10x геномдық Visium кеңістігі транскриптома
Техникалық схема
Ерекше өзгешеліктері
● Шешім: 100 мкм
● Диаметрі: 55 мкм
● Дақтар саны: 4992
● Түсіру аймағы: 6.5 x 6,5 мм
● Әрбір штрих-код 4 секциядан тұратын праймерлермен салынған:
- MRNE (DT) құйрығы және CDNA синтезі үшін құйрық
- күшейту бұрмалаушылығын түзету үшін бірегей молекулалық идентификатор (UMI)
- кеңістіктік штрих-код
- Ішінара оқуды 1-ші жоспарлау кезектілігі
● Х & Е бөлімдерінің бояуы
Артықшылықтары
●Бір терезе қызметі: Барлық тәжірибелер мен шеберлікке негізделген қадамдарды, оның ішінде крио-секция, бояу, тіндерді оңтайландыру, кеңістіктік шама, кітапхананы дайындау, тізбекті және биоинформатика.
● жоғары білікті техникалық топ: 250-ден астам тіндердің түрлерімен және 100+ түрлерімен, оның ішінде адам, тышқан, сүтқоректілер, балық және өсімдіктер.
●Бүкіл жобада нақты уақыттағы жаңарту: тәжірибелік прогресті толық бақылаумен.
●Биоинформатика кешенді стандартты:Пакетке 29 талдау және 100+ 100+ сандар кіреді.
●Жеке мәліметтерді талдау және визуализация: Әр түрлі зерттеу сұраныстары үшін қол жетімді.
●Бір ұялы мРНҚ реттейтін қосымша бірлескен талдау
Еректерлер
| Үлгі талаптары | Кітапхана | САЯСАТ САЯСАТЫ | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| Қазан ендірілген крио үлгілері (Оңтайлы диаметрі: шамамен. 6x6x6 мм³) Бір үлгідегі 2 блок | 10x Visium CDNA кітапханасы | Иллюминина PE150 | 50K PE бір жерден оқиды (60ГБ) | Rin> 7 |
Үлгіні дайындау бойынша нұсқаулық және қызмет көрсету жұмыс процесі туралы толығырақ ақпарат алу үшін а-мен сөйлесуге боладыBMKGENE сарапшысы
Сервистік жұмыс процесі
Үлгіні дайындау кезеңінде жоғары сапалы РНҚ-ны алуға мүмкіндік беретін алғашқы қоқыс шығаратын RNA шығарады. Тіндерді оңтайландыру кезеңінде бөлімдер боялылып, визуализацияланады және тіндерден MRNA-ны шығаруға мүмкіндік беріледі. Оңтайландырылған протокол кейінірек кітапхана құрылысы кезінде қолданылады, содан кейін біріздеме және деректерді талдау.
Толық жұмыс процесі нақты уақыттағы жаңартулар мен клиенттік растамаларды, кері байланыс циклін сақтау, жобаны дұрыс орындауды қамтамасыз ету үшін.
Келесі талдауды қамтиды:
Деректердің сапасын бақылау:
o Деректердің шығуы және сапа баллын бөлу
o генді анықтау үшін генді анықтау
o Тін қамту
Іріктеудің ішкі талдауы:
o гендік байлық
o Дақты кластерлеу, оның ішінде өлшемді өлшемді талдау
o Кластерлер арасындағы дифференциалды өрнекті талдау: маркер гендерін анықтау
o Маркер гендерін функционалды аннотация және байыту
Топтық талдау
o Екі үлгініден де дақтардың қайта тіркесімі (мысалы, ауру және бақылау) және қайта кластер
o Әр кластер үшін маркер гендерін анықтау
o Маркер гендерін функционалды аннотация және байыту
o Топтар арасындағы бірдей кластердің дифференциалды көрінісі
Іріктеудің ішкі талдауы
Дақты кластерлеу
Маркер гендерін сәйкестендіру және кеңістіктік бөлу
Топтық талдау
Екі топтан да, қайта кластерден де мәліметтер тіркесі
Жаңа кластерлердің маркер гендері
Б.Р.Кгеннің кеңістіктік транскриптомика қызметі осы танымал басылымдардағы 10x Visium-на жеңілдетілген жетістіктерді зерттеңіз:
Чен, Д.Т. (2023) «Мамыздағы Ықтимал Drochophila гомологы GPCRS-тің потенциалды гомологы»,Америка Құрама Штаттары Ұлттық ғылым академиясының еңбектері, 120 (30), б. E2303462120. Doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Ю.Т. (2023) 'Болат спицотосурцпоральды транскриптомдық мәліметтерді ажыратады',Биоинформатикадағы брифингтер, 24 (2), 1-10 бет. Doi: 10.1093 / BIB / BBAD068.
Лю, C. және Al. (2022) 'Орхидея гүлдерінің дамуындағы органогенездің атлы атласы',Нуклеин қышқылдарын зерттеу, 50 (17), 9724-9737 бет. Doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.
Ванг, Ж. және al. (2023) «Кеңістіктік трансқұрломиканы және RNNE реттегішін біріктіру, жатыр лейомиомасы үшін терапевтік стратегияларды анықтайды»,Биология ғылымдарының халықаралық журналы, 19 (8), 2515-2530 бет. Doi: 10.7150 / ijbs.83510.
