page_head_bg

Өнімдер

Метагеномдық реттілік-нанопора

Метагеномика – түрлердің әртүрлілігі мен көптігі, популяция құрылымы, филогенетикалық қатынас, функционалды гендер және қоршаған орта факторларымен корреляциялық желі және т.б. туралы толық ақпарат беретін қоршаған орта үлгілерінен алынған аралас геномдық материалдарды талдау үшін қолданылатын молекулалық құрал. Нанопора секвенирлеу платформалары жақында енгізілген. метагеномдық зерттеулерге.Оның оқу ұзақтығы бойынша тамаша өнімділігі төмен ағындық метагеномдық талдауды, әсіресе метагеномды құрастыруды едәуір жақсартты.Оқу ұзақтығының артықшылықтарын пайдалана отырып, нанопора негізіндегі метагеномикалық зерттеу атыс қаруының метагеномикасымен салыстырғанда үздіксіз жинақтауға қол жеткізе алады.Нанопора негізіндегі метагеномика микробиомалардан толық және жабық бактериялық геномдарды сәтті жасағаны жарияланды (Moss, EL, т.б.,Табиғат биотехнологиясы, 2020)

Платформа:Nanopore PromethION P48


Қызмет мәліметтері

Демо нәтижелері

BMK ісі

Қызметтің артықшылықтары

ØЖоғары сапалы құрастыру - Түрлерді анықтау және функционалды генді болжау дәлдігін арттыру

ØЖабық бактериалды геномды оқшаулау

ØӘртүрлі салада неғұрлым күшті және сенімді қолдану, мысалы, патогендік микроорганизмдерді немесе антибиотиктерге төзімділікке қатысты гендерді анықтау

ØСалыстырмалы метагеномды талдау

Қызмет сипаттамалары

ТізбектеуПлатформа

Кітапхана

Ұсынылған деректер шығымы

Болжалды айналым уақыты

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K тегтер

30 күн

Биоинформатикалық талдаулар

üШикізат деректер сапасын бақылау

üМетагеномдар жинағы

üАртық емес гендер жиынтығы және аннотация

üТүрлердің әртүрлілігін талдау

üГенетикалық функциялардың әртүрлілігін талдау

üТоп аралық талдау

üЭксперименттік факторларға қатысты ассоциациялық талдау

2

Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу

Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу

Үлгіге қойылатын талаптар:   

ҮшінДНҚ сығындылары:

Үлгі түрі

Сома

Шоғырлану

Тазалық

ДНҚ сығындылары

> 30 нг

> 1 нг/мкл

OD260/280= 1,6-2,5

Қоршаған ортаның үлгілері үшін:

Үлгі түрі

Ұсынылатын сынама алу процедурасы

Топырақ

Сынама көлемі: шамамен.5 г;Қалған қурап қалған затты бетінен алып тастау керек;Үлкен бөліктерді ұсақтап, 2 мм сүзгіден өткізіңіз;Брондау үшін стерильді EP-түтіктегі немесе циротүтіктегі аликвоттық үлгілер.

Нәжіс

Сынама көлемі: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға үлгілерді жинаңыз және аликвота алыңыз.

Ішек мазмұны

Үлгілерді асептикалық жағдайда өңдеу керек.Жиналған тіндерді PBS көмегімен жуыңыз;PBS-ті центрифугалаңыз және тұнбаны EP-түтіктерге жинаңыз.

Шлам

Сынама көлемі: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға тұнба үлгісін жинап алыңыз

Су қоймасы

Кран суы, құдық суы және т.б. сияқты микроб мөлшері шектеулі үлгі үшін кем дегенде 1 л су жинап, мембранадағы микробты байыту үшін 0,22 мкм сүзгіден өткізіңіз.Мембрананы стерильді түтікте сақтаңыз.

Тері

Терінің бетін стерильді мақта тампонымен немесе хирургиялық пышақпен абайлап қырыңыз және оны стерильді түтікке салыңыз.

Ұсынылатын үлгіні жеткізу

Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз.Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.

Қызмет жұмысының ағыны

logo_02

Үлгіні жеткізу

logo_04

Кітапхана құрылысы

logo_05

Тізбектеу

logo_06

Деректерді талдау

logo_07

Сатудан кейінгі қызметтер


  • Алдыңғы:
  • Келесі:

  • 1.Жылу картасы: Түрлердің байлығын топтастыру32. KEGG метаболикалық жолдарына аннотацияланған функционалдық гендер43.Түрлердің корреляциялық желісі54. CARD антибиотикке төзімділік гендерінің циркосы
    6

    BMK ісі

    Нанопора метагеномикасы төменгі тыныс жолдарының бактериялық инфекциясын жылдам клиникалық диагностикалауға мүмкіндік береді

    Жарияланды:Табиғат биотехнологиясы, 2019 ж

    Техникалық ерекшеліктер
    Тізбектеу: Nanopore MinION
    Клиникалық метагеномика биоинформатика: хост ДНҚ-сының сарқылуы, WIMP және ARMA талдауы
    Жылдам анықтау: 6 сағат
    Жоғары сезімталдық: 96,6%

    Негізгі нәтижелер

    2006 жылы төменгі тыныс жолдарының инфекциясы (ТЖ) дүние жүзінде 3 миллион адамның өліміне себеп болды.LR1 қоздырғышын анықтаудың типтік әдісі культивация болып табылады, оның сезімталдығы нашар, айналу уақыты ұзақ және ерте антибиотикалық терапияда нұсқаулардың болмауы.Жылдам және дәл микробтық диагностика ұзақ уақыт бойы шұғыл қажеттілік болды.Шығыс Англия университетінің докторы Джастин және оның серіктестері патогенді анықтаудың нанопора негізіндегі метагеномдық әдісін сәтті әзірледі.Олардың жұмыс процесіне сәйкес, иесінің ДНҚ-ның 99,99% таусылуы мүмкін.Патогендерді және антибиотиктерге төзімді гендерді анықтау 6 сағатта аяқталуы мүмкін.

    Анықтама
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Айдын, A., & O'Grady, J.(2019).Нанопора метагеномикасы төменгі тыныс жолдарының бактериялық инфекциясын жылдам клиникалық диагностикалауға мүмкіндік береді.Табиғат биотехнологиясы, 37(7), 1.

    дәйексөз алу

    Хабарламаңызды осы жерге жазып, бізге жіберіңіз

    Хабарламаңызды бізге жіберіңіз: