Эукариоттық мРНҚ талдауы (анықтамалық және жаңа нұсқалар қолжетімді)
Бұл құбыр NGS RNA-Seq деректерін кіріс ретінде пайдаланады және бірнеше төменгі ағымдық талдаулардан нәтижелер береді, соның ішінде, бірақ онымен шектелмей: секвенирлеу деректерінің сапасын бағалау,жаңадантранскрипция орнының аннотациясы, айнымалы сплайсинг талдауы, дифференциалды экспрессия талдауы, функция аннотациясы және байыту талдауы.
Ұзын кодталмаған РНҚ талдауы
Ұзын кодталмайтын РНҚ (lncRNA) - ұзындығы 200 нт-тан асатын және хроматиннің ұйымдастырылуы мен реттелуінде рөл атқаратыны белгілі кодталмайтын транскрипттер. Жоғары өнімділіктегі секвенирлеу технологиялары және биоинформатика маңызды реттеуші функциялары бар lncRNA-ларды анықтау үшін lncRNA тізбектерін және позициялау туралы ақпаратты түсінуге мүмкіндік берді. Бұл құбыр эукариоттық мРНҚ талдау құбырында айтылған талдауларға қосымша lncRNA талдауын ұсынады.
16S/18S/ITS ампликон секвенирлеуі
Amplicon Sequencing микробтық әртүрлілікті талдау құбыры микробтық әртүрлілік жобасын талдау саласындағы көпжылдық тәжірибеге негізделіп жасалған. Құбырда қазіргі микробтық зерттеулер мен жекелендірілген талдаудың негізгі талдау мазмұнын қамтитын стандартталған негізгі талдау бар. Талдау есебі бай және жан-жақты, әртүрлі жеке талдау жүргізу мүмкіндігі бар. Сонымен қатар, үлгілер мен топтарды қосымша теңшеу және басқару үшін жедел өзгертуге болады.
Мылтық метагеномикасын талдау
Мылтық метагеномикалық талдау құбыры қоршаған орта үлгілерінен алынған аралас геномдық материалдардан алынған NGS деректерін пайдаланады. Қосылған талдаулар түрлердің әртүрлілігі мен саны, популяция құрылымы, филогенетикалық байланыс, функционалды гендер және қоршаған орта факторларымен корреляциялық желілер туралы егжей-тегжейлі ақпарат береді.
NGS-WGS нұсқасын талдау
NGS-WGS нұсқалық талдауы - деректердің сапасын бақылауды, тізбекті туралауды, аннотацияны және ген мутациясын талдауды орындайтын интеграцияланған нұсқалық анықтау құбыры. Құбыр SNP және InDel анықтау үшін GATK ең жақсы тәжірибелерін ұстанады және құрылымдық нұсқалық шақыру үшін Manta пайдаланады.
Геномды кең ауқымды қауымдастықты зерттеу (GWAS)
GWAS құбыры - бұрын жасалған VCF файлдарын және жеке тұлғалар когортасы үшін сәйкес фенотиптік деректерді кіріс ретінде қабылдайтын кейінгі талдау. GWAS нақты статистикалық әдіснамаларды қолдана отырып, фенотиптік айырмашылықтармен корреляцияланған геном бойынша нуклеотидтік вариацияларды анықтауға бағытталған. Ол өсімдіктер мен жануарлардағы күрделі адам ауруларымен және күрделі белгілермен байланысты функционалды гендерді зерттеуде маңызды рөл атқарады.
Жаппай сегрегация талдауы (BSA)
BSA талдауы сегрегацияланатын популяциядан экстремалды фенотиптік белгілері бар дараларды біріктіруді қамтиды. Біріктірілген үлгілер арасындағы дифференциалды локустарды салыстыру арқылы бұл тәсіл нысана гендерімен байланысты тығыз байланысты молекулалық маркерлерді тез анықтайды. Өсімдіктер мен жануарлардың генетикалық картасын жасауда кеңінен қолданылатын бұл әдіс маркер көмегімен өсіру үшін құнды құрал болып табылады.
Эволюциялық генетикалық талдау
Эволюциялық генетикалық талдау жұмыс процесі BMKGENE-нің генетикалық эволюция жобаларындағы кең тәжірибесін пайдаланады және филогенетикалық ағаш құрылысын, байланыс тепе-теңдігін талдауды, генетикалық әртүрлілікті бағалауды, селективті сыпыруды анықтауды, туыстық талдауды, негізгі компоненттік талдауды және популяция құрылымын сипаттауды қамтиды.
