Метагеномдық секвенирлеу-TGS
Метагеном - қоршаған орта және адам метагеномдары сияқты аралас организмдер қауымдастығының генетикалық материалының жиынтығы. Онда өсіруге болатын және өсіруге болмайтын микроорганизмдердің геномдары бар. Метагеномдық секвенирлеу таксономиялық профильдеуден артық мүмкіндіктер беру арқылы экологиялық үлгілерге енгізілген осы күрделі геномдық ландшафттарды зерттеуге мүмкіндік береді. Сондай-ақ, кодталған гендерді және олардың қоршаған орта процестеріндегі болжамды рөлдерін зерттеу арқылы функционалды геномика перспективасын ұсынады. Illumina секвенирлеуімен дәстүрлі мылтық тәсілдері метагеномдық зерттеулерде кеңінен қолданылғанымен, Nanopore және PacBio ұзақ оқу секвенирлеуінің пайда болуы саланы өзгертті. Nanopore және PacBio технологиясы биоинформатикалық талдауларды, атап айтқанда метагеномдарды құрастыруды жақсартады, бұл үздіксіз құрастыруларды қамтамасыз етеді. Есептерде Nanopore негізіндегі және PacBio негізіндегі метагеномика күрделі микробиомдардан толық және жабық бактериялық геномдарды сәтті жасағаны көрсетілген (Moss, EL және т.б., Nature Biotech, 2020). Nanopore оқуларын Illumina оқуларымен біріктіру қателерді түзетуге стратегиялық тәсілді ұсынады, Nanopore-дің төмен дәлдігін азайтады. Бұл синергетикалық үйлесім әрбір секвенирлеу платформасының күшті жақтарын пайдаланады, әлеуетті шектеулерді жеңу үшін сенімді шешім ұсынады және метагеномдық талдаулардың дәлдігі мен сенімділігін арттырады.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia және PacBio Revio
Қызмет көрсету мүмкіндіктері
● Nanopore P48 (10 Кб кітапхана) бағдарламасында ұзақ оқу тізбегі; PacBio Revio (8 Кб кітапхана)
● Қатені түзету: Illumina NovaSeq (PE150 кітапханасы) жүйесінде секвенирлеу
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Жоғары сапалы метагеном құрастырмасы:Жоғары үздіксіздікке ие аз контигтермен.
●Жоғары дәлдік:Түрлерді анықтау және функционалды гендерді болжау.
●Жақсартылған құрастыруБактериялық геномды оқшаулауды және салыстырмалы метагеномды талдауды жеңілдету.
●Кешенді биоинформатикалық талдау:Біздің талдауымыз тек таксономиялық әртүрлілікке ғана емес, сонымен қатар қауымдастықтың функционалдық әртүрлілігіне де бағытталған.
●Кең тәжірибеБіздің командамыз әр жобаға мол тәжірибе әкеледі, әртүрлі зерттеу салаларындағы бірнеше метагеномика жобаларын сәтті аяқтап, 200 000-нан астам үлгіні өңдеуде үлкен тәжірибесі бар, біздің командамыз әр жобаға мол тәжірибе әкеледі.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Секвенирлеу платформасы | Реттік стратегия | Ұсынылатын деректер |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 ГБ |
| Nanopore P48 | 10 кб | 6 / 10 ГБ |
| PacBio Revio | 8 кб | 10 / 20 Гб |
Үлгі талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы мөлшері (мкг) | Көлемі (µL) | |
| Illumina PE150 кітапханасы | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 кб кітапханасы | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 кб кітапханасы | ≥50 | 10 мкг/жасуша | ≥20 |
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Деректердің сапасын бақылауды секвенирлеу
● Метагеномды жинау және генді болжау
● Ген аннотациясы
● Таксономик альфа әртүрлілігін талдау
● Қауымдастықтың функционалдық талдауы: биологиялық қызметі, метаболикалық, антибиотиктерге төзімділік
● Функционалдық және таксономиялық әртүрлілікті талдау:
Бета әртүрлілікті талдау
Топаралық талдау
Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
Резервті емес ген жиынтығының таралуы:
Ген аннотациясы: KEGG жолы
Ген аннотациясы: eggNOG
Ген аннотациясы: CAZY көмірсулары
Түрлердің корреляциялық желісі:
Осы басылыммен BMKGene метагеномика секвенирлеу қызметі Nanopore + Illumina арқылы қол жеткізген жетістіктерді зерттеңіз:
Джин, Х. және т.б. (2023) «Ішкі моңғолдардың адам ішек микробиомының жоғары сапалы геном жинағы», Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), 150–161 беттер. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
