-
புரோட்டியோமிக்ஸ்
புரோட்டியோமிக்ஸ் புரதங்களில் கவனம் செலுத்துகிறது - உயிரின டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் ஒழுங்குமுறையில் முக்கிய பங்கு வகிக்கும் வாழ்க்கை செயல்பாடுகளை செயல்படுத்துபவர்கள். இது திசுக்கள் அல்லது செல்களில் மாறும் வகையில் மாறும் அனைத்து புரதங்களின் கலவை, வெளிப்பாடு நிலைகள் மற்றும் மாற்றியமைக்கும் நிலைகளை பகுப்பாய்வு செய்கிறது, பல்வேறு வாழ்க்கை செயல்முறைகளில் புரோட்டியோம் மிகுதி இயக்கவியலின் குறிப்பிடத்தக்க தாக்கத்தை நிவர்த்தி செய்கிறது. மருத்துவம், விவசாயம் மற்றும் கால்நடை வளர்ப்பில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகிறது. ஜெல் ஸ்ட்ரிப்கள், ஐபி மற்றும் CO-ஐபி/புல் டவுன் மாதிரிகள் உள்ளிட்ட மாதிரிகளை அடையாளம் காண தரமான புரோட்டியோமிக்ஸ் HPLC-MS/MS புரத அடையாள தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது. அளவு புரோட்டியோமிக்ஸ் ஒரு மரபணுவால் அல்லது சிக்கலான கலப்பு அமைப்பில் வெளிப்படுத்தப்படும் அனைத்து புரதங்களின் துல்லியமான அளவீடு மற்றும் அடையாளத்தை அடைகிறது. தற்போதைய அளவு புரோட்டியோமிக்ஸ் தொழில்நுட்பங்கள் முக்கியமாக லேபிளிடப்பட்ட (TMT) மற்றும் லேபிள் இல்லாத (லேபிள் இல்லாத, DIA, PRM) அணுகுமுறைகளாக வகைப்படுத்தப்படுகின்றன. BMKGENE பல-தளம் மற்றும் பல-தொழில்நுட்ப புரோட்டியோமிக்ஸ் தீர்வுகளை வழங்குகிறது.
-
வளர்சிதை மாற்றம்
மரபணுவியலின் கீழ்நிலைப் பிரிவான வளர்சிதை மாற்றவியல், முக்கியமாக 1500 Da க்கும் குறைவான மூலக்கூறு எடை கொண்ட சிறிய-மூலக்கூறு பொருட்களை குறிவைக்கிறது. இது வளர்சிதை மாற்றங்களை வெளிப்புற தூண்டுதல்கள் மற்றும் உடலியல்/நோயியல் மாற்றங்களுக்கு உயிரினங்களின் பதில்களை மிகவும் உணர்திறன் மிக்கதாக பிரதிபலிக்க உதவுகிறது. மரபணு மாறுபாடுகளால் தூண்டப்பட்ட வளர்சிதை மாற்ற நிலை மாற்றங்களும் அதன் ஆராய்ச்சி நோக்கத்திற்குள் உள்ளன, இது ஒரு புதிய ஆராய்ச்சி முன்னோக்கை வழங்குகிறது.
BMKGENE, இலக்கு அல்லாத வளர்சிதை மாற்றங்கள், பரவலாக இலக்கு வைக்கப்பட்ட வளர்சிதை மாற்றங்கள் மற்றும் இலக்கு வைக்கப்பட்ட வளர்சிதை மாற்றங்கள் உள்ளிட்ட முழு அளவிலான வளர்சிதை மாற்ற சேவைகளை வழங்குகிறது. திரவ குரோமடோகிராபி-மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமெட்ரி (LC-MS) அல்லது வாயு குரோமடோகிராபி-மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமெட்ரி (GC-MS) ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்தி, வெளிப்புற தூண்டுதலுக்கு முன்னும் பின்னும் உயிரினங்களில் உள்ள பெரும்பாலான சிறிய-மூலக்கூறு வளர்சிதை மாற்றங்களில் உள்ள மாறும் மாற்றங்களைக் கண்டறிய முடியும். இந்த சேவைகளின் மையமானது, சோதனை மற்றும் கட்டுப்பாட்டு குழுக்களுக்கு இடையே குறிப்பிடத்தக்க வேறுபாடுகளைக் கொண்ட வளர்சிதை மாற்றங்களை அடையாளம் காண்பதும், உடலியல்/நோயியல் மாற்றங்கள் மற்றும் அடிப்படை வழிமுறைகளுடன் அவற்றின் தொடர்பை மேலும் ஆராய்வதும் ஆகும்.
