Метагеномикалық реттілік -NGS
Метагеном – қоршаған орта және адам метагеномдары сияқты организмдердің аралас қауымдастығының жалпы генетикалық материалының жиынтығы. Онда өсірілетін және өңделмейтін микроорганизмдердің геномдары бар. NGS көмегімен шолақ мылтық метагеномдық секвенирлеу таксономиялық профильден гөрі көбірек қамтамасыз ету арқылы қоршаған орта үлгілеріне енгізілген осы күрделі геномдық ландшафттарды зерттеуге мүмкіндік береді, сонымен қатар түрлердің әртүрлілігі, молшылық динамикасы және күрделі популяция құрылымдары туралы түйіршікті түсініктер береді. Таксономиялық зерттеулерден басқа, шолақ мылтық метагеномикасы кодталған гендерді және олардың экологиялық процестердегі болжамды рөлдерін зерттеуге мүмкіндік беретін функционалды геномика перспективасын ұсынады. Ақырында, генетикалық элементтер мен қоршаған орта факторлары арасындағы корреляциялық желілерді құру микробтық қауымдастықтар мен олардың экологиялық фонының арасындағы күрделі өзара әрекеттестік туралы тұтас түсінуге ықпал етеді. Қорытындылай келе, метагеномдық секвенирлеу әртүрлі микробтық қауымдастықтардың геномдық қыр-сырын ашудың негізгі құралы болып табылады, осы күрделі экожүйелердегі генетика мен экология арасындағы көп қырлы қатынастарды жарықтандырады.
Платформалар: Illumina NovaSeq және DNBSEQ-T7
Қызметтің артықшылықтары
●Микробтық қауымдастықтың профилін жасау үшін оқшаулау және өсірусіз әдіс: Өсіруге жарамсыз организмдерден алынған генетикалық материалдың реттілігін қамтамасыз ету.
●Жоғары ажыратымдылық: Қоршаған ортадағы үлгілерде аз мөлшердегі түрлерді анықтау.
●Кешенді биоинформатикалық талдау:Ол тек таксономиялық әртүрлілікке ғана емес, сонымен қатар қауымдастықтың функционалды әртүрлілігіне де бағытталған.
●Үлкен тәжірибе:Әртүрлі зерттеу салаларындағы бірнеше метагеномика жобаларын сәтті жабу және 200 000-нан астам үлгілерді өңдеу тәжірибесі бар біздің команда әрбір жобаға бай тәжірибе әкеледі.
Қызмет сипаттамалары
| Тізбектеу платформасы | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| Illumina NovaSeq немесе DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Гб | Q30≥85% |
Қызметке қойылатын талаптар
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы сома (нг) | Көлемі (μL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Топырақ/шлам: 2-3г
● Ішек мазмұны-жануарлар: 0,5-2г
● Ішек мазмұны-жәндіктер: 0,1-0,25г
● Өсімдік беті (байытылған шөгінді): 0,5-1г
● Ашыту сорпасы байытылған тұнба): 0,2-0,5г
● Нәжіс (ірі жануарлар): 0,5-2г
● Нәжіс (тышқан): 3-5 дән
● Өкпенің альвеолярлы шаю сұйықтығы: сүзгі қағазы
● Қынаптық жағынды: 5-6 тампон
● Тері/жыныс жағынды/сілекей/ауыз қуысының жұмсақ тіндері/жұтқыншақ жағынды/тік ішек жағынды: 2-3 жағынды
● Беткі микроорганизм: 5-6 тампон
● Су объектісі/ауа/биофильм: сүзгі қағазы
● Эндофиттер: 2-3г
● Тіс тақтасы: 0,5-1г
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Деректердің сапасын бақылауды реттілік
● Метагеномды құрастыру және генді болжау
● Гендік аннотация
● Альфа әртүрлілігін таксономиялық талдау
● Қауымдастықтың функционалдық талдауы: биологиялық қызметі, зат алмасуы, антибиотиктерге төзімділігі
● Функционалдық және таксономиялық әртүрлілік бойынша талдау:
Бета әртүрлілігін талдау
Топ аралық талдау
Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
Функционалды талдау: CARD антибиотикке төзімділігі
KEGG метаболикалық жолдарын дифференциалды талдау: маңызды жолдардың жылу картасы
Таксономиялық таралудың альфа әртүрлілігі: ACE индексі
Таксономиялық таралудың бета әртүрлілігі: PCoA
BMKGene компаниясының Illumina көмегімен метагеномды секвенирлеу қызметтері септігін тигізетін жетістіктерді жарияланымдар жинағы арқылы зерттеңіз.
Хай, Q. және т.б. (2023) «Жұқпалы гемопоэтикалық некроз вирусымен жұқтырылған кемпірқосақ форельінің (Oncorhynchus mykiss) әртүрлі культуралық су температураларында ішек құрамындағы өзгерістердің метагеномикалық және метаболомикалық талдауы»,Микробиологиядағы шекаралар, 14, б. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Мао, C. және т.б. (2023) «Әртүрлі трофикалық күйлердің қалалық көлдеріндегі микробтық қауымдастықтар, төзімділік гендер және резистомдық тәуекелдер: ішкі байланыстар және сыртқы әсерлер»,Қауіпті материалдардың жетістіктері журналы, 9, б. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Су, М. және т.б. (2022) 'Метагеномикалық талдау қой руменінің сұйықпен байланысқан және қатты-ассоциацияланған микроорганизмдер арасындағы құрамы мен қызметіндегі айырмашылықтарды анықтады',Микробиологиядағы шекаралар, 13, б. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) «Семіз Нинсяң шошқасынан алынған микробиота майсыз DLY шошқаларында бұлшықет май қышқылының тұндырылуын ынталандыру үшін карнитин метаболизмін қалпына келтіреді»,Инновация, 4(5), б. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Чжао, X. және т.б. (2023) «Хайхэ эстуарийінің жоғарғы және төменгі ағысындағы био/ыдырамайтын пластик және пластикалық емес қоқыстардың ықтимал тәуекелдері туралы метагеномикалық түсініктер, Қытай»,Жалпы қоршаған орта туралы ғылым, 887, б. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
