Метагеномикалық реттілік-TGS
Метагеном – қоршаған орта мен адам метагеномдары сияқты организмдердің аралас қауымдастығының генетикалық материалының жиынтығы. Онда өсірілетін және өңделмейтін микроорганизмдердің геномдары бар. Метагеномиялық секвенирлеу таксономиялық профильден гөрі көп қамтамасыз ету арқылы экологиялық үлгілерге енгізілген осы күрделі геномдық ландшафттарды зерттеуге мүмкіндік береді. Сондай-ақ, ол кодталған гендер мен олардың қоршаған орта процестеріндегі болжамды рөлдерін зерттеу арқылы функционалды геномика перспективасын ұсынады. Метагеномикалық зерттеулерде Illumina секвенциясы бар дәстүрлі шолақ мылтық тәсілдері кеңінен қолданылғанымен, Nanopore және PacBio ұзақ оқылатын секвенирлеудің пайда болуы өрісті өзгертті. Nanopore және PacBio технологиялары төменгі ағындағы биоинформатикалық талдауларды, атап айтқанда метагеномды жинақтауды жақсартады және үздіксіз жинақтарды қамтамасыз етеді. Есептер Nanopore негізіндегі және PacBio негізіндегі метагеномика күрделі микробиомалардан толық және жабық бактериялық геномдарды сәтті жасағанын көрсетеді (Moss, EL, және т.б., Nature Biotech, 2020). Nanopore оқуларын Illumina оқуларымен біріктіру Nanopore-ға тән төмен дәлдікті азайта отырып, қателерді түзету үшін стратегиялық тәсілді қамтамасыз етеді. Бұл синергетикалық комбинация әлеуетті шектеулерді еңсеру және метагеномикалық талдаулардың дәлдігі мен сенімділігін арттыру үшін сенімді шешім ұсынатын әрбір секвенирлеу платформасының күшті жақтарын қолданады.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia және PacBio Revio
Қызмет мүмкіндіктері
● Nanopore P48 (10Кб кітапхана) жүйесінде ұзақ оқу реттілігі; PacBio Revio (8 Кб кітапхана)
● Қатені түзету: Illumina NovaSeq жүйесінде реттілік (PE150 кітапханасы)
Қызметтің артықшылықтары
●Жоғары сапалы метагеномдар жинағы:Үздіксіздігі жоғары болатын аз контигтермен.
●Жоғары дәлдік:Түрлерді анықтау және функционалды генді болжау.
●Жақсартылған Ассамблея: Бактериялық геномды оқшаулауды және салыстырмалы метагеномды талдауды жеңілдету.
●Кешенді биоинформатикалық талдау:Біздің талдауымыз тек таксономиялық әртүрлілікке ғана емес, сонымен қатар қауымдастықтың функционалды әртүрлілігіне де бағытталған.
●Кең тәжірибе: Біздің команда әр жобаға бай тәжірибе әкеледі, әртүрлі зерттеу салаларындағы бірнеше метагеномика жобаларын сәтті жабу және 200 000-нан астам үлгілерді өңдеу тәжірибесі бар біздің команда әр жобаға бай тәжірибе әкеледі.
Қызмет сипаттамалары
| Тізбектеу платформасы | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Гб |
| Nanopore P48 | 10 кб | 6 / 10 Гб |
| PacBio Revio | 8 кб | 10 / 20 Гб |
Үлгіге қойылатын талаптар
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы сома (мкг) | Көлемі (μL) | |
| Illumina PE150 кітапханасы | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 кб кітапхана | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 кб кітапханасы | ≥50 | 10 мкг/клетка | ≥20 |
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
● Деректердің сапасын бақылауды реттілік
● Метагеномды құрастыру және генді болжау
● Гендік аннотация
● Альфа әртүрлілігін таксономиялық талдау
● Қоғамдастықтың функционалдық талдауы: биологиялық функция, метаболизм, антибиотиктерге төзімділік
● Функционалдық және таксономиялық әртүрлілік бойынша талдау:
Бета әртүрлілікті талдау
Топ аралық талдау
Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
Артық емес гендер жиынтығының таралуы:
Гендік аннотация: KEGG жолы
Гендік аннотация: eggNOG
Гендік аннотация: CAZY көмірсулар
Түрлердің корреляциялық желісі:
BMKGene метагеномикасының Nanopore + Illumina көмегімен секвенирлеу қызметі көмектесетін жетістіктерді осы таңдаулы жарияланыммен зерттеңіз:
Джин, Х және т.б. (2023) «Ішкі моңғолдардың адам ішек микробиомының жоғары сапалы геномдық жинағы», Табиғат микробиологиясы 2023 8:1, 8(1), 150–161 беттер. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