-
எக்ஸோசோமல் mRNA/LncRNA/CircRNA வரிசைமுறை-இல்லுமினா
எக்ஸோசோம்கள் என்பவை செல்களால் சுரக்கப்படும் சிறிய வெசிகிள்கள் ஆகும், அவை பொதுவாக 30 முதல் 100 நானோமீட்டர்கள் வரை விட்டம் கொண்டவை. இந்த வெசிகிள்களில் பல்வேறு ஆர்.என்.ஏக்கள் உள்ளன. எக்ஸோசோம்கள் செல்களுக்கு இடையேயான தொடர்பு, நோயெதிர்ப்பு மறுமொழிகள் மற்றும் நோய் வளர்ச்சியில் முக்கிய பங்கு வகிப்பதாக நம்பப்படுகிறது, மேலும் பிளாஸ்மா, உமிழ்நீர் மற்றும் சிறுநீர் போன்ற உடல் திரவங்கள் மூலம் உடலின் பிற பகுதிகளுக்கு பரவக்கூடும். அவை பெறுநர் செல்களின் செயல்பாடுகளை ஒழுங்குபடுத்துவதற்கும், செல்லுலார் உடலியல் நிலைகளை பாதிக்கும் குறிப்பிட்ட உயிரி மூலக்கூறுகளைக் கொண்டுள்ளன. புற்றுநோய்கள், நரம்பணு சிதைவு நோய்கள் மற்றும் அழற்சி நிலைமைகள் உள்ளிட்ட நோய் வளர்ச்சியில் எக்ஸோசோம்கள் முக்கிய பங்கு வகிப்பதாகவும் கருதப்படுகிறது. எக்ஸோசோம்கள் பற்றிய ஆராய்ச்சி நோய்களைக் கண்டறிதல், சிகிச்சை செய்தல் மற்றும் தடுப்பதற்கான புதிய நுண்ணறிவுகளையும் முறைகளையும் வழங்குகிறது.
-
எக்சோசோமல் சிறிய ஆர்.என்.ஏ வரிசைமுறை-இல்லுமினா
எக்ஸோசோம்கள் என்பது செல்களால் சுரக்கப்படும் சிறிய வெசிகிள்கள் ஆகும், அவை பொதுவாக 30 முதல் 100 நானோமீட்டர்கள் வரை விட்டம் கொண்டவை. இந்த வெசிகிள்கள் பல்வேறு ஆர்.என்.ஏக்களைக் கொண்டுள்ளன. எக்ஸோசோம்களில் உள்ள ஆர்.என்.ஏ வகைகளில், மிகவும் பொதுவானது மற்றும் விரிவாக ஆய்வு செய்யப்பட்டது மைக்ரோஆர்.என்.ஏ (மைஆர்.என்.ஏ) ஆகும். மைஆர்.என்.ஏ என்பது சுமார் 18-25 நியூக்ளியோடைடுகள் நீளம் கொண்ட குறியீட்டு அல்லாத சிறிய ஆர்.என்.ஏக்களின் ஒரு வகை. அவை இலக்கு எம்.ஆர்.என்.ஏக்களின் 3′ மொழிபெயர்க்கப்படாத பகுதியுடன் (3′ யுடிஆர்) பிணைப்பதன் மூலம் பிந்தைய டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் மரபணு அமைதிப்படுத்தலை மத்தியஸ்தம் செய்கின்றன, இதன் மூலம் மரபணு வெளிப்பாட்டை ஒழுங்குபடுத்துகின்றன. எடுத்துக்காட்டாக, சில கட்டி செல்களால் சுரக்கும் எக்ஸோசோம்கள் மைஆர்-126 மற்றும் மைஆர்-92ஏ போன்ற குறிப்பிட்ட மைஆர்என்ஏக்களைக் கொண்டுள்ளன. இந்த மைஆர்என்ஏக்கள் பெறுநர் செல்களில் மரபணு வெளிப்பாட்டை பாதிக்கலாம் மற்றும் கட்டி ஆஞ்சியோஜெனீசிஸை ஊக்குவிக்கலாம் (டோமோஹிரோ உமேசு, மற்றும் பலர், ஆன்கோஜீன், 2012).
