条形 بنر -03

محصولات

تجزیه و تحلیل تفکیک فله

تجزیه و تحلیل تفکیک فله (BSA) تکنیکی است که برای شناسایی سریع نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با فنوتیپ استفاده می شود. گردش کار اصلی BSA شامل انتخاب دو گروه از افراد با فنوتیپ های بسیار متضاد است که DNA همه افراد را جمع می کند تا دو بخش DNA را تشکیل دهد و توالی های دیفرانسیل بین دو استخر را مشخص می کند. این تکنیک به طور گسترده در شناسایی نشانگرهای ژنتیکی به شدت توسط ژنهای هدفمند در ژنوم های گیاهی/حیوانات مورد استفاده قرار گرفته است.


جزئیات خدمات

نتایج نسخه ی نمایشی

مطالعه موردی

مزایای خدمات

12

تاکاگی و همکاران ، مجله گیاهی ، 2013

boancociation محلی سازی دقیق: مخلوط کردن عمده با 30+30 تا 200+200 نفر برای به حداقل رساندن نویز پس زمینه. پیش بینی منطقه نامزد مبتنی بر جهش یافته غیر مترادف.

analysis تجزیه و تحلیل جامع: حاشیه نویسی ژن کاندیدای عمیق ، از جمله NR ، SwissProt ، Go ، Kegg ، Cog ، Kog و غیره.

time زمان چرخش سریعتر: بومی سازی سریع ژن در طی 45 روز کاری.

تجربه گسترده ای: BMK در هزاران ویژگی محلی سازی ، پوشش گونه های متنوعی مانند محصولات زراعی ، محصولات آبزی ، جنگل ، گل ، میوه و غیره را پوشش داده است.

مشخصات خدماتی

جمعیت:
تفکیک فرزندان والدین با فنوتیپ مخالف.
به عنوان مثال فرزندان F2 ، Backcrossing (BC) ، خط داخلی نوترکیب (RIL)

استخر مخلوط کردن
برای صفات کیفی: 30 تا 50 فرد (حداقل 20)/فله
برای Tratis کمی: 5 ٪ تا 10 ٪ افراد با هر دو فنوتیپ شدید در کل جمعیت (حداقل 30+30).

عمق توالی توصیه شده
حداقل 20x/والدین و 1x/فرزندان فرد (به عنوان مثال برای استخر اختلاط فرزندان 30+30 فرد ، عمق توالی در هر فله 30 برابر خواهد بود)

تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیک

● کل مجدد ژنوم
 
● پردازش داده ها
 
● تماس SNP/Indel
 
● غربالگری منطقه نامزد
 
● حاشیه نویسی عملکرد ژن نامزد

流程图 -BS-A1

نمونه مورد نیاز و تحویل

نمونه مورد نیاز:

نوکلئوتیدها:

نمونه گودیل

نمونه بافت

غلظت: ≥ 30 نانوگرم در میکرولیتر

گیاهان: 1-2 گرم

مقدار: ≥2 میکروگرم (جلد ≥15 میکرولیتر)

حیوانات: 0.5-1 گرم

خلوص: OD260/280 = 1.6-2.5

خون کامل: 1.5 میلی لیتر

جریان کار خدمات

نمونه QC

طرح آزمایش

تحویل نمونه

تحویل نمونه

آزمایشی

استخراج RNA

تهیه کتابخانه

ساخت کتابخانه

توالی

توالی

تجزیه و تحلیل

تجزیه و تحلیل

خدمات پس از فروش

خدمات پس از فروش


  • قبلی:
  • بعدی:

  • 1. پایه تجزیه و تحلیل جمع آوری در فاصله اقلیدسی (ED) برای شناسایی منطقه نامزد. در شکل زیر

    محور X: شماره کروموزوم ؛ هر نقطه یک مقدار ED از SNP را نشان می دهد. خط سیاه با مقدار ED متناسب مطابقت دارد. مقدار ED بالاتر نشانگر ارتباط معنی داری بین سایت و فنوتیپ است. خط قرمز رنگ نشان دهنده آستانه ارتباط قابل توجه است.

    توزیع mRNA-FLNC- خواندن طول

     

    2. تجزیه و تحلیل Association مبتنی بر NO SNP-Index

    محور X: شماره کروموزوم ؛ هر نقطه مقدار SNP-Index را نشان می دهد. خط سیاه مخفف مقدار SNP-Index مناسب است. هرچه مقدار بزرگتر باشد ، ارتباط مهمتر است.

    توزیع mRNA-complete-orf- طول

     

    مورد BMK

    اثر اصلی اثر کمی FNL7.1 یک پروتئین فراوان در اواخر جنین زایی همراه با طول گردن میوه در خیار را رمزگذاری می کند

    منتشر شده: مجله بیوتکنولوژی گیاه، 2020

    استراتژی توالی:

    والدین (JIN5-508 ، YN): کلکسیون ژنوم کامل برای 34 × و 20.

    استخرهای DNA (50 گردن بلند و 50 گردن کوتاه): رزرو مجدد برای 61 × و 52

    نتایج کلیدی

    در این مطالعه ، جمعیت تفکیک کننده (F2 و F2: 3) با عبور از خط خیار گردن بلند Jin5-508 و Neck YN ایجاد شد. دو استخر DNA توسط 50 فرد گردن طولانی و 50 فرد گردن کوتاه افراطی ساخته شد. با تأثیر اصلی QTL در CHR07 با تجزیه و تحلیل BSA و نقشه برداری QTL سنتی مشخص شد. منطقه کاندیدای بیشتر با نقشه برداری ریز ، اندازه گیری بیان ژن و آزمایش های تراریخته ، که ژن کلیدی در کنترل طول گردن ، CSFNL7.1 را نشان داد. علاوه بر این ، پلی مورفیسم در منطقه پروموتور CSFNL7.1 با بیان مربوطه همراه بود. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک بیشتر نشان می دهد که مکان FNL7.1 به احتمال زیاد از هند سرچشمه می گیرد.

    PB-FULL-LENGHT-RNA-توالی-مطالعه-مطالعه

    نقشه برداری QTL در تجزیه و تحلیل BSA برای شناسایی منطقه نامزد مرتبط با طول گردن خیار

    PB-FULL-LENGH-RNA-Alternative

    پروفایل های LOD از QTL با طول گردن خیار در CHR07 مشخص شده است

     
    مرجع

    Xu ، X. ، et al. "اثر اصلی با اثر کمی FNL7.1 پروتئین فراوان جنین زایی را که با طول گردن میوه در خیار همراه است ، رمزگذاری می کند." مجله بیوتکنولوژی گیاه 18.7 (2020).

    نقل قول کنید

    پیام خود را اینجا بنویسید و آن را برای ما ارسال کنید

    پیام خود را برای ما ارسال کنید: