Ампликонды реттілік (16S/18S/ITS)

Illumina көмегімен Amplicon (16S/18S/ITS) реттілігі микробтық профильдерді олардың реттіліктеріне сәйкес анықтау, содан кейін әрбір үлгідегі және үлгілер арасындағы қауымдастықтың байлығы мен әртүрлілігін шешуге әрекет жасау арқылы микробтардың әртүрлілігін талдау әдісі болып табылады. BMKCloud Amplicon (NGS) құбыры 16S, 18S, ITS және бірнеше функционалды гендерді талдауға мүмкіндік береді. Ол оқуды қиюдан, жұптастырылған оқу құрастыруынан және сапаны бағалаудан басталады, содан кейін алты түрлі талдау бөлімінде қолданылатын Операциялық таксономиялық бірліктерді (OTU) жасау үшін ұқсас оқуларды кластерлеуден басталады. Таксономиялық аннотация әрбір үлгінің салыстырмалы көптігі мен құрамы туралы ақпаратты береді, ал альфа және бета әртүрлілік талдаулары сәйкесінше үлгілер ішіндегі және арасындағы микробтық әртүрлілікке бағытталған. Топтар арасындағы дифференциалды талдау параметрлік және параметрлік емес сынақтарды қолдану арқылы ерекшеленетін OTU-ларды табады, ал корреляциялық талдау бұл айырмашылықтарды қоршаған орта факторларымен байланыстырады. Соңында, функционалды гендердің көптігі әр үлгідегі функция мен экология туралы түсінік беретін маркер гендерінің көптігі негізінде болжанады.