Метагеномикалық реттілік (NGS)
Қызметтің артықшылықтары
ØМикробтық қауымдастықтың профилін жасау үшін оқшаулау және өсірусіз
ØҚоршаған орта үлгілерінде аз мөлшердегі түрлерді анықтаудағы жоғары ажыратымдылық
Ø«Мета-» идеясы функционалдық деңгейде, түр деңгейінде және гендік деңгейде барлық биологиялық белгілерді біріктіреді, бұл шындыққа жақын динамикалық көзқарасты көрсетеді.
ØBMK 10 000-нан астам үлгі өңделген әртүрлі үлгі түрлерінде үлкен тәжірибе жинақтайды.
Қызмет сипаттамалары
| ТізбектеуПлатформа | Кітапхана | Ұсынылған деректер шығымы | Болжалды айналым уақыты |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K тегтер | 30 күн |
Биоинформатикалық талдаулар
üШикізат деректер сапасын бақылау
üМетагеномдар жинағы
üАртық емес гендер жиынтығы және аннотация
üТүрлердің әртүрлілігін талдау
üГенетикалық функциялардың әртүрлілігін талдау
üТоп аралық талдау
üЭксперименттік факторларға қатысты ассоциациялық талдау
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
ҮшінДНҚ сығындылары:
| Үлгі түрі | Сома | Шоғырлану | Тазалық |
| ДНҚ сығындылары | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Қоршаған ортаның үлгілері үшін:
| Үлгі түрі | Ұсынылатын сынама алу процедурасы |
| Топырақ | Сынама көлемі: шамамен.5 г;Қалған қурап қалған затты бетінен алып тастау керек;Үлкен бөліктерді ұсақтап, 2 мм сүзгіден өткізіңіз;Брондау үшін стерильді EP-түтіктегі немесе циротүтіктегі аликвоттық үлгілер. |
| Нәжіс | Сынама көлемі: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға үлгілерді жинаңыз және аликвота алыңыз. |
| Ішек мазмұны | Үлгілерді асептикалық жағдайда өңдеу керек.Жиналған тіндерді PBS көмегімен жуыңыз;PBS-ті центрифугалаңыз және тұнбаны EP-түтіктерге жинаңыз. |
| Шлам | Сынама көлемі: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға тұнба үлгісін жинап алыңыз |
| Су қоймасы | Кран суы, құдық суы және т.б. сияқты микроб мөлшері шектеулі үлгі үшін кем дегенде 1 л су жинап, мембранадағы микробты байыту үшін 0,22 мкм сүзгіден өткізіңіз.Мембрананы стерильді түтікте сақтаңыз. |
| Тері | Терінің бетін стерильді мақта тампонымен немесе хирургиялық пышақпен абайлап қырыңыз және оны стерильді түтікке салыңыз. |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз.Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.
Қызмет жұмысының ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1.Гистограмма: Түрлердің таралуы
2. KEGG метаболикалық жолдарына аннотацияланған функционалдық гендер
3.Жылу картасы: Гендердің салыстырмалы молдығына негізделген дифференциалдық функциялар
4. CARD антибиотикке төзімділік гендерінің циркосы
BMK ісі
Антибиотиктерге төзімділік гендерінің және бактериялық қоздырғыштардың топырақ-мангр түбірі континуумы бойында таралуы
Жарияланды:Қауіпті материалдар журналы, 2021 ж
Тізбектеу стратегиясы:
Материалдар: мангр түбірімен байланысты үлгілердің төрт фрагменттерінің ДНҚ сығындылары: отырғызылмаған топырақ, ризосфера, эписфера және эндосфера бөлімдері
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Мақсаты: Метагеном
16S рРНҚ гені V3-V4 аймағы
Негізгі нәтижелер
Топырақтан өсімдіктерге антибиотиктерге төзімділік гендерінің (ARGs) таралуын зерттеу үшін мангр көшеттерінің топырақ-тамыр континуумында метагеномикалық секвенирлеу және метабаркодтау профилі өңделді.Метагеномикалық деректер антибиотиктерге төзімділік гендерінің 91,4% жоғарыда аталған барлық төрт топырақ бөлімінде әдетте анықталғанын көрсетті, бұл үздіксіз сәнді көрсетті.16S рРНҚ ампликонының реттілігі 346 түрді білдіретін 29 285 реттілік тудырды.Ампликонды секвенирлеу арқылы түр профилін жасаумен үйлескенде, бұл диссеминация тамырмен байланысты микробиотаға тәуелсіз екені анықталды, дегенмен оны генетикалық элементтердің мобильділігі арқылы жеңілдетуге болады.Бұл зерттеу өзара байланысты топырақ-тамыр континуумы арқылы топырақтан өсімдіктерге ARG және патогендердің ағынын анықтады.
Анықтама
Ван, С., Ху, Р., Стронг, ПДж, Чжуан, В., Шу, Л.(2020).Антибиотиктерге төзімділік гендерінің және бактериялық патогендердің топырақ-мангр түбірі континуумында таралуы.Қауіпті материалдар журналы, 408, 124985.
