-
Геномдық қауымдастықтың талдауы
Геномдық қауымдастықты зерттеу (GWAS) нақты белгілермен (фенотип) байланысты генетикалық нұсқаларды (генотип) анықтауға бағытталған.GWAS зерттеуі генетикалық маркерлердің көптеген жеке тұлғалардың бүкіл геномын кесіп өтуін зерттейді және популяция деңгейінде статистикалық талдау арқылы генотип-фенотиптік бірлестіктерді болжайды.Ол адам аурулары және жануарлардың немесе өсімдіктердің күрделі белгілеріне функционалдық гендерді өндіруді зерттеуде кеңінен қолданылды.
-
Бір ядролы РНҚ секвенциясы
Бір ұяшықты түсіру және жеке кітапхананы құру техникасының жоғары өткізу қабілеттілігімен үйлесуі гендердің экспрессиясын жасуша бойынша зерттеуге мүмкіндік береді.Ол күрделі жасуша популяцияларына тереңірек және толық жүйе талдауын жүргізуге мүмкіндік береді, онда ол барлық жасушалардың орташа санын алу арқылы олардың гетерогенділігін жасырудан аулақ болады.
Дегенмен, кейбір жасушаларды бір жасушалы суспензияға айналдыруға жарамайды, сондықтан үлгіні дайындаудың басқа әдістері – тіндерден ядроны алу қажет, яғни ядро тіндерден немесе жасушадан тікелей экстракцияланады және бір ядролы суспензияға дайындалады. жасуша реттілігі.
BMK 10× Genomics ChromiumTM негізіндегі бір жасушалы РНҚ секвенирлеу қызметін ұсынады.Бұл қызмет иммундық жасушалардың дифференциациясы, ісіктердің гетерогенділігі, тіндердің дамуы және т.б. сияқты ауруларға байланысты зерттеулерде кеңінен қолданылды.
Кеңістіктік транскриптомдық чип: 10 × Геномика
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Өсімдіктердің/жануарлардың тұтас геномының реттілігі
Бір нуклеотидті полиморфизм (SNP), кірістіру жойылуы (InDel), құрылымның өзгеруі (SV) және көшірме санының өзгеруі (CNV) қоса алғанда, WGS деп те аталатын тұтас геномды қайта секвенирлеу бүкіл геномдағы жалпы және сирек мутацияларды анықтауға мүмкіндік береді. ).SVs SNP-ге қарағанда вариациялық базаның үлкен бөлігін құрайды және тірі организмдерге айтарлықтай әсер ететін геномға көбірек әсер етеді.Ұзақ оқылатын қайта секвенирлеу үлкен фрагменттерді және күрделі вариацияларды дәлірек анықтауға мүмкіндік береді, себебі ұзақ оқулар тандемді қайталаулар, GC/AT-қа бай аймақтар және гипер-айнымалы аймақтар сияқты күрделі аймақтар арқылы хромосомалық айқасуды әлдеқайда жеңілдетеді.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 кеңістіктік транскриптом
Жасушалардың кеңістіктік ұйымдастырылуы әртүрлі биологиялық процестерде маңызды рөл атқарады, мысалы, иммундық инфильтрация, эмбриондардың дамуы және т.б. Кеңістіктік позиция туралы ақпаратты сақтай отырып, гендердің экспрессия профилін анықтауды көрсететін кеңістіктік транскриптомдық реттілік транскриптомдар деңгейіндегі тіндердің архитектурасына үлкен түсінік береді.Технологияның дамуымен ультра айқын тіндердің морфологиясы мен кеңістіктік молекулалық экспрессияның нақты құрылымдық айырмашылығы жоғарырақ ажыратымдылықпен зерттеуді қажет етеді.BMKGENE үлгілерден биологиялық түсініктерге дейін бір реттік кеңістіктік транскриптомды секвенирлеу қызметін ұсынады.
Кеңістіктік транскриптомика технологиялары гетерогенді үлгілердегі кеңістіктік мазмұны бар гендік экспрессия профилін шешу арқылы әртүрлі зерттеу аренасында жаңа перспективаларға мүмкіндік берді.
Кеңістіктік транскриптомдық чип: BMKMANU S1000
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Visium Spatial Gene Expression – жалпы мРНҚ негізінде тіндерді жіктеуге арналған кеңістіктік транскриптомды секвенирлеудің негізгі технологиясы.Қалыпты даму, аурудың патологиясы және клиникалық трансляциялық зерттеулер туралы жаңа түсініктерді табу үшін бүкіл транскриптомды морфологиялық контекстпен салыстырыңыз.BMKGENE үлгілерден биологиялық түсініктерге дейін бір реттік кеңістіктік транскриптомды секвенирлеу қызметін ұсынады.
Кеңістіктік транскриптомика технологиялары гетерогенді үлгілердегі кеңістіктік мазмұны бар гендік экспрессия профилін шешу арқылы әртүрлі зерттеу аренасында жаңа перспективаларға мүмкіндік берді..
Кеңістіктік транскриптом чипі: 10x Genomics Visium
Платформа:Illumina NovaSeq платформасы
-
Толық ұзындықтағы мРНҚ реттілігі-нанопора
РНҚ секвенциясы транскриптомды жан-жақты талдау үшін баға жетпес құрал болды.Дәстүрлі қысқа оқу секвенциясы мұнда көптеген маңызды дамуға қол жеткізгені сөзсіз.Соған қарамастан, ол толық ұзындықтағы изоформды идентификациялауда, сандық анықтауда, ПТР ауытқуында шектеулерге жиі кездеседі.
