-
T2T மரபணுத் தொகுப்பு | மிக நீண்ட வரிசைப்படுத்தல்
T2T (டெலோமியர்-டு-டெலோமியர்) மரபணுத்தொகுப்பு என்பது உயர்தர மரபணுத்தொகுப்பு உருவாக்கத்திற்கான ஒரு சிறந்த தரநிலையாகும். இது, ஒரு டெலோமியரிலிருந்து மற்றொன்று வரை பரவியிருக்கும், இடைவெளியற்ற அல்லது இடைவெளிகளற்ற, குரோமோசோம் அளவிலான மரபணுத்தொகுப்பு மறுகட்டமைப்பைக் குறிக்கிறது, மேலும் இது வழக்கமான மரபணுத்தொகுப்பு உருவாக்கத்தின் துண்டாதல் வரம்புகளை உடைக்கிறது.
மைய ONT மிக நீண்ட வாசிப்பு வரிசைப்படுத்தல் மூலம் இயக்கப்பட்டு, பல-தள ஆழமான வரிசைப்படுத்தல் மற்றும் மேம்படுத்தப்பட்ட உயிரித் தகவல் தொழில்நுட்பக் குழாய்களுடன் ஒருங்கிணைக்கப்பட்ட BMKGENE T2T மரபணுத் தீர்வு, மிகவும் தீர்க்க முடியாத மரபணு "இருண்ட பகுதிகளை" — அதாவது டெலோமியர்கள் (யூகேரியோடிக் குரோமோசோம் முனைகளில் உள்ள சிறப்பு நியூக்ளியோபுரோட்டீன் வளாகங்கள்), உயர் உயிரினங்களின் சென்ட்ரோமியர்கள் (மிகப்பெரிய தொடர் வரிசைத் தொகுப்புகள்), மற்றும் பிற சிக்கலான தொடர் மற்றும் பல்லின ஹாப்ளோடைப் பகுதிகள் — இலக்காகக் கொண்டுள்ளது. இந்தப் பகுதிகள் நீண்ட காலமாக வழக்கமான நீண்ட-வாசிப்பு வரிசைப்படுத்தலால் தீர்க்க முடியாதவையாக இருந்து வருகின்றன. இந்தப் பகுதிகளைக் கடக்கத் தவறி, வரிசைச் சரிவு அல்லது கலப்புத் தொடர் துண்டுகளை ஏற்படுத்தும் வழக்கமான நீண்ட வாசிப்புகளைப் போலல்லாமல், ONT மிக நீண்ட வாசிப்புகளால் ஒன்றிணைக்க முடியாத இடைவெளிகளையும் சிக்கலான பகுதிகளையும் கடக்க முடியும். BMKGene, பல்வேறு உயிரினங்களுக்கு இடைவெளியற்ற அல்லது இடைவெளி இல்லாத, உயர்தர T2T மரபணுக்களை வழங்குவதில் உறுதியாக உள்ளது.
T2T மரபணுத்தொகுப்பின் உருவாக்கம், முன்னர் அணுக முடியாத சிக்கலான மரபணுப் பகுதிகளைத் திறக்கிறது, முக்கியமான ஆராய்ச்சி இடைவெளிகளை நிரப்புகிறது, மேலும் சிற்றினப் பரிணாமம், செயல்பாட்டு மரபணு அகழ்வு, மூலக்கூறு இனப்பெருக்கம், துல்லிய மருத்துவம் மற்றும் பிற அதிநவீன அறிவியல் ஆராய்ச்சிகள் உள்ளிட்ட ஆழமான ஆய்வுகளுக்கு உறுதியான, உயர்-துல்லியமான அடிப்படைத் தரவுகளை வழங்குகிறது.
