● Кітапхананы дайындау стандартты немесе ПТР-сіз болуы мүмкін
● 4 реттілік платформасында қол жетімді: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 немесе PacBio Revio.
● Нұсқаларды анықтауға бағытталған биоинформатикалық талдау: SNP, InDel, SV және CNV
●Кең көлемдегі сараптама және жарияланым жазбалары: 1000-нан астам түр үшін геномды секвенирлеу бойынша жинақталған тәжірибе жинақталған импакт-факторы 5000-нан асатын 1000-нан астам жарияланған жағдайға әкелді.
●Кешенді биоинформатика талдауы: Вариацияны шақыру және функция аннотациясын қоса.
● Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
●Толық аннотация: Анықталған вариациялары бар гендерге функционалды түрде аннотация жасау және бірнеше зерттеу жобалары туралы түсініктерді бере отырып, сәйкес байыту талдауын орындау үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз.
Анықталатын нұсқалар | Тізбектеу стратегиясы | Ұсынылатын тереңдік |
SNP және InDel | Illumina NovaSeq PE150 немесе MGI T7 | 10x |
SV және CNV (дәлдігі азырақ) | 30x | |
SV және CNV (дәлірек) | Nanopore Prom P48 | 20x |
SNPs, Indels, SV және CNV | PacBio Revio | 10x |
Ұлпа немесе экстракцияланған нуклеин қышқылдары | Illumina/MGI | Нанопора | PacBio
| ||
Жануарлардың ішкі ағзалары | 0,5-1 г | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
Жануарлардың бұлшық еті | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
Сүтқоректілердің қаны | 1,5 мл | ≥ 0,5 мл
| ≥ 5 мл
| ||
Құс еті/балық қаны | ≥ 0,1 мл
| ≥ 0,5 мл
| |||
Өсімдік - жаңа піскен жапырақ | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
Мәдени жасушалар |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
Жәндіктердің жұмсақ тіндері/Жеке | 0,5-1 г | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
Алынған ДНҚ
| Концентрация: ≥ 1 нг/ мкл Көлемі: ≥ 30 нг Шектеулі немесе тозу немесе ластану жоқ
| Шоғырлану Сома
OD260/280
OD260/230
Шектеулі немесе тозу немесе ластану жоқ
| ≥ 40 нг/ мкл 4 мкг/ағын ұяшығы/үлгі
1.7-2.2
≥1,5 | Шоғырлану Сома
OD260/280
OD260/230
Шектеулі немесе тозу немесе ластану жоқ | ≥ 50 нг/ мкл 10 мкг/ағын ұяшығы/үлгі
1.7-2.2
1,8-2,5 |
ПТР-сіз кітапхананы дайындау: Концентрация≥ 40 нг/ мкл Саны≥ 500 нг |
Келесі талдауды қамтиды:
Анықтамалық геномға сәйкестік статистикасы – секвенирлеу тереңдігінің таралуы
Бірнеше үлгілер арасында SNP шақыруы
InDel идентификациясы – CDS аймағындағы және геномдық аймақтағы InDel ұзындығының статистикасы
Геном бойынша варианттардың таралуы - Циркос сюжеті
Анықталған нұсқалары бар гендердің функционалдық аннотациясы – Гендік онтология
Чай, Q. және т.б. (2023) «Глутатион S-трансфераза GhTT19 мақтадағы антоцианиннің жиналуын реттеу арқылы гүл жапырақтарының пигментациясын анықтайды», Өсімдік биотехнологиясы журналы, 21(2), б. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Хромосома деңгейіндегі жабайы Hevea brasiliensis геномы геномдық көмекті өсіруге арналған жаңа құралдарды және резеңке өнімділігін арттыру үшін құнды локустарды қамтамасыз етеді', Plant Biotechnology Journal, 21(5), 1058–1072 беттер. doi: 10.1111/PBI.14018.
Ли, А. және т.б. (2021) 'Эстуарий устрицасының геномы климатқа әсер ету және бейімделгіш пластика туралы түсінік береді', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), 1–12 беттер. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) «Қытайдың байырғы тауықтарындағы геномдық және метилдену өзгерістерін талдау уақыт бойынша түрлерді сақтау туралы түсінік береді», Коммуникациялар биологиясы, 5(1), 1-12 беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.