● Зондтармен мақсатты байытуға негізделген екі экзома тақтасы қолжетімді: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) және xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Illumina NovaSeq жүйесінде секвенирлеу.
● Ауруларды немесе ісіктерді талдауға бағытталған биоинформатикалық құбыр.
●Протеинді кодтау аймағына бағытталған: Протеинді кодтау аймақтарын басып алу және секвенирлеу арқылы hWES ақуыз құрылымына қатысты нұсқаларды ашу үшін пайдаланылады.
●Тиімді шығындар:hWES адам геномының 1% адам ауруымен байланысты мутациялардың шамамен 85% береді.
●Жоғары дәлдік: Жоғары реттілік тереңдігімен hWES жалпы нұсқаларды да, жиілігі 1%-дан төмен сирек нұсқаларды да анықтауды жеңілдетеді.
●Қатаң сапаны бақылау: Біз үлгіні және кітапхананы дайындаудан бастап реттілік пен биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде бес негізгі бақылау нүктесін енгіземіз. Бұл мұқият бақылау тұрақты жоғары сапалы нәтижелерді жеткізуді қамтамасыз етеді.
●Кешенді биоинформатика талдауы: біздің құбырымыз анықтамалық геномның вариацияларын анықтаумен шектелмейді, өйткені ол аурулардың генетикалық аспектілеріне немесе ісіктерді талдауға қатысты зерттеу сұрақтарын шешуге арналған кеңейтілген талдауды қамтиды.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттеме сатылымнан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімімен жобаны аяқтағаннан кейін де кеңейеді. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез келген сұрауларды шешу үшін жобаны бақылауды, ақаулықтарды жою бойынша көмекті және сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
| Экзонды түсіру стратегиясы | Тізбектеу стратегиясы | Ұсынылатын деректер шығысы |
| Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) немесе xGen Exome гибридизация тақтасы v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Гб Мендельдік бұзылулар/сирек аурулар үшін: > 50x Ісік үлгілері үшін: ≥ 100x |
| Үлгі түрі
| Сома(Qubit®)
| Шоғырлану | Көлемі
| Тазалық(NanoDrop™) |
|
Геномдық ДНҚ
| ≥ 50 нг | ≥ 6 нг/мкл | ≥ 15 мкл | OD260/280=1,8-2,0 деградация, ластану жоқ
|
hWES-ауру үлгілерінің биоинформатикалық талдауы мыналарды қамтиды:
● Деректерді реттілік QC
● Анықтамалық геномды туралау
● SNP және InDels идентификациясы
● SNP және InDels функционалдық аннотациялары
Ісік үлгілерінің биоинформатикалық талдауы мыналарды қамтиды:
● Деректерді реттілік QC
● Анықтамалық геномды туралау
● SNP, InDels және соматикалық вариацияларды анықтау
● Жыныс жолдарының нұсқаларын анықтау
● Мутация белгілерін талдау
● Функцияны күшейтетін мутациялар негізінде жетек гендерін анықтау
● Дәріге сезімталдық деңгейіндегі мутация аннотациясы
● Гетерогендік талдау – тазалық пен плоидтылықты есептеу
Деректер QC – Exome түсіру статистикасы
Вариантты сәйкестендіру – InDels
Жетілдірілген талдау: зиянды SNP/InDels анықтау және тарату – Circos сюжеті
Ісіктерді талдау: соматикалық мутацияларды анықтау және тарату – Циркос сюжеті
Ісіктерді талдау: клондық тектер