-
BMKMANU S3000_ஸ்பேஷியல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம்
இடஞ்சார்ந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் என்பது திசுக்களுக்குள் மரபணு வெளிப்பாட்டைப் படம்பிடித்து காட்சிப்படுத்த அனுமதிக்கும் ஒரு நுட்பமாகும். செல்கள் எவ்வாறு தொடர்பு கொள்கின்றன என்பதைப் புரிந்துகொள்ள இது மிகவும் முக்கியமானது.
இந்த அணுகுமுறைக்கு பல்வேறு தளங்கள் உள்ளன. இந்த விஷயத்தில், BMKGene நிறுவனம் BMKManu 3000 ஸ்பேஷியல் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் சிப்பை உருவாக்கியுள்ளது, இது நுட்ப செயல்திறனை அதிகரிக்கும், துணை செல்லுலார் தெளிவுத்திறனை அடையும் மற்றும் பல-நிலை தெளிவுத்திறன் அமைப்பை செயல்படுத்தும் ஒரு தளமாகும்.
இந்த சிப், இடஞ்சார்ந்த பார்கோடு செய்யப்பட்ட ஆய்வுகள் ஏற்றப்பட்ட மணிகளால் அடுக்கப்பட்ட மைக்ரோவெல்களின் காப்புரிமை பெற்ற தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி 4.2 மில்லியன் புள்ளிகளை உள்ளடக்கியது. இந்த முறையின் மூலம், பிடிப்பு மற்றும் பெருக்கத்திற்குப் பிறகு, பார்கோடு செய்யப்பட்ட மாதிரிகளால் செறிவூட்டப்பட்ட ஒரு cDNA நூலகத்தைப் பெறுகிறோம், இது இல்லுமினா இணக்கமானது.
தரவுகளில், இடஞ்சார்ந்த பார்கோடு மற்றும் UMI-களின் கலவையானது உருவாக்கப்படும் தரவின் துல்லியம் மற்றும் தனித்துவத்தை உறுதி செய்கிறது. மேலே உள்ள அனைத்தையும் இணைத்து, BMKManu மிகவும் பல்துறை தரவு அமைப்பை வழங்குகிறது.
-
DNBSEQ முன் தயாரிக்கப்பட்ட நூலகங்கள்
MGI ஆல் உருவாக்கப்பட்ட DNBSEQ, ஒரு புதுமையான NGS தொழில்நுட்பமாகும், இது வரிசைப்படுத்துதல் செலவுகளை மேலும் குறைத்து செயல்திறனை அதிகரிக்க முடிந்தது. DNBSEQ நூலகங்களைத் தயாரிப்பதில் DNA துண்டு துண்டாகப் பிரித்தல், ssDNA தயாரித்தல் மற்றும் DNA நானோபால்களை (DNB) பெற உருளும் வட்ட பெருக்கம் ஆகியவை அடங்கும். இவை பின்னர் ஒரு திடமான மேற்பரப்பில் ஏற்றப்பட்டு, பின்னர் கூட்டு ஆய்வு-ஆங்கர் தொகுப்பு (cPAS) மூலம் வரிசைப்படுத்தப்படுகின்றன. DNBSEQ தொழில்நுட்பம் குறைந்த பெருக்கப் பிழை விகிதத்தைக் கொண்டிருப்பதன் நன்மைகளை நானோபால்களுடன் அதிக அடர்த்தி பிழை வடிவங்களைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் ஒருங்கிணைக்கிறது, இதன் விளைவாக அதிக செயல்திறன் மற்றும் துல்லியத்துடன் வரிசைப்படுத்துகிறது.
எங்கள் முன் தயாரிக்கப்பட்ட நூலக வரிசைமுறை சேவை, வாடிக்கையாளர்கள் பல்வேறு மூலங்களிலிருந்து (mRNA, முழு ஜீனோம், ஆம்ப்ளிகான், 10x நூலகங்கள், மற்றவை உட்பட) இல்லுமினா வரிசைமுறை நூலகங்களைத் தயாரிக்க உதவுகிறது. இவை எங்கள் ஆய்வகங்களில் உள்ள MGI நூலகங்களாக மாற்றப்பட்டு, DNBSEQ-T7 இல் வரிசைப்படுத்தப்படுகின்றன, இதனால் குறைந்த செலவில் அதிக தரவு அளவுகளை செயல்படுத்துகிறது.
