Метагеномдық кезеңдер -ngs
Метагенома - бұл экологиялық және адам метагеномы сияқты организмдер қауымдастығының жалпы генетикалық материалдарының жиынтығы. Оның құрамында өсірілмейтін және өңделмейтін микроорганизмдердің геномдары бар. Мылтық Метагеномдық реттілік NGS көмегімен қоршаған ортаға әсер еткен осы күрделі геномдық ландшафттарды зерттеуге мүмкіндік береді, сондай-ақ таксономиялық профильді, сонымен қатар түрлердің әртүрлілігі, мол динамикасы және кешенді тұрғындар. Таксономиялық зерттеулерден тыс, мылтық метағанда метагеномалар, сонымен қатар, кодталған гендерді барлауға және олардың экологиялық процестердегі қопсытқыштарын барлауға мүмкіндік беретін функционалды геномдық перспективаны ұсынады. Сонымен, генетикалық элементтер мен қоршаған орта факторлары арасындағы корреляциялық желілерді құру микробтық қоғамдастықтар мен олардың экологиялық негіздері арасындағы күрделі өзара әрекеттесуге ықпал етеді. Қорытындылай келе, метаомиялық реттілік осы күрделі экожүйелердегі генетика мен экология арасындағы жан-жақты қатынастарды жарықтандыратын әр түрлі микробтардың геномдық құралы ретінде стендтер.
Платформалар: Иллюмина Новоағ және Днбсек-Т7
Қызметтің артықшылықтары
●Микробиттық қауымдастық профилактикасы үшін оқшаулану және өсірусіз әдіс: Генетикалық материалды сансыз организмдерден біріктіруді қосу.
●Жоғары ажыратымдылық: Қоршаған орта үлгілеріндегі аз мөлшерде түрді анықтаңыз.
●Биоинформатиканы жан-жақты талдау:Таксономиялық әртүрлілікке ғана емес, сонымен бірге қоғамдастықтың функционалдық әртүрлілігіне де назар аударды.
●Экспорттық тәжірибе:Әр түрлі зерттеу салаларында бірнеше метагеномия жобаларын сәтті жабу туралы Жолдармен, 200 000 үлгіні өңдеу, біздің команда барлық жобаларға көп тәжірибе әкеледі.
Қызмет көрсету ерекшеліктері
| Сызба платформасы | САЯСАТ САЯСАТЫ | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| Illumina Novaseq немесе DNBSeQ-T7 | PE150 | 6-20 гб | Q30≥≥85% |
Қызметке қойылатын талаптар
| Концентрация (NG / мкл) | Жалпы сома (NG) | Көлемі (мкл) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Топырақ / шлам: 2-3g
● ішек-қарсылық-жануар: 0,5-2г
● ішек мазмұны-жәшік: 0.1-0.25г
● Өсімдік беті (байытылған тұнба): 0.5-1g
● ашыту сүнделуі Сорғышты байытылған тұнбаны байытылған): 0.2-0.5g
● нәжістер (ірі жануарлар): 0,5--2г
● нәжістер (тінтуір): 3-5 граждар
● Өкпе альвеолярлы ара сұйық сұйықтығы: сүзгі қағазы
● Вагинальды тампон: 5-6 тампон
● Тері / Жыныс-түйек тампон / сілекей / Ауызша жұмсақ тіндер / Фарингальды тампон / Тікал тампоны: 2-3 тампон
● Беттік микроорганизм: 5-6 тампон
● Waterbod / Air / Biofilm: Сүзгі қағазы
● Эндофиттер: 2-3g
● Стоматологиялық тақта: 0.5-1g
Қызмет көрсету ағымы
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Жүйелі кідіріс
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Деректердің сапасын реттейтін
● метагеноменс жиналысы және генді болжау
Гендік аннотация
● альфа әртүрлілігін таксономиялық талдау
● Қоғамдастықтың функционалды талдауы: биологиялық функция, метаболизм, антибиотикке төзімділік
● функционалды және таксономиялық әртүрлілік туралы талдау:
Бета әртүрлілігін талдау
Топтық талдау
Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен композиция мен әртүрлілік арасында
Функционалды талдау: карточканы антибиотикалық тұрақтылық
KEGG метаболикалық жолдарының дифференциалды талдауы: Маңызды жолдардың жылу картасы
Таксономиялық таралудың альфа әртүрлілігі: ACE индексі
Таксономиялық таралудың бета алуан түрлілігі: PCOA
БҚКгеннің имагеноменттік метагеноменттік реттелетін қызметтері, жарықтандырылған басылымдар жинағы арқылы жеңілдетілген жетістіктерді зерттеңіз.
Хай, С. және al. (2023) «Кемпірқосақ» форельінің ішек құрамының метагеномдық және метаболомдық талдау (OncorHyhyhus MyKiss) әр түрлі мәдениеттің әртүрлі мәдени су температураларында инфекциялық гемопоэтикалық некроз вирусын жұқтырған,Микробиологиядағы шекаралар, 14, б. 1275649. DOI: 10.3389 / FMICB.2023.1275649.
Мао, C. және Al. (2023) 'Әр түрлі трофикалық мемлекеттердің қалалық көлдеріндегі микробтық қоғамдастықтар, қарсылық гендері, төзімділік, ішкі сілтемелер: ішкі сілтемелер және сыртқы әсерлер',Қауіпті материалдар журналы, 9, б. 100233. Doi: 10.1016 / J.HAZADD.20233.100233.
Су, М. және басқалар. (2022) 'Метагеномдық талдау сұйықтықтағы және қой ілеспе және қатты ілеспе микроорганизмдер арасындағы айырмашылықтарды анықтады,Микробиологиядағы шекаралар, 13, б. 851567. Doi: 10.3389 / FMICB.2022.851567.
Юн, Дж. Е.Т. (2023) «семіздік нингсянг шошқа шығарылған микроэмоталар» микроэлемотиптері «Ди шошқаларында» бұлшықет май қышқылын тұндыру үшін карнитин метаболизмі,Инновация, 4 (5), б. 100486. Doi: 10.1016 / j.sxinn.2023.100486.
Жао, Х. және басқалар. (2023) «Био / Доңғылардан тыс пластик және тозбайтын пластик және пластмасымал емес қоқыстардың метагеномиялық түсініктері,Жалпы қоршаған ортаның ғылымы, 887, б. 164026. Doi: 10.1016 / j.scitotenv.2023.164026.
