● Нысананы зондтармен байытуға негізделген екі экзом панелі қолжетімді: SureSelect Human All Exon v6 (Agilent) және xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
- SureSelect Human All Exon V6 панеліне негізделген, UTR аймақтары және толық ұзындықтағы митохондридтік ДНҚ нысананы ұстау ауқымына қосылады.
- UMI қолдайтын кітапхана құрылымы SureSelect Human All Exon V6 панелімен қолжетімді.
● Illumina NovaSeq жүйесіндегі секвенирлеу.
● Ауруларды талдауға немесе ісіктерді талдауға бағытталған биоақпараттық құбыр.
●Ақуызды кодтау аймағын нысанаға аладыАқуызды кодтау аймақтарын түсіру және секвенирлеу арқылы hWES ақуыз құрылымына қатысты нұсқаларды анықтау үшін қолданылады.
●Шығындар тиімді:hWES адам геномының 1%-ынан адам ауруымен байланысты мутациялардың шамамен 85%-ын шығарады.
●Жоғары дәлдікЖоғары секвенирлеу тереңдігімен hWES жиі кездесетін нұсқаларды да, жиілігі 1%-дан төмен сирек кездесетін нұсқаларды да анықтауды жеңілдетеді.
●Қатаң сапаны бақылауБіз үлгі мен кітапхананы дайындаудан бастап секвенирлеу мен биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде бес негізгі бақылау нүктесін енгіземіз. Бұл мұқият мониторинг үнемі жоғары сапалы нәтижелердің берілуін қамтамасыз етеді.
●Кешенді биоинформатикалық талдауБіздің жобамыз анықтамалық геномның вариацияларын анықтаудан тысқары, себебі ол аурулардың генетикалық аспектілеріне немесе ісіктерді талдауға қатысты зерттеу сұрақтарын нақты шешуге арналған озық талдауды қамтиды.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тыс, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
| Эксонды басып алу стратегиясы | Реттік стратегия | Ұсынылған деректерді шығару |
| Agilent SureSelectXT Адамның барлық экзондары V6 + UTR + мтДНҚ Agilent SureSelectXT Адамның барлық экзондары V6 + UTR + мтДНҚ (UMI-мен) IDT xGen Exome Hybrid Panel V2 | Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 ГБ Мендельдік бұзылулар/сирек кездесетін аурулар үшін: > 50x Ісік үлгілері үшін: ≥ 100x |
| Үлгі түрі | Сома(Qubit®) | Шоғырлану | Дыбыс деңгейі | Агарозды гель |
| WES-FF | ≥ 150 нг | ≥ 15 нг/мкл |
≥ 15 мкл | Ластану және ыдырау жоқ немесе шектеулі (негізгі жолақ мөлдір). FFPE ДНҚ: Егер негізгі жолақ анық болмаса, 2 кб-тан жоғары айқын жағынды қажет. |
| WES-FFPE | ≥ 200 нг | ≥ 15 нг/мкл |
hWES ауруы үлгілерінің биоақпараттық талдауы мыналарды қамтиды:
● Деректердің сапаны бақылау тізбегін реттеу
● Анықтамалық геномды туралау
● SNP және InDels анықтау
● SNP және InDels функционалдық аннотациясы
Ісік үлгілерінің биоақпараттық талдауы мыналарды қамтиды:
● Деректердің сапаны бақылау тізбегін реттеу
● Анықтамалық геномды туралау
● SNP, InDels және соматикалық вариацияларды анықтау
● Жыныс жолдарының нұсқаларын анықтау
● Мутация қолтаңбаларын талдау
● Функцияның күшею мутацияларына негізделген жетек гендерін анықтау
● Дәрілік сезімталдық деңгейіндегі мутация аннотациясы
● Гетерогенділікті талдау – тазалық пен плоидияны есептеу
Деректердің QC – Exome түсірілімінің статистикасы
Нұсқаны анықтау – InDels
Кеңейтілген талдау: зиянды SNP/InDels анықтау және таралуы – Циркос графигі
Ісік талдауы: соматикалық мутацияларды анықтау және таралуы – Циркос графигі
Ісік талдауы: клондық тектер