-
BMKMANU S3000_Кеңістіктік транскриптом
Кеңістіктік транскриптомика ғылыми инновациялардың алдыңғы қатарында тұр, бұл зерттеушілерге олардың кеңістіктік контекстін сақтай отырып, ұлпалардағы күрделі ген экспрессия үлгілерін зерттеуге мүмкіндік береді. Әртүрлі платформаларда BMKGene BMKManu S3000 кеңістіктік транскриптом чипін әзірледі, ол 3,5 мкм кеңейтілген ажыратымдылығымен мақтана алады, жасушааралық диапазонға жетеді және көп деңгейлі ажыратымдылық параметрлерін қосады. Шамамен 4 миллион дақтары бар S3000 чипі кеңістіктік штрих-кодты түсіру зондтары жүктелген моншақтармен қабатталған шағын түтіктерді пайдаланады. Кеңістіктік штрих-кодтармен байытылған cDNA кітапханасы S3000 чипінен дайындалып, кейін Illumina NovaSeq платформасында реттелген. Кеңістікте штрих-кодталған үлгілер мен UMI комбинациясы жасалған деректердің дәлдігі мен ерекшелігін қамтамасыз етеді. BMKManu S3000 чиптері әртүрлі тіндерге және қажетті бөлшектер деңгейіне дәл баптауға болатын көп деңгейлі ажыратымдылық параметрлерін ұсынатын өте әмбебап. Бұл бейімділік чипті әртүрлі кеңістіктік транскриптомикалық зерттеулер үшін тамаша таңдау ретінде орналастырады, бұл минималды шумен дәл кеңістіктік кластерлеуді қамтамасыз етеді. BMKManu S3000 көмегімен жасушаларды сегменттеу технологиясын қолдану транскрипциялық деректерді жасушалардың шекараларына делимитациялауға мүмкіндік береді, нәтижесінде тікелей биологиялық мәні бар талдау. Сонымен қатар, S3000 рұқсатының жақсаруы бір жасушада анықталған гендер мен UMI санының жоғарылауына әкеледі, бұл кеңістіктік транскрипция үлгілері мен жасушалардың кластерленуін анағұрлым дәлірек талдауға мүмкіндік береді.
-
Бір ядролы РНҚ секвенциясы
Бір ұяшықты түсіру және арнайы кітапхана құру әдістерінің дамуы жоғары өнімді секвенирлеумен бірге жасуша деңгейінде ген экспрессиясын зерттеуде төңкеріс жасады. Бұл серпіліс күрделі жасуша популяцияларын тереңірек және жан-жақты талдауға, барлық жасушалардағы гендердің экспрессиясын орташалаумен байланысты шектеулерді еңсеруге және осы популяциялардағы шынайы гетерогенділікті сақтауға мүмкіндік береді. Бір жасушалық РНҚ секвенциясы (scRNA-seq) даусыз артықшылықтарға ие болғанымен, ол белгілі бір тіндерде қиындықтарға тап болады, мұнда бір жасушалы суспензияны жасау қиынға соғады және жаңа үлгілерді қажет етеді. BMKGene-де біз ең заманауи 10X Genomics Chromium технологиясын пайдалана отырып, бір ядролы РНҚ секвенирлеуін (snRNA-seq) ұсына отырып, бұл кедергіні шешеміз. Бұл тәсіл бір жасуша деңгейінде транскриптомды талдауға жарамды үлгілер спектрін кеңейтеді.
Ядроларды оқшаулау инновациялық 10X Genomics Chromium чипі арқылы жүзеге асырылады, оның қос қиылысулары бар сегіз арналы микрофлюидикалық жүйесі бар. Бұл жүйеде штрих-кодтарды, праймерлерді, ферменттерді және бір ядроны қамтитын гель моншақтары нанолитр көлеміндегі май тамшыларына инкапсулирленіп, гель моншақ эмульсиясын (GEM) құрайды. GEM пайда болғаннан кейін әрбір GEM ішінде жасуша лизисі және штрих-кодтың шығарылуы орын алады. Кейіннен мРНҚ молекулалары 10X штрих-кодтарды және Бірегей молекулалық идентификаторларды (UMIs) қамтитын cDNA-ға кері транскрипциядан өтеді. Содан кейін бұл cDNA-лар бір жасуша деңгейінде гендік экспрессия профильдерін сенімді және жан-жақты зерттеуді жеңілдете отырып, стандартты секвенирлеу кітапханасының құрылысына ұшырайды.
Платформа: 10 × Genomics Chromium және Illumina NovaSeq платформасы
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Кеңістіктік транскриптомика – зерттеушілерге олардың кеңістіктік контекстін сақтай отырып, ұлпалардағы гендердің экспрессия үлгілерін зерттеуге мүмкіндік беретін озық технология. Бұл домендегі бір қуатты платформа - Illumina секвенирлеуімен біріктірілген 10x Genomics Visium. 10X Visium принципі тіндік бөліктер орналастырылған арнайы түсіру аймағы бар мамандандырылған чипте жатыр. Бұл түсіру аймағында әрқайсысы ұлпадағы бірегей кеңістіктік орынға сәйкес келетін штрих-кодталған дақтар бар. Содан кейін тіннен алынған РНҚ молекулалары кері транскрипция процесі кезінде бірегей молекулалық идентификаторлармен (UMI) таңбаланады. Бұл штрих-кодталған нүктелер мен UMI дәл кеңістіктік картаға және бір жасушалық рұқсатта ген экспрессиясының мөлшерін анықтауға мүмкіндік береді. Кеңістікте штрих-кодталған үлгілер мен UMI комбинациясы жасалған деректердің дәлдігі мен ерекшелігін қамтамасыз етеді. Осы Кеңістіктік Транскриптомика технологиясын қолдану арқылы зерттеушілер жасушалардың кеңістіктік ұйымдастырылуын және ұлпаларда болатын күрделі молекулалық өзара әрекеттесулерді тереңірек түсініп, онкология, неврология, даму биологиясы, иммунология сияқты көптеген салалардағы биологиялық процестердің негізінде жатқан механизмдер туралы баға жетпес түсініктерді ұсына алады. , және ботаникалық зерттеулер.
Платформа: 10X Genomics Visium және Illumina NovaSeq