-
புரோட்டியோமிக்ஸ்
புரோட்டியோமிக்ஸ் என்பது, உயிரினங்களின் படியெடுத்தல் ஒழுங்குமுறையில் முக்கியப் பங்கு வகிக்கும் உயிர்ச் செயல்பாடுகளைச் செயல்படுத்தும் புரதங்களில் கவனம் செலுத்துகிறது. இது திசுக்கள் அல்லது செல்களில் உள்ள, இயங்குநிலையில் மாறும் அனைத்துப் புரதங்களின் அமைப்பு, வெளிப்பாட்டு நிலைகள் மற்றும் மாற்றியமைக்கப்பட்ட நிலைகளைப் பகுப்பாய்வு செய்கிறது. மேலும், புரோட்டியோம் மிகுதி இயக்கவியலானது பல்வேறு உயிர்ச் செயல்முறைகளில் ஏற்படுத்தும் குறிப்பிடத்தக்க தாக்கத்தையும் இது எடுத்துரைக்கிறது. இது மருத்துவம், விவசாயம் மற்றும் கால்நடை வளர்ப்பில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது. பண்புசார் புரோட்டியோமிக்ஸ், ஜெல் கீற்றுகள், IP, மற்றும் CO-IP/புல் டவுன் மாதிரிகள் உள்ளிட்ட மாதிரிகளை அடையாளம் காண, HPLC-MS/MS புரத அடையாளத் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது. அளவுசார் புரோட்டியோமிக்ஸ், ஒரு மரபணுத்தொகுதியால் அல்லது ஒரு சிக்கலான கலப்பு அமைப்பில் வெளிப்படுத்தப்படும் அனைத்துப் புரதங்களின் துல்லியமான அளவு மற்றும் அடையாளத்தை அடைகிறது. தற்போதைய அளவுசார் புரோட்டியோமிக்ஸ் தொழில்நுட்பங்கள் முக்கியமாக லேபிளிடப்பட்ட (TMT) மற்றும் லேபிள் இல்லாத (லேபிள் ஃப்ரீ, DIA, PRM) அணுகுமுறைகளாக வகைப்படுத்தப்பட்டுள்ளன. BMKGENE பல-தளம் மற்றும் பல-தொழில்நுட்ப புரோட்டியோமிக்ஸ் தீர்வுகளை வழங்குகிறது.
-
மெட்டபாலோமிக்ஸ்
மரபணுவியலின் ஒரு துணைத்துறையான வளர்சிதைமாற்றவியல், முக்கியமாக 1500 டால்டனுக்கும் குறைவான மூலக்கூறு எடையுள்ள சிறுமூலக்கூறுப் பொருட்களை இலக்காகக் கொண்டுள்ளது. இது, வெளிப்புறத் தூண்டுதல்கள் மற்றும் உடலியல்/நோயியல் மாற்றங்களுக்கு உயிரினங்கள் காட்டும் எதிர்வினைகளை வளர்சிதைமாற்றப் பொருட்கள் மிகவும் நுட்பமாகப் பிரதிபலிக்க உதவுகிறது. மரபணு மாறுபாடுகளால் தூண்டப்படும் வளர்சிதைமாற்றப் பொருட்களின் அளவு மாற்றங்களும் இதன் ஆய்வு வரம்பிற்குள் அடங்கும், இது ஒரு புதிய ஆய்வுப் பார்வையை வழங்குகிறது.
BMKGENE, இலக்கற்ற மெட்டபாலோமிக்ஸ், பரவலாக இலக்கு வைக்கப்பட்ட மெட்டபாலோமிக்ஸ் மற்றும் இலக்கு வைக்கப்பட்ட மெட்டபாலோமிக்ஸ் உள்ளிட்ட முழு அளவிலான மெட்டபாலோமிக்ஸ் சேவைகளை வழங்குகிறது. திரவ நிறப்பிரிகை-நிறை நிறமாலையியல் (LC-MS) அல்லது வாயு நிறப்பிரிகை-நிறை நிறமாலையியல் (GC-MS) ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்தி, வெளிப்புறத் தூண்டுதலுக்கு முன்னும் பின்னும் உயிரினங்களில் உள்ள பெரும்பாலான சிறிய மூலக்கூறு வளர்சிதை மாற்றப் பொருட்களில் ஏற்படும் இயக்க மாற்றங்களைக் கண்டறிய முடியும். சோதனை மற்றும் கட்டுப்பாட்டுக் குழுக்களுக்கு இடையே குறிப்பிடத்தக்க வேறுபாடுகளைக் கொண்ட வளர்சிதை மாற்றப் பொருட்களை அடையாளம் காண்பதும், உடலியல்/நோயியல் மாற்றங்கள் மற்றும் அடிப்படை வழிமுறைகளுடன் அவற்றின் தொடர்பை மேலும் ஆராய்வதும் இந்தச் சேவைகளின் மையமாகும்.
-
எக்ஸோசோமல் mRNA/LncRNA/CircRNA வரிசைப்படுத்தல் - இல்லுமினா
எக்ஸோசோம்கள் என்பவை செல்களால் சுரக்கப்படும் சிறிய குமிழ்கள் ஆகும். இவை பொதுவாக 30 முதல் 100 நானோமீட்டர் விட்டம் வரை இருக்கும். இந்தக் குமிழ்கள் பல்வேறு ஆர்.என்.ஏ-க்களைக் கொண்டுள்ளன. செல்களுக்கு இடையேயான தொடர்பு, நோயெதிர்ப்புத் துலங்கல்கள் மற்றும் நோய் வளர்ச்சி ஆகியவற்றில் எக்ஸோசோம்கள் முக்கியப் பங்கு வகிப்பதாக நம்பப்படுகிறது. மேலும், பிளாஸ்மா, உமிழ்நீர் மற்றும் சிறுநீர் போன்ற உடல் திரவங்கள் மூலம் இவை உடலின் மற்ற பாகங்களுக்குப் பரவக்கூடும். அவை, பெறும் செல்களின் செயல்பாடுகளை ஒழுங்குபடுத்துவதற்காக குறிப்பிட்ட உயிர்மூலக்கூறுகளைக் கொண்டு செல்கின்றன, இதன் மூலம் செல்களின் உடலியல் நிலைகளில் செல்வாக்கு செலுத்துகின்றன. புற்றுநோய்கள், நரம்பு சிதைவு நோய்கள் மற்றும் அழற்சி நிலைகள் உள்ளிட்ட நோய்களின் வளர்ச்சியிலும் எக்ஸோசோம்கள் முக்கியப் பங்கு வகிப்பதாகக் கருதப்படுகிறது. எக்ஸோசோம்கள் மீதான ஆராய்ச்சி, நோய்களைக் கண்டறிதல், சிகிச்சை அளித்தல் மற்றும் தடுத்தல் ஆகியவற்றுக்கு புதிய நுண்ணறிவுகளையும் முறைகளையும் வழங்குகிறது.
-
எக்ஸோசோமல் சிறிய ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தல்-இலுமினா
எக்ஸோசோம்கள் என்பவை செல்களால் சுரக்கப்படும் சிறிய குமிழ்கள் ஆகும், இவை பொதுவாக 30 முதல் 100 நானோமீட்டர் விட்டம் கொண்டவை. இந்தக் குமிழ்கள் பல்வேறு ஆர்.என்.ஏ-க்களைக் கொண்டுள்ளன. எக்ஸோசோம்களில் உள்ள ஆர்.என்.ஏ வகைகளில், மிகவும் பொதுவான மற்றும் விரிவாக ஆய்வு செய்யப்பட்ட வகை மைக்ரோஆர்.என்.ஏ (miRNA) ஆகும். miRNA என்பது சுமார் 18-25 நியூக்ளியோடைடுகள் நீளமுள்ள, குறியீடற்ற சிறிய ஆர்.என்.ஏ-க்களின் ஒரு வகையாகும். அவை இலக்கு எம்.ஆர்.என்.ஏ-க்களின் 3′ மொழிபெயர்க்கப்படாத பகுதியுடன் (3′ UTR) பிணைவதன் மூலம், படியெடுத்தலுக்குப் பிந்தைய மரபணு அமைதியாக்கத்திற்கு உதவுகின்றன, அதன் மூலம் மரபணு வெளிப்பாட்டை ஒழுங்குபடுத்துகின்றன. எடுத்துக்காட்டாக, சில கட்டி செல்களால் சுரக்கப்படும் எக்ஸோசோம்கள், miR-126 மற்றும் miR-92a போன்ற குறிப்பிட்ட miRNA-க்களைக் கொண்டுள்ளன. இந்த miRNA-க்கள் பெறுநர் செல்களில் மரபணு வெளிப்பாட்டைப் பாதிக்கலாம் மற்றும் கட்டி இரத்த நாள உருவாக்கத்தை ஊக்குவிக்கலாம் (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_இடஞ்சார்ந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்
இடஞ்சார்ந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் என்பது திசுக்களுக்குள் மரபணு வெளிப்பாட்டைப் பதிவுசெய்து காட்சிப்படுத்த உதவும் ஒரு நுட்பமாகும். செல்கள் எவ்வாறு ஒன்றோடொன்று தொடர்பு கொள்கின்றன என்பதைப் புரிந்துகொள்வதற்கு இது மிகவும் முக்கியமானதாக இருக்கலாம்.
