MRNA-SEQ (NGS) сілтеме геномымен

MRNA-SEQ (NGS) сілтеме геномымен

РНҚ-сек - бұл өмір және өсімдік шаруашылығы саласындағы стандартты құрал, ол геномалар мен протеомдар арасындағы алшақтықты жою. Оның күші жаңа транскрипттерді ашып, олардың бір талдауында олардың өрнегін мөлшерлеуде жатыр. Бұл салыстырмалы транскриптомдық зерттеулер үшін кеңінен қолданылады, әр түрлі белгілерге немесе фенотиптерге байланысты гендерден локтинг, мысалы, мутанттарға қатысты, мысалы, мутанттарды, мысалы, мутанттарды, мысалы, мутанттарды жабайы түрлерге салыстыру немесе белгілі бір шарттармен салыстыратын гендік өрнекке салыстыру сияқты. BMKCloud MRNA (анықтамалық) App өрнекті сандық, дифференциалды өрнектерді талдауды, дифференциалды өрнектерді және реттік құрылымды MRNA-SEQ (NGS) биоинформатиктер құбырына талдау жасайды және ыңғайлылықты және пайдаланушының достық қарым-қатынасын қамтамасыз етеді. Пайдаланушылар RNA-SEQ деректерін бұлтқа жүктей алады, мұнда қолданба біртұтас, бір аялдамалық биоинформатикалық талдауды ұсынады. Сонымен қатар, бұл пайдаланушылардың нақты қажеттіліктеріне сәйкес жасалған жеке операцияларды ұсынатын тұтынушы тәжірибесіне басымдық береді. Пайдаланушылар параметрлерді орнатып, құбыр желісін өздері жібере алады, интерактивті есепті, деректерді / диаграммаларды қарауды және деректерді қарауды және толық ақпарат алуды, мысалы: мақсатты генді таңдау, функционалды кластерлеу, диаграммалау, диаграммалау және т.б.

Демо нәтижелері

Деректерді өндіру

Импорттау қажеттілігі

Негізгі талдау

Сілтеме

Демо нәтижелері

Деректерді өндіру

Импорттау қажеттілігі

Платформа:Илумина, МГИ
Стратегия:РНҚ-сек
Формат: ASIDED, таза мәліметтер.
Кітапхана түрі:Фр-бұқтырылған, FR-FR -STRIND немесе FR-екінші
Ұзындығы:150 BP
Файл түрі:*. Тұрғындар, * .FQ, * .Fasthq.gz немесе * .fq.gz. Жүйе боладыТасымалдау файлдарының атауларына сәйкес. Тұрғындар файлдарын автоматты түрде жұптаңыз,Мысалы * _1. Тастау * ._ 2. 2..
Үлгілер саны:Санға ешқандай шектеулер жоқүлгілерден, бірақ талдау уақыты саны көбейедіҮлгілер өседі.
Ұсынылатын мәліметтер сомасы:Бір үлгі үшін 6G

Негізгі талдау

MRNA-SEQ негізгі талдау және биоинформатикалық құралдары (анықтама)Құбыр келесідей:

1. Rawdata сапасын бақылау:

• Төмен сапалы тізбектерді, адаптер тізбегін жою,т.б;

• Құралдар: үйде жасалған құбыр;

2. Анықтама геномына мәліметтерді туралау:

• Оқу алгоритмімен оқуға арналғанАнықтамалық геном.

• Құралдар:Hisat2, Samtools

3. Кітапхана сапасын талдау:

• Ұзындықты талдау, реттік қанықтылық талдау және т.б. салыңыз;

• Құралдар:Samtools;

4. Реттеу құрылымын талдау:

• балама бөлшектеу, гендік құрылымды оңтайландыру,генді болжау және т.б.

• Құралдар:Жолти, gffccompare, Гат,Алмас, Түрлендіру, жәнеХммер.

5. Дифференциалды өрнектерді талдау:

• DEG скрининг, бірлескен қатынастарды талдау, функционалдыбайыту;

•Әр визуализация нәтижелері;

•RбіргеSegseq, Deseq2, GGPlot2, ДекссQ

Сілтеме

1. Ким, Деехван және басқалар. «Графикалық негізді геномды туралау жәнеGenatat2 және генотиптеу және генотипі бар генотипі ».ТабиғатБиотехнология37 (2019): 907 - 915.

2. Макенна, Aaron et al. «Геномды талдау құралы: аКелесі буын ДНҚ-ны талдауға арналған MapReduce шеңберіреттілік туралы мәліметтер ».Геномды зерттеу20 9 (2010): 1297-303.

3. Ли, Хен және басқалар. «Кезектілікті туралау / карта форматы жәнеSamtools »Биоинформатика25 (2009): 2078 - 2079 жж.

4. Перцея, Михаэла және басқалар. «Жұлдызды жақсартуға мүмкіндік бередіRNA-SEQ-тан жасалған транскриптомды қайта құру ».ТабиғатБиотехнология33 (2015): 290-295.

5. Махаббат, Майкл И. және басқалар. «Бүктелген өзгерісті модерацияланған бағалау жәнеRNA-SEQ деректері үшін Deseq2-мен дисперсиялау ».ГенетаБиология15 (2014): N. Паг.

6. Eddy, Sean R .. «Жеделдетілген профиль HMM іздеу».Пилос Есептеу биологиясы7 (2011): n. Паг.

MRNA-SEQ (NGS) сілтеме геномымен

MRNA-SEQ (NGS) сілтеме геномымен

Баға алыңыз

Сіздің хабарламаңызды бізге жіберіңіз: