10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Техникалық схема
Ерекше өзгешеліктері
● Ажыратымдылық: 100 мкм
● Дақ диаметрі: 55 мкм
● Дақтар саны: 4992
● Түсіру аумағы: 6,5 x 6,5 мм
● Әрбір штрих-кодталған нүктеге 4 бөлімнен тұратын праймерлер жүктеледі:
- мРНҚ-ны дайындауға және кДНҚ синтезіне арналған поли(дТ) құйрық
- Күшейтудің ауытқуын түзету үшін бірегей молекулалық идентификатор (UMI).
- Кеңістіктік штрих-код
- Ішінара оқылатын 1 реттілік праймерінің байланыстыру тізбегі
● Бөлімдерді H&E бояуы
Артықшылықтары
●Бір терезе қызметі: барлық тәжірибе мен дағдыларға негізделген қадамдарды біріктіреді, соның ішінде крио-бөлу, бояу, тіндерді оңтайландыру, кеңістіктік штрих-кодтау, кітапхананы дайындау, секвенирлеу және биоинформатика.
● Жоғары білікті техникалық топ: адам, тышқан, сүтқоректілер, балықтар және өсімдіктерді қоса алғанда, 250-ден астам ұлпа түрлерінде және 100-ден астам түрлерде тәжірибесі бар.
●Бүкіл жоба бойынша нақты уақыттағы жаңарту: эксперименттік үлгерімді толық бақылаумен.
●Толық стандартты биоинформатика:пакетте 29 талдау және 100+ жоғары сапалы сандар бар.
●Теңшелген деректерді талдау және визуализация: әртүрлі зерттеу сұраулары үшін қол жетімді.
●Бір жасушалы мРНҚ секвенирлеуімен қосымша бірлескен талдау
Техникалық сипаттамалар
| Үлгіге қойылатын талаптар | Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады | Сапаны бақылау |
| OCT енгізілген крио үлгілері (Оңтайлы диаметрі: шамамен 6x6x6 мм³) Әр үлгіге 2 блок | 10X Visium cDNA кітапханасы | Illumina PE150 | Әр нүктеге 50K PE көрсеткіші (60 Гб) | RIN > 7 |
Үлгіні дайындау бойынша нұсқаулық және қызмет көрсету жұмыс процесі туралы қосымша мәліметтер алу үшін аBMKGENE сарапшысы
Қызметтің жұмыс процесі
Үлгіні дайындау кезеңінде жоғары сапалы РНҚ алу мүмкіндігін қамтамасыз ету үшін РНҚ экстракциясының бастапқы көлемді сынағы орындалады. Тіндерді оңтайландыру сатысында бөлімдер боялады және визуалды түрде көрсетіледі және тіннен мРНҚ босату үшін өткізгіштік жағдайлары оңтайландырылған. Оңтайландырылған хаттама кітапхананы құру кезінде қолданылады, содан кейін реттілік және деректерді талдау.
Толық қызмет жұмыс процесі жобаның біркелкі орындалуын қамтамасыз ете отырып, жауап беретін кері байланыс циклін қолдау үшін нақты уақыттағы жаңартуларды және клиенттің растауларын қамтиды.
Келесі талдауды қамтиды:
Деректер сапасын бақылау:
o Деректерді шығару және сапа ұпайларын бөлу
o Әр нүктеде генді анықтау
o Тіндерді жабу
Ішкі үлгі талдауы:
o Гендердің байлығы
o Қысқартылған өлшемді талдауды қоса, нүктелік кластерлеу
o Кластерлер арасындағы дифференциалды экспрессиялық талдау: маркер гендерін идентификациялау
o Функционалды аннотация және маркер гендерін байыту
Топ аралық талдау
o Екі үлгідегі дақтарды қайта біріктіру (мысалы, ауру және бақылау) және қайта кластер
o Әрбір кластер үшін маркер гендерін анықтау
o Функционалды аннотация және маркер гендерін байыту
o Топтар арасындағы бірдей кластердің дифференциалды өрнегі
Ішкі үлгіні талдау
Нүктелік кластерлеу
Маркер гендерінің идентификациясы және кеңістікте таралуы
Топ аралық талдау
Екі топтан және қайта кластерден алынған деректер комбинациясы
Жаңа кластерлердің маркер гендері
10X Visium арқылы BMKGene кеңістіктік транскриптомика қызметі септігін тигізетін жетістіктерді осы таңдаулы жарияланымдарда зерттеңіз:
Чен, Д. және т.б. (2023) 'mthl1, сүтқоректілердің адгезиялық GPCRs әлеуетті дрозофила гомологы, шыбындардағы инъекциялық онкогенді жасушаларға ісікке қарсы реакцияларға қатысады',Америка Құрама Штаттарының Ұлттық ғылым академиясының материалдары, 120(30), б. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Y. және т.б. (2023) 'STEEL кеңістіктік-уақыттық транскриптомдық деректерді жоғары ажыратымдылықпен бөлуге мүмкіндік береді',Биоинформатика бойынша брифингтер, 24(2), 1–10 беттер. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. және т.б. (2022) «Орхидея гүлдерінің дамуындағы органогенездің кеңістіктік-уақыттық атласы»,Нуклеин қышқылдарын зерттеу, 50(17), 9724–9737 беттер. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Ван, Дж. және т.б. (2023) «Кеңістіктік транскриптомика мен бір ядролы РНҚ секвенциясын біріктіру жатыр лейомиомасының әлеуетті терапиялық стратегияларын көрсетеді»,Биология ғылымдарының халықаралық журналы, 19(8), 2515–2530 беттер. doi: 10.7150/IJBS.83510.
