Метагеномдық реттілік-нанопора
Қызметтің артықшылықтары
ØЖоғары сапалы құрастыру - Түрлерді анықтау және функционалды генді болжау дәлдігін арттыру
ØЖабық бактериалды геномды оқшаулау
ØӘртүрлі салада неғұрлым күшті және сенімді қолдану, мысалы, патогендік микроорганизмдерді немесе антибиотиктерге төзімділікке қатысты гендерді анықтау
ØСалыстырмалы метагеномды талдау
Қызмет сипаттамалары
| ТізбектеуПлатформа | Кітапхана | Ұсынылған деректер шығымы | Болжалды айналым уақыты |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K тегтер | 30 күн |
Биоинформатикалық талдаулар
üШикізат деректер сапасын бақылау
üМетагеномдар жинағы
üАртық емес гендер жиынтығы және аннотация
üТүрлердің әртүрлілігін талдау
üГенетикалық функциялардың әртүрлілігін талдау
üТоп аралық талдау
üЭксперименттік факторларға қатысты ассоциациялық талдау
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
ҮшінДНҚ сығындылары:
| Үлгі түрі | Сома | Шоғырлану | Тазалық |
| ДНҚ сығындылары | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Қоршаған ортаның үлгілері үшін:
| Үлгі түрі | Ұсынылатын сынама алу процедурасы |
| Топырақ | Сынама көлемі: шамамен.5 г;Қалған қурап қалған затты бетінен алып тастау керек;Үлкен бөліктерді ұсақтап, 2 мм сүзгіден өткізіңіз;Брондау үшін стерильді EP-түтіктегі немесе циротүтіктегі аликвоттық үлгілер. |
| Нәжіс | Сынама көлемі: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға үлгілерді жинаңыз және аликвота алыңыз. |
| Ішек мазмұны | Үлгілерді асептикалық жағдайда өңдеу керек.Жиналған тіндерді PBS көмегімен жуыңыз;PBS-ті центрифугалаңыз және тұнбаны EP-түтіктерге жинаңыз. |
| Шлам | Сынама көлемі: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға тұнба үлгісін жинап алыңыз |
| Су қоймасы | Кран суы, құдық суы және т.б. сияқты микроб мөлшері шектеулі үлгі үшін кем дегенде 1 л су жинап, мембранадағы микробты байыту үшін 0,22 мкм сүзгіден өткізіңіз.Мембрананы стерильді түтікте сақтаңыз. |
| Тері | Терінің бетін стерильді мақта тампонымен немесе хирургиялық пышақпен абайлап қырыңыз және оны стерильді түтікке салыңыз. |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз.Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.
Қызмет жұмысының ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1.Жылу картасы: Түрлердің байлығын топтастыру
2. KEGG метаболикалық жолдарына аннотацияланған функционалдық гендер
3.Түрлердің корреляциялық желісі
4. CARD антибиотикке төзімділік гендерінің циркосы
BMK ісі
Нанопора метагеномикасы төменгі тыныс жолдарының бактериялық инфекциясын жылдам клиникалық диагностикалауға мүмкіндік береді
Жарияланды:Табиғат биотехнологиясы, 2019 ж
Техникалық ерекшеліктер
Тізбектеу: Nanopore MinION
Клиникалық метагеномика биоинформатика: хост ДНҚ-сының сарқылуы, WIMP және ARMA талдауы
Жылдам анықтау: 6 сағат
Жоғары сезімталдық: 96,6%
Негізгі нәтижелер
2006 жылы төменгі тыныс жолдарының инфекциясы (ТЖ) дүние жүзінде 3 миллион адамның өліміне себеп болды.LR1 қоздырғышын анықтаудың типтік әдісі культивация болып табылады, оның сезімталдығы нашар, айналу уақыты ұзақ және ерте антибиотикалық терапияда нұсқаулардың болмауы.Жылдам және дәл микробтық диагностика ұзақ уақыт бойы шұғыл қажеттілік болды.Шығыс Англия университетінің докторы Джастин және оның серіктестері патогенді анықтаудың нанопора негізіндегі метагеномдық әдісін сәтті әзірледі.Олардың жұмыс процесіне сәйкес, иесінің ДНҚ-ның 99,99% таусылуы мүмкін.Патогендерді және антибиотиктерге төзімді гендерді анықтау 6 сағатта аяқталуы мүмкін.
Анықтама
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Айдын, A., & O'Grady, J.(2019).Нанопора метагеномикасы төменгі тыныс жолдарының бактериялық инфекциясын жылдам клиникалық диагностикалауға мүмкіндік береді.Табиғат биотехнологиясы, 37(7), 1.
