Метагеномикалық реттілік -NGS
Қызметтің артықшылықтары
● Микробтық қауымдастықтың профилін жасау үшін оқшаулау және өсірусіз
● Қоршаған орта үлгілерінде аз мөлшердегі түрлерді анықтауда жоғары ажыратымдылық
● «Мета-» идеясы функционалдық деңгейде, түр деңгейінде және гендік деңгейде барлық биологиялық белгілерді біріктіреді, бұл шындыққа жақынырақ динамикалық көзқарасты көрсетеді.
● BMK 10 000-нан астам үлгі өңделген әртүрлі үлгі түрлерінде үлкен тәжірибе жинақтайды.
Қызмет сипаттамалары
| Платформа | Тізбектеу | Ұсынылған деректер | Айналым уақыты |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 Г/10 Г/20 Г | 45 жұмыс күні |
Биоинформатикалық талдаулар
● Шикі деректер сапасын бақылау
● Метагеном жинағы
● Артық емес гендер жинағы және аннотация
● Түрлердің әртүрлілігін талдау
● Генетикалық функциялардың әртүрлілігін талдау
● Топаралық талдау
● Эксперименттік факторларға қатысты ассоциациялық талдау
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
ҮшінДНҚ сығындылары:
| Үлгі түрі | Сома | Концентрация | Тазалық |
| ДНҚ сығындылары | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Қоршаған ортаның үлгілері үшін:
| Үлгі түрі | Ұсынылатын сынама алу процедурасы |
| Топырақ | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Қалған қурап қалған затты бетінен алып тастау керек;Үлкен бөліктерді ұсақтап, 2 мм сүзгіден өткізіңіз;Брондау үшін стерильді EP-түтіктегі немесе циротүтіктегі аликвоттық үлгілер. |
| Нәжіс | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға үлгілерді жинаңыз және аликвотты алыңыз. |
| Ішек мазмұны | Үлгілерді асептикалық жағдайда өңдеу керек.Жиналған тіндерді PBS көмегімен жуыңыз;PBS-ті центрифугалаңыз және тұнбаны EP-түтіктерге жинаңыз. |
| Шлам | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға шлам үлгісін жинап алыңыз |
| Су қоймасы | Кран суы, құдық суы және т.б. сияқты микроб мөлшері шектеулі үлгі үшін кем дегенде 1 л су жинап, мембранадағы микробты байыту үшін 0,22 мкм сүзгіден өткізіңіз.Мембрананы стерильді түтікте сақтаңыз. |
| Тері | Терінің бетін стерильді мақта тампонымен немесе хирургиялық пышақпен абайлап қырыңыз және оны стерильді түтікке салыңыз. |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз.Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1.Гистограмма: Түрлердің таралуы
2. KEGG метаболикалық жолдарына аннотацияланған функционалдық гендер
3.Жылу картасы: Гендердің салыстырмалы молдығына негізделген дифференциалдық функциялар
4. CARD антибиотикке төзімділік гендерінің циркосы
BMK ісі
Антибиотиктерге төзімділік гендерінің және бактериялық қоздырғыштардың топырақ-мангр түбірі континуумы бойында таралуы
Жарияланды:Қауіпті материалдар журналы, 2021 ж
Тізбектеу стратегиясы:
Материалдар: Мангр түбірімен байланысты үлгілердің төрт фрагменттерінің ДНҚ сығындылары: отырғызылмаған топырақ, ризосфера, эписфера және эндосфера бөлімдері
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Мақсаты: Метагеном
16S рРНҚ генінің V3-V4 аймағы
Негізгі нәтижелер
Топырақтан өсімдіктерге антибиотиктерге төзімділік гендерінің (ARG) таралуын зерттеу мақсатында мангр көшеттерінің топырақ-тамыр континуумында метагеномикалық секвенирлеу және метабаркодтау профилі өңделді.Метагеномикалық деректер антибиотиктерге төзімділік гендерінің 91,4% әдетте жоғарыда аталған барлық төрт топырақ бөлімінде анықталғанын көрсетті, бұл үздіксіз сәнді көрсетті.16S рРНҚ ампликонының секвенирленуі 346 түрді білдіретін 29 285 тізбекті құрады.Ампликонды секвенирлеу арқылы түр профилін жасаумен үйлескенде, бұл диссеминация тамырмен байланысты микробиотаға тәуелсіз екені анықталды, дегенмен оны генетикалық элементтердің мобильділігі арқылы жеңілдетуге болады.Бұл зерттеу өзара байланысты топырақ-тамыр континуумы арқылы топырақтан өсімдіктерге ARG және патогендердің ағынын анықтады.
Анықтама
Ван, С., Ху, Р., Күшті, ПДж, Чжуан, В., Шу, Л.(2020).Антибиотиктерге төзімділік гендерінің және бактериялық патогендердің топырақ-мангр түбірі континуумында таралуы.Қауіпті материалдар журналы, 408, 124985.
