Метагеномдық секвенирлеу -NGS
Метагеном - қоршаған орта және адам метагеномдары сияқты аралас организмдер қауымдастығының жалпы генетикалық материалының жиынтығы. Онда өсіруге болатын және өсіруге болмайтын микроорганизмдердің геномдары бар. NGS көмегімен метагеномдық секвенирлеу қоршаған орта үлгілеріне енгізілген осы күрделі геномдық ландшафттарды таксономиялық профильдеуден гөрі көбірек ақпарат беру арқылы зерттеуге мүмкіндік береді, сонымен қатар түрлердің әртүрлілігі, молшылық динамикасы және күрделі популяция құрылымдары туралы егжей-тегжейлі түсінік береді. Таксономик зерттеулерден басқа, метагеномика функционалды геномика перспективасын ұсынады, бұл кодталған гендерді және олардың экологиялық процестердегі болжамды рөлдерін зерттеуге мүмкіндік береді. Соңында, генетикалық элементтер мен қоршаған орта факторлары арасындағы корреляциялық желілерді құру микробтық қауымдастықтар мен олардың экологиялық негізі арасындағы күрделі өзара әрекеттесуді тұтас түсінуге ықпал етеді. Қорытындылай келе, метагеномдық секвенирлеу әртүрлі микробтық қауымдастықтардың геномдық күрделіліктерін шешудің негізгі құралы болып табылады, бұл осы күрделі экожүйелердегі генетика мен экология арасындағы көп қырлы қатынастарды көрсетеді.
Платформалар: Illumina NovaSeq және DNBSEQ-T7
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Микробтық қауымдастықты профильдеудің оқшаулау және өсірусіз әдісіӨсіруге жарамсыз организмдерден алынған генетикалық материалды секвенирлеуге мүмкіндік беру.
●Жоғары ажыратымдылықҚоршаған орта үлгілерінде аз мөлшерде кездесетін түрлерді анықтау.
●Кешенді биоинформатикалық талдау:Тек таксономиялық әртүрлілікке ғана емес, сонымен қатар қауымдастықтың функционалдық әртүрлілігіне де назар аударды.
●Кең ауқымды тәжірибе:Әртүрлі зерттеу салаларындағы бірнеше метагеномика жобаларын сәтті аяқтау және 200 000-нан астам үлгіні өңдеу саласындағы тәжірибесімен біздің командамыз әрбір жобаға бай тәжірибе әкеледі.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Секвенирлеу платформасы | Реттік стратегия | Ұсынылатын деректер | Сапаны бақылау |
| Illumina NovaSeq немесе DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 ГБ | Q30≥85% |
Қызмет көрсету талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы сома (нг) | Көлемі (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Топырақ/шлам: 2-3 г
● Жануарлардың ішек құрамы: 0,5-2 г
● Ішектің құрамы - жәндіктер: 0,1-0,25 г
● Өсімдік беті (байытылған шөгінді): 0,5-1 г
● Ашыту сорпасымен байытылған тұнба): 0,2-0,5 г
● Нәжіс (ірі жануарлар): 0,5-2 г
● Нәжіс (тышқан): 3-5 дән
● Өкпе альвеолярлы жуынды сұйықтық: сүзгі қағазы
● Қынаптан алынған жағынды: 5-6 жағынды
● Тері/жыныстық мүшелерге арналған жағынды/сілекей/ауыз қуысының жұмсақ тіндері/жұтқыншақ жағындысы/тік ішек жағындысы: 2-3 жағынды
● Беткі микроорганизм: 5-6 жағынды
● Су айдындары/ауа/биопленка: сүзгі қағазы
● Эндофиттер: 2-3 г
● Тіс тастары: 0,5-1 г
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Деректердің сапасын бақылауды секвенирлеу
● Метагеномды жинау және генді болжау
● Ген аннотациясы
● Таксономиялық альфа әртүрлілігін талдау
● Қауымдастықтың функционалдық талдауы: биологиялық қызметі, метаболизмі, антибиотиктерге төзімділігі
● Функционалдық және таксономиялық әртүрлілікті талдау:
Бета әртүрлілігін талдау
Топаралық талдау
Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
Функционалдық талдау: CARD антибиотиктерге төзімділігі
KEGG метаболикалық жолдарының дифференциалды талдауы: маңызды жолдардың жылу картасы
Таксономик таралудың альфа әртүрлілігі: ACE индексі
Таксономик таралудың бета әртүрлілігі: PCoA
BMKGene метагеномдық секвенирлеу қызметтерінің Illumina-мен бірге жүргізген басылымдардың жинақтары арқылы жетістіктерін зерттеңіз.
Хай, К. және т.б. (2023) «Әртүрлі дақыл суының температурасында жұқпалы гемопоэтикалық некроз вирусымен жұқтырылған кемпірқосақ форелінің (Oncorhynchus mykiss) ішек құрамының өзгерістерінің метагеномиялық және метаболомикалық талдауы»,Микробиологиядағы шекаралар, 14, 1275649 бет. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Мао, К. және т.б. (2023) «Әртүрлі трофикалық күйдегі қалалық көлдердегі микробтық қауымдастықтар, төзімділік гендері және төзімділік қауіптері: ішкі байланыстар және сыртқы әсерлер»,Қауіпті материалдардың жетістіктері журналы, 9, б. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Су, М. және т.б. (2022) «Метагеномдық талдау қойдың сұйық және қатты микроорганизмдерінің құрамы мен қызметіндегі айырмашылықтарды анықтады»,Микробиологиядағы шекаралар, 13, 851567-бет. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. және т.б. (2023) «Семіздікке шалдыққан Нинсян шошқасынан алынған микробиоталар арық DLY шошқаларында бұлшықет май қышқылдарының тұнбасын күшейту үшін карнитин метаболизмін қайта жандандырады»,Инновация, 4(5), б. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. және т.б. (2023) «Қытайдың Хайхэ сағасының жоғарғы және төменгі ағысындағы биологиялық/ыдырамайтын пластикалық және пластикалық емес қалдықтардың ықтимал қауіптеріне метагеномиялық түсініктер»,Жалпы қоршаған орта туралы ғылым, 887, б. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