-
ஹை-சி அடிப்படையிலான குரோமாடின் தொடர்பு
Hi-C என்பது அருகாமை அடிப்படையிலான இடைவினைகள் மற்றும் உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறையை ஆய்வு செய்வதன் மூலம் மரபணு உள்ளமைவைப் பிடிக்க வடிவமைக்கப்பட்ட ஒரு முறையாகும். இந்த முறை ஃபார்மால்டிஹைடுடன் குரோமாடின் குறுக்கு இணைப்பை அடிப்படையாகக் கொண்டது, அதைத் தொடர்ந்து செரிமானம் மற்றும் மறு-இணைப்பு ஆகியவை கோவலன்ட் முறையில் இணைக்கப்பட்ட துண்டுகள் மட்டுமே பிணைப்பு தயாரிப்புகளை உருவாக்கும் வகையில் உள்ளன. இந்த பிணைப்பு தயாரிப்புகளை வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம், மரபணுவின் 3D அமைப்பைப் படிக்க முடியும். Hi-C, லேசாக நிரம்பிய (A பெட்டிகள், யூக்ரோமாடின்) மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனலாக செயலில் இருக்க அதிக வாய்ப்புள்ள மரபணுவின் பகுதிகள் மற்றும் மிகவும் இறுக்கமாக நிரம்பிய பகுதிகள் (B பெட்டிகள், ஹெட்டெரோக்ரோமாடின்) ஆகியவற்றின் விநியோகத்தைப் படிக்க உதவுகிறது. மடிந்த கட்டமைப்புகளைக் கொண்ட மற்றும் ஒத்த வெளிப்பாடு வடிவங்களைக் கொண்டிருக்க வாய்ப்புள்ள மரபணுவின் பகுதிகளான டோபோலாஜிக்கல் அசோசியேட்டட் டொமைன்களை (TADகள்) சுட்டிக்காட்டவும், குரோமாடின் சுழல்கள், புரதங்களால் ஒன்றாக இணைக்கப்பட்ட மற்றும் பெரும்பாலும் ஒழுங்குமுறை கூறுகளால் செறிவூட்டப்பட்ட DNA பகுதிகளை அடையாளம் காணவும் Hi-C ஐப் பயன்படுத்தலாம். BMKGene இன் Hi-C வரிசைமுறை சேவை, ஆராய்ச்சியாளர்களுக்கு மரபணுவியலின் இடஞ்சார்ந்த பரிமாணங்களை ஆராய அதிகாரம் அளிக்கிறது, மரபணு ஒழுங்குமுறை மற்றும் ஆரோக்கியம் மற்றும் நோய்களில் அதன் தாக்கங்களைப் புரிந்துகொள்வதற்கான புதிய வழிகளைத் திறக்கிறது.
-
PacBio 2+3 முழு நீள mRNA தீர்வு
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைமுறை மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பல்துறை கருவியாக இருந்தாலும், குறுகிய வாசிப்புகளை நம்பியிருப்பது சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் செயல்திறனைக் கட்டுப்படுத்துகிறது. மறுபுறம், PacBio வரிசைமுறை (Iso-Seq) நீண்ட-வாசிப்பு தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு-நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் வரிசைமுறையை செயல்படுத்துகிறது. இந்த அணுகுமுறை மாற்று பிளவுபடுத்தல், மரபணு இணைப்புகள் மற்றும் பாலி-அடினிலேஷன் ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது, இருப்பினும் இது மரபணு வெளிப்பாடு அளவீட்டுக்கான முதன்மைத் தேர்வாக இல்லை. 2+3 கலவையானது, PacBio HiFi வாசிப்புகளை நம்பியிருப்பதன் மூலம், ஒரே மாதிரியான ஐசோஃபார்ம்களை அளவிடுவதற்கு முழுமையான டிரான்ஸ்கிரிப்ட் ஐசோஃபார்ம்கள் மற்றும் NGS வரிசைமுறைகளை அடையாளம் காண Illumina மற்றும் PacBio இடையே உள்ள இடைவெளியைக் குறைக்கிறது.
இயங்குதளங்கள்: PacBio Revio மற்றும் Illumina NovaSeq
-
மரபணு அளவிலான சங்க பகுப்பாய்வு
மரபணு-பரந்த சங்க ஆய்வுகளின் (GWAS) நோக்கம் குறிப்பிட்ட பண்புகளுடன் (பினோடைப்கள்) இணைக்கப்பட்ட மரபணு மாறுபாடுகளை (மரபணு வகைகள்) அடையாளம் காண்பதாகும். அதிக எண்ணிக்கையிலான தனிநபர்களின் முழு மரபணு முழுவதும் மரபணு குறிப்பான்களை ஆராய்வதன் மூலம், GWAS மக்கள்தொகை அளவிலான புள்ளிவிவர பகுப்பாய்வுகள் மூலம் மரபணு-பினோடைப் தொடர்புகளை எக்ஸ்ட்ராபோலேட் செய்கிறது. இந்த முறை மனித நோய்களை ஆராய்வதிலும், விலங்குகள் அல்லது தாவரங்களில் உள்ள சிக்கலான பண்புகளுடன் தொடர்புடைய செயல்பாட்டு மரபணுக்களை ஆராய்வதிலும் விரிவான பயன்பாடுகளைக் காண்கிறது.
BMKGENE இல், பெரிய மக்கள்தொகைகளில் GWAS ஐ நடத்துவதற்கு நாங்கள் இரண்டு வழிகளை வழங்குகிறோம்: முழு-ஜீனோம் வரிசைமுறை (WGS) ஐப் பயன்படுத்துதல் அல்லது குறைக்கப்பட்ட பிரதிநிதித்துவ மரபணு வரிசைமுறை முறையைத் தேர்ந்தெடுப்பது, உள்நாட்டில் உருவாக்கப்பட்ட குறிப்பிட்ட-லோகஸ் பெருக்கப்பட்ட துண்டு (SLAF). WGS சிறிய மரபணுக்களுக்கு ஏற்றதாக இருந்தாலும், நீண்ட மரபணுக்களைக் கொண்ட பெரிய மக்கள்தொகைகளைப் படிப்பதற்கான செலவு குறைந்த மாற்றாக SLAF வெளிப்படுகிறது, வரிசைமுறை செலவுகளை திறம்படக் குறைக்கிறது, அதே நேரத்தில் அதிக மரபணு குறிப்பான் கண்டுபிடிப்பு செயல்திறனை உறுதி செய்கிறது.
-
ஒற்றை- கருக்கள் RNA வரிசைமுறை
ஒற்றை செல் பிடிப்பு மற்றும் தனிப்பயன் நூலக கட்டுமான நுட்பங்களின் வளர்ச்சி, உயர்-செயல்திறன் வரிசைமுறையுடன் இணைந்து, செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாடு ஆய்வுகளில் புரட்சியை ஏற்படுத்தியுள்ளது. இந்த முன்னேற்றம் சிக்கலான செல் மக்கள்தொகையின் ஆழமான மற்றும் விரிவான பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கிறது, அனைத்து செல்களிலும் சராசரியாக மரபணு வெளிப்பாட்டை உருவாக்குவதோடு தொடர்புடைய வரம்புகளை கடந்து, இந்த மக்கள்தொகைக்குள் உண்மையான பன்முகத்தன்மையைப் பாதுகாக்கிறது. ஒற்றை செல் RNA வரிசைமுறை (scRNA-seq) மறுக்க முடியாத நன்மைகளைக் கொண்டிருந்தாலும், ஒற்றை செல் இடைநீக்கத்தை உருவாக்குவது கடினமாக இருக்கும் மற்றும் புதிய மாதிரிகள் தேவைப்படும் சில திசுக்களில் இது சவால்களை எதிர்கொள்கிறது. BMKGene இல், அதிநவீன 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்தி ஒற்றை-நியூக்ளியஸ் RNA வரிசைமுறை (snRNA-seq) ஐ வழங்குவதன் மூலம் இந்த தடையை நாங்கள் நிவர்த்தி செய்கிறோம். இந்த அணுகுமுறை ஒற்றை செல் மட்டத்தில் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் பகுப்பாய்விற்கு ஏற்ற மாதிரிகளின் நிறமாலையை விரிவுபடுத்துகிறது.
இரட்டை குறுக்குவெட்டுகளுடன் எட்டு-சேனல் மைக்ரோஃப்ளூயிடிக்ஸ் அமைப்பைக் கொண்ட புதுமையான 10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம் சிப் மூலம் கருக்களின் தனிமைப்படுத்தல் நிறைவேற்றப்படுகிறது. இந்த அமைப்பிற்குள், பார்கோடுகள், ப்ரைமர்கள், என்சைம்கள் மற்றும் ஒரு ஒற்றை கருவை உள்ளடக்கிய ஜெல் மணிகள் நானோலிட்டர் அளவிலான எண்ணெய் துளிகளில் இணைக்கப்பட்டு, ஜெல் பீட்-இன்-எமல்ஷன் (GEM) ஐ உருவாக்குகின்றன. GEM உருவாக்கத்தைத் தொடர்ந்து, ஒவ்வொரு GEM-க்குள்ளும் செல் சிதைவு மற்றும் பார்கோடு வெளியீடு நிகழ்கிறது. பின்னர், mRNA மூலக்கூறுகள் cDNA-களில் தலைகீழ் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனுக்கு உட்படுகின்றன, 10X பார்கோடுகள் மற்றும் தனித்துவமான மூலக்கூறு அடையாளங்காட்டிகள் (UMI) ஆகியவற்றை இணைக்கின்றன. இந்த cDNA-கள் பின்னர் நிலையான வரிசைமுறை நூலக கட்டுமானத்திற்கு உட்படுத்தப்படுகின்றன, இது ஒற்றை-செல் மட்டத்தில் மரபணு வெளிப்பாடு சுயவிவரங்களின் வலுவான மற்றும் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது.
தளம்: 10× ஜீனோமிக்ஸ் குரோமியம் மற்றும் இல்லுமினா நோவாசெக் தளம்
-
தாவர/விலங்கு முழு மரபணு வரிசைமுறை
முழு ஜீனோம் வரிசைமுறை (WGS) என்பது ஒரு உயிரினத்தின் மரபணுவின் முழு DNA வரிசையையும் ஒரே நேரத்தில் தீர்மானிக்கப் பயன்படுத்தப்படும் நுட்பமாகும்.
வழக்கமாக, ஒரு குறிப்பு மரபணுவின் இருப்பைப் பொறுத்து சேவை இரண்டு வெவ்வேறு குழுக்களாகப் பிரிக்கப்படுகிறது:
- புதியதுமுழு மரபணு வரிசைமுறை.இந்த சூழ்நிலையில், வரிசைப்படுத்தப்பட வேண்டிய மரபணுவில் ஒரு குறிப்பு மரபணு இல்லை, அதனால்தான், இந்த வரிசைப்படுத்தலின் நோக்கம் அதை உருவாக்குவது (அல்லது ஏற்கனவே உள்ள ஒன்றை மேம்படுத்துவது). இந்த நுட்பம் இல்லுமினா தரவு மற்றும் நீண்ட-படிக்கப்பட்ட வரிசைமுறை இரண்டையும் பயன்படுத்தி, வாசிப்புகளுக்கு இடையில் ஒரு மேலோட்டத்தை உருவாக்குவதன் மூலம் மரபணு அசெம்பிளியை மேம்படுத்த வேண்டும்.
- மறு வரிசைப்படுத்துதல்.இது அறியப்பட்ட குறிப்பு மரபணுக்களைக் கொண்ட பல்வேறு உயிரினங்களின் முழு மரபணு வரிசைமுறையைக் குறிக்கிறது. இந்த அடிப்படையில், தனிநபர்கள் அல்லது மக்கள்தொகையின் மரபணு வேறுபாடுகளை மேலும் அடையாளம் காண முடியும்.
-
முழு நீள mRNA வரிசைமுறை-நானோபோர்
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைமுறை மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பல்துறை கருவியாக இருந்தாலும், குறுகிய வாசிப்புகளை நம்பியிருப்பது சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் செயல்திறனைக் கட்டுப்படுத்துகிறது. மறுபுறம், நானோபோர் வரிசைமுறை நீண்ட-வாசிப்பு தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்டுகளின் வரிசைமுறையை செயல்படுத்துகிறது. இந்த அணுகுமுறை மாற்று பிளவுபடுத்தல், மரபணு இணைப்புகள், பாலி-அடினிலேஷன் மற்றும் mRNA ஐசோஃபார்ம்களின் அளவுப்படுத்தல் ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது.
நானோபோர் ஒற்றை-மூலக்கூறு நிகழ்நேர மின் சமிக்ஞைகளை நம்பியிருக்கும் ஒரு முறையான நானோபோர் வரிசைமுறை, நிகழ்நேரத்தில் முடிவுகளை வழங்குகிறது. மோட்டார் புரதங்களால் வழிநடத்தப்படும், இரட்டை-இழைகள் கொண்ட டிஎன்ஏ ஒரு பயோஃபிலிமில் பதிக்கப்பட்ட நானோபோர் புரதங்களுடன் பிணைக்கப்பட்டு, மின்னழுத்த வேறுபாட்டின் கீழ் நானோபோர் சேனலின் வழியாகச் செல்லும்போது அவிழ்கிறது. டிஎன்ஏ இழையில் உள்ள வெவ்வேறு தளங்களால் உருவாக்கப்படும் தனித்துவமான மின் சமிக்ஞைகள் நிகழ்நேரத்தில் கண்டறியப்பட்டு வகைப்படுத்தப்படுகின்றன, இது துல்லியமான மற்றும் தொடர்ச்சியான நியூக்ளியோடைடு வரிசைமுறையை எளிதாக்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறை குறுகிய-வாசிப்பு வரம்புகளைக் கடந்து, உடனடி முடிவுகளுடன் சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் ஆய்வுகள் உட்பட சிக்கலான மரபணு பகுப்பாய்விற்கான ஒரு மாறும் தளத்தை வழங்குகிறது.
தளம்: நானோபோர் ப்ரோமிதியான் 48
-
முழு நீள mRNA வரிசைமுறை -PacBio
NGS-அடிப்படையிலான mRNA வரிசைமுறை மரபணு வெளிப்பாட்டை அளவிடுவதற்கான ஒரு பல்துறை கருவியாக இருந்தாலும், குறுகிய வாசிப்புகளை நம்பியிருப்பது சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் பகுப்பாய்வுகளில் அதன் பயன்பாட்டை கட்டுப்படுத்துகிறது. மறுபுறம், PacBio வரிசைமுறை (Iso-Seq) நீண்ட-வாசிப்பு தொழில்நுட்பத்தைப் பயன்படுத்துகிறது, இது முழு-நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களின் வரிசைமுறையை செயல்படுத்துகிறது. இந்த அணுகுமுறை மாற்று பிளவு, மரபணு இணைப்புகள் மற்றும் பாலி-அடினிலேஷன் ஆகியவற்றின் விரிவான ஆய்வை எளிதாக்குகிறது. இருப்பினும், அதிக அளவு தரவு தேவைப்படுவதால் மரபணு வெளிப்பாடு அளவீட்டுக்கு வேறு தேர்வுகள் உள்ளன. PacBio வரிசைமுறை தொழில்நுட்பம் ஒற்றை-மூலக்கூறு, நிகழ்நேர (SMRT) வரிசைமுறையை நம்பியுள்ளது, இது முழு-நீள mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்களைப் பிடிப்பதில் ஒரு தனித்துவமான நன்மையை வழங்குகிறது. இந்த புதுமையான அணுகுமுறை பூஜ்ஜிய-முறை அலை வழிகாட்டிகள் (ZMWs) மற்றும் மைக்ரோஃபேப்ரிகேட்டட் கிணறுகளைப் பயன்படுத்துவதை உள்ளடக்கியது, அவை வரிசைப்படுத்தலின் போது DNA பாலிமரேஸ் செயல்பாட்டை நிகழ்நேர கண்காணிப்பை செயல்படுத்துகின்றன. இந்த ZMWs-க்குள், PacBio-வின் DNA பாலிமரேஸ் DNA இன் ஒரு நிரப்பு இழையை ஒருங்கிணைக்கிறது, mRNA டிரான்ஸ்கிரிப்ட்கள் முழுவதையும் உள்ளடக்கிய நீண்ட வாசிப்புகளை உருவாக்குகிறது. வட்ட ஒருமித்த வரிசைமுறை (CCS) பயன்முறையில் PacBio செயல்பாடு, ஒரே மூலக்கூறை மீண்டும் மீண்டும் வரிசைப்படுத்துவதன் மூலம் துல்லியத்தை மேம்படுத்துகிறது. உருவாக்கப்பட்ட HiFi வாசிப்புகள் NGS உடன் ஒப்பிடக்கூடிய துல்லியத்தைக் கொண்டுள்ளன, மேலும் சிக்கலான டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் அம்சங்களின் விரிவான மற்றும் நம்பகமான பகுப்பாய்விற்கு மேலும் பங்களிக்கின்றன.
இயங்குதளம்: PacBio தொடர்ச்சி II; PacBio Revio
