条形banner-03

Өнімдер

Өсімдіктердің/жануарлардың тұтас геномының реттілігі

Толық геномдық реттілік (WGS), сондай-ақ қайта секвенирлеу деп те белгілі, белгілі анықтамалық геномдары бар түрлердің әртүрлі дараларының тұтас геномдық секвенциясын білдіреді. Осы негізде жеке тұлғалардың немесе популяциялардың геномдық айырмашылықтарын қосымша анықтауға болады. WGS бір нуклеотидті полиморфизмді (SNP), кірістіруді жоюды (InDel), құрылымды өзгертуді (SV) және көшіру санының вариациясын (CNV) анықтауға мүмкіндік береді. SVs SNP-ге қарағанда вариациялық базаның үлкен бөлігін құрайды және тірі ағзаларға айтарлықтай әсер ететін геномға көбірек әсер етеді. Қысқа оқылатын қайта секвенирлеу SNP және InDels анықтауда тиімді болғанымен, ұзақ оқылатын қайта секвенирлеу үлкен фрагменттерді және күрделі вариацияларды дәлірек анықтауға мүмкіндік береді.


Қызмет мәліметтері

Биоинформатика

Демо нәтижесі

Таңдаулы жарияланымдар

Қызмет мүмкіндіктері

● Кітапхананы дайындау стандартты немесе ПТР-сіз болуы мүмкін

● 4 реттілік платформасында қол жетімді: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 немесе PacBio Revio.

● Нұсқаларды анықтауға бағытталған биоинформатикалық талдау: SNP, InDel, SV және CNV

Қызметтің артықшылықтары

Кең көлемдегі сараптама және жарияланым жазбалары: 1000-нан астам түр үшін геномды секвенирлеу бойынша жинақталған тәжірибе жинақталған импакт-факторы 5000-нан асатын 1000-нан астам жарияланған жағдайға әкелді.

Кешенді биоинформатика талдауы: Вариацияны шақыру және функция аннотациясын қоса.

● Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.

Толық аннотация: Анықталған вариациялары бар гендерге функционалды түрде аннотация жасау және бірнеше зерттеу жобалары туралы түсініктерді бере отырып, сәйкес байыту талдауын орындау үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз.

Қызмет сипаттамалары

Анықталатын нұсқалар

Тізбектеу стратегиясы

Ұсынылатын тереңдік

SNP және InDel

Illumina NovaSeq PE150

немесе MGI T7

10x

SV және CNV (дәлдігі азырақ)

30x

SV және CNV (дәлірек)

Nanopore Prom P48

20x

SNPs, Indels, SV және CNV

PacBio Revio

10x

Үлгіге қойылатын талаптар

Ұлпа немесе экстракцияланған нуклеин қышқылдары

Illumina/MGI

Нанопора

PacBio

 

Жануарлардың ішкі ағзалары

0,5-1 г

≥ 3,5 г

 

≥ 3,5 г

 

Жануарлардың бұлшық еті

≥ 5 г

 

≥ 5 г

 

Сүтқоректілердің қаны

1,5 мл

≥ 0,5 мл

 

≥ 5 мл

 

Құс еті/балық қаны

≥ 0,1 мл

 

≥ 0,5 мл

 

Өсімдік - жаңа піскен жапырақ

1-2 г

≥ 2 г

 

≥ 5 г

 

Мәдени жасушалар

 

≥ 1x107

 

≥ 1x108

 

Жәндіктердің жұмсақ тіндері/Жеке

0,5-1 г

≥ 1 г

 

≥ 3 г

 

Алынған ДНҚ

 

Концентрация: ≥ 1 нг/ мкл

Көлемі: ≥ 30 нг

Шектеулі немесе тозу немесе ластану жоқ

 

Шоғырлану

Сома

 

OD260/280

 

OD260/230

 

Шектеулі немесе тозу немесе ластану жоқ

 

≥ 40 нг/ мкл

4 мкг/ағын ұяшығы/үлгі

 

1.7-2.2

 

≥1,5

Шоғырлану

Сома

 

OD260/280

 

OD260/230

 

Шектеулі немесе тозу немесе ластану жоқ

≥ 50 нг/ мкл

10 мкг/ағын ұяшығы/үлгі

 

1.7-2.2

 

1,8-2,5

ПТР-сіз кітапхананы дайындау:

Концентрация≥ 40 нг/ мкл

Саны≥ 500 нг

Қызметтің жұмыс ағыны

үлгіні жеткізу

Үлгіні жеткізу

Пилоттық эксперимент

ДНҚ экстракциясы

Кітапханаға дайындық

Кітапхана құрылысы

Тізбектеу

Тізбектеу

Деректерді талдау

Деректерді талдау

数据上传-03

Деректерді жеткізу


  • Алдыңғы:
  • Келесі:

  • 流程图7-02

    Келесі талдауды қамтиды:

    • Шикізат деректер сапасын бақылау
    • Анықтамалық геномға сәйкестік статистикасы
    • Вариантты сәйкестендіру: SNP, InDel, SV және CNV
    • Варианттардың функционалды аннотациясы

    Анықтамалық геномға сәйкестік статистикасы – секвенирлеу тереңдігінің таралуы

     

    图片26

     

    Бірнеше үлгілер арасында SNP шақыруы

     

    图片27

     

    InDel идентификациясы – CDS аймағындағы және геномдық аймақтағы InDel ұзындығының статистикасы

     

    图片28

     

    Геном бойынша варианттардың таралуы - Циркос сюжеті

    图片29

    Анықталған нұсқалары бар гендердің функционалдық аннотациясы – Гендік онтология

     

    图片30

    Чай, Q. және т.б. (2023) «Глутатион S-трансфераза GhTT19 мақтадағы антоцианиннің жиналуын реттеу арқылы гүл жапырақтарының пигментациясын анықтайды», Өсімдік биотехнологиясы журналы, 21(2), б. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.

    Cheng, H. et al. (2023) 'Хромосома деңгейіндегі жабайы Hevea brasiliensis геномы геномдық көмекті өсіруге арналған жаңа құралдарды және резеңке өнімділігін арттыру үшін құнды локустарды қамтамасыз етеді', Plant Biotechnology Journal, 21(5), 1058–1072 беттер. doi: 10.1111/PBI.14018.

    Ли, А. және т.б. (2021) 'Эстуарий устрицасының геномы климатқа әсер ету және бейімделгіш пластика туралы түсінік береді', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), 1–12 беттер. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.

    Zeng, T. et al. (2022) «Қытайдың байырғы тауықтарындағы геномдық және метилдену өзгерістерін талдау уақыт бойынша түрлерді сақтау туралы түсінік береді», Коммуникациялар биологиясы, 5(1), 1-12 беттер. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.

    дәйексөз алыңыз

    Хабарламаңызды осы жерге жазып, бізге жіберіңіз

    Хабарламаңызды бізге жіберіңіз: