உயர் செயல்திறன் வரிசைமுறையுடன் (ATAC-seq) டிரான்ஸ்போசேஸ்-அணுகக்கூடிய குரோமாடினுக்கான மதிப்பீடு
சேவை அம்சங்கள்
● டிஎன்ஏ-புரத தொடர்புகளைப் பாதுகாக்க, பிரித்தெடுக்கப்பட்ட நியூக்ளிக் அமிலங்களுக்குப் பதிலாக திசு மாதிரிகள் சேவைக்கு தேவை.
● ATAC முறையில் திசு விலகல், அதைத் தொடர்ந்து கருக்கள் தனிமைப்படுத்தல், Tn5 சிகிச்சை மற்றும் சுத்திகரிப்பு, PCR பெருக்கம், அளவு தேர்வு மற்றும் வரிசைப்படுத்துதல் ஆகியவை அடங்கும்.
● இல்லுமினா நோவாசெக்கில் வரிசைப்படுத்துதல்
சேவை நன்மைகள்
●அதிக உணர்திறன்:நூலக தயாரிப்பு மற்றும் வரிசைப்படுத்தலுக்கு குறைந்த தொடக்க செல் அளவு போதுமானது.
●மிகவும் தகவல் தரும் நுட்பம்: திறந்த குரோமாடினின் மரபணு இருப்பிடங்களையும், டிரான்ஸ்கிரிப்ஷன் காரணி பிணைப்பு தளங்கள் போன்ற செயலில் உள்ள ஒழுங்குமுறை கூறுகளையும் ஒரே நேரத்தில் வெளிப்படுத்துகிறது.
●நல்ல பரிசோதனை மறுஉருவாக்கம்: தொழில்நுட்ப பிரதிகள் சிறந்த மீண்டும் மீண்டும் செய்யக்கூடிய தன்மையைக் காட்டுகின்றன.
●விரிவான நிபுணத்துவம்: நூற்றுக்கணக்கான ATAC வரிசைமுறை திட்டங்கள் வெற்றிகரமாக முடிக்கப்பட்ட நிலையில், BMKGENE ஒரு தசாப்தத்திற்கும் மேலான அனுபவம், மிகவும் திறமையான பகுப்பாய்வு குழு, விரிவான உள்ளடக்கம் மற்றும் சிறந்த விற்பனைக்குப் பிந்தைய ஆதரவைக் கொண்டுவருகிறது.
●டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக்ஸ் பகுப்பாய்வில் சேர வாய்ப்பு: RNA-seq போன்ற பிற ஓமிக்ஸ் தரவுகளுடன் ATAC seq இன் ஒருங்கிணைந்த பகுப்பாய்வை அனுமதிக்கிறது.
● விரிவான உயிர் தகவலியல் பகுப்பாய்வு: குரோமாடினின் திறந்த பகுதிகள் மற்றும் அவற்றின் தொடர்புடைய செயல்பாடுகளை (ஊக்குவிப்பான்கள், UTகள், எக்ஸான்கள், இன்ட்ரான்கள்) அடையாளம் காண்பது மட்டுமல்லாமல், மாதிரிகளில் குரோமாடின் திறந்த பகுதிகளுக்கு இடையிலான வேறுபாடுகளை பகுப்பாய்வு செய்யவும் உதவுகிறது.
சேவை விவரக்குறிப்புகள்
| நூலகம் | வரிசைமுறை உத்தி | பரிந்துரைக்கப்பட்ட தரவு வெளியீடு | தரக் கட்டுப்பாடு |
| ATAC-seq | இல்லுமினா PE150 | > 20 மில்லியன் வாசிப்புகள் மரபணு அளவைப் பொறுத்து (மனிதர்: 50 மில்லியன் வாசிப்புகள்) | கே30≥85% |
மாதிரி தேவைகள்
மாதிரிகள் வகை: திசுக்கள், உயிருள்ள அல்லது உறைந்த செல்கள், இரத்தம்
● செல் எண்: ≥ 106செல்கள்
● திசு எடை: ≥ 200 மி.கி. புதிய திசு
● இரத்தம்: ≥ 4 மிலி
சேவை பணி ஓட்டம்
பரிசோதனை வடிவமைப்பு
மாதிரி விநியோகம்
டிஎன்ஏ பிரித்தெடுத்தல்
நூலக கட்டுமானம்
வரிசைப்படுத்துதல்
தரவு பகுப்பாய்வு
விற்பனைக்குப் பிந்தைய சேவைகள்
பின்வரும் பகுப்பாய்வுகளை உள்ளடக்கியது:
● மூல தரவு தரக் கட்டுப்பாடு;
● குறிப்பு மரபணு வரைபடத்தை அடிப்படையாகக் கொண்ட உச்ச அழைப்பு;
● உச்ச இடத்தில் மரபணு குறிப்பு;
● மையக்கரு பகுப்பாய்வு: படியெடுத்தல் காரணி பிணைப்பு தளங்களை (TFBS) அடையாளம் காணுதல்;
● வேறுபட்ட உச்ச பகுப்பாய்வு மற்றும் குறிப்பு.
1. ATAC இல் உள்ள வெப்ப வரைபடம் TSS மற்றும் அருகிலுள்ள பகுதிகளில் பரவலைப் படிக்கிறது (±3 kb)
2. வெவ்வேறு மரபணு கூறுகளில் திறந்த குரோமாடின் பகுதியின் பரவல்
3. குழுக்களுக்கு இடையே வேறுபட்ட உச்ச அழைப்பு
BMKGene இன் ATAC வரிசைமுறை சேவைகள் மூலம் எளிதாக்கப்பட்ட ஆராய்ச்சி முன்னேற்றங்களை, தொகுக்கப்பட்ட வெளியீடுகளின் தொகுப்பு மூலம் ஆராயுங்கள்.
ஃபூ, ஏ.மற்றும் பலர்.(2023) 'கசப்பான முலாம்பழத்தின் டெலோமியர்-டு-டெலோமியர் மரபணு அசெம்பிளி (மோமோர்டிகா சரந்தியா எல். வார். சுருக்கமான செர்.) பழ வளர்ச்சி, கலவை மற்றும் பழுக்க வைக்கும் மரபணு பண்புகளை வெளிப்படுத்துகிறது',தோட்டக்கலை ஆராய்ச்சி, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
காங், பி.மற்றும் பலர்.(2023) 'க்ளியோமாவில் ஒரு ஆன்கோஜீனாக சுரக்கும் கைனேஸ் FAM20C இன் எபிஜெனெடிக் மற்றும் டிரான்ஸ்கிரிப்ஷனல் செயல்படுத்தல்',மரபியல் மற்றும் மரபியல் இதழ், 50(6), பக். 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
அவர், ஒய்.மற்றும் பலர்.(2023) 'சி-ஃபாஸ்-சார்ந்த xCT ஒடுக்கத்தைத் தூண்டுவதன் மூலம் பெருங்குடல் புற்றுநோயில் ஃபெரோப்டோசிஸ் எதிர்ப்பை ப்யூட்ரேட் மாற்றியமைக்கிறது',ரெடாக்ஸ் உயிரியல், 65, பக். 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
