Ампликонды секвенирлеу (16S/18S/ITS)

Illumina көмегімен Amplicon (16S/18S/ITS) секвенирлеу - микробтық профильдерді олардың тізбегіне сәйкес анықтау және содан кейін әрбір үлгідегі және үлгілер арасындағы қауымдастықтың байлығы мен әртүрлілігін анықтау арқылы микробтық әртүрлілікті талдау әдісі. BMKCloud Amplicon (NGS) құбыры 16S, 18S, ITS және бірнеше функционалды гендерді талдауға мүмкіндік береді. Ол оқуды кесуден, жұптасқан оқу құрастыруынан және сапаны бағалаудан басталады, содан кейін алты түрлі талдау бөлімінде қолданылатын операциялық таксономиялық бірліктерді (OTU) жасау үшін ұқсас оқуларды кластерлеуден өтеді. Таксономик аннотация әр үлгінің салыстырмалы молдығы мен құрамы туралы ақпарат береді, ал альфа және бета әртүрлілік талдаулары сәйкесінше үлгілер ішіндегі және арасындағы микробтық әртүрлілікке бағытталған. Топтар арасындағы дифференциалды талдау параметрлік және параметрлік емес тесттерді қолдана отырып ерекшеленетін OTU-ларды табады, ал корреляциялық талдау бұл айырмашылықтарды қоршаған орта факторларымен байланыстырады. Соңында, функционалды гендердің молдығы маркерлік гендердің молдығына негізделіп болжанады, бұл әр үлгідегі функция мен экология туралы түсінік береді.