Нанопора секвенциясы басқа секвенирлеу платформаларынан ерекшеленеді, өйткені нуклеотидтер ДНҚ синтезінсіз тікелей оқылады және ондаған килобазаларда ұзақ оқуды жасайды.Бұл толық метражды транскрипттерді тікелей оқуға және изоформа деңгейіндегі зерттеулердегі қиындықтарды шешуге мүмкіндік береді.
Платформа:Nanopore PromethION
Кітапхана:cDNA-ПТР
-
Толық ұзындықтағы мРНҚ секвенирлеу - PacBio
De novoтолық ұзындықтағы транскриптомды секвенирлеу, сонымен қатар белгіліDe novoIso-Seq оқу ұзақтығы бойынша PacBio секвенсерінің артықшылықтарын алады, бұл толық ұзындықтағы cDNA молекулаларын үзіліссіз секвенирлеуге мүмкіндік береді.Бұл транскрипт құрастыру қадамдарында жасалған қателерді толығымен болдырмайды және изоформа деңгейіндегі ажыратымдылығы бар униген жиындарын құрастырады.Бұл униген жиынтығы транскриптом деңгейінде «анықтамалық геном» ретінде күшті генетикалық ақпаратты береді.Бұған қоса, келесі ұрпақ секвенирлеу деректерімен біріктіре отырып, бұл қызмет изоформа деңгейіндегі өрнектің дәл сандық мөлшерін анықтауға мүмкіндік береді.
Платформа: PacBio Sequel IIКітапхана: SMRT қоңырау кітапханасы -
Эукариоттық мРНҚ секвенирлеу-Иллюмин
мРНҚ реттілігі белгілі бір жағдайларда жасушалардан транскрипцияланған барлық мРНҚ профилін жасауға мүмкіндік береді.Бұл гендердің экспрессиялық профилін, гендік құрылымдар мен кейбір биологиялық процестердің молекулалық механизмдерін ашудың қуатты технологиясы.Бүгінгі күні мРНҚ секвенциясы іргелі зерттеулерде, клиникалық диагностикада, дәрілік заттарды әзірлеуде және т.б. кеңінен қолданылды.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Анықтамалық емес mRNA Sequencing-Illumina негізіндегі
mRNA секвенциясы кейбір арнайы функциялар белсендірілетін белгілі бір кезеңде эукариоттың хабаршы РНҚ-сын (мРНҚ) түсіру үшін келесі ұрпақ секвенирлеу әдісін (NGS) қолданады.Біріктірілген ең ұзын транскрипт «Unigene» деп аталды және кейінгі талдау үшін анықтамалық тізбек ретінде пайдаланылды, ол сілтемесіз түрдің молекулалық механизмі мен реттеуші желісін зерттеудің тиімді құралы болып табылады.
Транскриптомдық деректерді жинау және унигендік функционалды аннотациядан кейін
(1) SSR талдауы, CDS болжамы және ген құрылымы алдын ала құрастырылады.
(2) Әрбір үлгідегі унигендік өрнектің квантификациясы орындалады.
(3) Үлгілер (немесе топтар) арасындағы дифференциалды унигендер унигендік өрнек негізінде ашылады.
(4) Кластерлеу, функционалдық аннотациялау және дифференциалданған унигендерді байыту талдауы орындалады.
-
Ұзақ кодталмаған реттілік-Illumina
Ұзын кодталмаған РНҚ (lncRNAs) - өте төмен кодтау потенциалымен сипатталатын ұзындығы 200 нт-тен асатын РНҚ молекулаларының бір түрі.LncRNA кодталмаған РНҚ-ның негізгі мүшесі ретінде негізінен ядро мен плазмада кездеседі.Секвенирлеу технологиясы мен биоинформатиканың дамуы көптеген жаңа lncRNA-ларды анықтауға және оларды биологиялық функциялармен байланыстыруға мүмкіндік береді.Жинақтаушы деректер lncRNA эпигенетикалық реттеуге, транскрипцияны реттеуге және транскрипциядан кейінгі реттеуге кеңінен қатысатынын көрсетеді.
-
Кіші РНҚ секвенциясы - Иллюмин
Кішкентай РНҚ әдетте ұзындығы 200 нт-тан аз кодталмаған РНҚ молекулаларының класына жатады, оның ішінде микро РНҚ (миРНҚ), кіші интерференциялық РНҚ (siRNA) және пивимен әрекеттесетін РНҚ (piRNA).
МикроРНҚ (миРНҚ) - ұзындығы шамамен 20-24 нт болатын эндогенді шағын РНҚ класы, жасушаларда әртүрлі маңызды реттеуші рөлдерді атқарады.миРНҚ көптеген тіршілік процестеріне қатысады, олар тіндердің – спецификалық және сатылық – спецификалық экспрессияны ашады және әртүрлі түрлерде жоғары деңгейде сақталады.
-
circRNA секвенирлеуі-Illumina
CircRNAs (Circular RNAs) — кодталмаған РНҚ молекулаларының бір класы, оларда 5′ шеткі қалпақшасы мен 3′ ұшы поли(A) құйрығы жетпейді.ЦиркРНҚ-лар коваленттік байланыс арқылы дөңгелек құрылымды орындайды, бұл РНҚ экзонуклеазасының қорытылуына қарсы күй болып табылады.circRNA организмдердің өсуі мен дамуында және олардың сыртқы ортаға төзімділігінде маңызды рөл атқарады.
CircRNA-ның көптеген функциялары бар, олар миРНҚ-ны бәсекеге қабілетті байланыстыра алады, цРНҚ-ның реттеуші қызметін атқарады, ген экспрессиясын реттейді.Соңғы жылдары ол аурулардың пайда болуымен және дамуымен тығыз байланысты және ауруды диагностикалау маркерлері және т.б. бағытында қолданудың үлкен перспективалары бар екені анықталды.