இந்த அணுகுமுறைக்கு வெவ்வேறு தளங்கள் உள்ளன. இது தொடர்பாக, BMKGene நிறுவனம் BMKManu 3000 ஸ்பேஷியல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சிப் என்ற தளத்தை உருவாக்கியுள்ளது. இது இந்த நுட்பத்தின் செயல்திறனை மேம்படுத்தி, துணை-செல்லுலார் தெளிவுத்திறனை அடைவதோடு, பல-நிலை தெளிவுத்திறன் அமைப்பையும் செயல்படுத்துகிறது.
இந்த சிப், இடஞ்சார்ந்த பார்கோடு கொண்ட ஆய்வுக் கருவிகள் ஏற்றப்பட்ட மணிகளால் அடுக்கப்பட்ட நுண்கிணறுகளின் காப்புரிமை பெற்ற தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி 4.2 மில்லியன் புள்ளிகளை உள்ளடக்கியுள்ளது. இந்த முறையின் மூலம், கைப்பற்றல் மற்றும் பெருக்கத்திற்குப் பிறகு, பார்கோடு செய்யப்பட்ட மாதிரிகளால் செறிவூட்டப்பட்ட மற்றும் இல்லுமினாவுடன் இணக்கமான ஒரு cDNA நூலகத்தை நாம் பெறுகிறோம்.
தரவில், இடஞ்சார்ந்த பார்கோடு மற்றும் UMI-களின் ஒருங்கிணைப்பு, உருவாக்கப்படும் தரவின் துல்லியத்தையும் தனித்தன்மையையும் உறுதி செய்கிறது. மேற்கூறிய அனைத்தையும் ஒருங்கிணைத்து, BMKManu மிகவும் பன்முகத்தன்மை வாய்ந்த ஒரு தரவு அமைப்பை வழங்குகிறது.
-
DNBSEQ முன் தயாரிக்கப்பட்ட நூலகங்கள்
MGI-யால் உருவாக்கப்பட்ட DNBSEQ, வரிசைப்படுத்துதல் செலவுகளை மேலும் குறைத்து, செயல் திறனை அதிகரித்துள்ள ஒரு புதுமையான NGS தொழில்நுட்பமாகும். DNBSEQ லைப்ரரிகளைத் தயாரிப்பதில், டிஎன்ஏ துண்டாக்கம், ஒற்றை இழை டிஎன்ஏ (ssDNA) தயாரிப்பு மற்றும் டிஎன்ஏ நானோபந்துகளை (DNB) பெறுவதற்காக ரோலிங் சர்க்கிள் பெருக்கம் ஆகியவை அடங்கும். பின்னர் இவை ஒரு திடமான மேற்பரப்பில் ஏற்றப்பட்டு, அதைத் தொடர்ந்து கூட்டு புரோப்-ஆங்கர் தொகுப்பு (cPAS) மூலம் வரிசைப்படுத்தப்படுகின்றன. DNBSEQ தொழில்நுட்பமானது, குறைந்த பெருக்கப் பிழை விகிதம் மற்றும் நானோபந்துகளுடன் கூடிய உயர் அடர்த்தி பிழை வடிவங்களைப் பயன்படுத்துதல் ஆகிய நன்மைகளை ஒருங்கிணைத்து, அதிக செயல் திறன் மற்றும் துல்லியத்துடன் வரிசைப்படுத்துதலை வழங்குகிறது.
எங்களின் முன் தயாரிக்கப்பட்ட லைப்ரரி சீக்வென்சிங் சேவையானது, வாடிக்கையாளர்களுக்குப் பல்வேறு மூலங்களிலிருந்து (mRNA, முழு மரபணு, ஆம்ப்ளிகான், 10x லைப்ரரிகள் மற்றும் பல) இல்லுமினா சீக்வென்சிங் லைப்ரரிகளைத் தயாரிக்க உதவுகிறது. இவை எங்கள் ஆய்வகங்களில் MGI லைப்ரரிகளாக மாற்றப்பட்டு, DNBSEQ-T7 முறையில் சீக்வென்சிங் செய்யப்படுகின்றன. இதன்மூலம் குறைந்த செலவில் அதிக அளவிலான தரவுகளைப் பெற முடிகிறது.
-
Hi-C அடிப்படையிலான குரோமாடின் தொடர்பு
ஹை-சி (Hi-C) என்பது அருகாமை அடிப்படையிலான இடைவினைகளை ஆராய்வதையும், அதிவேக வரிசைப்படுத்தலையும் இணைப்பதன் மூலம் மரபணு அமைப்பைப் படம்பிடிக்க வடிவமைக்கப்பட்ட ஒரு முறையாகும். இந்த முறையானது ஃபார்மால்டிஹைடுடன் குரோமாடினைக் குறுக்கிணைப்பதை அடிப்படையாகக் கொண்டது. அதனைத் தொடர்ந்து, சகப்பிணைப்புடன் இணைக்கப்பட்ட துண்டுகள் மட்டுமே இணைப்பு விளைபொருட்களை உருவாக்கும் வகையில் செரிமானம் மற்றும் மறு-இணைப்பு செய்யப்படுகிறது. இந்த இணைப்பு விளைபொருட்களை வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம், மரபணுவின் முப்பரிமாண அமைப்பைப் பற்றி ஆய்வு செய்ய முடியும். ஹை-சி, மரபணுவின் இலேசான அடர்த்தியுடன் (A பகுதிகள், யூகுரோமாடின்) மற்றும் படியெடுத்தல் செயல்பாட்டில் அதிக வாய்ப்புள்ள பகுதிகளின் பரவலையும், மேலும் இறுக்கமாகப் பொதிந்துள்ள (B பகுதிகள், ஹெட்டிரோகுரோமாடின்) பகுதிகளையும் ஆய்வு செய்ய உதவுகிறது. ஹை-சி முறையானது, மடிந்த அமைப்புகளைக் கொண்ட மற்றும் ஒத்த வெளிப்பாட்டு வடிவங்களைக் கொண்டிருக்க வாய்ப்புள்ள மரபணுவின் பகுதிகளான இடவியல் ரீதியாகத் தொடர்புடைய களங்களை (TADs) துல்லியமாகக் கண்டறியவும், புரதங்களால் ஒன்றாகப் பிணைக்கப்பட்டு, பெரும்பாலும் ஒழுங்குபடுத்தும் கூறுகளால் செறிவூட்டப்பட்ட டிஎன்ஏ பகுதிகளான குரோமாடின் வளையங்களை அடையாளம் காணவும் பயன்படுத்தப்படலாம். BMKGene-இன் Hi-C வரிசைப்படுத்தல் சேவையானது, மரபணுவியலின் இடஞ்சார்ந்த பரிமாணங்களை ஆராய ஆராய்ச்சியாளர்களுக்கு அதிகாரம் அளித்து, மரபணு ஒழுங்குமுறை மற்றும் ஆரோக்கியம் மற்றும் நோய்களில் அதன் தாக்கங்களைப் புரிந்துகொள்வதற்கான புதிய வழிகளைத் திறக்கிறது.
-
பேக்பையோ 2+3 முழு நீள mRNA கரைசல்
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைப்படுத்தல், மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பன்முகக் கருவியாக இருந்தாலும், அது குறுகிய வாசிப்புகளைச் சார்ந்திருப்பதால், சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் செயல்திறன் கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. மறுபுறம், PacBio வரிசைப்படுத்தல் (Iso-Seq) நீண்ட-வாசிப்புத் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை வரிசைப்படுத்த உதவுகிறது. இந்த அணுகுமுறை, மாற்றுப் பிணைப்பு, மரபணு இணைப்புகள் மற்றும் பாலி-அடினைலேஷன் ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வுக்கு வழிவகுக்கிறது, இருப்பினும் இது மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான முதன்மைத் தேர்வாக இல்லை. இந்த 2+3 இணைப்பு, டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஐசோஃபார்ம்களின் முழுமையான தொகுப்பைக் கண்டறிய PacBio HiFi வாசிப்புகளையும், அதே ஐசோஃபார்ம்களை அளவிட NGS வரிசைப்படுத்தலையும் சார்ந்திருப்பதன் மூலம், Illumina மற்றும் PacBio-விற்கு இடையிலான இடைவெளியை நிரப்புகிறது.
இயங்குதளங்கள்: PacBio Revio மற்றும் Illumina NovaSeq
-
மரபணு-பரந்த தொடர்பு பகுப்பாய்வு
மரபணுத்தொகுதி முழுமை சங்கம ஆய்வுகளின் (GWAS) நோக்கம், குறிப்பிட்ட பண்புகளுடன் (தோற்றப்பண்புகளுடன்) தொடர்புடைய மரபணு மாறுபாடுகளை (மரபணுவகைகள்) அடையாளம் காண்பதாகும். பெருமளவிலான தனிநபர்களின் முழு மரபணுத்தொகுதியிலும் உள்ள மரபணு அடையாளங்காட்டிகளை கூர்ந்து ஆராய்வதன் மூலம், GWAS ஆனது மக்கள் தொகை அளவிலான புள்ளியியல் பகுப்பாய்வுகள் வழியாக மரபணுவகை-தோற்றப்பண்பு சங்கமங்களை ஊகித்து அறிய உதவுகிறது. இந்த வழிமுறையானது, மனித நோய்களை ஆய்வு செய்வதிலும், விலங்குகள் அல்லது தாவரங்களில் உள்ள சிக்கலான பண்புகளுடன் தொடர்புடைய செயல்பாட்டு மரபணுக்களை ஆராய்வதிலும் பரந்த பயன்பாடுகளைக் கொண்டுள்ளது.
BMKGENE-இல், பெரிய மக்கள் தொகையில் GWAS ஆய்வுகளை நடத்துவதற்கு நாங்கள் இரண்டு வழிகளை வழங்குகிறோம்: முழு-மரபணு வரிசைப்படுத்தலைப் (WGS) பயன்படுத்துவது அல்லது எங்கள் நிறுவனத்தால் உருவாக்கப்பட்ட, குறைக்கப்பட்ட பிரதிநிதித்துவ மரபணு வரிசைப்படுத்தல் முறையான குறிப்பிட்ட-இட பெருக்கப்பட்ட துண்டு (SLAF) முறையைத் தேர்ந்தெடுப்பது. WGS சிறிய மரபணுக்களுக்குப் பொருத்தமாக இருந்தாலும், நீண்ட மரபணுக்களைக் கொண்ட பெரிய மக்கள் தொகையை ஆய்வு செய்வதற்கு SLAF ஒரு செலவு குறைந்த மாற்றாக விளங்குகிறது. இது வரிசைப்படுத்தல் செலவுகளைத் திறம்படக் குறைப்பதோடு, அதிக மரபணு குறிப்பான் கண்டறியும் செயல்திறனுக்கும் உத்தரவாதம் அளிக்கிறது.
-
ஒற்றை உட்கரு ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தல்
ஒற்றை-செல் பிடிப்பு மற்றும் தனிப்பயன் லைப்ரரி கட்டுமான நுட்பங்களின் வளர்ச்சி, உயர்-செயல்திறன் வரிசைப்படுத்தலுடன் இணைந்து, செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாடு ஆய்வுகளில் ஒரு புரட்சியை ஏற்படுத்தியுள்ளது. இந்த முன்னேற்றம், சிக்கலான செல் தொகுதிகளின் ஆழமான மற்றும் விரிவான பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கிறது; இது அனைத்து செல்களிலும் மரபணு வெளிப்பாட்டைச் சராசரியாகக் கணக்கிடுவதில் உள்ள வரம்புகளைக் கடந்து, இந்தத் தொகுதிகளுக்குள் இருக்கும் உண்மையான பன்முகத்தன்மையைப் பாதுகாக்கிறது. ஒற்றை-செல் ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தலுக்கு (scRNA-seq) மறுக்க முடியாத நன்மைகள் இருந்தாலும், சில திசுக்களில் இது சவால்களை எதிர்கொள்கிறது; அங்கு ஒற்றை-செல் சஸ்பென்ஷனை உருவாக்குவது கடினமாக உள்ளது மற்றும் புதிய மாதிரிகள் தேவைப்படுகின்றன. BMKGene-இல், அதிநவீன 10X Genomics Chromium தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி ஒற்றை-நியூக்ளியஸ் ஆர்.என்.ஏ வரிசைப்படுத்தலை (snRNA-seq) வழங்குவதன் மூலம் இந்தத் தடையை நாங்கள் தீர்க்கிறோம். இந்த அணுகுமுறை, ஒற்றை-செல் மட்டத்தில் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்வுக்கு ஏற்ற மாதிரிகளின் வரம்பை விரிவுபடுத்துகிறது.
இரட்டைக் குறுக்கீடுகளைக் கொண்ட எட்டு-சேனல் நுண் பாய்மவியல் அமைப்பைக் கொண்டுள்ள புதுமையான 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் சிப் மூலம் உட்கருக்கள் தனிமைப்படுத்தப்படுகின்றன. இந்த அமைப்பில், பார்கோடுகள், பிரைமர்கள், நொதிகள் மற்றும் ஒரு தனி உட்கரு ஆகியவற்றைக் கொண்ட ஜெல் மணிகள், நானோலிட்டர் அளவுள்ள எண்ணெய் துளிகளில் அடைக்கப்பட்டு, ஜெல் பீட்-இன்-எமல்ஷன் (GEM) உருவாக்கப்படுகிறது. GEM உருவானதைத் தொடர்ந்து, ஒவ்வொரு GEM-இலும் செல் சிதைவும் பார்கோடு வெளியீடும் நிகழ்கின்றன. அதைத் தொடர்ந்து, mRNA மூலக்கூறுகள் தலைகீழ் படியெடுத்தலுக்கு உட்பட்டு, 10X பார்கோடுகள் மற்றும் தனித்துவமான மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டிகளை (UMIs) உள்ளடக்கிய cDNA-க்களாக மாறுகின்றன. இந்த cDNA-க்கள் பின்னர் வழக்கமான வரிசைப்படுத்தல் நூலக உருவாக்கத்திற்கு உட்படுத்தப்படுகின்றன, இது ஒற்றை-செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாட்டு விவரங்களின் வலுவான மற்றும் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது.
தளம்: 10× ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் மற்றும் இல்லுமினா நோவாசீக் தளம்
-
தாவர/விலங்கு முழு மரபணு வரிசைமுறை
முழு மரபணு வரிசைப்படுத்தல் (WGS) என்பது ஒரு உயிரினத்தின் மரபணுத்தொகுப்பில் உள்ள டிஎன்ஏ வரிசையை ஒரே நேரத்தில் முழுமையாகத் தீர்மானிக்கப் பயன்படும் ஒரு நுட்பமாகும்.
வழக்கமாக, ஒரு குறிப்பு மரபணுத்தொகுதியின் இருப்பைப் பொறுத்து, இந்தச் சேவை இரண்டு வெவ்வேறு குழுக்களாகப் பிரிக்கப்படுகிறது:
- டி நோவோமுழு மரபணு வரிசைமுறை.இந்தச் சூழ்நிலையில், வரிசைப்படுத்தப்பட வேண்டிய மரபணுத்தொகுதிக்குக் குறிப்பு மரபணுத்தொகுதி எதுவும் கிடைக்கவில்லை. அந்தக் காரணத்தால், இந்த வரிசைப்படுத்தலின் நோக்கம், ஒரு குறிப்பு மரபணுத்தொகுதியை உருவாக்குவது (அல்லது ஏற்கனவே உள்ள ஒன்றை மேம்படுத்துவது) ஆகும். வாசிப்புகளுக்கு இடையில் ஒரு மேற்பொருந்தலை உருவாக்குவதன் மூலம் மரபணுத்தொகுதித் தொகுப்பை மேம்படுத்துவதற்கு, இந்த நுட்பம் இல்லுமினா தரவு மற்றும் நீண்ட-வாசிப்பு வரிசைப்படுத்தல் ஆகிய இரண்டையும் பயன்படுத்த வேண்டும்.
- மறு வரிசைப்படுத்துதல்.இது, அறியப்பட்ட மூல மரபணுக்களைக் கொண்ட சிற்றினங்களின் வெவ்வேறு உயிரினங்களின் முழு மரபணு வரிசைப்படுத்தலைக் குறிக்கிறது. இதன் அடிப்படையில், உயிரினங்கள் அல்லது இனக்கூட்டங்களின் மரபணு வேறுபாடுகளை மேலும் கண்டறிய முடியும்.
-
முழு நீள mRNA வரிசைப்படுத்தல்-நானோபோர்
NGS அடிப்படையிலான mRNA வரிசைப்படுத்தல், மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பன்முகக் கருவியாக இருந்தாலும், அது குறுகிய வாசிப்புகளைச் சார்ந்திருப்பதால், சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் செயல்திறன் கட்டுப்படுத்தப்படுகிறது. மறுபுறம், நானோபோர் வரிசைப்படுத்தல் நீண்ட-வாசிப்புத் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளை வரிசைப்படுத்த உதவுகிறது. இந்த அணுகுமுறை, மாற்றுப் பிணைப்பு, மரபணு இணைப்புகள், பாலி-அடினைலேஷன் மற்றும் mRNA ஐசோஃபார்ம்களின் அளவீடு ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வுக்கு வழிவகுக்கிறது.
நானோபோர் ஒற்றை-மூலக்கூறு நிகழ்நேர மின் சமிக்ஞைகளைச் சார்ந்திருக்கும் ஒரு முறையான நானோபோர் வரிசைப்படுத்தல், நிகழ்நேரத்தில் முடிவுகளை வழங்குகிறது. இயக்கப் புரதங்களின் வழிகாட்டுதலின்படி, இரட்டைச் சரம் கொண்ட டி.என்.ஏ, ஒரு உயிரிப்படலத்தில் பதிக்கப்பட்ட நானோபோர் புரதங்களுடன் பிணைந்து, மின்னழுத்த வேறுபாட்டின் கீழ் நானோபோர் வழித்தடத்தின் வழியாகச் செல்லும்போது அவிழ்கிறது. டி.என்.ஏ சரத்தில் உள்ள வெவ்வேறு காரங்களால் உருவாக்கப்படும் தனித்துவமான மின் சமிக்ஞைகள் நிகழ்நேரத்தில் கண்டறியப்பட்டு வகைப்படுத்தப்படுகின்றன, இது துல்லியமான மற்றும் தொடர்ச்சியான நியூக்ளியோடைடு வரிசைப்படுத்தலை எளிதாக்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறை, குறுகிய-வாசிப்பு வரம்புகளைக் கடந்து, சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகள் உட்பட, நுணுக்கமான மரபணுப் பகுப்பாய்விற்கான ஒரு ஆற்றல்மிக்க தளத்தை உடனடி முடிவுகளுடன் வழங்குகிறது.
தளம்: நானோபோர் புரோமெத்தியோன் 48
