BMKCloud Log in
条形banner-03

Өнімдер

Метагеномикалық реттілік-нанопора

Метагеномика – қоршаған орта үлгілерінен алынған аралас геномдық материалдарды талдау үшін қолданылатын молекулалық құрал, ол түрлердің әртүрлілігі мен көптігі, популяция құрылымы, филогенетикалық қарым-қатынас, функционалды гендер және қоршаған орта факторларымен корреляциялық желі және т.б. туралы толық ақпарат береді. Нанопораларды секвенирлеу платформалары жақында енгізілген. метагеномдық зерттеулерге.Оның оқу ұзақтығы бойынша тамаша өнімділігі төмен ағынды метагеномдық талдауды, әсіресе метагеномды құрастыруды едәуір жақсартты.Оқу ұзақтығының артықшылықтарын пайдалана отырып, нанопора негізіндегі метагеномикалық зерттеу атыс қаруының метагеномикасымен салыстырғанда үздіксіз жинақтауға қол жеткізе алады.Нанопора негізіндегі метагеномика микробиомалардан толық және жабық бактериялық геномдарды сәтті жасағаны жарияланды (Moss, EL, т.б.,Табиғат биотехнологиясы, 2020)

Платформа:Nanopore PromethION P48


Қызмет мәліметтері

Демо нәтижелері

BMK ісі

Қызметтің артықшылықтары

● Жоғары сапалы құрастыру - түрлерді анықтау және функционалды генді болжау дәлдігін арттыру

● Жабық бактериялық геномды оқшаулау

● Әртүрлі салада неғұрлым күшті және сенімді қолдану, мысалы, патогендік микроорганизмдерді немесе антибиотиктерге төзімділікке қатысты гендерді анықтау

● Салыстырмалы метагеномды талдау

Қызмет сипаттамалары

 Платформа

Тізбектеу

Ұсынылған деректер

Айналым уақыты

Нанопора

ONT

6 Г/10 Г

65 жұмыс күні

Биоинформатикалық талдаулар

● Шикі деректер сапасын бақылау

● Метагеном жинағы

● Артық емес гендер жинағы және аннотация

● Түрлердің әртүрлілігін талдау

● Генетикалық функциялардың әртүрлілігін талдау

● Топаралық талдау

● Эксперименттік факторларға қатысты ассоциациялық талдау

нанопора

Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу

Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу

Үлгіге қойылатын талаптар:   

ҮшінДНҚ сығындылары:

Үлгі түрі

Сома

Шоғырлану

Тазалық

ДНҚ сығындылары

1-1,5 мкг

> 20 нг/мкл

OD260/280= 1,6-2,5

Қоршаған ортаның үлгілері үшін:

Үлгі түрі

Ұсынылатын сынама алу процедурасы

Топырақ

Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Қалған қурап қалған затты бетінен алып тастау керек;Үлкен бөліктерді ұсақтап, 2 мм сүзгіден өткізіңіз;Брондау үшін стерильді EP-түтіктегі немесе циротүтіктегі аликвоттық үлгілер.

Нәжіс

Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға үлгілерді жинаңыз және аликвотты алыңыз.

Ішек мазмұны

Үлгілерді асептикалық жағдайда өңдеу керек.Жиналған тіндерді PBS көмегімен жуыңыз;PBS-ті центрифугалаңыз және тұнбаны EP-түтіктерге жинаңыз.

Шлам

Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға шлам үлгісін жинап алыңыз

Су қоймасы

Кран суы, құдық суы және т.б. сияқты микроб мөлшері шектеулі үлгі үшін кем дегенде 1 л су жинап, мембранадағы микробты байыту үшін 0,22 мкм сүзгіден өткізіңіз.Мембрананы стерильді түтікте сақтаңыз.

Тері

Терінің бетін стерильді мақта тампонымен немесе хирургиялық пышақпен абайлап қырыңыз және оны стерильді түтікке салыңыз.

Ұсынылатын үлгіні жеткізу

Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз.Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.

Қызметтің жұмыс ағыны

үлгіні жеткізу

Үлгіні жеткізу

Кітапханаға дайындық

Кітапхана құрылысы

Тізбектеу

Тізбектеу

Деректерді талдау

Деректерді талдау

Сатудан кейінгі қызметтер

Сатудан кейінгі қызметтер


  • Алдыңғы:
  • Келесі:

  • 1.Жылу картасы: Түрлердің байлығын топтастыру32. KEGG метаболикалық жолдарына аннотацияланған функционалдық гендер43.Түрлердің корреляциялық желісі54. CARD антибиотикке төзімділік гендерінің циркосы
    6

    BMK ісі

    Нанопора метагеномикасы төменгі тыныс жолдарының бактериялық инфекциясын жылдам клиникалық диагностикалауға мүмкіндік береді

    Жарияланды:Табиғат биотехнологиясы, 2019 ж

    Техникалық көрсеткіштер
    Тізбектеу: Nanopore MinION
    Клиникалық метагеномика биоинформатика: хост ДНҚ-сының сарқылуы, WIMP және ARMA талдауы
    Жылдам анықтау: 6 сағат
    Жоғары сезімталдық: 96,6%

    Негізгі нәтижелер

    2006 жылы төменгі тыныс жолдарының инфекциясы (ТЖ) дүние жүзінде 3 миллион адамның өліміне себеп болды.LR1 қоздырғышын анықтаудың типтік әдісі культивация болып табылады, оның сезімталдығы нашар, айналу уақыты ұзақ және антибиотикалық терапияның ерте кезеңдерінде нұсқаулар жоқ.Жылдам және дәл микробтық диагностика ұзақ уақыт бойы шұғыл қажеттілік болды.Шығыс Англия университетінің докторы Джастин және оның серіктестері патогенді анықтаудың нанопора негізіндегі метагеномдық әдісін сәтті жасады.Олардың жұмыс процесіне сәйкес, иесінің ДНҚ-ның 99,99% таусылуы мүмкін.Патогендерді және антибиотиктерге төзімді гендерді анықтау 6 сағатта аяқталуы мүмкін.

    Анықтама
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Айдын, A., & O'Grady, J.(2019).Нанопора метагеномикасы төменгі тыныс жолдарының бактериялық инфекциясын жылдам клиникалық диагностикалауға мүмкіндік береді.Табиғат биотехнологиясы, 37(7), 1.

    дәйексөз алыңыз

    Хабарламаңызды осы жерге жазып, бізге жіберіңіз

    Хабарламаңызды бізге жіберіңіз: