது DAS இல் ∼3 (7-செமீ விட்டம் மற்றும் 260-300 கிராம்).
முக்கிய முடிவுகள்
1. வென் வரைபடத்தில், மூன்று ஜோடி வளர்ச்சி நிலைகளிலும் மொத்தம் 146 DEGகள் கண்டறியப்பட்டன.
2.“கார்போஹைட்ரேட் போக்குவரத்து மற்றும் வளர்சிதை மாற்றம்” 585 யூனிஜின்களால் மட்டுமே குறிப்பிடப்படுகிறது (அதாவது, சிறுகுறிப்பு COG இல் 7%).
3. GO தரவுத்தளத்தில் வெற்றிகரமாகக் குறிப்பிடப்பட்ட யுனிஜீன்கள் பல்பு வளர்ச்சியின் மூன்று வெவ்வேறு நிலைகளுக்கு மூன்று முக்கிய வகைகளாக வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன."உயிரியல் செயல்முறை" முதன்மை பிரிவில் குறிப்பிடப்பட்டவை "வளர்சிதை மாற்ற செயல்முறை", அதைத் தொடர்ந்து "செல்லுலார் செயல்முறை"."மூலக்கூறு செயல்பாட்டின்" முதன்மை பிரிவில் "பிணைப்பு" மற்றும் "வினையூக்க செயல்பாடு" ஆகிய இரண்டு பிரிவுகள் மிகவும் குறிப்பிடப்படுகின்றன.
 ஆர்த்தோலஜஸ் குழுக்களின் (COG) வகைப்பாட்டின் கொத்துக்களின் ஹிஸ்டோகிராம் |  மூன்று வளர்ச்சி நிலைகளில் பல்புகளிலிருந்து பெறப்பட்ட யூனிஜீன்களுக்கான மரபணு ஆன்டாலஜி (GO) வகைப்பாடு ஹிஸ்டோகிராம் |
 வெங்காய குமிழ் வளர்ச்சியின் எந்த இரண்டு நிலைகளிலும் மரபணுக்கள் வித்தியாசமாக வெளிப்படுத்தப்படும் வென் வரைபடம் |
குறிப்பு
ஜாங் சி, ஜாங் எச், ஜான் இசட் மற்றும் பலர்.வெங்காயத்தில் பல்ப் வீக்கம் மற்றும் வளர்ச்சியின் போது சுக்ரோஸ் வளர்சிதை மாற்றத்தின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வு (அல்லியம் செபா எல்.)[J].தாவர அறிவியலில் எல்லைகள், 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
