● Nanopore P48 (10Кб кітапхана) жүйесінде ұзақ оқу реттілігі; PacBio Revio (8 Кб кітапхана)
● Қатені түзету: Illumina NovaSeq жүйесінде реттілік (PE150 кітапханасы)
●Жоғары сапалы метагеномдар жинағы:Үздіксіздігі жоғары болатын аз контигтермен.
●Жоғары дәлдік:Түрлерді анықтау және функционалды генді болжау.
●Жақсартылған Ассамблея: Бактериялық геномды оқшаулауды және салыстырмалы метагеномды талдауды жеңілдету.
●Кешенді биоинформатикалық талдау:Біздің талдауымыз тек таксономиялық әртүрлілікке ғана емес, сонымен қатар қауымдастықтың функционалды әртүрлілігіне де бағытталған.
●Кең тәжірибе: Біздің команда әр жобаға бай тәжірибе әкеледі, әртүрлі зерттеу салаларындағы бірнеше метагеномика жобаларын сәтті жабу және 200 000-нан астам үлгілерді өңдеу тәжірибесі бар біздің команда әр жобаға бай тәжірибе әкеледі.
Тізбектеу платформасы | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады |
Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Гб |
Nanopore P48 | 10 кб | 6 / 10 Гб |
PacBio Revio | 8 кб | 10 / 20 Гб |
Концентрация (нг/мкл) | Жалпы сома (мкг) | Көлемі (μL) | |
Illumina PE150 кітапханасы | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
Nanopore 10 кб кітапхана | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
PacBio 8 кб кітапханасы | ≥50 | 10 мкг/клетка | ≥20 |
Келесі талдауды қамтиды:
● Деректердің сапасын бақылауды реттілік
● Метагеномды құрастыру және генді болжау
● Гендік аннотация
● Альфа әртүрлілігін таксономиялық талдау
● Қоғамдастықтың функционалдық талдауы: биологиялық функция, метаболизм, антибиотиктерге төзімділік
● Функционалдық және таксономиялық әртүрлілік бойынша талдау:
Бета әртүрлілікті талдау
Топ аралық талдау
Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
Артық емес гендер жиынтығының таралуы:
Гендік аннотация: KEGG жолы
Гендік аннотация: eggNOG
Гендік аннотация: CAZY көмірсулар
Түрлердің корреляциялық желісі:
BMKGene метагеномикасының Nanopore + Illumina көмегімен секвенирлеу қызметі көмектесетін жетістіктерді осы таңдаулы жарияланыммен зерттеңіз:
Джин, Х және т.б. (2023) «Ішкі моңғолдардың адам ішек микробиомының жоғары сапалы геномдық жинағы», Табиғат микробиологиясы 2023 8:1, 8(1), 150–161 беттер. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.