تاکاگی و همکاران ، مجله گیاهی ، 2013
boancociation محلی سازی دقیق: مخلوط کردن عمده با 30+30 تا 200+200 نفر برای به حداقل رساندن نویز پس زمینه. پیش بینی منطقه نامزد مبتنی بر جهش یافته غیر مترادف.
analysis تجزیه و تحلیل جامع: حاشیه نویسی ژن کاندیدای عمیق ، از جمله NR ، SwissProt ، Go ، Kegg ، Cog ، Kog و غیره.
time زمان چرخش سریعتر: بومی سازی سریع ژن در طی 45 روز کاری.
تجربه گسترده ای: BMK در هزاران ویژگی محلی سازی ، پوشش گونه های متنوعی مانند محصولات زراعی ، محصولات آبزی ، جنگل ، گل ، میوه و غیره را پوشش داده است.
جمعیت:
تفکیک فرزندان والدین با فنوتیپ مخالف.
به عنوان مثال فرزندان F2 ، Backcrossing (BC) ، خط داخلی نوترکیب (RIL)
استخر مخلوط کردن
برای صفات کیفی: 30 تا 50 فرد (حداقل 20)/فله
برای Tratis کمی: 5 ٪ تا 10 ٪ افراد با هر دو فنوتیپ شدید در کل جمعیت (حداقل 30+30).
عمق توالی توصیه شده
حداقل 20x/والدین و 1x/فرزندان فرد (به عنوان مثال برای استخر اختلاط فرزندان 30+30 فرد ، عمق توالی در هر فله 30 برابر خواهد بود)
● کل مجدد ژنوم
● پردازش داده ها
● تماس SNP/Indel
● غربالگری منطقه نامزد
● حاشیه نویسی عملکرد ژن نامزد
نوکلئوتیدها:
نمونه گودیل | نمونه بافت |
غلظت: ≥ 30 نانوگرم در میکرولیتر | گیاهان: 1-2 گرم |
مقدار: ≥2 میکروگرم (جلد ≥15 میکرولیتر) | حیوانات: 0.5-1 گرم |
خلوص: OD260/280 = 1.6-2.5 | خون کامل: 1.5 میلی لیتر |
1. پایه تجزیه و تحلیل جمع آوری در فاصله اقلیدسی (ED) برای شناسایی منطقه نامزد. در شکل زیر
محور X: شماره کروموزوم ؛ هر نقطه یک مقدار ED از SNP را نشان می دهد. خط سیاه با مقدار ED متناسب مطابقت دارد. مقدار ED بالاتر نشانگر ارتباط معنی داری بین سایت و فنوتیپ است. خط قرمز رنگ نشان دهنده آستانه ارتباط قابل توجه است.
2. تجزیه و تحلیل Association مبتنی بر NO SNP-Index
محور X: شماره کروموزوم ؛ هر نقطه مقدار SNP-Index را نشان می دهد. خط سیاه مخفف مقدار SNP-Index مناسب است. هرچه مقدار بزرگتر باشد ، ارتباط مهمتر است.
مورد BMK
اثر اصلی اثر کمی FNL7.1 یک پروتئین فراوان در اواخر جنین زایی همراه با طول گردن میوه در خیار را رمزگذاری می کند
منتشر شده: مجله بیوتکنولوژی گیاه، 2020
استراتژی توالی:
والدین (JIN5-508 ، YN): کلکسیون ژنوم کامل برای 34 × و 20.
استخرهای DNA (50 گردن بلند و 50 گردن کوتاه): رزرو مجدد برای 61 × و 52
نتایج کلیدی
در این مطالعه ، جمعیت تفکیک کننده (F2 و F2: 3) با عبور از خط خیار گردن بلند Jin5-508 و Neck YN ایجاد شد. دو استخر DNA توسط 50 فرد گردن طولانی و 50 فرد گردن کوتاه افراطی ساخته شد. با تأثیر اصلی QTL در CHR07 با تجزیه و تحلیل BSA و نقشه برداری QTL سنتی مشخص شد. منطقه کاندیدای بیشتر با نقشه برداری ریز ، اندازه گیری بیان ژن و آزمایش های تراریخته ، که ژن کلیدی در کنترل طول گردن ، CSFNL7.1 را نشان داد. علاوه بر این ، پلی مورفیسم در منطقه پروموتور CSFNL7.1 با بیان مربوطه همراه بود. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک بیشتر نشان می دهد که مکان FNL7.1 به احتمال زیاد از هند سرچشمه می گیرد.
![]() نقشه برداری QTL در تجزیه و تحلیل BSA برای شناسایی منطقه نامزد مرتبط با طول گردن خیار | ![]() پروفایل های LOD از QTL با طول گردن خیار در CHR07 مشخص شده است |
Xu ، X. ، et al. "اثر اصلی با اثر کمی FNL7.1 پروتئین فراوان جنین زایی را که با طول گردن میوه در خیار همراه است ، رمزگذاری می کند." مجله بیوتکنولوژی گیاه 18.7 (2020).